More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_4321 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_4321  diguanylate cyclase  100 
 
 		 534 aa  1079    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5691  diguanylate cyclase  44.11 
 
 		 512 aa  385  1e-105  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2295  diguanylate cyclase  42.56 
 
 		 503 aa  349  6e-95  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3068  diguanylate cyclase  36.29 
 
 		 516 aa  331  2e-89  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.608977 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4491  diguanylate cyclase  41.39 
 
 		 531 aa  327  4.0000000000000003e-88  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3172  diguanylate cyclase  39.8 
 
 		 518 aa  322  8e-87  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.211888 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2281  GGDEF  38.13 
 
 		 555 aa  315  9.999999999999999e-85  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.000303682  normal  0.0271008 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2591  GGDEF domain protein  37.68 
 
 		 528 aa  307  3e-82  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.200767  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2297  diguanylate cyclase  34.71 
 
 		 533 aa  304  3.0000000000000004e-81  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.777078  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2930  diguanylate cyclase  34.96 
 
 		 515 aa  301  1e-80  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.827018  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02019  Putative signal protein with GGDEF domain  38.72 
 
 		 494 aa  301  3e-80  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3800  diguanylate cyclase  35.86 
 
 		 553 aa  300  4e-80  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.223141 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1348  diguanylate cyclase  33.4 
 
 		 515 aa  296  7e-79  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3328  GGDEF  34.78 
 
 		 548 aa  285  1.0000000000000001e-75  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00921167 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2667  diguanylate cyclase  34.43 
 
 		 522 aa  266  5e-70  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.548675  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2519  diguanylate cyclase  34.85 
 
 		 522 aa  265  1e-69  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.926429  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1924  diguanylate cyclase  32.3 
 
 		 492 aa  265  2e-69  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.268801  normal  0.495061 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2397  diguanylate cyclase  37.1 
 
 		 510 aa  263  4.999999999999999e-69  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1901  diguanylate cyclase  32.09 
 
 		 492 aa  262  1e-68  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6178  diguanylate cyclase  32.09 
 
 		 492 aa  262  1e-68  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.837587  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3242  GGDEF domain-containing protein  35.05 
 
 		 522 aa  261  2e-68  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.564089  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2715  diguanylate cyclase  34.44 
 
 		 508 aa  259  6e-68  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.271597  normal  0.533444 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1021  diguanylate cyclase  32.86 
 
 		 492 aa  259  7e-68  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0128107  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1025  diguanylate cyclase  33.2 
 
 		 492 aa  258  2e-67  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4045  diguanylate cyclase  33.27 
 
 		 492 aa  257  4e-67  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2492  diguanylate cyclase  34.42 
 
 		 474 aa  257  4e-67  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.379327 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3807  diguanylate cyclase  35.82 
 
 		 510 aa  256  5e-67  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.417307 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3714  diguanylate cyclase  35.82 
 
 		 510 aa  256  6e-67  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.28391  normal  0.0412955 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4649  diguanylate cyclase  35.82 
 
 		 510 aa  256  6e-67  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1598  diguanylate cyclase  32.26 
 
 		 492 aa  253  5.000000000000001e-66  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0273825  normal  0.888834 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4503  diguanylate cyclase  32.39 
 
 		 492 aa  253  6e-66  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5084  diguanylate cyclase  33.33 
 
 		 503 aa  252  1e-65  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.494089  normal  0.0445442 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5454  diguanylate cyclase  35.63 
 
 		 510 aa  251  2e-65  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.488047  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4694  diguanylate cyclase  33.26 
 
 		 492 aa  248  2e-64  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2420  diguanylate cyclase  34.25 
 
 		 532 aa  246  9e-64  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.499921  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0028  diguanylate cyclase  35.51 
 
 		 527 aa  244  3e-63  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.789293 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5012  diguanylate cyclase  36 
 
 		 510 aa  243  7e-63  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3598  diguanylate cyclase  35.63 
 
 		 510 aa  242  1e-62  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0175  diguanylate cyclase  36.08 
 
 		 516 aa  241  2e-62  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS04801  hypothetical protein  37.35 
 
 		 505 aa  241  2.9999999999999997e-62  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0299872 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0410  diguanylate cyclase  33.33 
 
 		 516 aa  239  5.999999999999999e-62  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5496  diguanylate cyclase  35.35 
 
 		 520 aa  239  8e-62  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.414779  hitchhiker  0.000876281 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3188  diguanylate cyclase  35.59 
 
 		 529 aa  238  2e-61  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.210299 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4944  diguanylate cyclase  35.35 
 
 		 520 aa  238  2e-61  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0582678 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5670  diguanylate cyclase  35.18 
 
 		 521 aa  236  1.0000000000000001e-60  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0236259 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5189  diguanylate cyclase  35.18 
 
 		 521 aa  236  1.0000000000000001e-60  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4297  diguanylate cyclase  32.92 
 
 		 522 aa  234  3e-60  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0491288  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0985  diguanylate cyclase  35.05 
 
 		 508 aa  231  2e-59  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4565  diguanylate cyclase  35.82 
 
 		 521 aa  232  2e-59  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.267028  normal  0.0465187 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2825  GGDEF domain-containing protein  33.33 
 
 		 487 aa  231  4e-59  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.819973  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2597  diguanylate cyclase  34.02 
 
 		 506 aa  230  6e-59  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.938839 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1077  GGDEF domain-containing protein  32.38 
 
 		 528 aa  229  8e-59  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.918636  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0097  GGDEF domain-containing protein  33.13 
 
 		 487 aa  229  1e-58  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0518  diguanylate cyclase  32.21 
 
 		 506 aa  229  1e-58  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1535  diguanylate cyclase  33.13 
 
 		 487 aa  229  1e-58  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2678  diguanylate cyclase  33.13 
 
 		 487 aa  229  1e-58  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1257  diguanylate cyclase  33.13 
 
 		 487 aa  229  1e-58  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0115  diguanylate cyclase  33.13 
 
 		 487 aa  229  1e-58  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.418458  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4104  diguanylate cyclase  34.78 
 
 		 505 aa  228  3e-58  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.340706 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0401  GGDEF domain-containing protein  35.92 
 
 		 507 aa  228  3e-58  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3991  diguanylate cyclase  34.78 
 
 		 505 aa  228  3e-58  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.613369 
 
 
-
 
NC_003296  RS00826  putative transmembrane protein  35.48 
 
 		 488 aa  226  1e-57  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.61367  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS00828  putative transmembrane protein  36.03 
 
 		 512 aa  225  1e-57  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.33694  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3174  diguanylate cyclase  34.88 
 
 		 530 aa  226  1e-57  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.258431  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6347  diguanylate cyclase  31.43 
 
 		 507 aa  225  2e-57  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.197089 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1840  putative transmembrane transcriptional sensor regulator  32.15 
 
 		 506 aa  223  6e-57  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0399375  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1346  GGDEF domain-containing protein  32.15 
 
 		 499 aa  223  8e-57  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0669442  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1755  diguanylate cyclase  32.15 
 
 		 499 aa  223  8e-57  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0390  GGDEF domain-containing protein  32.15 
 
 		 499 aa  223  8e-57  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.817676  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0984  GGDEF domain-containing protein  33.13 
 
 		 489 aa  222  9.999999999999999e-57  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.184695  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0250  GGDEF domain-containing protein  33.13 
 
 		 489 aa  222  9.999999999999999e-57  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.164767  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0315  GGDEF domain-containing protein  33.13 
 
 		 484 aa  222  1.9999999999999999e-56  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.237701  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1243  diguanylate cyclase  33.77 
 
 		 510 aa  221  3e-56  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.624606  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1122  GGDEF domain-containing protein  31.95 
 
 		 506 aa  218  2.9999999999999998e-55  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.014859  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0821  diguanylate cyclase  33.4 
 
 		 496 aa  216  5.9999999999999996e-55  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.605291  normal  0.227561 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0798  GGDEF domain-containing protein  34.02 
 
 		 496 aa  215  1.9999999999999998e-54  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.412232  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0832  diguanylate cyclase  34.15 
 
 		 496 aa  214  3.9999999999999995e-54  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0638  diguanylate cyclase  35.92 
 
 		 524 aa  213  9e-54  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0484455 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1305  GGDEF domain protein  33.47 
 
 		 502 aa  211  2e-53  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.620212  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1125  GGDEF  31.8 
 
 		 509 aa  211  3e-53  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.394023  normal  0.376452 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5179  diguanylate cyclase  32.18 
 
 		 504 aa  210  5e-53  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.466605 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4395  diguanylate cyclase  32.17 
 
 		 498 aa  210  6e-53  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4536  diguanylate cyclase  31.15 
 
 		 503 aa  207  4e-52  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.221207  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2785  diguanylate cyclase  29.9 
 
 		 519 aa  205  2e-51  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0546  diguanylate cyclase  31.01 
 
 		 499 aa  198  2.0000000000000003e-49  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5514  diguanylate cyclase  32.57 
 
 		 493 aa  196  8.000000000000001e-49  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.333875  normal  0.197216 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1471  diguanylate cyclase  54.02 
 
 		 339 aa  195  2e-48  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.435801  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0766  diguanylate cyclase  31.15 
 
 		 501 aa  194  3e-48  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0533  diguanylate cyclase  32.12 
 
 		 480 aa  194  3e-48  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0868  GGDEF domain-containing protein  31.05 
 
 		 494 aa  193  7e-48  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.796056  normal  0.69001 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4666  diguanylate cyclase  28.95 
 
 		 501 aa  193  8e-48  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0421428  normal  0.479047 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6958  diguanylate cyclase  31.25 
 
 		 502 aa  193  8e-48  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1221  diguanylate cyclase  29.23 
 
 		 519 aa  187  4e-46  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1127  GGDEF domain-containing protein  31.6 
 
 		 572 aa  184  4.0000000000000006e-45  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.00567617  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6264  diguanylate cyclase  31.85 
 
 		 502 aa  184  4.0000000000000006e-45  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.291677  normal  0.150603 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0954  diguanylate cyclase  31.03 
 
 		 502 aa  182  1e-44  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0641916  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6666  diguanylate cyclase  32 
 
 		 502 aa  181  2e-44  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6431  diguanylate cyclase  32 
 
 		 502 aa  181  2e-44  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6345  diguanylate cyclase  29.75 
 
 		 506 aa  179  8e-44  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.155718  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6048  diguanylate cyclase  29.52 
 
 		 506 aa  177  4e-43  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.423069 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>