More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_3242 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_3242  GGDEF domain-containing protein  100 
 
 		 522 aa  1047    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.564089  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2519  diguanylate cyclase  96.36 
 
 		 522 aa  980    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.926429  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2667  diguanylate cyclase  79.69 
 
 		 522 aa  820    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.548675  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2297  diguanylate cyclase  62.15 
 
 		 533 aa  638    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.777078  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3068  diguanylate cyclase  41.92 
 
 		 516 aa  396  1e-109  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.608977 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5691  diguanylate cyclase  41.45 
 
 		 512 aa  379  1e-104  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3800  diguanylate cyclase  40.61 
 
 		 553 aa  379  1e-104  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.223141 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3328  GGDEF  39.71 
 
 		 548 aa  376  1e-103  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00921167 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2930  diguanylate cyclase  39.31 
 
 		 515 aa  367  1e-100  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.827018  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1348  diguanylate cyclase  37.92 
 
 		 515 aa  356  5.999999999999999e-97  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2295  diguanylate cyclase  38 
 
 		 503 aa  338  1.9999999999999998e-91  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2281  GGDEF  35.05 
 
 		 555 aa  303  6.000000000000001e-81  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.000303682  normal  0.0271008 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4491  diguanylate cyclase  38.48 
 
 		 531 aa  302  8.000000000000001e-81  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3172  diguanylate cyclase  37.65 
 
 		 518 aa  298  2e-79  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.211888 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02019  Putative signal protein with GGDEF domain  36.33 
 
 		 494 aa  295  1e-78  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2591  GGDEF domain protein  34 
 
 		 528 aa  288  2e-76  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.200767  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0175  diguanylate cyclase  36.02 
 
 		 516 aa  269  1e-70  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2785  diguanylate cyclase  32.86 
 
 		 519 aa  264  3e-69  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4321  diguanylate cyclase  35.05 
 
 		 534 aa  264  3e-69  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3991  diguanylate cyclase  39.03 
 
 		 505 aa  257  3e-67  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.613369 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4104  diguanylate cyclase  39.03 
 
 		 505 aa  257  3e-67  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.340706 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0518  diguanylate cyclase  34.98 
 
 		 506 aa  256  1.0000000000000001e-66  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5084  diguanylate cyclase  33.47 
 
 		 503 aa  255  2.0000000000000002e-66  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.494089  normal  0.0445442 
 
 
-
 
NC_003296  RS04801  hypothetical protein  38.93 
 
 		 505 aa  253  5.000000000000001e-66  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0299872 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5454  diguanylate cyclase  38.88 
 
 		 510 aa  253  8.000000000000001e-66  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.488047  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3807  diguanylate cyclase  38.13 
 
 		 510 aa  250  5e-65  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.417307 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2397  diguanylate cyclase  37.84 
 
 		 510 aa  249  6e-65  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3714  diguanylate cyclase  37.89 
 
 		 510 aa  249  7e-65  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.28391  normal  0.0412955 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4649  diguanylate cyclase  37.89 
 
 		 510 aa  249  7e-65  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3598  diguanylate cyclase  38.88 
 
 		 510 aa  249  8e-65  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0401  GGDEF domain-containing protein  39.42 
 
 		 507 aa  247  3e-64  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0410  diguanylate cyclase  32.71 
 
 		 516 aa  247  4.9999999999999997e-64  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1021  diguanylate cyclase  36.55 
 
 		 492 aa  244  1.9999999999999999e-63  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0128107  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1025  diguanylate cyclase  36.55 
 
 		 492 aa  244  3e-63  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2678  diguanylate cyclase  34.59 
 
 		 487 aa  243  7e-63  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0115  diguanylate cyclase  34.81 
 
 		 487 aa  243  7e-63  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.418458  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0097  GGDEF domain-containing protein  34.81 
 
 		 487 aa  243  7e-63  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1257  diguanylate cyclase  34.81 
 
 		 487 aa  243  7e-63  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2492  diguanylate cyclase  38.4 
 
 		 474 aa  243  7e-63  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.379327 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1535  diguanylate cyclase  34.81 
 
 		 487 aa  243  7e-63  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2597  diguanylate cyclase  34.91 
 
 		 506 aa  243  9e-63  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.938839 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1077  GGDEF domain-containing protein  34.81 
 
 		 528 aa  242  1e-62  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.918636  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1221  diguanylate cyclase  30.91 
 
 		 519 aa  241  2e-62  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2825  GGDEF domain-containing protein  34.67 
 
 		 487 aa  240  4e-62  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.819973  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2715  diguanylate cyclase  34.51 
 
 		 508 aa  240  5e-62  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.271597  normal  0.533444 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1598  diguanylate cyclase  35.46 
 
 		 492 aa  240  5e-62  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0273825  normal  0.888834 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6347  diguanylate cyclase  38.36 
 
 		 507 aa  240  5.999999999999999e-62  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.197089 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5189  diguanylate cyclase  33.48 
 
 		 521 aa  240  5.999999999999999e-62  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5670  diguanylate cyclase  33.48 
 
 		 521 aa  240  5.999999999999999e-62  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0236259 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5012  diguanylate cyclase  35.67 
 
 		 510 aa  239  6.999999999999999e-62  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4565  diguanylate cyclase  33.26 
 
 		 521 aa  239  6.999999999999999e-62  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.267028  normal  0.0465187 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5496  diguanylate cyclase  36.57 
 
 		 520 aa  238  2e-61  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.414779  hitchhiker  0.000876281 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4944  diguanylate cyclase  35.34 
 
 		 520 aa  238  2e-61  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0582678 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1924  diguanylate cyclase  36.73 
 
 		 492 aa  237  3e-61  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.268801  normal  0.495061 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2420  diguanylate cyclase  34.45 
 
 		 532 aa  238  3e-61  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.499921  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0028  diguanylate cyclase  35.54 
 
 		 527 aa  237  4e-61  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.789293 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1901  diguanylate cyclase  36.22 
 
 		 492 aa  236  8e-61  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6178  diguanylate cyclase  36.22 
 
 		 492 aa  236  8e-61  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.837587  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4297  diguanylate cyclase  37.72 
 
 		 522 aa  233  4.0000000000000004e-60  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0491288  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3188  diguanylate cyclase  35.31 
 
 		 529 aa  233  6e-60  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.210299 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1243  diguanylate cyclase  33.13 
 
 		 510 aa  232  1e-59  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.624606  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0985  diguanylate cyclase  33.95 
 
 		 508 aa  223  4.9999999999999996e-57  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6958  diguanylate cyclase  33.41 
 
 		 502 aa  223  4.9999999999999996e-57  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4666  diguanylate cyclase  35.81 
 
 		 501 aa  219  1e-55  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0421428  normal  0.479047 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4045  diguanylate cyclase  37.66 
 
 		 492 aa  219  1e-55  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0766  diguanylate cyclase  30.61 
 
 		 501 aa  218  2e-55  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4503  diguanylate cyclase  37.14 
 
 		 492 aa  216  7e-55  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4694  diguanylate cyclase  35.8 
 
 		 492 aa  216  8e-55  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0868  GGDEF domain-containing protein  31.85 
 
 		 494 aa  216  9.999999999999999e-55  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.796056  normal  0.69001 
 
 
-
 
NC_003296  RS00826  putative transmembrane protein  34.86 
 
 		 488 aa  215  1.9999999999999998e-54  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.61367  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS00828  putative transmembrane protein  37.31 
 
 		 512 aa  214  3.9999999999999995e-54  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.33694  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1125  GGDEF  32.28 
 
 		 509 aa  209  7e-53  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.394023  normal  0.376452 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1840  putative transmembrane transcriptional sensor regulator  36.73 
 
 		 506 aa  207  3e-52  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0399375  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0315  GGDEF domain-containing protein  36.46 
 
 		 484 aa  206  8e-52  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.237701  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0984  GGDEF domain-containing protein  36.46 
 
 		 489 aa  206  9e-52  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.184695  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0250  GGDEF domain-containing protein  36.46 
 
 		 489 aa  206  9e-52  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.164767  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1755  diguanylate cyclase  36.46 
 
 		 499 aa  206  1e-51  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0390  GGDEF domain-containing protein  36.46 
 
 		 499 aa  206  1e-51  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.817676  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1346  GGDEF domain-containing protein  36.46 
 
 		 499 aa  206  1e-51  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0669442  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4395  diguanylate cyclase  36.79 
 
 		 498 aa  204  2e-51  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5179  diguanylate cyclase  30.92 
 
 		 504 aa  204  3e-51  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.466605 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1122  GGDEF domain-containing protein  32.87 
 
 		 506 aa  203  5e-51  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.014859  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0638  diguanylate cyclase  34.86 
 
 		 524 aa  201  1.9999999999999998e-50  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0484455 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1305  GGDEF domain protein  31.14 
 
 		 502 aa  197  4.0000000000000005e-49  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.620212  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4536  diguanylate cyclase  29.59 
 
 		 503 aa  197  4.0000000000000005e-49  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.221207  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0832  diguanylate cyclase  34.7 
 
 		 496 aa  196  9e-49  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0533  diguanylate cyclase  31.6 
 
 		 480 aa  194  2e-48  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0954  diguanylate cyclase  31.97 
 
 		 502 aa  194  4e-48  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0641916  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3174  diguanylate cyclase  37.54 
 
 		 530 aa  194  4e-48  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.258431  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0821  diguanylate cyclase  34.29 
 
 		 496 aa  193  7e-48  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.605291  normal  0.227561 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0798  GGDEF domain-containing protein  34.29 
 
 		 496 aa  191  2e-47  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.412232  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0546  diguanylate cyclase  30.56 
 
 		 499 aa  191  2.9999999999999997e-47  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1127  GGDEF domain-containing protein  31.09 
 
 		 572 aa  185  2.0000000000000003e-45  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.00567617  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6345  diguanylate cyclase  33.6 
 
 		 506 aa  183  6e-45  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.155718  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6048  diguanylate cyclase  33.6 
 
 		 506 aa  182  1e-44  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.423069 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5514  diguanylate cyclase  32.98 
 
 		 493 aa  181  2.9999999999999997e-44  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.333875  normal  0.197216 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6431  diguanylate cyclase  32.8 
 
 		 502 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6666  diguanylate cyclase  32.8 
 
 		 502 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6264  diguanylate cyclase  32.8 
 
 		 502 aa  174  2.9999999999999996e-42  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.291677  normal  0.150603 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4814  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  46.86 
 
 		 628 aa  162  1e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.230957  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>