More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene GSU1643 on replicon NC_002939
Organism: Geobacter sulfurreducens PCA



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002939  GSU1643  GGDEF/response regulator receiver domain-containing protein  100 
 
 
316 aa  642    Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.176359  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2442  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  52.79 
 
 
316 aa  331  1e-89  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.103678  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1671  response regulator/GGDEF domain-containing protein  52.2 
 
 
322 aa  327  1.0000000000000001e-88  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1846  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.89 
 
 
314 aa  241  1e-62  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0600  response regulator receiver protein  43.52 
 
 
301 aa  229  4e-59  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2313  response regulator  43.05 
 
 
301 aa  217  2e-55  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.483613  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2192  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.57 
 
 
303 aa  213  1.9999999999999998e-54  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2693  diguanylate cyclase  40.33 
 
 
302 aa  209  4e-53  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3625  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.45 
 
 
322 aa  209  4e-53  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3557  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.45 
 
 
322 aa  209  5e-53  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.457648  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3851  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.29 
 
 
634 aa  207  1e-52  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0571122  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3473  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.58 
 
 
351 aa  208  1e-52  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1139  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.84 
 
 
308 aa  206  4e-52  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1169  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.84 
 
 
308 aa  206  4e-52  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0178  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.28 
 
 
322 aa  205  1e-51  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.895619 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0926  response regulator PleD  40.72 
 
 
455 aa  196  6e-49  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.773886 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0195  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.98 
 
 
309 aa  191  1e-47  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0106599  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3376  GGDEF/response regulator receiver domain-containing protein  39.14 
 
 
308 aa  189  4e-47  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1477  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.6 
 
 
317 aa  189  4e-47  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1203  response regulator  36.31 
 
 
634 aa  187  2e-46  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1382  response regulator receiver protein  36.96 
 
 
302 aa  186  4e-46  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1290  response regulator PleD  40.34 
 
 
457 aa  186  5e-46  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0138689  hitchhiker  0.00259394 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1348  response regulator PleD  38.34 
 
 
457 aa  185  8e-46  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2067  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  32.89 
 
 
317 aa  184  1.0000000000000001e-45  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0069  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.08 
 
 
314 aa  185  1.0000000000000001e-45  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.840661 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2041  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  32.89 
 
 
317 aa  184  1.0000000000000001e-45  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1382  response regulator PleD  40.7 
 
 
457 aa  182  5.0000000000000004e-45  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.390598 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0157  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.19 
 
 
917 aa  180  2e-44  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0963  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.09 
 
 
300 aa  181  2e-44  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0133  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.1 
 
 
461 aa  180  2.9999999999999997e-44  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2951  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.94 
 
 
306 aa  180  2.9999999999999997e-44  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0119  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.42 
 
 
324 aa  180  2.9999999999999997e-44  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.969085  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2463  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.59 
 
 
301 aa  180  2.9999999999999997e-44  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1332  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.94 
 
 
306 aa  180  2.9999999999999997e-44  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2815  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.87 
 
 
457 aa  179  4e-44  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.631579  normal  0.0857187 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2023  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  33.33 
 
 
632 aa  179  4e-44  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3614  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.08 
 
 
310 aa  179  4e-44  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2383  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  33.99 
 
 
434 aa  179  4.999999999999999e-44  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00665942 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2955  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.99 
 
 
308 aa  179  5.999999999999999e-44  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3005  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.75 
 
 
303 aa  178  1e-43  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000288968 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1750  response regulator PleD  38.57 
 
 
457 aa  177  3e-43  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.263569  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3583  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.06 
 
 
322 aa  176  5e-43  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000864033 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1006  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  34.97 
 
 
312 aa  176  6e-43  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0847  two component diguanylate cyclase  34.05 
 
 
327 aa  174  1.9999999999999998e-42  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4746  response regulator PleD  37.41 
 
 
466 aa  172  6.999999999999999e-42  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0979514  normal  0.753316 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1513  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.54 
 
 
301 aa  172  6.999999999999999e-42  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.0153071 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3528  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.58 
 
 
310 aa  171  2e-41  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1554  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  33.77 
 
 
419 aa  171  2e-41  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0221  response regulator PleD  35.96 
 
 
460 aa  170  3e-41  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3677  response regulator PleD  36.18 
 
 
461 aa  170  3e-41  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  decreased coverage  0.00345303  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3308  response regulator PleD  38.1 
 
 
457 aa  170  3e-41  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.268667  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2459  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.37 
 
 
335 aa  170  3e-41  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.685644  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0709  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.28 
 
 
322 aa  170  4e-41  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.169559 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0841  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  31.73 
 
 
715 aa  169  8e-41  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.101081  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2880  GGDEF  48.39 
 
 
410 aa  169  8e-41  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.16195  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0719  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.53 
 
 
307 aa  168  1e-40  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1706  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  34.29 
 
 
324 aa  168  1e-40  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0207  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  51.7 
 
 
772 aa  168  1e-40  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.53871  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2715  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.27 
 
 
314 aa  168  1e-40  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2413  response regulator PleD  35.46 
 
 
457 aa  167  2e-40  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.592932  normal  0.173821 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4177  diguanylate cyclase  36.9 
 
 
347 aa  167  2e-40  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1830  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.22 
 
 
941 aa  166  2.9999999999999998e-40  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0365  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.22 
 
 
308 aa  166  4e-40  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7417  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.79 
 
 
457 aa  166  5e-40  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.196799  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6679  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.86 
 
 
457 aa  166  5e-40  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3038  response regulator PleD  35.46 
 
 
457 aa  166  5e-40  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.372566  normal  0.319547 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1497  response regulator PleD  37.45 
 
 
454 aa  166  5.9999999999999996e-40  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.122959 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1319  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  51.41 
 
 
610 aa  166  6.9999999999999995e-40  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.104887  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1525  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.23 
 
 
316 aa  166  6.9999999999999995e-40  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.15223e-23 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0723  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.01 
 
 
540 aa  166  6.9999999999999995e-40  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3541  response regulator PleD  35.46 
 
 
457 aa  165  1.0000000000000001e-39  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0019  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  34.56 
 
 
341 aa  164  2.0000000000000002e-39  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0416556  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1645  hypothetical protein  34.38 
 
 
344 aa  164  2.0000000000000002e-39  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.176846  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00466  Putative two-component system regulatory protein with GGDEF domain  35.06 
 
 
414 aa  164  2.0000000000000002e-39  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.6149  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4132  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  34.55 
 
 
310 aa  163  3e-39  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0304  response regulator PleD  33 
 
 
458 aa  163  3e-39  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.0864091  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4336  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  34.55 
 
 
310 aa  162  6e-39  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5250  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  33.85 
 
 
360 aa  162  6e-39  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.395511  normal  0.949965 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2442  response regulator PleD  36.04 
 
 
457 aa  162  6e-39  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.696702  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1030  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.26 
 
 
330 aa  162  7e-39  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.33399 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1864  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.07 
 
 
457 aa  162  7e-39  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.831894  normal  0.121309 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0610  response regulator PleD  35.1 
 
 
461 aa  161  1e-38  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.961713  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3123  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  34.41 
 
 
312 aa  161  1e-38  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1597  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  32.91 
 
 
313 aa  160  2e-38  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1432  response regulator PleD  36.04 
 
 
457 aa  161  2e-38  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0623  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.74 
 
 
556 aa  160  2e-38  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.322116  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1577  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  34.6 
 
 
314 aa  160  2e-38  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4204  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  34.22 
 
 
310 aa  160  2e-38  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1507  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.08 
 
 
308 aa  160  3e-38  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.914031 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3350  sensor histidine kinase/GGDEF domain-containing protein  38.41 
 
 
565 aa  160  3e-38  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0319  two component diguanylate cyclase  34.91 
 
 
661 aa  160  3e-38  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1192  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.38 
 
 
316 aa  160  3e-38  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2407  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.86 
 
 
443 aa  160  3e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0296488 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0065  response regulator receiver protein  35.86 
 
 
305 aa  160  4e-38  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0773  response regulator PleD  31.8 
 
 
458 aa  160  4e-38  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3210  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  32.43 
 
 
337 aa  159  7e-38  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.32327  normal  0.712325 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1974  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  33.14 
 
 
340 aa  159  7e-38  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal  0.098619 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1684  GGDEF domain-containing protein  32.45 
 
 
323 aa  159  8e-38  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0462  3-deoxy-d-manno-octulosonic-acid transferase  34.32 
 
 
422 aa  158  1e-37  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3251  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  34.38 
 
 
341 aa  158  1e-37  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.61058  normal  0.330404 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>