More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BBta_4589 on replicon NC_009485
Organism: Bradyrhizobium sp. BTAi1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009485  BBta_4589  diguanylate cyclase  100 
 
 		 409 aa  812    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.365756  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3108  diguanylate cyclase  62.76 
 
 		 411 aa  501  1e-141  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2673  diguanylate cyclase  62.69 
 
 		 411 aa  495  1e-139  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.150858 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2709  GGDEF domain-containing protein  61.44 
 
 		 411 aa  489  1e-137  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.887365  normal  0.569285 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2698  diguanylate cyclase  62.47 
 
 		 410 aa  465  9.999999999999999e-131  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.110295  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5530  diguanylate cyclase  33.94 
 
 		 384 aa  179  7e-44  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0865314  normal  0.102631 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4164  diguanylate cyclase  35.09 
 
 		 384 aa  176  9.999999999999999e-43  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.562104  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_39460  guanylyl cyclase  37.06 
 
 		 415 aa  174  2.9999999999999996e-42  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2736  diguanylate cyclase  35.31 
 
 		 405 aa  169  6e-41  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.428022 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4429  diguanylate cyclase  36.03 
 
 		 384 aa  168  1e-40  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.901289 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2513  diguanylate cyclase  34.54 
 
 		 405 aa  163  5.0000000000000005e-39  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.0645209 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3374  diguanylate cyclase  50.54 
 
 		 492 aa  157  3e-37  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4428  diguanylate cyclase  36.84 
 
 		 383 aa  156  6e-37  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.924554 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2441  diguanylate cyclase  33.25 
 
 		 403 aa  154  2e-36  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.933088  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0130  diguanylate cyclase  47.75 
 
 		 392 aa  152  1e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.922006  normal  0.941747 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3621  GGDEF  31.98 
 
 		 413 aa  150  4e-35  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.0388472 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0131  diguanylate cyclase  46.07 
 
 		 392 aa  144  2e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2077  diguanylate cyclase  51.18 
 
 		 382 aa  145  2e-33  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.793636  normal  0.406002 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3316  diguanylate cyclase  35.89 
 
 		 307 aa  142  8e-33  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2313  response regulator  45.81 
 
 		 301 aa  140  3e-32  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.483613  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0309  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  50.61 
 
 		 827 aa  139  7e-32  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0510078  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0319  diguanylate cyclase  45.25 
 
 		 732 aa  139  7.999999999999999e-32  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3391  diguanylate cyclase  39.51 
 
 		 360 aa  139  7.999999999999999e-32  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.372073  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3387  diguanylate cyclase  32.5 
 
 		 385 aa  139  1e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.610096  normal  0.24043 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3092  diguanylate cyclase  40.58 
 
 		 389 aa  139  1e-31  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3752  diguanylate cyclase  45.14 
 
 		 436 aa  138  2e-31  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2350  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  47.93 
 
 		 1000 aa  138  2e-31  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.521127 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1477  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  46.54 
 
 		 317 aa  137  4e-31  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3686  diguanylate cyclase  46.07 
 
 		 385 aa  137  4e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.557727  normal  0.196909 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1477  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  46.11 
 
 		 730 aa  136  5e-31  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0694  diguanylate cyclase  46.47 
 
 		 536 aa  137  5e-31  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1719  diguanylate cyclase with GAF sensor  46.25 
 
 		 563 aa  136  6.0000000000000005e-31  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4956  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  44.74 
 
 		 324 aa  136  7.000000000000001e-31  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0364888 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1119  diguanylate cyclase  40.28 
 
 		 325 aa  136  8e-31  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.282481  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4551  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  44.21 
 
 		 313 aa  136  8e-31  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.111866  normal  0.524526 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3968  diguanylate cyclase  41.45 
 
 		 385 aa  135  9.999999999999999e-31  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3087  diguanylate cyclase  43.78 
 
 		 361 aa  135  9.999999999999999e-31  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2523  diguanylate cyclase  48.48 
 
 		 587 aa  135  9.999999999999999e-31  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4776  diguanylate cyclase  44.02 
 
 		 403 aa  135  9.999999999999999e-31  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2668  diguanylate cyclase  42.16 
 
 		 390 aa  135  1.9999999999999998e-30  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0290  diguanylate cyclase  33.01 
 
 		 409 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5175  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  44.74 
 
 		 313 aa  135  1.9999999999999998e-30  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5684  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  44.74 
 
 		 313 aa  135  1.9999999999999998e-30  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.656373  hitchhiker  0.00195148 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5509  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  44.21 
 
 		 326 aa  134  3e-30  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.872831  normal  0.058561 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3362  diguanylate cyclase  45.66 
 
 		 380 aa  134  3e-30  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1902  diguanylate cyclase  47.4 
 
 		 469 aa  134  3.9999999999999996e-30  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.000136063  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0652  diguanylate cyclase  41.82 
 
 		 280 aa  134  3.9999999999999996e-30  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0743  diguanylate cyclase  46.15 
 
 		 680 aa  134  3.9999999999999996e-30  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.500154  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2233  diguanylate cyclase  38.26 
 
 		 390 aa  133  5e-30  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.878292 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0679  TPR repeat-containing diguanylate cyclase and serine/threonine protein kinase  43.24 
 
 		 684 aa  133  5e-30  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0014  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  43.59 
 
 		 312 aa  133  5e-30  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.927772  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0034  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  35.25 
 
 		 728 aa  133  5e-30  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4045  diguanylate cyclase  40.93 
 
 		 385 aa  133  6e-30  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2758  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.63 
 
 		 698 aa  133  6e-30  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3932  GGDEF domain-containing protein  46.82 
 
 		 402 aa  133  6.999999999999999e-30  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0460046  normal  0.0449819 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4163  diguanylate cyclase  40.93 
 
 		 385 aa  133  6.999999999999999e-30  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2567  diguanylate cyclase  33.89 
 
 		 397 aa  132  7.999999999999999e-30  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0498  diguanylate cyclase  44.85 
 
 		 624 aa  132  7.999999999999999e-30  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0797  diguanylate cyclase  41.28 
 
 		 408 aa  132  1.0000000000000001e-29  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.71948  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3348  GGDEF domain-containing protein  34.36 
 
 		 381 aa  132  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3566  diguanylate cyclase  47.02 
 
 		 460 aa  132  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000340192  normal  0.133927 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2693  diguanylate cyclase  44.58 
 
 		 570 aa  132  1.0000000000000001e-29  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2409  diguanylate cyclase  34.02 
 
 		 381 aa  132  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7026  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  46.43 
 
 		 312 aa  132  1.0000000000000001e-29  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.398098  hitchhiker  0.000000633587 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1228  diguanylate cyclase  43.31 
 
 		 490 aa  132  1.0000000000000001e-29  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3546  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  44.91 
 
 		 438 aa  132  1.0000000000000001e-29  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0176083 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4122  diguanylate cyclase  40.89 
 
 		 395 aa  131  2.0000000000000002e-29  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.302969  normal  0.519011 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0636  diguanylate cyclase  45.96 
 
 		 559 aa  131  2.0000000000000002e-29  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.445559  normal  0.916917 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2815  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  48.15 
 
 		 457 aa  131  2.0000000000000002e-29  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.631579  normal  0.0857187 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2608  diguanylate cyclase  41.62 
 
 		 380 aa  131  2.0000000000000002e-29  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1808  diguanylate cyclase  40.58 
 
 		 247 aa  131  2.0000000000000002e-29  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.148862  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3547  diguanylate cyclase  41.98 
 
 		 587 aa  131  2.0000000000000002e-29  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_26970  hypothetical protein  47.85 
 
 		 525 aa  131  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0260  diguanylate cyclase  41.95 
 
 		 611 aa  131  2.0000000000000002e-29  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.832837  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3480  diguanylate cyclase  41.29 
 
 		 395 aa  131  3e-29  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.232889  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2363  GGDEF domain-containing protein  41.8 
 
 		 311 aa  130  3e-29  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.282615  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2637  diguanylate cyclase with extracellular sensor  45.56 
 
 		 474 aa  130  3e-29  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3170  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  43.16 
 
 		 312 aa  130  3e-29  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0256904  normal  0.861805 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0207  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.5 
 
 		 772 aa  130  4.0000000000000003e-29  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.53871  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3093  diguanylate cyclase  29.72 
 
 		 387 aa  130  4.0000000000000003e-29  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0009  diguanylate cyclase  45.24 
 
 		 312 aa  130  4.0000000000000003e-29  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.214527  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2979  diguanylate cyclase  43.29 
 
 		 490 aa  130  5.0000000000000004e-29  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0069  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  45.24 
 
 		 314 aa  130  5.0000000000000004e-29  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.840661 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0198  diguanylate cyclase  42.53 
 
 		 312 aa  130  6e-29  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1202  diguanylate cyclase  41.34 
 
 		 356 aa  129  7.000000000000001e-29  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0240122  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1085  diguanylate cyclase  35.78 
 
 		 357 aa  129  7.000000000000001e-29  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4141  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.11 
 
 		 312 aa  129  8.000000000000001e-29  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.812185  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3846  diguanylate cyclase  27.55 
 
 		 405 aa  129  8.000000000000001e-29  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1751  diguanylate cyclase  30.45 
 
 		 389 aa  129  8.000000000000001e-29  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.000000000123921  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1695  diguanylate cyclase  46.67 
 
 		 753 aa  129  8.000000000000001e-29  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.560166  normal  0.428473 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3072  diguanylate cyclase  41.34 
 
 		 356 aa  129  1.0000000000000001e-28  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000986718 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4417  diguanylate cyclase  43.24 
 
 		 401 aa  129  1.0000000000000001e-28  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3693  response regulator receiver domain-containing protein  40.83 
 
 		 476 aa  129  1.0000000000000001e-28  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.963643  normal  0.0549661 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4585  diguanylate cyclase  44.38 
 
 		 281 aa  129  1.0000000000000001e-28  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.704428  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0886  diguanylate cyclase  30.87 
 
 		 391 aa  129  1.0000000000000001e-28  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.0459194 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1030  diguanylate cyclase  30.87 
 
 		 391 aa  129  1.0000000000000001e-28  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.12052 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2284  hypothetical protein  47.2 
 
 		 525 aa  128  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0619167  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0378  diguanylate cyclase  38.98 
 
 		 422 aa  129  1.0000000000000001e-28  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000891935  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1980  diguanylate cyclase  44.72 
 
 		 417 aa  129  1.0000000000000001e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0208161  normal  0.907372 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1277  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  46.34 
 
 		 454 aa  129  1.0000000000000001e-28  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.410696  normal  0.0388481 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>