More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PSPTO_1305 on replicon NC_004578
Organism: Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004578  PSPTO_1305  GGDEF domain protein  100 
 
 		 502 aa  1025    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.620212  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1125  GGDEF  84.43 
 
 		 509 aa  853    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.394023  normal  0.376452 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4395  diguanylate cyclase  51.83 
 
 		 498 aa  496  1e-139  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0798  GGDEF domain-containing protein  53.83 
 
 		 496 aa  491  1e-137  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.412232  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4666  diguanylate cyclase  53.39 
 
 		 501 aa  491  1e-137  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0421428  normal  0.479047 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0821  diguanylate cyclase  53.42 
 
 		 496 aa  488  1e-136  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.605291  normal  0.227561 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0832  diguanylate cyclase  53.32 
 
 		 496 aa  487  1e-136  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0985  diguanylate cyclase  44.98 
 
 		 508 aa  395  1e-109  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0028  diguanylate cyclase  44.47 
 
 		 527 aa  377  1e-103  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.789293 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1598  diguanylate cyclase  41.12 
 
 		 492 aa  372  1e-102  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0273825  normal  0.888834 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1025  diguanylate cyclase  41.79 
 
 		 492 aa  373  1e-102  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1021  diguanylate cyclase  41.79 
 
 		 492 aa  374  1e-102  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0128107  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5189  diguanylate cyclase  43.6 
 
 		 521 aa  370  1e-101  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5670  diguanylate cyclase  43.6 
 
 		 521 aa  370  1e-101  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0236259 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0410  diguanylate cyclase  42.07 
 
 		 516 aa  366  1e-100  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3188  diguanylate cyclase  43.72 
 
 		 529 aa  368  1e-100  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.210299 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1924  diguanylate cyclase  41.44 
 
 		 492 aa  365  1e-100  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.268801  normal  0.495061 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4565  diguanylate cyclase  43.6 
 
 		 521 aa  369  1e-100  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.267028  normal  0.0465187 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5496  diguanylate cyclase  43.29 
 
 		 520 aa  363  4e-99  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.414779  hitchhiker  0.000876281 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1901  diguanylate cyclase  41.44 
 
 		 492 aa  363  4e-99  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6178  diguanylate cyclase  41.44 
 
 		 492 aa  363  4e-99  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.837587  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4944  diguanylate cyclase  43.36 
 
 		 520 aa  363  5.0000000000000005e-99  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0582678 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4297  diguanylate cyclase  42.47 
 
 		 522 aa  360  2e-98  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0491288  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6347  diguanylate cyclase  40.33 
 
 		 507 aa  356  6.999999999999999e-97  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.197089 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4694  diguanylate cyclase  42.01 
 
 		 492 aa  353  2.9999999999999997e-96  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0175  diguanylate cyclase  41.88 
 
 		 516 aa  351  2e-95  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4503  diguanylate cyclase  40.75 
 
 		 492 aa  345  8.999999999999999e-94  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4104  diguanylate cyclase  41.51 
 
 		 505 aa  342  9e-93  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.340706 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3991  diguanylate cyclase  41.51 
 
 		 505 aa  342  9e-93  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.613369 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4045  diguanylate cyclase  40.12 
 
 		 492 aa  340  2e-92  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS04801  hypothetical protein  41.25 
 
 		 505 aa  337  1.9999999999999998e-91  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0299872 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2420  diguanylate cyclase  42 
 
 		 532 aa  335  1e-90  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.499921  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0518  diguanylate cyclase  40.29 
 
 		 506 aa  335  1e-90  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1243  diguanylate cyclase  40.62 
 
 		 510 aa  320  3e-86  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.624606  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2715  diguanylate cyclase  38.07 
 
 		 508 aa  318  2e-85  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.271597  normal  0.533444 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2492  diguanylate cyclase  38.36 
 
 		 474 aa  317  2e-85  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.379327 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0766  diguanylate cyclase  36.76 
 
 		 501 aa  310  2.9999999999999997e-83  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5454  diguanylate cyclase  39.55 
 
 		 510 aa  310  2.9999999999999997e-83  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.488047  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2397  diguanylate cyclase  38.34 
 
 		 510 aa  309  6.999999999999999e-83  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS00826  putative transmembrane protein  39.69 
 
 		 488 aa  307  3e-82  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.61367  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5084  diguanylate cyclase  38.25 
 
 		 503 aa  306  5.0000000000000004e-82  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.494089  normal  0.0445442 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3714  diguanylate cyclase  39 
 
 		 510 aa  304  2.0000000000000002e-81  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.28391  normal  0.0412955 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3807  diguanylate cyclase  39 
 
 		 510 aa  304  2.0000000000000002e-81  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.417307 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4649  diguanylate cyclase  39 
 
 		 510 aa  304  2.0000000000000002e-81  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2597  diguanylate cyclase  38.98 
 
 		 506 aa  303  6.000000000000001e-81  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.938839 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5012  diguanylate cyclase  40.46 
 
 		 510 aa  302  8.000000000000001e-81  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6958  diguanylate cyclase  38.81 
 
 		 502 aa  300  4e-80  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0401  GGDEF domain-containing protein  36.44 
 
 		 507 aa  299  6e-80  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1840  putative transmembrane transcriptional sensor regulator  36.98 
 
 		 506 aa  299  7e-80  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0399375  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3598  diguanylate cyclase  39.47 
 
 		 510 aa  298  1e-79  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0638  diguanylate cyclase  37.35 
 
 		 524 aa  298  1e-79  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0484455 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1346  GGDEF domain-containing protein  36.78 
 
 		 499 aa  297  3e-79  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0669442  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0984  GGDEF domain-containing protein  36.78 
 
 		 489 aa  297  3e-79  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.184695  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0315  GGDEF domain-containing protein  36.78 
 
 		 484 aa  297  3e-79  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.237701  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1755  diguanylate cyclase  36.78 
 
 		 499 aa  297  3e-79  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0390  GGDEF domain-containing protein  36.78 
 
 		 499 aa  297  3e-79  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.817676  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0250  GGDEF domain-containing protein  36.78 
 
 		 489 aa  297  3e-79  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.164767  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4536  diguanylate cyclase  37.04 
 
 		 503 aa  297  4e-79  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.221207  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5179  diguanylate cyclase  35.89 
 
 		 504 aa  296  6e-79  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.466605 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5514  diguanylate cyclase  36.38 
 
 		 493 aa  294  2e-78  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.333875  normal  0.197216 
 
 
-
 
NC_003296  RS00828  putative transmembrane protein  37.95 
 
 		 512 aa  293  4e-78  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.33694  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0546  diguanylate cyclase  36.88 
 
 		 499 aa  293  4e-78  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1122  GGDEF domain-containing protein  37.19 
 
 		 506 aa  293  7e-78  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.014859  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1077  GGDEF domain-containing protein  36.81 
 
 		 528 aa  292  1e-77  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.918636  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2825  GGDEF domain-containing protein  37.03 
 
 		 487 aa  292  1e-77  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.819973  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2678  diguanylate cyclase  36.82 
 
 		 487 aa  291  3e-77  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1535  diguanylate cyclase  36.82 
 
 		 487 aa  290  4e-77  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0097  GGDEF domain-containing protein  36.82 
 
 		 487 aa  290  4e-77  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1257  diguanylate cyclase  36.82 
 
 		 487 aa  290  4e-77  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0115  diguanylate cyclase  36.82 
 
 		 487 aa  290  4e-77  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.418458  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6431  diguanylate cyclase  37.71 
 
 		 502 aa  289  7e-77  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6666  diguanylate cyclase  37.71 
 
 		 502 aa  289  7e-77  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6264  diguanylate cyclase  37.71 
 
 		 502 aa  289  1e-76  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.291677  normal  0.150603 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0533  diguanylate cyclase  37.72 
 
 		 480 aa  286  5.999999999999999e-76  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0954  diguanylate cyclase  36.97 
 
 		 502 aa  285  2.0000000000000002e-75  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0641916  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0868  GGDEF domain-containing protein  35.65 
 
 		 494 aa  281  2e-74  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.796056  normal  0.69001 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1127  GGDEF domain-containing protein  36.33 
 
 		 572 aa  278  2e-73  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.00567617  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6345  diguanylate cyclase  36.85 
 
 		 506 aa  268  2e-70  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.155718  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6048  diguanylate cyclase  36.35 
 
 		 506 aa  268  2e-70  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.423069 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3174  diguanylate cyclase  37.03 
 
 		 530 aa  252  1e-65  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.258431  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2295  diguanylate cyclase  36.07 
 
 		 503 aa  236  7e-61  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3172  diguanylate cyclase  36.99 
 
 		 518 aa  229  1e-58  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.211888 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3800  diguanylate cyclase  33.76 
 
 		 553 aa  229  1e-58  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.223141 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4491  diguanylate cyclase  35.02 
 
 		 531 aa  228  3e-58  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5691  diguanylate cyclase  33.14 
 
 		 512 aa  226  7e-58  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3068  diguanylate cyclase  34 
 
 		 516 aa  224  3e-57  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.608977 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3328  GGDEF  35.28 
 
 		 548 aa  220  5e-56  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00921167 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02019  Putative signal protein with GGDEF domain  36.53 
 
 		 494 aa  213  5.999999999999999e-54  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4321  diguanylate cyclase  32.99 
 
 		 534 aa  209  7e-53  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2297  diguanylate cyclase  32.89 
 
 		 533 aa  202  9.999999999999999e-51  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.777078  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2281  GGDEF  32.59 
 
 		 555 aa  196  1e-48  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.000303682  normal  0.0271008 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1348  diguanylate cyclase  30.8 
 
 		 515 aa  194  3e-48  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2519  diguanylate cyclase  31.87 
 
 		 522 aa  190  4e-47  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.926429  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2591  GGDEF domain protein  31.41 
 
 		 528 aa  189  1e-46  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.200767  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1149  diguanylate cyclase  31.15 
 
 		 495 aa  188  2e-46  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2930  diguanylate cyclase  31.51 
 
 		 515 aa  188  2e-46  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.827018  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2667  diguanylate cyclase  30.9 
 
 		 522 aa  187  4e-46  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.548675  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3242  GGDEF domain-containing protein  31.14 
 
 		 522 aa  184  3e-45  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.564089  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1099  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  53.89 
 
 		 334 aa  166  8e-40  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4124  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  52.69 
 
 		 334 aa  164  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.113929  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>