More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_3264 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009439  Pmen_3264  diguanylate cyclase  100 
 
 		 375 aa  758    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4901  hypothetical protein  70.03 
 
 		 375 aa  483  1e-135  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.296494  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_56280  hypothetical protein  69.4 
 
 		 375 aa  476  1e-133  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4451  diguanylate cyclase  61.04 
 
 		 368 aa  421  1e-116  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_38420  GGDEF Response Regulator  56.65 
 
 		 381 aa  369  1e-101  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4119  diguanylate cyclase  36.22 
 
 		 382 aa  180  4e-44  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.898336 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2157  diguanylate cyclase  34.26 
 
 		 372 aa  180  4e-44  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00000200238  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0567  diguanylate cyclase  34.67 
 
 		 377 aa  175  9.999999999999999e-43  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2835  response regulator receiver domain-containing protein  31.82 
 
 		 346 aa  172  7.999999999999999e-42  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.157532  normal  0.231861 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3477  diguanylate cyclase  35.94 
 
 		 342 aa  167  4e-40  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.377939  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0698  diguanylate cyclase  35.06 
 
 		 388 aa  163  5.0000000000000005e-39  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.814063  hitchhiker  0.00133482 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0676  diguanylate cyclase  34.76 
 
 		 388 aa  159  6e-38  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1138  diguanylate cyclase  33.04 
 
 		 345 aa  156  5.0000000000000005e-37  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3903  diguanylate cyclase  32.95 
 
 		 370 aa  155  1e-36  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0522591 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1123  diguanylate cyclase  30.08 
 
 		 357 aa  151  2e-35  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0998424  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1500  diguanylate cyclase  31.65 
 
 		 357 aa  141  1.9999999999999998e-32  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0124  diguanylate cyclase  43.64 
 
 		 492 aa  139  1e-31  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00884448  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1914  GGDEF domain-containing protein  36.25 
 
 		 381 aa  138  1e-31  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.743896  normal  0.638845 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2567  diguanylate cyclase  45.2 
 
 		 397 aa  136  5e-31  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3550  diguanylate cyclase  43.2 
 
 		 381 aa  135  8e-31  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3621  GGDEF  44.31 
 
 		 413 aa  135  9.999999999999999e-31  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.0388472 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3010  diguanylate cyclase  34.23 
 
 		 382 aa  135  9.999999999999999e-31  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.359257 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2189  diguanylate cyclase with GAF sensor  43.45 
 
 		 415 aa  134  1.9999999999999998e-30  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3816  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  49.43 
 
 		 797 aa  135  1.9999999999999998e-30  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.250791  normal  0.392847 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2673  diguanylate cyclase  46.39 
 
 		 411 aa  134  3e-30  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.150858 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2021  diguanylate cyclase  47.02 
 
 		 381 aa  134  3e-30  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2588  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  46.24 
 
 		 710 aa  133  3.9999999999999996e-30  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0652312  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2333  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  47.85 
 
 		 578 aa  133  6e-30  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3384  diguanylate cyclase  38.75 
 
 		 563 aa  132  1.0000000000000001e-29  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.667908 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1695  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  45.68 
 
 		 594 aa  132  1.0000000000000001e-29  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.357203  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_3115  diguanylate cyclase  46.75 
 
 		 354 aa  131  2.0000000000000002e-29  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.276087 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2637  diguanylate cyclase with extracellular sensor  43.86 
 
 		 474 aa  131  2.0000000000000002e-29  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1060  diguanylate cyclase  37.66 
 
 		 378 aa  130  5.0000000000000004e-29  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0114541  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4369  sensor diguanylate cyclase  38.73 
 
 		 569 aa  129  6e-29  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.399197 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3525  diguanylate cyclase  40.78 
 
 		 227 aa  129  6e-29  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.395826  normal  0.08798 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2326  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  46.99 
 
 		 536 aa  130  6e-29  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0198  diguanylate cyclase  41.57 
 
 		 312 aa  129  6e-29  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2310  diguanylate cyclase  33.55 
 
 		 555 aa  129  1.0000000000000001e-28  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000248825 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1109  diguanylate cyclase  41.57 
 
 		 532 aa  127  2.0000000000000002e-28  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2825  PAS:GGDEF  44.51 
 
 		 548 aa  127  2.0000000000000002e-28  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.067576  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3168  diguanylate cyclase  43.68 
 
 		 362 aa  128  2.0000000000000002e-28  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2521  diguanylate cyclase  46.34 
 
 		 350 aa  128  2.0000000000000002e-28  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.848783 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0078  GGDEF domain-containing protein  37.88 
 
 		 565 aa  128  2.0000000000000002e-28  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1211  diguanylate cyclase  41.27 
 
 		 381 aa  127  2.0000000000000002e-28  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0995  diguanylate cyclase with GAF sensor  47.95 
 
 		 792 aa  128  2.0000000000000002e-28  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.37011  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_26970  hypothetical protein  46.51 
 
 		 525 aa  127  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1750  response regulator PleD  40.96 
 
 		 457 aa  127  3e-28  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.263569  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1677  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.54 
 
 		 512 aa  127  3e-28  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00717505  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2157  diguanylate cyclase  39.57 
 
 		 559 aa  127  3e-28  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.46132  hitchhiker  0.000000586134 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0290  diguanylate cyclase  46.99 
 
 		 409 aa  127  3e-28  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1387  cyclic nucleotide-binding protein  40.28 
 
 		 320 aa  127  3e-28  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000243824  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1851  diguanylate cyclase  38.32 
 
 		 620 aa  127  4.0000000000000003e-28  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4314  diguanylate cyclase  37.95 
 
 		 379 aa  127  4.0000000000000003e-28  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2709  GGDEF domain-containing protein  42.53 
 
 		 411 aa  127  4.0000000000000003e-28  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.887365  normal  0.569285 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1128  diguanylate cyclase  40.25 
 
 		 563 aa  127  4.0000000000000003e-28  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.716574  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0085  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.33 
 
 		 301 aa  127  4.0000000000000003e-28  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2432  hypothetical protein  40.48 
 
 		 551 aa  126  5e-28  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1450  diguanylate cyclase  45.24 
 
 		 1774 aa  126  5e-28  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2683  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.69 
 
 		 505 aa  126  6e-28  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3998  diguanylate cyclase  40.3 
 
 		 591 aa  126  7e-28  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1136  diguanylate cyclase  41.75 
 
 		 582 aa  125  9e-28  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1411  GGDEF domain-containing protein  45.73 
 
 		 493 aa  125  1e-27  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0895588  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2700  diguanylate cyclase  38.86 
 
 		 555 aa  125  1e-27  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0613  diguanylate cyclase  40 
 
 		 611 aa  125  1e-27  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3677  response regulator PleD  41.85 
 
 		 461 aa  125  1e-27  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  decreased coverage  0.00345303  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0260  diguanylate cyclase  42.77 
 
 		 611 aa  125  1e-27  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.832837  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1477  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  43.82 
 
 		 730 aa  125  1e-27  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0304  diguanylate cyclase  45.41 
 
 		 464 aa  125  1e-27  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1889  diguanylate cyclase  34.56 
 
 		 714 aa  125  1e-27  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.838759  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1197  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.77 
 
 		 457 aa  124  2e-27  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0057  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  45.18 
 
 		 550 aa  125  2e-27  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2531  diguanylate cyclase  39.06 
 
 		 347 aa  124  2e-27  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.204125  normal  0.837026 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2060  diguanylate cyclase  37.6 
 
 		 359 aa  124  2e-27  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2463  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.96 
 
 		 301 aa  125  2e-27  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0767  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.36 
 
 		 675 aa  124  2e-27  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000798179  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4311  diguanylate cyclase  45.73 
 
 		 493 aa  124  2e-27  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.245548  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3108  diguanylate cyclase  43.29 
 
 		 411 aa  124  3e-27  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0486  diguanylate cyclase  41.52 
 
 		 738 aa  124  3e-27  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1139  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40 
 
 		 308 aa  124  3e-27  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1425  diguanylate cyclase  30.2 
 
 		 381 aa  124  3e-27  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1169  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40 
 
 		 308 aa  124  3e-27  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0406  periplasmic sensor diguanylate cyclase (GGDEF)  37.6 
 
 		 347 aa  124  4e-27  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3973  hypothetical protein  37.62 
 
 		 355 aa  124  4e-27  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0517181  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3374  diguanylate cyclase  44.12 
 
 		 492 aa  123  4e-27  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1332  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.56 
 
 		 306 aa  124  4e-27  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0476  diguanylate cyclase  42.94 
 
 		 383 aa  123  4e-27  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3476  diguanylate cyclase  38.83 
 
 		 298 aa  123  5e-27  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00597173 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0069  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.02 
 
 		 314 aa  123  5e-27  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.840661 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0836  diguanylate cyclase  29.67 
 
 		 487 aa  123  5e-27  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.975884  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02325  GGDEF domain protein  34.03 
 
 		 949 aa  123  5e-27  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0691  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.47 
 
 		 686 aa  123  5e-27  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.343759  normal  0.118762 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1521  diguanylate cyclase  45 
 
 		 237 aa  123  5e-27  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.281404  normal  0.309888 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2325  diguanylate cyclase  34.56 
 
 		 350 aa  123  5e-27  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.74843  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2887  GGDEF domain-containing protein  42.59 
 
 		 424 aa  123  5e-27  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1387  diguanylate cyclase  38.46 
 
 		 336 aa  123  6e-27  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.617999  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1228  diguanylate cyclase  44.19 
 
 		 490 aa  123  6e-27  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3218  diguanylate cyclase  40.45 
 
 		 532 aa  123  7e-27  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2607  diguanylate cyclase  41.21 
 
 		 316 aa  123  7e-27  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.000143356  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1477  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.01 
 
 		 317 aa  123  7e-27  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1577  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  32.97 
 
 		 314 aa  122  8e-27  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>