More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pput_0821 on replicon NC_009512
Organism: Pseudomonas putida F1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_0798  GGDEF domain-containing protein  97.98 
 
 		 496 aa  963    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.412232  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0821  diguanylate cyclase  100 
 
 		 496 aa  1006    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.605291  normal  0.227561 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4395  diguanylate cyclase  79.32 
 
 		 498 aa  775    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0832  diguanylate cyclase  92.14 
 
 		 496 aa  898    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1125  GGDEF  55.9 
 
 		 509 aa  520  1e-146  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.394023  normal  0.376452 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1305  GGDEF domain protein  53.42 
 
 		 502 aa  498  1e-139  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.620212  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4666  diguanylate cyclase  53.07 
 
 		 501 aa  478  1e-134  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0421428  normal  0.479047 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0985  diguanylate cyclase  43.93 
 
 		 508 aa  386  1e-106  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1901  diguanylate cyclase  42.06 
 
 		 492 aa  358  9.999999999999999e-98  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1924  diguanylate cyclase  41.86 
 
 		 492 aa  358  9.999999999999999e-98  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.268801  normal  0.495061 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6178  diguanylate cyclase  42.06 
 
 		 492 aa  358  9.999999999999999e-98  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.837587  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0028  diguanylate cyclase  42.14 
 
 		 527 aa  354  2e-96  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.789293 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4565  diguanylate cyclase  42.57 
 
 		 521 aa  346  5e-94  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.267028  normal  0.0465187 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0410  diguanylate cyclase  40.2 
 
 		 516 aa  344  2e-93  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS04801  hypothetical protein  40.76 
 
 		 505 aa  344  2e-93  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0299872 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5189  diguanylate cyclase  42.34 
 
 		 521 aa  343  5.999999999999999e-93  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5670  diguanylate cyclase  42.34 
 
 		 521 aa  343  5.999999999999999e-93  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0236259 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1025  diguanylate cyclase  40.57 
 
 		 492 aa  340  5e-92  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1021  diguanylate cyclase  40.57 
 
 		 492 aa  339  5e-92  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0128107  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4944  diguanylate cyclase  40.92 
 
 		 520 aa  339  8e-92  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0582678 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3188  diguanylate cyclase  40.81 
 
 		 529 aa  338  9.999999999999999e-92  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.210299 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1598  diguanylate cyclase  39.05 
 
 		 492 aa  338  1.9999999999999998e-91  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0273825  normal  0.888834 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5496  diguanylate cyclase  40.47 
 
 		 520 aa  337  2.9999999999999997e-91  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.414779  hitchhiker  0.000876281 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4297  diguanylate cyclase  40.46 
 
 		 522 aa  335  7.999999999999999e-91  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0491288  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4045  diguanylate cyclase  41.16 
 
 		 492 aa  333  4e-90  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0518  diguanylate cyclase  41.18 
 
 		 506 aa  330  3e-89  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2420  diguanylate cyclase  40.64 
 
 		 532 aa  329  6e-89  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.499921  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4694  diguanylate cyclase  40.99 
 
 		 492 aa  329  9e-89  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0175  diguanylate cyclase  40.68 
 
 		 516 aa  328  1.0000000000000001e-88  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6347  diguanylate cyclase  38.84 
 
 		 507 aa  327  2.0000000000000001e-88  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.197089 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3991  diguanylate cyclase  39.12 
 
 		 505 aa  328  2.0000000000000001e-88  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.613369 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4503  diguanylate cyclase  40.96 
 
 		 492 aa  327  2.0000000000000001e-88  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4104  diguanylate cyclase  39.12 
 
 		 505 aa  328  2.0000000000000001e-88  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.340706 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2597  diguanylate cyclase  42.83 
 
 		 506 aa  323  5e-87  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.938839 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2492  diguanylate cyclase  39.11 
 
 		 474 aa  322  9.999999999999999e-87  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.379327 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2715  diguanylate cyclase  38.9 
 
 		 508 aa  319  7e-86  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.271597  normal  0.533444 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5454  diguanylate cyclase  40 
 
 		 510 aa  317  3e-85  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.488047  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3714  diguanylate cyclase  40.91 
 
 		 510 aa  314  1.9999999999999998e-84  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.28391  normal  0.0412955 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4649  diguanylate cyclase  40.91 
 
 		 510 aa  314  1.9999999999999998e-84  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3807  diguanylate cyclase  40.91 
 
 		 510 aa  314  1.9999999999999998e-84  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.417307 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2397  diguanylate cyclase  41.11 
 
 		 510 aa  313  2.9999999999999996e-84  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1243  diguanylate cyclase  40.17 
 
 		 510 aa  308  1.0000000000000001e-82  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.624606  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3598  diguanylate cyclase  40.21 
 
 		 510 aa  307  3e-82  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5084  diguanylate cyclase  37.08 
 
 		 503 aa  301  3e-80  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.494089  normal  0.0445442 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4536  diguanylate cyclase  36.59 
 
 		 503 aa  300  3e-80  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.221207  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5012  diguanylate cyclase  39.59 
 
 		 510 aa  291  2e-77  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6958  diguanylate cyclase  38.56 
 
 		 502 aa  290  3e-77  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0638  diguanylate cyclase  35.98 
 
 		 524 aa  290  3e-77  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0484455 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0868  GGDEF domain-containing protein  37.05 
 
 		 494 aa  291  3e-77  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.796056  normal  0.69001 
 
 
-
 
NC_003296  RS00826  putative transmembrane protein  39.33 
 
 		 488 aa  288  2e-76  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.61367  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0546  diguanylate cyclase  37.06 
 
 		 499 aa  286  7e-76  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1077  GGDEF domain-containing protein  36.81 
 
 		 528 aa  285  1.0000000000000001e-75  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.918636  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2678  diguanylate cyclase  36.81 
 
 		 487 aa  285  1.0000000000000001e-75  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0115  diguanylate cyclase  36.81 
 
 		 487 aa  284  2.0000000000000002e-75  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.418458  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0097  GGDEF domain-containing protein  36.81 
 
 		 487 aa  284  2.0000000000000002e-75  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1535  diguanylate cyclase  36.81 
 
 		 487 aa  284  2.0000000000000002e-75  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1257  diguanylate cyclase  36.81 
 
 		 487 aa  284  2.0000000000000002e-75  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0766  diguanylate cyclase  35.37 
 
 		 501 aa  283  4.0000000000000003e-75  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2825  GGDEF domain-containing protein  36.55 
 
 		 487 aa  281  2e-74  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.819973  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0401  GGDEF domain-containing protein  37.61 
 
 		 507 aa  279  7e-74  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0984  GGDEF domain-containing protein  34.66 
 
 		 489 aa  277  3e-73  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.184695  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0250  GGDEF domain-containing protein  34.66 
 
 		 489 aa  277  3e-73  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.164767  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0315  GGDEF domain-containing protein  34.66 
 
 		 484 aa  277  3e-73  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.237701  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1346  GGDEF domain-containing protein  34.66 
 
 		 499 aa  277  4e-73  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0669442  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0390  GGDEF domain-containing protein  34.66 
 
 		 499 aa  277  4e-73  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.817676  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1755  diguanylate cyclase  34.66 
 
 		 499 aa  277  4e-73  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5179  diguanylate cyclase  36.16 
 
 		 504 aa  276  4e-73  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.466605 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0533  diguanylate cyclase  39.08 
 
 		 480 aa  276  7e-73  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1840  putative transmembrane transcriptional sensor regulator  34.45 
 
 		 506 aa  275  1.0000000000000001e-72  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0399375  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS00828  putative transmembrane protein  37.83 
 
 		 512 aa  272  1e-71  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.33694  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0954  diguanylate cyclase  34.89 
 
 		 502 aa  267  2.9999999999999995e-70  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0641916  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6264  diguanylate cyclase  36.91 
 
 		 502 aa  265  1e-69  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.291677  normal  0.150603 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6431  diguanylate cyclase  36.91 
 
 		 502 aa  265  2e-69  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6666  diguanylate cyclase  36.91 
 
 		 502 aa  265  2e-69  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1122  GGDEF domain-containing protein  33.61 
 
 		 506 aa  263  4.999999999999999e-69  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.014859  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1127  GGDEF domain-containing protein  35.27 
 
 		 572 aa  256  8e-67  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.00567617  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5514  diguanylate cyclase  34.48 
 
 		 493 aa  256  9e-67  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.333875  normal  0.197216 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6048  diguanylate cyclase  35.73 
 
 		 506 aa  253  5.000000000000001e-66  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.423069 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02019  Putative signal protein with GGDEF domain  35.67 
 
 		 494 aa  252  1e-65  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2295  diguanylate cyclase  35.47 
 
 		 503 aa  251  2e-65  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6345  diguanylate cyclase  35.7 
 
 		 506 aa  250  3e-65  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.155718  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4491  diguanylate cyclase  38.8 
 
 		 531 aa  249  8e-65  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3174  diguanylate cyclase  36.32 
 
 		 530 aa  236  5.0000000000000005e-61  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.258431  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3328  GGDEF  33.68 
 
 		 548 aa  224  2e-57  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00921167 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3172  diguanylate cyclase  37.13 
 
 		 518 aa  219  7e-56  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.211888 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5691  diguanylate cyclase  33.6 
 
 		 512 aa  216  5.9999999999999996e-55  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4321  diguanylate cyclase  33.4 
 
 		 534 aa  216  7e-55  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3800  diguanylate cyclase  32.99 
 
 		 553 aa  214  2.9999999999999995e-54  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.223141 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3068  diguanylate cyclase  33.56 
 
 		 516 aa  213  4.9999999999999996e-54  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.608977 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2297  diguanylate cyclase  31.08 
 
 		 533 aa  201  3e-50  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.777078  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2281  GGDEF  35.45 
 
 		 555 aa  199  1.0000000000000001e-49  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.000303682  normal  0.0271008 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2667  diguanylate cyclase  33.93 
 
 		 522 aa  196  1e-48  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.548675  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2519  diguanylate cyclase  34.7 
 
 		 522 aa  194  3e-48  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.926429  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3242  GGDEF domain-containing protein  34.81 
 
 		 522 aa  187  5e-46  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.564089  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2591  GGDEF domain protein  33.78 
 
 		 528 aa  182  8.000000000000001e-45  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.200767  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1348  diguanylate cyclase  29.8 
 
 		 515 aa  179  1e-43  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2930  diguanylate cyclase  30.69 
 
 		 515 aa  178  2e-43  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.827018  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1328  diguanylate cyclase  46.74 
 
 		 648 aa  168  2e-40  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1149  diguanylate cyclase  29.21 
 
 		 495 aa  165  2.0000000000000002e-39  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2785  diguanylate cyclase  30 
 
 		 519 aa  164  3e-39  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>