More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PSPTO_2313 on replicon NC_004578
Organism: Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_004578  PSPTO_2313  sensory box/GGDEF domain protein  100 
 
 
323 aa  657    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.447231  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2110  PAS:GGDEF  91.3 
 
 
796 aa  613  9.999999999999999e-175  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.172113  normal  0.0218284 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2097  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  63.55 
 
 
800 aa  420  1e-116  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.115037 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3642  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  63.55 
 
 
796 aa  419  1e-116  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.127426  normal  0.751556 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1789  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  63.41 
 
 
794 aa  416  9.999999999999999e-116  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.993763  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1609  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  62.93 
 
 
796 aa  413  1e-114  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.248445 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1616  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  60.5 
 
 
796 aa  404  1.0000000000000001e-112  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000405684 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1749  PAS:GGDEF  38.2 
 
 
476 aa  222  8e-57  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0218536  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1707  diguanylate cyclase  38.01 
 
 
602 aa  214  1.9999999999999998e-54  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1646  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.96 
 
 
625 aa  204  2e-51  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2525  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.27 
 
 
464 aa  194  2e-48  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.21158 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3442  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  51.14 
 
 
646 aa  163  4.0000000000000004e-39  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0622548  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3230  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  34.49 
 
 
851 aa  163  5.0000000000000005e-39  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.105029 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0273  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  32.92 
 
 
1078 aa  162  6e-39  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1477  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  33.94 
 
 
730 aa  160  2e-38  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1937  diguanylate cyclase  42.94 
 
 
775 aa  160  3e-38  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0754  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  32.12 
 
 
463 aa  157  2e-37  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.952691  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1319  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.92 
 
 
610 aa  156  5.0000000000000005e-37  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.104887  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1091  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  45.9 
 
 
424 aa  155  1e-36  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0207  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  45.93 
 
 
772 aa  155  1e-36  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.53871  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0645  diguanylate cyclase  43.86 
 
 
659 aa  154  2e-36  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1811  diguanylate cyclase  34.15 
 
 
1037 aa  154  2e-36  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.688838  normal  0.296213 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2683  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  35.05 
 
 
505 aa  152  1e-35  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03790  sensory box GGDEF domain-containing protein  36.75 
 
 
323 aa  151  2e-35  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.228486 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0381  hypothetical protein  36.75 
 
 
323 aa  150  3e-35  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0838  diguanylate cyclase  42.55 
 
 
332 aa  149  6e-35  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.569939 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0452  sensory box protein  29.36 
 
 
451 aa  148  1.0000000000000001e-34  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1149  diguanylate cyclase  47.06 
 
 
495 aa  147  2.0000000000000003e-34  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2511  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  35.28 
 
 
419 aa  147  3e-34  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1399  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.76 
 
 
476 aa  146  5e-34  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3376  GGDEF/response regulator receiver domain-containing protein  45.09 
 
 
308 aa  146  6e-34  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3560  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  29.97 
 
 
951 aa  144  2e-33  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2783  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  34.84 
 
 
1101 aa  144  3e-33  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1896  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  43.5 
 
 
564 aa  142  6e-33  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000133427  normal  0.619157 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2637  diguanylate cyclase with extracellular sensor  43.48 
 
 
474 aa  142  6e-33  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0636  diguanylate cyclase  45.51 
 
 
559 aa  142  7e-33  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.445559  normal  0.916917 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3185  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  33.11 
 
 
482 aa  141  9.999999999999999e-33  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0613  diguanylate cyclase  42.13 
 
 
611 aa  142  9.999999999999999e-33  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1036  diguanylate cyclase  30.5 
 
 
427 aa  141  9.999999999999999e-33  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.132028  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1212  diguanylate cyclase  42.31 
 
 
578 aa  141  1.9999999999999998e-32  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0164  diguanylate cyclase  42.86 
 
 
437 aa  141  1.9999999999999998e-32  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.890841  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0069  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.35 
 
 
314 aa  141  1.9999999999999998e-32  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.840661 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1851  diguanylate cyclase  38.07 
 
 
620 aa  141  1.9999999999999998e-32  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3316  diguanylate cyclase  42.86 
 
 
307 aa  140  3e-32  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2652  diguanylate cyclase  47.83 
 
 
559 aa  140  3e-32  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.261673 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0413  diguanylate cyclase  36.55 
 
 
373 aa  140  3.9999999999999997e-32  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.191775  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0600  diguanylate cyclase with GAF sensor  46.15 
 
 
669 aa  140  3.9999999999999997e-32  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0050  putative diguanylate cyclase  43.03 
 
 
696 aa  140  3.9999999999999997e-32  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.315879  normal  0.219682 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1934  hypothetical protein  32.48 
 
 
634 aa  139  4.999999999999999e-32  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3048  diguanylate cyclase  40.1 
 
 
398 aa  139  4.999999999999999e-32  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.795755  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0939  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.91 
 
 
438 aa  139  4.999999999999999e-32  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1643  GGDEF/response regulator receiver domain-containing protein  35.76 
 
 
316 aa  139  7e-32  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.176359  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3374  diguanylate cyclase  44.89 
 
 
492 aa  139  7.999999999999999e-32  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1075  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  31.21 
 
 
758 aa  139  1e-31  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.469487  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01741  Putative CHASE3/GGDEF domain-containing signal protein  44.71 
 
 
563 aa  138  1e-31  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3629  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  31.37 
 
 
850 aa  138  1e-31  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.739626 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2671  diguanylate cyclase  40.31 
 
 
578 aa  138  1e-31  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00272144  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0691  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  44.57 
 
 
686 aa  137  2e-31  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.343759  normal  0.118762 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3330  diguanylate cyclase  40.78 
 
 
401 aa  138  2e-31  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2463  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.27 
 
 
301 aa  137  2e-31  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1282  diguanylate cyclase  40.33 
 
 
578 aa  137  3.0000000000000003e-31  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2588  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  32.62 
 
 
710 aa  136  4e-31  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0652312  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00176  diguanylate cyclase  37.85 
 
 
354 aa  136  4e-31  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2333  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  31.4 
 
 
578 aa  136  5e-31  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1211  diguanylate cyclase  39.78 
 
 
578 aa  136  5e-31  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2634  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  33.54 
 
 
843 aa  135  7.000000000000001e-31  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0471  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  30.98 
 
 
572 aa  135  7.000000000000001e-31  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.634401  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1895  diguanylate cyclase  36.87 
 
 
555 aa  135  8e-31  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0392  diguanylate cyclase  33.46 
 
 
768 aa  135  9.999999999999999e-31  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.000907702  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1715  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  43.86 
 
 
791 aa  135  9.999999999999999e-31  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.680174 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1477  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.21 
 
 
317 aa  135  9.999999999999999e-31  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1369  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  35.29 
 
 
302 aa  135  9.999999999999999e-31  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.975059  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4523  diguanylate cyclase with GAF sensor  41.1 
 
 
499 aa  135  9.999999999999999e-31  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.967133  normal  0.833222 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1063  diguanylate cyclase  43.26 
 
 
366 aa  134  1.9999999999999998e-30  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0309  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  45.14 
 
 
827 aa  134  1.9999999999999998e-30  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0510078  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0963  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.44 
 
 
300 aa  134  1.9999999999999998e-30  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02325  GGDEF domain protein  41.18 
 
 
949 aa  134  1.9999999999999998e-30  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_3115  diguanylate cyclase  42.5 
 
 
354 aa  134  1.9999999999999998e-30  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.276087 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3170  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.21 
 
 
312 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0256904  normal  0.861805 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1125  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  32.8 
 
 
769 aa  134  1.9999999999999998e-30  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.586946  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0129  GGDEF domain-containing protein  42.42 
 
 
645 aa  134  3e-30  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0709  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.53 
 
 
322 aa  134  3e-30  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.169559 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2111  diguanylate cyclase  45.51 
 
 
392 aa  133  3e-30  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3523  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  31.17 
 
 
1079 aa  133  3e-30  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0195  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.2 
 
 
309 aa  134  3e-30  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0106599  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0953  diguanylate cyclase  40.96 
 
 
494 aa  133  3e-30  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0378  diguanylate cyclase  42.2 
 
 
422 aa  133  3.9999999999999996e-30  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000891935  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4457  GGDEF domain-containing protein  37.5 
 
 
485 aa  133  3.9999999999999996e-30  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0304  sensory box/GGDEF domain protein  32.77 
 
 
332 aa  133  3.9999999999999996e-30  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0190  diguanylate cyclase  32.09 
 
 
329 aa  133  3.9999999999999996e-30  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1513  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.45 
 
 
301 aa  133  3.9999999999999996e-30  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.0153071 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2067  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.24 
 
 
317 aa  133  3.9999999999999996e-30  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0144  diguanylate cyclase  42.42 
 
 
642 aa  133  3.9999999999999996e-30  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2041  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.24 
 
 
317 aa  133  3.9999999999999996e-30  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3525  diguanylate cyclase  41.52 
 
 
227 aa  133  3.9999999999999996e-30  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.395826  normal  0.08798 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5684  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.21 
 
 
313 aa  133  3.9999999999999996e-30  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.656373  hitchhiker  0.00195148 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5175  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.21 
 
 
313 aa  133  3.9999999999999996e-30  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0885  membrane associated GGDEF protein  40.12 
 
 
712 aa  133  5e-30  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.136885  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0272  diguanylate cyclase  39.2 
 
 
486 aa  132  5e-30  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1272  diguanylate cyclase  40.98 
 
 
632 aa  133  5e-30  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0623275  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>