More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_0868 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007778  RPB_4536  diguanylate cyclase  76.92 
 
 		 503 aa  782    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.221207  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0954  diguanylate cyclase  64.23 
 
 		 502 aa  638    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0641916  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0868  GGDEF domain-containing protein  100 
 
 		 494 aa  1001    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.796056  normal  0.69001 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0766  diguanylate cyclase  60.37 
 
 		 501 aa  607  9.999999999999999e-173  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6958  diguanylate cyclase  58.32 
 
 		 502 aa  563  1.0000000000000001e-159  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1924  diguanylate cyclase  39.58 
 
 		 492 aa  342  1e-92  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.268801  normal  0.495061 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1025  diguanylate cyclase  39.09 
 
 		 492 aa  341  2e-92  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1901  diguanylate cyclase  39.38 
 
 		 492 aa  340  4e-92  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6178  diguanylate cyclase  39.38 
 
 		 492 aa  340  4e-92  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.837587  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1021  diguanylate cyclase  38.67 
 
 		 492 aa  337  2.9999999999999997e-91  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0128107  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3188  diguanylate cyclase  39.61 
 
 		 529 aa  335  1e-90  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.210299 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6347  diguanylate cyclase  39.25 
 
 		 507 aa  334  2e-90  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.197089 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1598  diguanylate cyclase  39.42 
 
 		 492 aa  332  6e-90  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0273825  normal  0.888834 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5670  diguanylate cyclase  40.83 
 
 		 521 aa  331  1e-89  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0236259 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5189  diguanylate cyclase  40.83 
 
 		 521 aa  331  1e-89  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4565  diguanylate cyclase  40.39 
 
 		 521 aa  330  3e-89  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.267028  normal  0.0465187 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0410  diguanylate cyclase  39.01 
 
 		 516 aa  330  4e-89  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0028  diguanylate cyclase  40.26 
 
 		 527 aa  329  8e-89  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.789293 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2492  diguanylate cyclase  41.86 
 
 		 474 aa  329  8e-89  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.379327 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4944  diguanylate cyclase  39.57 
 
 		 520 aa  328  2.0000000000000001e-88  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0582678 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5084  diguanylate cyclase  39.54 
 
 		 503 aa  328  2.0000000000000001e-88  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.494089  normal  0.0445442 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5496  diguanylate cyclase  39.14 
 
 		 520 aa  327  4.0000000000000003e-88  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.414779  hitchhiker  0.000876281 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4297  diguanylate cyclase  38.16 
 
 		 522 aa  326  6e-88  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0491288  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2715  diguanylate cyclase  41.08 
 
 		 508 aa  322  9.999999999999999e-87  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.271597  normal  0.533444 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2420  diguanylate cyclase  39.84 
 
 		 532 aa  319  6e-86  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.499921  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0518  diguanylate cyclase  39.58 
 
 		 506 aa  315  1.9999999999999998e-84  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4694  diguanylate cyclase  39.38 
 
 		 492 aa  313  2.9999999999999996e-84  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0175  diguanylate cyclase  37.19 
 
 		 516 aa  313  3.9999999999999997e-84  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1243  diguanylate cyclase  39.96 
 
 		 510 aa  310  5e-83  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.624606  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4503  diguanylate cyclase  37.92 
 
 		 492 aa  307  2.0000000000000002e-82  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4045  diguanylate cyclase  37.92 
 
 		 492 aa  307  3e-82  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4104  diguanylate cyclase  38 
 
 		 505 aa  306  5.0000000000000004e-82  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.340706 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3991  diguanylate cyclase  38 
 
 		 505 aa  306  5.0000000000000004e-82  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.613369 
 
 
-
 
NC_003296  RS04801  hypothetical protein  36.71 
 
 		 505 aa  305  1.0000000000000001e-81  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0299872 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0401  GGDEF domain-containing protein  37.25 
 
 		 507 aa  300  3e-80  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3807  diguanylate cyclase  38.19 
 
 		 510 aa  297  4e-79  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.417307 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2397  diguanylate cyclase  37.92 
 
 		 510 aa  296  4e-79  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5012  diguanylate cyclase  40.33 
 
 		 510 aa  296  4e-79  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3714  diguanylate cyclase  38.19 
 
 		 510 aa  296  5e-79  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.28391  normal  0.0412955 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4649  diguanylate cyclase  38.19 
 
 		 510 aa  296  5e-79  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5454  diguanylate cyclase  39.38 
 
 		 510 aa  296  5e-79  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.488047  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS00828  putative transmembrane protein  37 
 
 		 512 aa  294  2e-78  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.33694  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2597  diguanylate cyclase  38.66 
 
 		 506 aa  293  6e-78  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.938839 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4666  diguanylate cyclase  38.16 
 
 		 501 aa  292  8e-78  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0421428  normal  0.479047 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1125  GGDEF  36.29 
 
 		 509 aa  291  1e-77  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.394023  normal  0.376452 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2825  GGDEF domain-containing protein  37.69 
 
 		 487 aa  291  2e-77  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.819973  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2678  diguanylate cyclase  36.53 
 
 		 487 aa  289  7e-77  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1077  GGDEF domain-containing protein  37.47 
 
 		 528 aa  289  9e-77  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.918636  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4395  diguanylate cyclase  38.4 
 
 		 498 aa  288  1e-76  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0097  GGDEF domain-containing protein  37.25 
 
 		 487 aa  288  2e-76  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1535  diguanylate cyclase  37.25 
 
 		 487 aa  288  2e-76  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1257  diguanylate cyclase  37.25 
 
 		 487 aa  288  2e-76  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0115  diguanylate cyclase  37.25 
 
 		 487 aa  288  2e-76  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.418458  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3598  diguanylate cyclase  39.18 
 
 		 510 aa  286  5e-76  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS00826  putative transmembrane protein  37.55 
 
 		 488 aa  286  8e-76  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.61367  normal  1 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0390  GGDEF domain-containing protein  36.9 
 
 		 499 aa  283  5.000000000000001e-75  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.817676  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1346  GGDEF domain-containing protein  36.9 
 
 		 499 aa  283  5.000000000000001e-75  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0669442  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1755  diguanylate cyclase  36.9 
 
 		 499 aa  283  5.000000000000001e-75  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0315  GGDEF domain-containing protein  37.01 
 
 		 484 aa  281  1e-74  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.237701  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1840  putative transmembrane transcriptional sensor regulator  37.01 
 
 		 506 aa  282  1e-74  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0399375  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0250  GGDEF domain-containing protein  37.01 
 
 		 489 aa  281  2e-74  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.164767  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0985  diguanylate cyclase  36.98 
 
 		 508 aa  280  3e-74  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0984  GGDEF domain-containing protein  37.01 
 
 		 489 aa  280  4e-74  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.184695  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0798  GGDEF domain-containing protein  37.13 
 
 		 496 aa  278  1e-73  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.412232  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1305  GGDEF domain protein  35.65 
 
 		 502 aa  277  3e-73  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.620212  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0638  diguanylate cyclase  37.69 
 
 		 524 aa  276  4e-73  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0484455 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0821  diguanylate cyclase  37.05 
 
 		 496 aa  275  1.0000000000000001e-72  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.605291  normal  0.227561 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0832  diguanylate cyclase  37.68 
 
 		 496 aa  273  7e-72  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3174  diguanylate cyclase  36.82 
 
 		 530 aa  271  2e-71  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.258431  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1122  GGDEF domain-containing protein  36.36 
 
 		 506 aa  270  2.9999999999999997e-71  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.014859  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5179  diguanylate cyclase  34.74 
 
 		 504 aa  257  4e-67  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.466605 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5514  diguanylate cyclase  34.81 
 
 		 493 aa  243  5e-63  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.333875  normal  0.197216 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0533  diguanylate cyclase  34.59 
 
 		 480 aa  240  5e-62  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0546  diguanylate cyclase  34.51 
 
 		 499 aa  238  2e-61  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1127  GGDEF domain-containing protein  31.32 
 
 		 572 aa  224  2e-57  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.00567617  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2295  diguanylate cyclase  35.47 
 
 		 503 aa  223  4e-57  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6264  diguanylate cyclase  33.61 
 
 		 502 aa  219  7e-56  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.291677  normal  0.150603 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02019  Putative signal protein with GGDEF domain  32.96 
 
 		 494 aa  219  7.999999999999999e-56  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6666  diguanylate cyclase  33.61 
 
 		 502 aa  219  1e-55  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6431  diguanylate cyclase  33.61 
 
 		 502 aa  219  1e-55  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6345  diguanylate cyclase  34.1 
 
 		 506 aa  215  9.999999999999999e-55  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.155718  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6048  diguanylate cyclase  33.96 
 
 		 506 aa  216  9.999999999999999e-55  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.423069 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2297  diguanylate cyclase  29.78 
 
 		 533 aa  215  1.9999999999999998e-54  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.777078  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3068  diguanylate cyclase  33.33 
 
 		 516 aa  211  2e-53  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.608977 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2519  diguanylate cyclase  32.26 
 
 		 522 aa  209  1e-52  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.926429  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4491  diguanylate cyclase  35.94 
 
 		 531 aa  207  4e-52  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3242  GGDEF domain-containing protein  31.85 
 
 		 522 aa  205  1e-51  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.564089  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2667  diguanylate cyclase  31.29 
 
 		 522 aa  203  7e-51  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.548675  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5691  diguanylate cyclase  33.33 
 
 		 512 aa  199  7.999999999999999e-50  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3328  GGDEF  32.27 
 
 		 548 aa  196  6e-49  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00921167 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3800  diguanylate cyclase  33.59 
 
 		 553 aa  195  2e-48  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.223141 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3172  diguanylate cyclase  34.32 
 
 		 518 aa  194  3e-48  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.211888 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4321  diguanylate cyclase  31.05 
 
 		 534 aa  186  8e-46  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2281  GGDEF  31.41 
 
 		 555 aa  178  2e-43  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.000303682  normal  0.0271008 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2591  GGDEF domain protein  30.2 
 
 		 528 aa  169  2e-40  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.200767  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2930  diguanylate cyclase  28.14 
 
 		 515 aa  162  1e-38  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.827018  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4535  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  52.66 
 
 		 345 aa  160  5e-38  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0387275  normal  0.636684 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1348  diguanylate cyclase  28.81 
 
 		 515 aa  156  9e-37  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2495  diguanylate cyclase  47.67 
 
 		 422 aa  156  9e-37  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0019  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  46.47 
 
 		 341 aa  155  1e-36  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0416556  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>