More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bamb_1021 on replicon NC_008390
Organism: Burkholderia ambifaria AMMD



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008542  Bcen2424_1901  diguanylate cyclase  84.49 
 
 		 492 aa  856    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6347  diguanylate cyclase  64.02 
 
 		 507 aa  654    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.197089 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1025  diguanylate cyclase  98.98 
 
 		 492 aa  988    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1598  diguanylate cyclase  77.41 
 
 		 492 aa  797    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0273825  normal  0.888834 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1924  diguanylate cyclase  84.29 
 
 		 492 aa  855    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.268801  normal  0.495061 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4694  diguanylate cyclase  79.8 
 
 		 492 aa  783    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6178  diguanylate cyclase  84.49 
 
 		 492 aa  856    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.837587  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4045  diguanylate cyclase  83.06 
 
 		 492 aa  818    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1021  diguanylate cyclase  100 
 
 		 492 aa  999    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0128107  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4503  diguanylate cyclase  83.47 
 
 		 492 aa  825    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4944  diguanylate cyclase  60.69 
 
 		 520 aa  552  1e-156  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0582678 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5496  diguanylate cyclase  60.48 
 
 		 520 aa  550  1e-155  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.414779  hitchhiker  0.000876281 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3188  diguanylate cyclase  59.4 
 
 		 529 aa  544  1e-153  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.210299 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5189  diguanylate cyclase  57.61 
 
 		 521 aa  535  1e-151  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5670  diguanylate cyclase  57.61 
 
 		 521 aa  535  1e-151  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0236259 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0028  diguanylate cyclase  57.14 
 
 		 527 aa  533  1e-150  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.789293 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4565  diguanylate cyclase  57 
 
 		 521 aa  530  1e-149  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.267028  normal  0.0465187 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0410  diguanylate cyclase  51.98 
 
 		 516 aa  491  1e-137  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5084  diguanylate cyclase  52.08 
 
 		 503 aa  476  1e-133  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.494089  normal  0.0445442 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4297  diguanylate cyclase  49.69 
 
 		 522 aa  472  1e-132  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0491288  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5454  diguanylate cyclase  50.41 
 
 		 510 aa  452  1.0000000000000001e-126  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.488047  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3807  diguanylate cyclase  49.69 
 
 		 510 aa  450  1e-125  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.417307 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3714  diguanylate cyclase  49.69 
 
 		 510 aa  450  1e-125  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.28391  normal  0.0412955 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4649  diguanylate cyclase  49.69 
 
 		 510 aa  450  1e-125  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2397  diguanylate cyclase  49.18 
 
 		 510 aa  446  1.0000000000000001e-124  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0401  GGDEF domain-containing protein  48.76 
 
 		 507 aa  445  1.0000000000000001e-124  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3598  diguanylate cyclase  50.21 
 
 		 510 aa  439  9.999999999999999e-123  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2825  GGDEF domain-containing protein  46.9 
 
 		 487 aa  432  1e-120  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.819973  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2678  diguanylate cyclase  46.69 
 
 		 487 aa  431  1e-119  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0097  GGDEF domain-containing protein  46.69 
 
 		 487 aa  431  1e-119  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1077  GGDEF domain-containing protein  46.69 
 
 		 528 aa  430  1e-119  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.918636  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0115  diguanylate cyclase  46.69 
 
 		 487 aa  431  1e-119  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.418458  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1535  diguanylate cyclase  46.69 
 
 		 487 aa  431  1e-119  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1257  diguanylate cyclase  46.69 
 
 		 487 aa  431  1e-119  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5012  diguanylate cyclase  48.24 
 
 		 510 aa  419  1e-116  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS04801  hypothetical protein  43.39 
 
 		 505 aa  412  1e-114  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0299872 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4104  diguanylate cyclase  45.62 
 
 		 505 aa  414  1e-114  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.340706 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3991  diguanylate cyclase  45.62 
 
 		 505 aa  414  1e-114  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.613369 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0638  diguanylate cyclase  44.79 
 
 		 524 aa  403  1e-111  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0484455 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0390  GGDEF domain-containing protein  42.74 
 
 		 499 aa  394  1e-108  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.817676  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0984  GGDEF domain-containing protein  42.74 
 
 		 489 aa  394  1e-108  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.184695  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1755  diguanylate cyclase  42.74 
 
 		 499 aa  394  1e-108  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1346  GGDEF domain-containing protein  42.74 
 
 		 499 aa  394  1e-108  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0669442  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1840  putative transmembrane transcriptional sensor regulator  42.74 
 
 		 506 aa  394  1e-108  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0399375  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0250  GGDEF domain-containing protein  42.74 
 
 		 489 aa  394  1e-108  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.164767  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0315  GGDEF domain-containing protein  42.62 
 
 		 484 aa  392  1e-107  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.237701  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1122  GGDEF domain-containing protein  42.36 
 
 		 506 aa  392  1e-107  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.014859  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0175  diguanylate cyclase  44.05 
 
 		 516 aa  389  1e-107  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0518  diguanylate cyclase  43.83 
 
 		 506 aa  380  1e-104  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2420  diguanylate cyclase  43.8 
 
 		 532 aa  373  1e-102  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.499921  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2715  diguanylate cyclase  42.77 
 
 		 508 aa  370  1e-101  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.271597  normal  0.533444 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1125  GGDEF  42.13 
 
 		 509 aa  371  1e-101  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.394023  normal  0.376452 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1305  GGDEF domain protein  41.79 
 
 		 502 aa  368  1e-100  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.620212  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2597  diguanylate cyclase  45.55 
 
 		 506 aa  365  1e-100  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.938839 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2492  diguanylate cyclase  43.01 
 
 		 474 aa  366  1e-100  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.379327 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1243  diguanylate cyclase  44.65 
 
 		 510 aa  368  1e-100  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.624606  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS00826  putative transmembrane protein  43.72 
 
 		 488 aa  353  4e-96  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.61367  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4666  diguanylate cyclase  40.76 
 
 		 501 aa  350  2e-95  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0421428  normal  0.479047 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4536  diguanylate cyclase  38.59 
 
 		 503 aa  350  3e-95  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.221207  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5179  diguanylate cyclase  41.41 
 
 		 504 aa  348  9e-95  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.466605 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4395  diguanylate cyclase  42.62 
 
 		 498 aa  348  2e-94  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6958  diguanylate cyclase  40.04 
 
 		 502 aa  343  5.999999999999999e-93  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5514  diguanylate cyclase  40.34 
 
 		 493 aa  341  2e-92  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.333875  normal  0.197216 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0766  diguanylate cyclase  38.38 
 
 		 501 aa  339  5e-92  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0546  diguanylate cyclase  39.96 
 
 		 499 aa  338  9.999999999999999e-92  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0868  GGDEF domain-containing protein  38.67 
 
 		 494 aa  337  2.9999999999999997e-91  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.796056  normal  0.69001 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1127  GGDEF domain-containing protein  41.46 
 
 		 572 aa  333  5e-90  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.00567617  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0533  diguanylate cyclase  41.28 
 
 		 480 aa  328  1.0000000000000001e-88  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0954  diguanylate cyclase  38.8 
 
 		 502 aa  327  3e-88  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0641916  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS00828  putative transmembrane protein  38.62 
 
 		 512 aa  323  3e-87  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.33694  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0821  diguanylate cyclase  40.57 
 
 		 496 aa  322  9.999999999999999e-87  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.605291  normal  0.227561 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6431  diguanylate cyclase  38.84 
 
 		 502 aa  322  9.999999999999999e-87  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6666  diguanylate cyclase  38.84 
 
 		 502 aa  322  9.999999999999999e-87  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0798  GGDEF domain-containing protein  40.57 
 
 		 496 aa  320  3e-86  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.412232  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6264  diguanylate cyclase  38.72 
 
 		 502 aa  320  5e-86  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.291677  normal  0.150603 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0985  diguanylate cyclase  37.97 
 
 		 508 aa  318  1e-85  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0832  diguanylate cyclase  40.96 
 
 		 496 aa  314  2.9999999999999996e-84  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6345  diguanylate cyclase  38.4 
 
 		 506 aa  312  7.999999999999999e-84  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.155718  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6048  diguanylate cyclase  38.33 
 
 		 506 aa  309  9e-83  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.423069 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5691  diguanylate cyclase  35.56 
 
 		 512 aa  282  9e-75  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3174  diguanylate cyclase  38.18 
 
 		 530 aa  280  3e-74  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.258431  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2295  diguanylate cyclase  35.48 
 
 		 503 aa  269  7e-71  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3068  diguanylate cyclase  33.6 
 
 		 516 aa  264  3e-69  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.608977 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02019  Putative signal protein with GGDEF domain  35.61 
 
 		 494 aa  263  4.999999999999999e-69  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3800  diguanylate cyclase  34.62 
 
 		 553 aa  262  8.999999999999999e-69  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.223141 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3328  GGDEF  33.75 
 
 		 548 aa  261  2e-68  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00921167 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4491  diguanylate cyclase  35.19 
 
 		 531 aa  261  3e-68  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2297  diguanylate cyclase  37.09 
 
 		 533 aa  259  8e-68  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.777078  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4321  diguanylate cyclase  32.78 
 
 		 534 aa  257  4e-67  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3172  diguanylate cyclase  36.48 
 
 		 518 aa  254  2.0000000000000002e-66  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.211888 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2667  diguanylate cyclase  37.06 
 
 		 522 aa  252  9.000000000000001e-66  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.548675  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2281  GGDEF  33.81 
 
 		 555 aa  244  1.9999999999999999e-63  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.000303682  normal  0.0271008 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2591  GGDEF domain protein  32.37 
 
 		 528 aa  234  2.0000000000000002e-60  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.200767  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2519  diguanylate cyclase  36.04 
 
 		 522 aa  234  3e-60  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.926429  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3242  GGDEF domain-containing protein  36.55 
 
 		 522 aa  233  4.0000000000000004e-60  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.564089  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1348  diguanylate cyclase  30.53 
 
 		 515 aa  225  2e-57  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2930  diguanylate cyclase  31.08 
 
 		 515 aa  222  9.999999999999999e-57  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.827018  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1597  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  53.14 
 
 		 313 aa  183  7e-45  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4904  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  52.51 
 
 		 642 aa  178  2e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0484368  normal  0.638753 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2096  diguanylate cyclase with GAF sensor  51.74 
 
 		 664 aa  177  4e-43  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.76184 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>