More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bamb_4956 on replicon NC_008391
Organism: Burkholderia ambifaria AMMD



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008391  Bamb_4956  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  100 
 
 		 324 aa  662    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0364888 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5509  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  98.69 
 
 		 326 aa  617  1e-176  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.872831  normal  0.058561 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5684  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  94.19 
 
 		 313 aa  603  1.0000000000000001e-171  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.656373  hitchhiker  0.00195148 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0014  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  93.25 
 
 		 312 aa  601  1.0000000000000001e-171  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.927772  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5175  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  94.19 
 
 		 313 aa  603  1.0000000000000001e-171  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4551  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  94.19 
 
 		 313 aa  598  1e-170  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.111866  normal  0.524526 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3170  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  90.32 
 
 		 312 aa  582  1.0000000000000001e-165  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0256904  normal  0.861805 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2363  GGDEF domain-containing protein  81.37 
 
 		 311 aa  525  1e-148  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.282615  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA2105  GGDEF domain-containing protein  82.35 
 
 		 311 aa  517  1.0000000000000001e-145  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3279  diguanylate cyclase  82.35 
 
 		 311 aa  517  1.0000000000000001e-145  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0418707  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1493  GGDEF domain-containing protein  82.35 
 
 		 311 aa  517  1.0000000000000001e-145  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.00779791  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A3165  diguanylate cyclase  82.35 
 
 		 311 aa  517  1.0000000000000001e-145  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2399  diguanylate cyclase  82.35 
 
 		 311 aa  517  1.0000000000000001e-145  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.291213  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1133  diguanylate cyclase  82.35 
 
 		 311 aa  517  1.0000000000000001e-145  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.047255  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1413  diguanylate cyclase  82.35 
 
 		 311 aa  517  1.0000000000000001e-145  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.195928  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0009  diguanylate cyclase  77.12 
 
 		 312 aa  506  9.999999999999999e-143  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.214527  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4141  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  75.48 
 
 		 312 aa  504  9.999999999999999e-143  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.812185  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7026  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  76.47 
 
 		 312 aa  498  1e-140  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.398098  hitchhiker  0.000000633587 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0392  diguanylate cyclase  43.56 
 
 		 319 aa  277  1e-73  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0549299  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4293  GGDEF domain-containing protein  38.51 
 
 		 334 aa  254  1.0000000000000001e-66  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0725016  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0532  GGDEF domain-containing protein  38.21 
 
 		 321 aa  254  1.0000000000000001e-66  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3459  diguanylate cyclase  40.07 
 
 		 324 aa  251  1e-65  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3137  response regulator receiver protein  39.29 
 
 		 319 aa  250  2e-65  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0570  diguanylate cyclase  40.07 
 
 		 324 aa  249  5e-65  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0571  diguanylate cyclase  40.07 
 
 		 324 aa  249  5e-65  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3794  diguanylate cyclase  39.74 
 
 		 328 aa  247  2e-64  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.807786  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3920  diguanylate cyclase  39.74 
 
 		 328 aa  246  3e-64  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00763336  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0531  diguanylate cyclase  39.74 
 
 		 328 aa  246  3e-64  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.842524  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3737  diguanylate cyclase  39.74 
 
 		 328 aa  246  3e-64  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0251056  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2607  diguanylate cyclase  41.81 
 
 		 316 aa  245  6e-64  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.000143356  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0569  sensory box/GGDEF family protein  38.87 
 
 		 324 aa  244  9.999999999999999e-64  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1380  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.76 
 
 		 332 aa  242  7e-63  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.238298  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0452  diguanylate cyclase  38.74 
 
 		 323 aa  241  1e-62  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3306  diguanylate cyclase  37.75 
 
 		 324 aa  239  4e-62  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.198506  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0621  diguanylate cyclase  38.54 
 
 		 323 aa  239  5.999999999999999e-62  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3512  diguanylate cyclase  37.87 
 
 		 318 aa  238  9e-62  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3711  diguanylate cyclase  38.87 
 
 		 320 aa  236  4e-61  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.336724  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4329  diguanylate cyclase  37.21 
 
 		 320 aa  234  1.0000000000000001e-60  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.406414  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3577  GGDEF domain-containing protein  39.26 
 
 		 322 aa  233  3e-60  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.635523  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02241  hypothetical protein  38.87 
 
 		 320 aa  231  1e-59  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3835  diguanylate cyclase  38.98 
 
 		 316 aa  231  1e-59  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1440  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.44 
 
 		 315 aa  227  3e-58  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0301186  normal  0.059237 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0921  putative GGDEF protein  38.21 
 
 		 322 aa  224  2e-57  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03704  GGDEF domain protein  37.04 
 
 		 325 aa  223  4e-57  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3316  diguanylate cyclase  38.38 
 
 		 307 aa  217  2e-55  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0615  diguanylate cyclase  36.09 
 
 		 320 aa  213  3.9999999999999995e-54  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000794548 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003519  diguanylate cyclase (GGDEF domain) with PAS/PAC sensor  38.27 
 
 		 280 aa  211  9e-54  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00000133532  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0085  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.54 
 
 		 301 aa  206  6e-52  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1752  diguanylate cyclase  33.45 
 
 		 301 aa  176  5e-43  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  unclonable  0.000000000321576  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3330  diguanylate cyclase  43.48 
 
 		 401 aa  155  1e-36  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2403  sensor histidine kinase  48.94 
 
 		 601 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1200  sensor histidine kinase  50.37 
 
 		 471 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1123  sensor histidine kinase  49.64 
 
 		 471 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0677  sensor histidine kinase  48.94 
 
 		 538 aa  148  2.0000000000000003e-34  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.755053  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2458  diguanylate cyclase  46.47 
 
 		 343 aa  146  6e-34  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.709604 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0788  sensor histidine kinase  51.54 
 
 		 465 aa  145  7.0000000000000006e-34  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.105833  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0157  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  48.09 
 
 		 917 aa  145  7.0000000000000006e-34  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2511  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.05 
 
 		 419 aa  145  9e-34  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0519  diguanylate cyclase  42.13 
 
 		 631 aa  144  2e-33  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.447681 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3939  response regulator receiver domain-containing protein  42.61 
 
 		 588 aa  144  2e-33  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.238688  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3770  PAS:GGDEF  32.73 
 
 		 328 aa  142  6e-33  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.0223226 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3546  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.58 
 
 		 438 aa  142  6e-33  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0176083 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0115  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  50 
 
 		 304 aa  142  7e-33  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.113218  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3583  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.79 
 
 		 322 aa  142  9.999999999999999e-33  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000864033 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2758  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  48.24 
 
 		 698 aa  140  1.9999999999999998e-32  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1139  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.53 
 
 		 308 aa  140  1.9999999999999998e-32  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1169  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.53 
 
 		 308 aa  140  1.9999999999999998e-32  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0284  diguanylate cyclase  37.56 
 
 		 391 aa  140  1.9999999999999998e-32  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.879349  unclonable  0.0000000000722624 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4425  GGDEF family protein  45.45 
 
 		 435 aa  140  3e-32  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1588  sensor histidine kinase  46.84 
 
 		 502 aa  140  3e-32  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.153224  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1719  diguanylate cyclase with GAF sensor  42.86 
 
 		 563 aa  140  3.9999999999999997e-32  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1477  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.53 
 
 		 317 aa  140  3.9999999999999997e-32  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_3115  diguanylate cyclase  46.78 
 
 		 354 aa  139  4.999999999999999e-32  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.276087 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1477  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.57 
 
 		 730 aa  139  7.999999999999999e-32  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1125  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.11 
 
 		 769 aa  139  7.999999999999999e-32  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.586946  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1091  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  35.1 
 
 		 424 aa  137  2e-31  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1721  diguanylate cyclase  43.56 
 
 		 483 aa  137  2e-31  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.176219  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0092  diguanylate cyclase  45.56 
 
 		 577 aa  137  2e-31  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1677  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  32.55 
 
 		 512 aa  137  2e-31  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00717505  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3737  diguanylate cyclase  36.59 
 
 		 391 aa  138  2e-31  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.319757  hitchhiker  0.00976865 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4589  diguanylate cyclase  44.74 
 
 		 409 aa  137  3.0000000000000003e-31  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.365756  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2652  diguanylate cyclase  46.78 
 
 		 559 aa  137  3.0000000000000003e-31  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.261673 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0467  diguanylate cyclase  38.46 
 
 		 641 aa  137  3.0000000000000003e-31  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1355  diguanylate cyclase  42.94 
 
 		 487 aa  137  3.0000000000000003e-31  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.133394  normal  0.478971 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1885  diguanylate cyclase with GAF sensor  40.12 
 
 		 558 aa  136  4e-31  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0165  diguanylate cyclase with GAF sensor  46.06 
 
 		 710 aa  137  4e-31  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.683683  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2511  diguanylate cyclase  41.71 
 
 		 686 aa  137  4e-31  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.315227  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0289  diguanylate cyclase  40.22 
 
 		 389 aa  136  5e-31  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1325  sensory box protein  31.51 
 
 		 428 aa  136  5e-31  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.294155  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1789  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  44.13 
 
 		 794 aa  136  5e-31  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.993763  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0743  diguanylate cyclase  45.12 
 
 		 680 aa  136  5e-31  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.500154  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2156  diguanylate cyclase  46.29 
 
 		 470 aa  136  5e-31  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.117189 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2333  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.04 
 
 		 578 aa  136  6.0000000000000005e-31  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0296  diguanylate cyclase  40.22 
 
 		 389 aa  136  6.0000000000000005e-31  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0897488  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1405  diguanylate cyclase  44.25 
 
 		 464 aa  136  6.0000000000000005e-31  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3557  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.8 
 
 		 322 aa  135  7.000000000000001e-31  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.457648  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0301  diguanylate cyclase  40.22 
 
 		 389 aa  135  7.000000000000001e-31  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0297  diguanylate cyclase  40.22 
 
 		 389 aa  135  7.000000000000001e-31  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3625  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.8 
 
 		 322 aa  135  8e-31  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2023  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  34.42 
 
 		 312 aa  135  8e-31  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.174701  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>