More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rleg_1382 on replicon NC_012850
Organism: Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012850  Rleg_1382  response regulator PleD  100 
 
 
457 aa  917    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.390598 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1750  response regulator PleD  75.93 
 
 
457 aa  710    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.263569  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0926  response regulator PleD  76.37 
 
 
455 aa  709    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.773886 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1290  response regulator PleD  96.06 
 
 
457 aa  886    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0138689  hitchhiker  0.00259394 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1348  response regulator PleD  59.52 
 
 
457 aa  538  9.999999999999999e-153  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4746  response regulator PleD  56.44 
 
 
466 aa  511  1e-144  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0979514  normal  0.753316 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2413  response regulator PleD  57.33 
 
 
457 aa  506  9.999999999999999e-143  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.592932  normal  0.173821 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3038  response regulator PleD  57.33 
 
 
457 aa  506  9.999999999999999e-143  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.372566  normal  0.319547 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3541  response regulator PleD  56.89 
 
 
457 aa  501  1e-141  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2442  response regulator PleD  57.11 
 
 
457 aa  503  1e-141  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.696702  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2815  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  55.9 
 
 
457 aa  493  9.999999999999999e-139  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.631579  normal  0.0857187 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7417  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  53.39 
 
 
457 aa  494  9.999999999999999e-139  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.196799  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3308  response regulator PleD  55.36 
 
 
457 aa  488  1e-137  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.268667  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1432  response regulator PleD  54.7 
 
 
457 aa  482  1e-135  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3677  response regulator PleD  53.8 
 
 
461 aa  483  1e-135  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  decreased coverage  0.00345303  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6679  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  53.83 
 
 
457 aa  473  1e-132  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1864  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  52.3 
 
 
457 aa  467  9.999999999999999e-131  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.831894  normal  0.121309 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0610  response regulator PleD  52.06 
 
 
461 aa  463  1e-129  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.961713  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0575  response regulator PleD  51.84 
 
 
456 aa  452  1.0000000000000001e-126  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0424  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  52.19 
 
 
469 aa  448  1.0000000000000001e-124  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.97349 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0967  diguanylate cyclase  51.86 
 
 
457 aa  442  1e-123  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.555277  normal  0.0207283 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0931  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  51.86 
 
 
457 aa  442  1e-123  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.436852  normal  0.104843 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0907  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  51.2 
 
 
457 aa  440  9.999999999999999e-123  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.401363  normal  0.40647 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1277  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  51.41 
 
 
454 aa  424  1e-117  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.410696  normal  0.0388481 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1497  response regulator PleD  50 
 
 
454 aa  421  1e-116  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.122959 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1213  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  48.81 
 
 
457 aa  421  1e-116  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002978  WD0221  response regulator PleD  47.63 
 
 
460 aa  415  9.999999999999999e-116  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0304  response regulator PleD  46.17 
 
 
458 aa  409  1e-113  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.0864091  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0773  response regulator PleD  45.63 
 
 
458 aa  411  1e-113  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0512  response regulator PleD  40.35 
 
 
456 aa  340  2.9999999999999998e-92  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2820  response regulator  39.19 
 
 
462 aa  305  1.0000000000000001e-81  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.229785  normal  0.330149 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3131  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.87 
 
 
464 aa  293  3e-78  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.308445 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2337  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.22 
 
 
461 aa  243  5e-63  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.114554  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0413  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.63 
 
 
461 aa  237  3e-61  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2069  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.96 
 
 
461 aa  236  6e-61  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3982  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  34.18 
 
 
464 aa  209  1e-52  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.679076  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2174  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  30.69 
 
 
467 aa  208  2e-52  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0868971  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0069  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.16 
 
 
314 aa  192  1e-47  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.840661 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0195  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.87 
 
 
309 aa  185  1.0000000000000001e-45  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0106599  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2052  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  30.16 
 
 
481 aa  183  6e-45  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_5086  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  29.76 
 
 
465 aa  183  7e-45  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1643  GGDEF/response regulator receiver domain-containing protein  40.7 
 
 
316 aa  182  8.000000000000001e-45  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.176359  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3376  GGDEF/response regulator receiver domain-containing protein  37.58 
 
 
308 aa  182  1e-44  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2076  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  29.96 
 
 
481 aa  181  2e-44  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  hitchhiker  0.00773841  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1332  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.74 
 
 
306 aa  177  3e-43  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2442  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.16 
 
 
316 aa  177  3e-43  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.103678  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1169  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  34.67 
 
 
308 aa  176  5e-43  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1139  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  34.67 
 
 
308 aa  176  5e-43  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0178  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.12 
 
 
322 aa  176  9e-43  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.895619 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2951  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.08 
 
 
306 aa  175  9.999999999999999e-43  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1846  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36 
 
 
314 aa  176  9.999999999999999e-43  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1278  sensory box protein/response regulator  32.48 
 
 
705 aa  173  5.999999999999999e-42  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.517683  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0963  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.12 
 
 
300 aa  173  5.999999999999999e-42  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0841  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  30.37 
 
 
715 aa  172  1e-41  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.101081  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3614  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  34.11 
 
 
310 aa  170  4e-41  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1098  PAS:GGDEF  32.75 
 
 
705 aa  169  9e-41  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5014  response regulator/sensory box/GGDEF domain/EAL domain protein  31.09 
 
 
719 aa  168  2e-40  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3973  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.54 
 
 
362 aa  168  2e-40  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.415221  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3583  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.6 
 
 
322 aa  167  2.9999999999999998e-40  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000864033 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1513  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.93 
 
 
301 aa  166  5.9999999999999996e-40  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.0153071 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3625  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  34.64 
 
 
322 aa  166  6.9999999999999995e-40  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3848  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.53 
 
 
703 aa  166  1.0000000000000001e-39  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.343403  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3473  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  33.98 
 
 
351 aa  165  2.0000000000000002e-39  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3557  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  34.54 
 
 
322 aa  164  3e-39  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.457648  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2458  diguanylate cyclase  48.35 
 
 
343 aa  164  4.0000000000000004e-39  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.709604 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0133  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  30.87 
 
 
461 aa  164  4.0000000000000004e-39  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2463  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  33.46 
 
 
301 aa  163  5.0000000000000005e-39  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3647  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.32 
 
 
359 aa  163  7e-39  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.745021  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3528  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.68 
 
 
310 aa  162  9e-39  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3350  sensor histidine kinase/GGDEF domain-containing protein  36.2 
 
 
565 aa  162  1e-38  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0157  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  30.34 
 
 
917 aa  162  2e-38  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1382  response regulator receiver protein  37.89 
 
 
302 aa  162  2e-38  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1309  GGDEF  34.37 
 
 
334 aa  161  3e-38  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00365402 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0207  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  47.95 
 
 
772 aa  160  4e-38  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.53871  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3787  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.3 
 
 
344 aa  160  4e-38  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.919533  normal  0.90313 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16500  two-component response regulator  35.8 
 
 
347 aa  160  4e-38  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.67066  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3956  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.89 
 
 
357 aa  159  7e-38  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.892783  normal  0.485051 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1350  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  30.37 
 
 
715 aa  159  1e-37  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3967  putative response regulator of a two-component system  35.91 
 
 
335 aa  159  1e-37  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000645274  normal  0.0110626 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0600  response regulator receiver protein  36.18 
 
 
301 aa  159  1e-37  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1436  two-component response regulator  35.74 
 
 
327 aa  158  2e-37  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.462819  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1380  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  30.37 
 
 
715 aa  158  2e-37  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.923401  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2041  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.04 
 
 
317 aa  158  2e-37  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2067  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.04 
 
 
317 aa  158  2e-37  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3449  diguanylate cyclase  37.58 
 
 
357 aa  158  2e-37  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.103484 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2018  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.53 
 
 
355 aa  156  6e-37  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.414914  normal  0.602726 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1319  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  44.39 
 
 
610 aa  156  7e-37  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.104887  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1099  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  34.23 
 
 
334 aa  156  8e-37  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1380  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  29.81 
 
 
454 aa  156  9e-37  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00781234  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0043  diguanylate cyclase  35.47 
 
 
580 aa  156  9e-37  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1203  response regulator  34.69 
 
 
634 aa  155  1e-36  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2679  diguanylate cyclase  45.05 
 
 
459 aa  155  1e-36  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_5066  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  31.63 
 
 
338 aa  155  1e-36  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1228  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  33.33 
 
 
349 aa  155  1e-36  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1058  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  34.23 
 
 
333 aa  155  1e-36  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0856452  normal  0.699737 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1645  hypothetical protein  33.44 
 
 
344 aa  155  1e-36  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.176846  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3139  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  31.72 
 
 
676 aa  155  2e-36  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.990746 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4124  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  34.65 
 
 
334 aa  155  2e-36  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.113929  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4228  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  34.14 
 
 
334 aa  155  2e-36  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2326  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  33.45 
 
 
536 aa  154  2.9999999999999998e-36  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>