More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_0832 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_0798  GGDEF domain-containing protein  91.94 
 
 		 496 aa  895    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.412232  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4395  diguanylate cyclase  80.52 
 
 		 498 aa  783    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0821  diguanylate cyclase  92.14 
 
 		 496 aa  898    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.605291  normal  0.227561 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0832  diguanylate cyclase  100 
 
 		 496 aa  1001    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1125  GGDEF  56.22 
 
 		 509 aa  528  1e-148  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.394023  normal  0.376452 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1305  GGDEF domain protein  53.32 
 
 		 502 aa  500  1e-140  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.620212  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4666  diguanylate cyclase  53.07 
 
 		 501 aa  473  1e-132  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0421428  normal  0.479047 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0985  diguanylate cyclase  44.31 
 
 		 508 aa  386  1e-106  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6178  diguanylate cyclase  42.36 
 
 		 492 aa  354  2e-96  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.837587  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1901  diguanylate cyclase  42.36 
 
 		 492 aa  354  2e-96  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1924  diguanylate cyclase  41.94 
 
 		 492 aa  353  2.9999999999999997e-96  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.268801  normal  0.495061 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0028  diguanylate cyclase  42.89 
 
 		 527 aa  352  5.9999999999999994e-96  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.789293 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4565  diguanylate cyclase  42.79 
 
 		 521 aa  348  2e-94  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.267028  normal  0.0465187 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5670  diguanylate cyclase  42.57 
 
 		 521 aa  344  2e-93  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0236259 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5189  diguanylate cyclase  42.57 
 
 		 521 aa  344  2e-93  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3188  diguanylate cyclase  41.24 
 
 		 529 aa  341  2e-92  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.210299 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4944  diguanylate cyclase  42.21 
 
 		 520 aa  340  4e-92  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0582678 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5496  diguanylate cyclase  41.03 
 
 		 520 aa  338  1.9999999999999998e-91  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.414779  hitchhiker  0.000876281 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0410  diguanylate cyclase  40.5 
 
 		 516 aa  337  1.9999999999999998e-91  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS04801  hypothetical protein  39.96 
 
 		 505 aa  337  3.9999999999999995e-91  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0299872 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2420  diguanylate cyclase  42.14 
 
 		 532 aa  334  2e-90  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.499921  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4297  diguanylate cyclase  40.66 
 
 		 522 aa  332  1e-89  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0491288  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1021  diguanylate cyclase  40.96 
 
 		 492 aa  332  1e-89  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0128107  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1025  diguanylate cyclase  40.96 
 
 		 492 aa  331  2e-89  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1598  diguanylate cyclase  39.3 
 
 		 492 aa  331  2e-89  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0273825  normal  0.888834 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0518  diguanylate cyclase  42.11 
 
 		 506 aa  328  1.0000000000000001e-88  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4045  diguanylate cyclase  41.16 
 
 		 492 aa  325  1e-87  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6347  diguanylate cyclase  39.59 
 
 		 507 aa  325  2e-87  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.197089 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0175  diguanylate cyclase  40.68 
 
 		 516 aa  323  3e-87  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4104  diguanylate cyclase  39.52 
 
 		 505 aa  323  4e-87  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.340706 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3991  diguanylate cyclase  39.52 
 
 		 505 aa  323  4e-87  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.613369 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4503  diguanylate cyclase  41.16 
 
 		 492 aa  322  9.000000000000001e-87  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2492  diguanylate cyclase  39.83 
 
 		 474 aa  321  1.9999999999999998e-86  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.379327 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4694  diguanylate cyclase  40.58 
 
 		 492 aa  319  9e-86  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2715  diguanylate cyclase  39.62 
 
 		 508 aa  318  1e-85  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.271597  normal  0.533444 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2397  diguanylate cyclase  40.21 
 
 		 510 aa  315  9e-85  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2597  diguanylate cyclase  42.25 
 
 		 506 aa  313  3.9999999999999997e-84  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.938839 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3807  diguanylate cyclase  40 
 
 		 510 aa  312  9e-84  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.417307 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3714  diguanylate cyclase  40 
 
 		 510 aa  312  1e-83  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.28391  normal  0.0412955 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4649  diguanylate cyclase  40 
 
 		 510 aa  312  1e-83  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5454  diguanylate cyclase  40 
 
 		 510 aa  311  2e-83  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.488047  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1243  diguanylate cyclase  40.59 
 
 		 510 aa  306  5.0000000000000004e-82  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.624606  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3598  diguanylate cyclase  40.41 
 
 		 510 aa  301  2e-80  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4536  diguanylate cyclase  36.8 
 
 		 503 aa  294  2e-78  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.221207  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5084  diguanylate cyclase  36.65 
 
 		 503 aa  293  4e-78  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.494089  normal  0.0445442 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6958  diguanylate cyclase  38.77 
 
 		 502 aa  290  3e-77  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS00826  putative transmembrane protein  39.73 
 
 		 488 aa  288  2e-76  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.61367  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0868  GGDEF domain-containing protein  37.68 
 
 		 494 aa  287  2.9999999999999996e-76  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.796056  normal  0.69001 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5012  diguanylate cyclase  39.75 
 
 		 510 aa  287  4e-76  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0546  diguanylate cyclase  37.68 
 
 		 499 aa  286  7e-76  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2678  diguanylate cyclase  37.58 
 
 		 487 aa  285  1.0000000000000001e-75  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0766  diguanylate cyclase  36 
 
 		 501 aa  285  1.0000000000000001e-75  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0638  diguanylate cyclase  36.34 
 
 		 524 aa  285  1.0000000000000001e-75  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0484455 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1077  GGDEF domain-containing protein  37.58 
 
 		 528 aa  285  2.0000000000000002e-75  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.918636  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0097  GGDEF domain-containing protein  37.58 
 
 		 487 aa  284  3.0000000000000004e-75  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0115  diguanylate cyclase  37.58 
 
 		 487 aa  284  3.0000000000000004e-75  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.418458  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1535  diguanylate cyclase  37.58 
 
 		 487 aa  284  3.0000000000000004e-75  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1257  diguanylate cyclase  37.58 
 
 		 487 aa  284  3.0000000000000004e-75  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2825  GGDEF domain-containing protein  37.37 
 
 		 487 aa  282  9e-75  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.819973  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1346  GGDEF domain-containing protein  35.03 
 
 		 499 aa  279  1e-73  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0669442  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1755  diguanylate cyclase  35.03 
 
 		 499 aa  279  1e-73  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0390  GGDEF domain-containing protein  35.03 
 
 		 499 aa  279  1e-73  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.817676  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0250  GGDEF domain-containing protein  35.5 
 
 		 489 aa  277  3e-73  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.164767  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0984  GGDEF domain-containing protein  35.5 
 
 		 489 aa  277  3e-73  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.184695  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0315  GGDEF domain-containing protein  35.5 
 
 		 484 aa  277  3e-73  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.237701  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1840  putative transmembrane transcriptional sensor regulator  34.83 
 
 		 506 aa  277  4e-73  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0399375  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0401  GGDEF domain-containing protein  37.63 
 
 		 507 aa  276  8e-73  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5179  diguanylate cyclase  36.68 
 
 		 504 aa  273  4.0000000000000004e-72  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.466605 
 
 
-
 
NC_003296  RS00828  putative transmembrane protein  38.7 
 
 		 512 aa  272  8.000000000000001e-72  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.33694  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0533  diguanylate cyclase  39.91 
 
 		 480 aa  270  4e-71  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1122  GGDEF domain-containing protein  34.42 
 
 		 506 aa  270  5e-71  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.014859  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6666  diguanylate cyclase  37.81 
 
 		 502 aa  266  7e-70  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6431  diguanylate cyclase  37.81 
 
 		 502 aa  266  7e-70  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6264  diguanylate cyclase  37.81 
 
 		 502 aa  266  8e-70  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.291677  normal  0.150603 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0954  diguanylate cyclase  34.68 
 
 		 502 aa  261  2e-68  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0641916  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02019  Putative signal protein with GGDEF domain  36.74 
 
 		 494 aa  255  1.0000000000000001e-66  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5514  diguanylate cyclase  35.09 
 
 		 493 aa  253  6e-66  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.333875  normal  0.197216 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1127  GGDEF domain-containing protein  35.4 
 
 		 572 aa  249  8e-65  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.00567617  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2295  diguanylate cyclase  34.99 
 
 		 503 aa  248  2e-64  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6048  diguanylate cyclase  35.53 
 
 		 506 aa  245  9.999999999999999e-64  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.423069 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6345  diguanylate cyclase  36.16 
 
 		 506 aa  244  1.9999999999999999e-63  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.155718  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4491  diguanylate cyclase  38.41 
 
 		 531 aa  240  4e-62  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3328  GGDEF  35.05 
 
 		 548 aa  235  1.0000000000000001e-60  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00921167 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3174  diguanylate cyclase  36.54 
 
 		 530 aa  232  1e-59  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.258431  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3068  diguanylate cyclase  34.32 
 
 		 516 aa  224  3e-57  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.608977 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5691  diguanylate cyclase  37.78 
 
 		 512 aa  222  9.999999999999999e-57  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3800  diguanylate cyclase  30.12 
 
 		 553 aa  218  2e-55  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.223141 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3172  diguanylate cyclase  34.41 
 
 		 518 aa  214  1.9999999999999998e-54  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.211888 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4321  diguanylate cyclase  34.15 
 
 		 534 aa  212  1e-53  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2667  diguanylate cyclase  35.22 
 
 		 522 aa  204  3e-51  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.548675  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2297  diguanylate cyclase  31.08 
 
 		 533 aa  199  1.0000000000000001e-49  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.777078  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2519  diguanylate cyclase  34.96 
 
 		 522 aa  197  5.000000000000001e-49  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.926429  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2281  GGDEF  34.66 
 
 		 555 aa  191  2.9999999999999997e-47  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.000303682  normal  0.0271008 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3242  GGDEF domain-containing protein  35.22 
 
 		 522 aa  188  2e-46  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.564089  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2591  GGDEF domain protein  34.32 
 
 		 528 aa  185  2.0000000000000003e-45  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.200767  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2930  diguanylate cyclase  30.74 
 
 		 515 aa  183  6e-45  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.827018  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1348  diguanylate cyclase  30.79 
 
 		 515 aa  182  1e-44  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2634  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  48.37 
 
 		 843 aa  166  1.0000000000000001e-39  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1328  diguanylate cyclase  46.2 
 
 		 648 aa  164  3e-39  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2785  diguanylate cyclase  30.08 
 
 		 519 aa  163  7e-39  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>