More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_0954 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007778  RPB_4536  diguanylate cyclase  66 
 
 
503 aa  692    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.221207  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0954  diguanylate cyclase  100 
 
 
502 aa  1026    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0641916  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0868  GGDEF domain-containing protein  63.97 
 
 
494 aa  664    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.796056  normal  0.69001 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0766  diguanylate cyclase  61.2 
 
 
501 aa  627  1e-178  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6958  diguanylate cyclase  55.88 
 
 
502 aa  543  1e-153  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1924  diguanylate cyclase  39.63 
 
 
492 aa  345  1e-93  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.268801  normal  0.495061 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6178  diguanylate cyclase  39.42 
 
 
492 aa  343  4e-93  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.837587  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1901  diguanylate cyclase  39.42 
 
 
492 aa  343  4e-93  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4297  diguanylate cyclase  41.13 
 
 
522 aa  338  1.9999999999999998e-91  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0491288  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3188  diguanylate cyclase  40.26 
 
 
529 aa  335  1e-90  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.210299 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1025  diguanylate cyclase  39 
 
 
492 aa  335  2e-90  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0410  diguanylate cyclase  40 
 
 
516 aa  335  2e-90  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1021  diguanylate cyclase  38.8 
 
 
492 aa  333  3e-90  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0128107  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6347  diguanylate cyclase  38.96 
 
 
507 aa  331  2e-89  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.197089 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5670  diguanylate cyclase  40.58 
 
 
521 aa  328  1.0000000000000001e-88  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.0236259 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5189  diguanylate cyclase  40.58 
 
 
521 aa  328  1.0000000000000001e-88  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0028  diguanylate cyclase  40.72 
 
 
527 aa  327  3e-88  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.789293 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5496  diguanylate cyclase  39.32 
 
 
520 aa  327  4.0000000000000003e-88  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.414779  hitchhiker  0.000876281 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0401  GGDEF domain-containing protein  40.22 
 
 
507 aa  325  8.000000000000001e-88  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1598  diguanylate cyclase  39.09 
 
 
492 aa  325  1e-87  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0273825  normal  0.888834 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2825  GGDEF domain-containing protein  40.22 
 
 
487 aa  324  2e-87  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.819973  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4565  diguanylate cyclase  40.13 
 
 
521 aa  323  4e-87  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.267028  normal  0.0465187 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4944  diguanylate cyclase  39.32 
 
 
520 aa  323  5e-87  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.0582678 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2678  diguanylate cyclase  40 
 
 
487 aa  322  8e-87  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1077  GGDEF domain-containing protein  40 
 
 
528 aa  322  9.999999999999999e-87  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.918636  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0097  GGDEF domain-containing protein  39.78 
 
 
487 aa  321  1.9999999999999998e-86  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1535  diguanylate cyclase  39.78 
 
 
487 aa  321  1.9999999999999998e-86  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1257  diguanylate cyclase  39.78 
 
 
487 aa  321  1.9999999999999998e-86  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0115  diguanylate cyclase  39.78 
 
 
487 aa  321  1.9999999999999998e-86  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.418458  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5084  diguanylate cyclase  37.89 
 
 
503 aa  319  7e-86  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.494089  normal  0.0445442 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0518  diguanylate cyclase  38.65 
 
 
506 aa  317  2e-85  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0175  diguanylate cyclase  38.12 
 
 
516 aa  317  2e-85  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4045  diguanylate cyclase  39.5 
 
 
492 aa  316  5e-85  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4503  diguanylate cyclase  39.29 
 
 
492 aa  315  9.999999999999999e-85  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4694  diguanylate cyclase  39.83 
 
 
492 aa  310  4e-83  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5454  diguanylate cyclase  39.3 
 
 
510 aa  305  1.0000000000000001e-81  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.488047  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2397  diguanylate cyclase  36.83 
 
 
510 aa  304  2.0000000000000002e-81  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3807  diguanylate cyclase  37.86 
 
 
510 aa  303  7.000000000000001e-81  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.417307 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3714  diguanylate cyclase  37.86 
 
 
510 aa  302  9e-81  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.28391  normal  0.0412955 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4649  diguanylate cyclase  37.86 
 
 
510 aa  302  9e-81  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2715  diguanylate cyclase  38.08 
 
 
508 aa  302  1e-80  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.271597  normal  0.533444 
 
 
-
 
NC_003296  RS04801  hypothetical protein  36.88 
 
 
505 aa  301  2e-80  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.0299872 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2492  diguanylate cyclase  38.49 
 
 
474 aa  300  6e-80  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.379327 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2420  diguanylate cyclase  38.46 
 
 
532 aa  298  1e-79  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.499921  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1125  GGDEF  36.84 
 
 
509 aa  296  4e-79  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.394023  normal  0.376452 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1243  diguanylate cyclase  38.25 
 
 
510 aa  296  6e-79  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.624606  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5012  diguanylate cyclase  38.4 
 
 
510 aa  295  1e-78  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3991  diguanylate cyclase  38.54 
 
 
505 aa  294  2e-78  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.613369 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4104  diguanylate cyclase  38.54 
 
 
505 aa  294  2e-78  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.340706 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3598  diguanylate cyclase  38.76 
 
 
510 aa  293  6e-78  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1840  putative transmembrane transcriptional sensor regulator  36.67 
 
 
506 aa  290  5.0000000000000004e-77  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0399375  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0250  GGDEF domain-containing protein  36.67 
 
 
489 aa  289  6e-77  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.164767  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0390  GGDEF domain-containing protein  36.67 
 
 
499 aa  290  6e-77  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.817676  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1755  diguanylate cyclase  36.67 
 
 
499 aa  290  6e-77  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1346  GGDEF domain-containing protein  36.67 
 
 
499 aa  290  6e-77  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0669442  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0315  GGDEF domain-containing protein  36.67 
 
 
484 aa  289  7e-77  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.237701  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4666  diguanylate cyclase  37.66 
 
 
501 aa  288  1e-76  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0421428  normal  0.479047 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0984  GGDEF domain-containing protein  36.67 
 
 
489 aa  288  2e-76  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.184695  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1305  GGDEF domain protein  36.97 
 
 
502 aa  287  2.9999999999999996e-76  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.620212  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS00826  putative transmembrane protein  37.42 
 
 
488 aa  286  7e-76  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.61367  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2597  diguanylate cyclase  38.3 
 
 
506 aa  285  1.0000000000000001e-75  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.938839 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1122  GGDEF domain-containing protein  36.88 
 
 
506 aa  281  2e-74  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.014859  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0638  diguanylate cyclase  38.41 
 
 
524 aa  281  2e-74  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.0484455 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4395  diguanylate cyclase  36.6 
 
 
498 aa  280  3e-74  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RS00828  putative transmembrane protein  36.13 
 
 
512 aa  278  2e-73  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.33694  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0985  diguanylate cyclase  34.66 
 
 
508 aa  277  4e-73  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3174  diguanylate cyclase  38.1 
 
 
530 aa  271  2e-71  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.258431  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5179  diguanylate cyclase  35.19 
 
 
504 aa  259  6e-68  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.466605 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0821  diguanylate cyclase  34.89 
 
 
496 aa  259  6e-68  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.605291  normal  0.227561 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0798  GGDEF domain-containing protein  34.89 
 
 
496 aa  257  4e-67  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.412232  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0832  diguanylate cyclase  34.68 
 
 
496 aa  253  8.000000000000001e-66  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0533  diguanylate cyclase  34.64 
 
 
480 aa  246  9e-64  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0546  diguanylate cyclase  34.67 
 
 
499 aa  245  9.999999999999999e-64  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1127  GGDEF domain-containing protein  34.38 
 
 
572 aa  235  2.0000000000000002e-60  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.00567617  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6264  diguanylate cyclase  33.4 
 
 
502 aa  233  9e-60  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.291677  normal  0.150603 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5514  diguanylate cyclase  32.83 
 
 
493 aa  232  1e-59  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.333875  normal  0.197216 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6666  diguanylate cyclase  33.4 
 
 
502 aa  229  9e-59  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2295  diguanylate cyclase  35.1 
 
 
503 aa  229  9e-59  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6431  diguanylate cyclase  33.4 
 
 
502 aa  229  9e-59  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5691  diguanylate cyclase  36.6 
 
 
512 aa  224  2e-57  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6048  diguanylate cyclase  33.33 
 
 
506 aa  223  4.9999999999999996e-57  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.423069 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6345  diguanylate cyclase  33.33 
 
 
506 aa  223  7e-57  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.155718  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2297  diguanylate cyclase  31.97 
 
 
533 aa  211  2e-53  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.777078  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02019  Putative signal protein with GGDEF domain  32.57 
 
 
494 aa  202  8e-51  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2519  diguanylate cyclase  32.18 
 
 
522 aa  199  9e-50  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.926429  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3068  diguanylate cyclase  33.41 
 
 
516 aa  199  1.0000000000000001e-49  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.608977 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3172  diguanylate cyclase  33.83 
 
 
518 aa  196  1e-48  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.211888 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2667  diguanylate cyclase  30.49 
 
 
522 aa  194  3e-48  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.548675  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3800  diguanylate cyclase  36.05 
 
 
553 aa  194  3e-48  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.223141 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4491  diguanylate cyclase  33.98 
 
 
531 aa  194  3e-48  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3242  GGDEF domain-containing protein  31.97 
 
 
522 aa  189  8e-47  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.564089  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3328  GGDEF  30.83 
 
 
548 aa  187  4e-46  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00921167 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2281  GGDEF  32.93 
 
 
555 aa  186  7e-46  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.000303682  normal  0.0271008 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4321  diguanylate cyclase  31.03 
 
 
534 aa  182  1e-44  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2591  GGDEF domain protein  33.33 
 
 
528 aa  173  7.999999999999999e-42  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.200767  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2930  diguanylate cyclase  26.72 
 
 
515 aa  166  6.9999999999999995e-40  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.827018  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2380  diguanylate cyclase  49.42 
 
 
410 aa  166  1.0000000000000001e-39  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2785  diguanylate cyclase  29.98 
 
 
519 aa  164  2.0000000000000002e-39  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3011  serine/threonine protein kinase  45.02 
 
 
1637 aa  160  4e-38  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.15444  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1471  diguanylate cyclase  38.13 
 
 
339 aa  160  7e-38  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.435801  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>