More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dde_3048 on replicon NC_007519
Organism: Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007519  Dde_3048  diguanylate cyclase  100 
 
 
398 aa  815    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.795755  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1660  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  30.17 
 
 
997 aa  170  4e-41  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.933156 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2758  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  35.71 
 
 
698 aa  169  1e-40  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1908  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.14 
 
 
519 aa  168  2e-40  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.11693  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0211  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  35.5 
 
 
638 aa  164  3e-39  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2841  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  30.36 
 
 
714 aa  162  7e-39  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0729826  normal  0.310526 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0211  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  34.28 
 
 
1076 aa  161  1e-38  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0293553 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2350  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  37.34 
 
 
1000 aa  161  2e-38  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.521127 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3275  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  31.2 
 
 
1094 aa  158  1e-37  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.393091 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1521  diguanylate cyclase  41.46 
 
 
237 aa  158  2e-37  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.281404  normal  0.309888 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0309  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.22 
 
 
827 aa  156  6e-37  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0510078  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1631  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  34.37 
 
 
561 aa  156  7e-37  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.608678  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0273  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  30.97 
 
 
1078 aa  155  9e-37  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1091  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  33.75 
 
 
424 aa  155  1e-36  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4812  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  33.94 
 
 
1423 aa  154  4e-36  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.330918  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2683  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  34.8 
 
 
505 aa  152  8.999999999999999e-36  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3287  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  35.05 
 
 
1003 aa  151  2e-35  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2588  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  33.64 
 
 
710 aa  151  2e-35  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0652312  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1197  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  34.38 
 
 
457 aa  151  2e-35  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3063  diguanylate cyclase  35.05 
 
 
1003 aa  151  2e-35  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.964207  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1272  diguanylate cyclase  31.34 
 
 
632 aa  149  1.0000000000000001e-34  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0623275  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0207  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  29.64 
 
 
772 aa  148  1.0000000000000001e-34  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.53871  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1319  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  30.72 
 
 
610 aa  148  2.0000000000000003e-34  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.104887  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1477  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  43 
 
 
730 aa  147  2.0000000000000003e-34  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2525  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  43.35 
 
 
464 aa  146  5e-34  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.21158 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0645  diguanylate cyclase  31.96 
 
 
659 aa  146  6e-34  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_26970  hypothetical protein  32.76 
 
 
525 aa  146  6e-34  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0418  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  35.42 
 
 
572 aa  144  3e-33  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0226  PAS sensor diguanylate cyclase and phophodiesterase  33.33 
 
 
591 aa  143  4e-33  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1157  PAS:GGDEF  33.33 
 
 
418 aa  143  5e-33  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.958814  normal  0.862731 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2284  hypothetical protein  32.48 
 
 
525 aa  143  5e-33  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0619167  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2518  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  33.77 
 
 
751 aa  143  6e-33  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00063624  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1851  diguanylate cyclase  36.67 
 
 
620 aa  143  6e-33  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2413  response regulator PleD  44.26 
 
 
457 aa  143  6e-33  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.592932  normal  0.173821 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2041  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.09 
 
 
317 aa  142  7e-33  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2333  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  31.36 
 
 
578 aa  142  7e-33  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2067  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.09 
 
 
317 aa  142  7e-33  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3374  diguanylate cyclase  38.82 
 
 
492 aa  142  9.999999999999999e-33  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3308  response regulator PleD  43.17 
 
 
457 aa  142  9.999999999999999e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.268667  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3647  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.34 
 
 
715 aa  141  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4746  response regulator PleD  41.76 
 
 
466 aa  141  1.9999999999999998e-32  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0979514  normal  0.753316 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2194  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  35.6 
 
 
636 aa  141  1.9999999999999998e-32  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1977  membrane associated GGDEF protein  41.53 
 
 
583 aa  141  1.9999999999999998e-32  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1433  diguanylate cyclase  46.2 
 
 
387 aa  141  1.9999999999999998e-32  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.58748  normal  0.153521 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1277  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.93 
 
 
454 aa  140  3e-32  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.410696  normal  0.0388481 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1905  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  29.81 
 
 
568 aa  140  3e-32  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00246734  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0050  putative diguanylate cyclase  42.71 
 
 
696 aa  141  3e-32  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.315879  normal  0.219682 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3541  response regulator PleD  43.41 
 
 
457 aa  140  3e-32  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0096  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.24 
 
 
407 aa  140  3e-32  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.758352  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0195  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  44.21 
 
 
309 aa  140  3.9999999999999997e-32  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0106599  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0219  diguanylate cyclase  42.7 
 
 
303 aa  140  3.9999999999999997e-32  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2442  response regulator PleD  42.86 
 
 
457 aa  140  3.9999999999999997e-32  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.696702  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2420  diguanylate cyclase  46.56 
 
 
532 aa  140  4.999999999999999e-32  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.499921  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2313  sensory box/GGDEF domain protein  40.1 
 
 
323 aa  139  6e-32  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.447231  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2110  PAS:GGDEF  40.1 
 
 
796 aa  139  6e-32  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.172113  normal  0.0218284 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0381  hypothetical protein  31.93 
 
 
323 aa  139  6e-32  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1348  response regulator PleD  46.2 
 
 
457 aa  139  6e-32  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3614  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.62 
 
 
310 aa  139  7.999999999999999e-32  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1896  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  30.37 
 
 
564 aa  139  8.999999999999999e-32  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000133427  normal  0.619157 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3546  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  34.29 
 
 
438 aa  139  1e-31  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0176083 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1346  sensory box/GGDEF domain protein  32.79 
 
 
425 aa  139  1e-31  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0600  diguanylate cyclase with GAF sensor  39.41 
 
 
669 aa  139  1e-31  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3085  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  32.67 
 
 
905 aa  139  1e-31  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0057  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.77 
 
 
550 aa  139  1e-31  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0175  diguanylate cyclase  45.08 
 
 
516 aa  139  1e-31  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4307  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  35.21 
 
 
327 aa  137  2e-31  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2097  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.15 
 
 
800 aa  137  2e-31  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.115037 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0452  sensory box protein  36.87 
 
 
451 aa  138  2e-31  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1325  sensory box protein  30.53 
 
 
428 aa  138  2e-31  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.294155  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0926  response regulator PleD  42.41 
 
 
455 aa  138  2e-31  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.773886 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0136  diguanylate cyclase  32.34 
 
 
1428 aa  138  2e-31  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1432  response regulator PleD  41.53 
 
 
457 aa  137  3.0000000000000003e-31  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1658  diguanylate cyclase  45.36 
 
 
354 aa  137  3.0000000000000003e-31  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.287196  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0330  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.91 
 
 
531 aa  137  3.0000000000000003e-31  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1150  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  29.94 
 
 
1466 aa  137  3.0000000000000003e-31  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.765492  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0124  diguanylate cyclase  40.78 
 
 
492 aa  137  3.0000000000000003e-31  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00884448  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3442  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  33.96 
 
 
646 aa  137  4e-31  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0622548  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0829  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  31.2 
 
 
994 aa  137  4e-31  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5124  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.12 
 
 
1015 aa  137  4e-31  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.247215  normal 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_2242  diguanylate cyclase  27.68 
 
 
961 aa  137  4e-31  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.031286  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2834  diguanylate cyclase  36.73 
 
 
355 aa  137  4e-31  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.15225  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3376  GGDEF/response regulator receiver domain-containing protein  43.46 
 
 
308 aa  137  5e-31  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2637  diguanylate cyclase with extracellular sensor  44.5 
 
 
474 aa  137  5e-31  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3642  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.26 
 
 
796 aa  136  5e-31  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.127426  normal  0.751556 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3038  response regulator PleD  42.31 
 
 
457 aa  136  5e-31  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.372566  normal  0.319547 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0304  sensory box/GGDEF domain protein  32.53 
 
 
332 aa  136  6.0000000000000005e-31  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0069  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.88 
 
 
314 aa  136  6.0000000000000005e-31  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.840661 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1609  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.75 
 
 
796 aa  136  6.0000000000000005e-31  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.248445 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2511  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  35.35 
 
 
419 aa  136  7.000000000000001e-31  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1382  response regulator PleD  40.84 
 
 
457 aa  136  7.000000000000001e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.390598 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1695  diguanylate cyclase  45.36 
 
 
753 aa  136  8e-31  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.560166  normal  0.428473 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2511  diguanylate cyclase  33.23 
 
 
686 aa  135  9e-31  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.315227  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4959  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  32.34 
 
 
708 aa  135  9.999999999999999e-31  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.714982  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0424  PAS:GGDEF  32.15 
 
 
715 aa  135  9.999999999999999e-31  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000000207007  hitchhiker  0.00445241 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4832  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  32.63 
 
 
708 aa  135  9.999999999999999e-31  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0347  diguanylate cyclase with hemerythrin-like metal-binding domain  44.13 
 
 
531 aa  135  9.999999999999999e-31  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2045  diguanylate cyclase  42.25 
 
 
243 aa  135  9.999999999999999e-31  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1153  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  26.71 
 
 
936 aa  134  1.9999999999999998e-30  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.90611  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2322  diguanylate cyclase  43.48 
 
 
354 aa  134  1.9999999999999998e-30  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1368  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  32.04 
 
 
818 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.567434  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>