More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sama_2887 on replicon NC_008700
Organism: Shewanella amazonensis SB2B



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008700  Sama_2887  GGDEF domain-containing protein  100 
 
 		 424 aa  863    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2394  GGDEF domain-containing protein  47.18 
 
 		 415 aa  378  1e-104  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.272098  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2297  sensor histidine kinase/GGDEF domain-containing protein  30.88 
 
 		 422 aa  167  5e-40  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0260  diguanylate cyclase  45.81 
 
 		 611 aa  154  2.9999999999999998e-36  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.832837  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2463  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  48.47 
 
 		 301 aa  149  6e-35  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2835  response regulator receiver domain-containing protein  40.96 
 
 		 346 aa  149  1.0000000000000001e-34  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.157532  normal  0.231861 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1119  diguanylate cyclase  44.23 
 
 		 325 aa  149  1.0000000000000001e-34  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.282481  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1091  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  45.12 
 
 		 424 aa  146  8.000000000000001e-34  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1715  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  43.83 
 
 		 791 aa  145  1e-33  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.680174 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1405  diguanylate cyclase  45.68 
 
 		 464 aa  145  2e-33  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0078  GGDEF domain-containing protein  42.31 
 
 		 565 aa  144  4e-33  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2758  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  45.73 
 
 		 698 aa  143  6e-33  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4585  diguanylate cyclase  44.09 
 
 		 281 aa  142  9.999999999999999e-33  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.704428  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3816  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.12 
 
 		 797 aa  142  1.9999999999999998e-32  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.250791  normal  0.392847 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0743  diguanylate cyclase  42.68 
 
 		 680 aa  140  3e-32  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.500154  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3316  diguanylate cyclase  42.24 
 
 		 307 aa  140  4.999999999999999e-32  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1174  GGDEF domain-containing protein  42.25 
 
 		 431 aa  140  4.999999999999999e-32  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0378  diguanylate cyclase  45.06 
 
 		 422 aa  140  6e-32  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000891935  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0381  hypothetical protein  33.81 
 
 		 323 aa  139  1e-31  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03790  sensory box GGDEF domain-containing protein  43.79 
 
 		 323 aa  139  1e-31  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.228486 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1908  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.03 
 
 		 519 aa  139  1e-31  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.11693  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2567  diguanylate cyclase  41.48 
 
 		 397 aa  139  1e-31  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0519  diguanylate cyclase  41.36 
 
 		 631 aa  139  1e-31  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.447681 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2333  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.17 
 
 		 578 aa  138  2e-31  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2156  diguanylate cyclase  40.35 
 
 		 470 aa  138  2e-31  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.117189 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3973  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.89 
 
 		 362 aa  137  2e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.415221  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4400  diguanylate cyclase  43.29 
 
 		 681 aa  137  3.0000000000000003e-31  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.118889  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2521  diguanylate cyclase  35.06 
 
 		 350 aa  137  3.0000000000000003e-31  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.848783 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1313  diguanylate cyclase  42.5 
 
 		 543 aa  137  3.0000000000000003e-31  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0058  diguanylate cyclase  38.43 
 
 		 565 aa  137  3.0000000000000003e-31  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.714624  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4666  diguanylate cyclase  42.59 
 
 		 407 aa  137  4e-31  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00608192  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1387  diguanylate cyclase  39.53 
 
 		 336 aa  137  4e-31  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.617999  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1149  diguanylate cyclase  45.06 
 
 		 495 aa  137  4e-31  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0330  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.35 
 
 		 531 aa  137  5e-31  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3210  GGDEF domain-containing protein  43.09 
 
 		 624 aa  137  5e-31  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0470  GGDEF  37.29 
 
 		 412 aa  136  7.000000000000001e-31  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.606028 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3800  diguanylate cyclase  41.36 
 
 		 621 aa  136  8e-31  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0266  GGDEF  44.72 
 
 		 690 aa  135  9e-31  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1751  diguanylate cyclase  43.98 
 
 		 389 aa  136  9e-31  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.000000000123921  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1851  diguanylate cyclase  41.42 
 
 		 620 aa  136  9e-31  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2041  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.2 
 
 		 317 aa  135  9.999999999999999e-31  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2067  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.2 
 
 		 317 aa  135  9.999999999999999e-31  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0645  diguanylate cyclase  40.88 
 
 		 659 aa  135  9.999999999999999e-31  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002693  putative GGDEF family protein  44.59 
 
 		 306 aa  135  9.999999999999999e-31  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4104  diguanylate cyclase  42.33 
 
 		 610 aa  135  9.999999999999999e-31  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.147884 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2999  diguanylate cyclase  36.11 
 
 		 548 aa  135  9.999999999999999e-31  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2375  diguanylate cyclase  42.17 
 
 		 764 aa  135  1.9999999999999998e-30  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3791  diguanylate cyclase  35.65 
 
 		 572 aa  134  1.9999999999999998e-30  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_26970  hypothetical protein  46.01 
 
 		 525 aa  135  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2287  diguanylate cyclase  42.17 
 
 		 764 aa  135  1.9999999999999998e-30  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1576  diguanylate cyclase  42.17 
 
 		 764 aa  134  1.9999999999999998e-30  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0392  diguanylate cyclase  38.89 
 
 		 319 aa  135  1.9999999999999998e-30  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0549299  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1471  diguanylate cyclase  40.22 
 
 		 339 aa  135  1.9999999999999998e-30  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.435801  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4052  diguanylate cyclase  26.43 
 
 		 416 aa  134  3.9999999999999996e-30  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.498255  normal  0.0995443 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3621  GGDEF  41.72 
 
 		 413 aa  134  3.9999999999999996e-30  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.0388472 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0995  diguanylate cyclase with GAF sensor  41.46 
 
 		 792 aa  134  3.9999999999999996e-30  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.37011  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2350  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  46.58 
 
 		 1000 aa  133  5e-30  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.521127 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0691  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.46 
 
 		 686 aa  133  5e-30  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.343759  normal  0.118762 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2588  response regulator receiver protein  33.74 
 
 		 568 aa  133  6e-30  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.649054  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1450  diguanylate cyclase  42.94 
 
 		 1774 aa  133  6e-30  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2920  sensor diguanylate cyclase  41.62 
 
 		 623 aa  133  6e-30  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1399  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.61 
 
 		 476 aa  133  6e-30  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2747  diguanylate cyclase  41.57 
 
 		 261 aa  133  6e-30  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.86983  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0413  diguanylate cyclase  41.32 
 
 		 373 aa  133  6e-30  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.191775  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0686  GGDEF/HAMP domain-containing protein  33.71 
 
 		 427 aa  133  6.999999999999999e-30  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2363  GGDEF domain-containing protein  40.12 
 
 		 311 aa  133  6.999999999999999e-30  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.282615  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2273  diguanylate cyclase  35.21 
 
 		 563 aa  133  6.999999999999999e-30  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2284  hypothetical protein  46.01 
 
 		 525 aa  133  6.999999999999999e-30  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0619167  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2195  diguanylate cyclase  41.36 
 
 		 496 aa  132  7.999999999999999e-30  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.741232  normal  0.445673 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2880  GGDEF  27.14 
 
 		 410 aa  132  9e-30  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.16195  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2600  diguanylate cyclase with beta propeller sensor  39.53 
 
 		 977 aa  132  1.0000000000000001e-29  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1433  diguanylate cyclase  41.57 
 
 		 387 aa  132  1.0000000000000001e-29  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.58748  normal  0.153521 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1583  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  43.11 
 
 		 444 aa  132  1.0000000000000001e-29  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.185074  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2518  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  46.34 
 
 		 751 aa  132  1.0000000000000001e-29  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00063624  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3168  diguanylate cyclase  34.55 
 
 		 362 aa  132  1.0000000000000001e-29  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4293  GGDEF domain-containing protein  41.52 
 
 		 334 aa  131  2.0000000000000002e-29  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0725016  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_72420  GGDEF domain-containing protein  43.59 
 
 		 671 aa  132  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0411466  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1109  diguanylate cyclase  42.11 
 
 		 532 aa  131  2.0000000000000002e-29  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0939  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.07 
 
 		 438 aa  132  2.0000000000000002e-29  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2700  diguanylate cyclase  40.85 
 
 		 417 aa  131  2.0000000000000002e-29  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0178  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.24 
 
 		 322 aa  131  3e-29  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.895619 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3752  diguanylate cyclase  42.2 
 
 		 436 aa  130  3e-29  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0115  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.91 
 
 		 304 aa  131  3e-29  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.113218  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1163  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.57 
 
 		 325 aa  130  3e-29  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.925084  normal  0.538197 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2588  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  44.72 
 
 		 710 aa  131  3e-29  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0652312  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0498  diguanylate cyclase  40.31 
 
 		 624 aa  131  3e-29  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1742  diguanylate cyclase  45.34 
 
 		 259 aa  130  3e-29  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0534167  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3566  diguanylate cyclase  43.11 
 
 		 460 aa  130  3e-29  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000340192  normal  0.133927 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0952  GGDEF domain-containing protein  42.6 
 
 		 430 aa  130  4.0000000000000003e-29  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3863  diguanylate cyclase  28.57 
 
 		 426 aa  130  4.0000000000000003e-29  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.0137114 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4207  GGDEF domain-containing protein  42.55 
 
 		 625 aa  130  4.0000000000000003e-29  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3391  diguanylate cyclase  45.18 
 
 		 360 aa  130  4.0000000000000003e-29  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.372073  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1477  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.12 
 
 		 317 aa  130  4.0000000000000003e-29  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1677  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.85 
 
 		 512 aa  130  5.0000000000000004e-29  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00717505  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0190  diguanylate cyclase  42.59 
 
 		 329 aa  130  5.0000000000000004e-29  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6286  GGDEF domain-containing protein  42.95 
 
 		 668 aa  130  5.0000000000000004e-29  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1537  diguanylate cyclase  38.95 
 
 		 381 aa  130  5.0000000000000004e-29  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2165  diguanylate cyclase  31.54 
 
 		 460 aa  130  5.0000000000000004e-29  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3733  diguanylate cyclase  41.49 
 
 		 625 aa  130  6e-29  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2442  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.88 
 
 		 316 aa  130  6e-29  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.103678  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>