More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pfl01_1789 on replicon NC_007492
Organism: Pseudomonas fluorescens Pf0-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002947  PP_2097  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  58.97 
 
 
800 aa  850    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.115037 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3642  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  57.63 
 
 
796 aa  845    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.127426  normal  0.751556 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2110  PAS:GGDEF  51.64 
 
 
796 aa  768    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.172113  normal  0.0218284 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1789  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  100 
 
 
794 aa  1604    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.993763  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1609  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  59.77 
 
 
796 aa  860    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.248445 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1616  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  58.54 
 
 
796 aa  872    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000405684 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2313  sensory box/GGDEF domain protein  63.41 
 
 
323 aa  415  1e-114  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.447231  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2312  CHASE domain/PAS domain protein  47.11 
 
 
507 aa  334  3e-90  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.693705  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1749  PAS:GGDEF  36.87 
 
 
476 aa  228  2e-58  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0218536  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1707  diguanylate cyclase  34.88 
 
 
602 aa  216  9.999999999999999e-55  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1646  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.38 
 
 
625 aa  209  1e-52  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2525  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.08 
 
 
464 aa  205  3e-51  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.21158 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3629  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  31.53 
 
 
850 aa  198  4.0000000000000005e-49  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.739626 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1477  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.67 
 
 
730 aa  194  4e-48  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2558  signal transduction protein  33.04 
 
 
1061 aa  182  2e-44  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000000000139112  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2883  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  31.56 
 
 
849 aa  182  2e-44  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.483333  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0754  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  30.27 
 
 
463 aa  182  2.9999999999999997e-44  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.952691  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0273  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  29.61 
 
 
1078 aa  176  9.999999999999999e-43  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0645  diguanylate cyclase  33.87 
 
 
659 aa  173  1e-41  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3230  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  34.81 
 
 
851 aa  172  2e-41  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.105029 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1851  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and Chase sensor(s)  27.51 
 
 
1301 aa  172  3e-41  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0114339  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2683  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  32.14 
 
 
505 aa  167  9e-40  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3442  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  51.76 
 
 
646 aa  163  1e-38  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0622548  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2088  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and Chase sensor(s)  27.91 
 
 
1047 aa  162  3e-38  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.603793  normal  0.591711 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0164  diguanylate cyclase  33.52 
 
 
437 aa  160  6e-38  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.890841  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1667  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and Chase sensor(s)  28.04 
 
 
1047 aa  160  8e-38  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.152528  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4312  multi-sensor signal transduction histidine kinase  34.03 
 
 
640 aa  157  8e-37  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1695  diguanylate cyclase  48.52 
 
 
753 aa  156  1e-36  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.560166  normal  0.428473 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3560  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  30.09 
 
 
951 aa  156  2e-36  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1399  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.1 
 
 
476 aa  155  2.9999999999999998e-36  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1319  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  34.46 
 
 
610 aa  155  4e-36  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.104887  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3741  putative PAS/PAC sensor protein  35.25 
 
 
1268 aa  154  5e-36  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2588  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  34.08 
 
 
710 aa  152  2e-35  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0652312  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3525  diguanylate cyclase  43.79 
 
 
227 aa  152  2e-35  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.395826  normal  0.08798 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2511  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  29.62 
 
 
419 aa  152  3e-35  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2333  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  30 
 
 
578 aa  152  3e-35  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01741  Putative CHASE3/GGDEF domain-containing signal protein  48.26 
 
 
563 aa  151  4e-35  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3085  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  29.1 
 
 
905 aa  149  2.0000000000000003e-34  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1937  diguanylate cyclase  42.17 
 
 
775 aa  149  2.0000000000000003e-34  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0207  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  28.2 
 
 
772 aa  149  3e-34  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.53871  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4141  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  45.25 
 
 
312 aa  148  4.0000000000000006e-34  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.812185  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0829  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  27.04 
 
 
994 aa  147  6e-34  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2463  diguanylate cyclase  44.57 
 
 
637 aa  147  8.000000000000001e-34  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.244329  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1673  sensory box protein  29.61 
 
 
1346 aa  147  1e-33  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.338574  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3250  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and Chase sensor(s)  25.41 
 
 
1036 aa  147  1e-33  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0838  diguanylate cyclase  45.83 
 
 
332 aa  145  2e-33  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.569939 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1091  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  32.29 
 
 
424 aa  146  2e-33  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4301  signal transduction histidine kinase  36.8 
 
 
2693 aa  146  2e-33  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4216  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and Chase sensor(s)  25.55 
 
 
1215 aa  145  3e-33  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0413  diguanylate cyclase  42.77 
 
 
373 aa  145  4e-33  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.191775  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3136  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  29.79 
 
 
919 aa  145  4e-33  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1934  hypothetical protein  34.35 
 
 
634 aa  144  5e-33  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5593  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  34.51 
 
 
448 aa  144  5e-33  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4144  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and Chase sensor(s)  25.64 
 
 
1215 aa  144  5e-33  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0162  diguanylate cyclase  43.01 
 
 
614 aa  144  5e-33  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.155295  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0926  response regulator PleD  46.63 
 
 
455 aa  144  5e-33  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.773886 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2825  PAS:GGDEF  29.95 
 
 
548 aa  144  6e-33  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.067576  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1521  diguanylate cyclase  44.44 
 
 
237 aa  144  6e-33  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.281404  normal  0.309888 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3390  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  36.19 
 
 
867 aa  144  7e-33  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.81451  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2637  diguanylate cyclase with extracellular sensor  44.2 
 
 
474 aa  143  9.999999999999999e-33  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0392  diguanylate cyclase  37.32 
 
 
768 aa  143  9.999999999999999e-33  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.000907702  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1063  diguanylate cyclase  44.83 
 
 
366 aa  143  9.999999999999999e-33  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3376  GGDEF/response regulator receiver domain-containing protein  45.98 
 
 
308 aa  143  1.9999999999999998e-32  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1714  putative PAS/PAC sensor protein  34.46 
 
 
920 aa  142  1.9999999999999998e-32  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.183434  normal  0.382108 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2634  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  33.82 
 
 
843 aa  142  1.9999999999999998e-32  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1387  diguanylate cyclase  43.2 
 
 
336 aa  142  1.9999999999999998e-32  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.617999  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4348  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and Chase sensor(s)  25.33 
 
 
1215 aa  142  1.9999999999999998e-32  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1346  sensory box/GGDEF domain protein  28.82 
 
 
425 aa  142  3e-32  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0144  diguanylate cyclase  43.98 
 
 
642 aa  142  3e-32  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0050  putative diguanylate cyclase  44.24 
 
 
696 aa  142  3e-32  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.315879  normal  0.219682 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1916  diguanylate cyclase  45.68 
 
 
736 aa  142  3e-32  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2785  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  29.1 
 
 
648 aa  142  3e-32  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3330  diguanylate cyclase  40.33 
 
 
401 aa  142  3e-32  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0190  diguanylate cyclase  32.77 
 
 
329 aa  142  3.9999999999999997e-32  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0195  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  44.94 
 
 
309 aa  140  7.999999999999999e-32  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0106599  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2305  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  35.98 
 
 
935 aa  140  8.999999999999999e-32  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0882428  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1293  diguanylate cyclase  42.94 
 
 
432 aa  140  8.999999999999999e-32  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.32079e-19 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3677  response regulator PleD  45.4 
 
 
461 aa  140  8.999999999999999e-32  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  decreased coverage  0.00345303  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0452  sensory box protein  25.06 
 
 
451 aa  140  1e-31  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3856  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and Chase sensor(s)  25.33 
 
 
1216 aa  140  1e-31  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5509  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  44.69 
 
 
326 aa  140  1e-31  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.872831  normal  0.058561 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1715  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  44.19 
 
 
791 aa  140  1e-31  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.680174 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0472  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  27.21 
 
 
853 aa  140  1e-31  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000400428 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2783  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  30.7 
 
 
1101 aa  140  1e-31  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4311  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  33.92 
 
 
1291 aa  139  2e-31  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4551  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  44.13 
 
 
313 aa  139  2e-31  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.111866  normal  0.524526 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1149  diguanylate cyclase  47.65 
 
 
495 aa  139  2e-31  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1982  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  26.3 
 
 
676 aa  139  2e-31  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0102834  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2699  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  33.69 
 
 
1248 aa  139  2e-31  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0604  diguanylate cyclase  42.56 
 
 
291 aa  139  3.0000000000000003e-31  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.436873  normal  0.310553 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0600  diguanylate cyclase with GAF sensor  46.43 
 
 
669 aa  139  3.0000000000000003e-31  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1733  diguanylate cyclase  44.85 
 
 
464 aa  138  3.0000000000000003e-31  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000546701  normal  0.0234559 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1579  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  33.45 
 
 
324 aa  139  3.0000000000000003e-31  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_3115  diguanylate cyclase  44.59 
 
 
354 aa  137  5e-31  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.276087 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1851  diguanylate cyclase  37.93 
 
 
620 aa  137  5e-31  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1315  diguanylate cyclase  45.03 
 
 
608 aa  138  5e-31  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.243862  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4457  GGDEF domain-containing protein  35.32 
 
 
485 aa  137  6.0000000000000005e-31  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1358  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  29.13 
 
 
685 aa  137  6.0000000000000005e-31  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3170  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  44.69 
 
 
312 aa  137  6.0000000000000005e-31  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0256904  normal  0.861805 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1896  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  44.69 
 
 
564 aa  137  6.0000000000000005e-31  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000133427  normal  0.619157 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>