More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mpop_0907 on replicon NC_010725
Organism: Methylobacterium populi BJ001



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010505  Mrad2831_1864  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  72.43 
 
 
457 aa  669    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.831894  normal  0.121309 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7417  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  71.12 
 
 
457 aa  650    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.196799  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0967  diguanylate cyclase  95.19 
 
 
457 aa  821    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.555277  normal  0.0207283 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0931  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  95.19 
 
 
457 aa  821    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.436852  normal  0.104843 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0907  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  100 
 
 
457 aa  905    Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.401363  normal  0.40647 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6679  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  71.55 
 
 
457 aa  623  1e-177  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4746  response regulator PleD  58.44 
 
 
466 aa  533  1e-150  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0979514  normal  0.753316 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3541  response regulator PleD  60.83 
 
 
457 aa  529  1e-149  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2413  response regulator PleD  59.52 
 
 
457 aa  523  1e-147  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.592932  normal  0.173821 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3038  response regulator PleD  59.52 
 
 
457 aa  521  1e-146  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.372566  normal  0.319547 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2442  response regulator PleD  59.3 
 
 
457 aa  520  1e-146  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.696702  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3308  response regulator PleD  58.86 
 
 
457 aa  515  1.0000000000000001e-145  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.268667  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1432  response regulator PleD  57.99 
 
 
457 aa  510  1e-143  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2815  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  54.33 
 
 
457 aa  479  1e-134  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.631579  normal  0.0857187 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1750  response regulator PleD  53.17 
 
 
457 aa  477  1e-133  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.263569  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0424  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  53.32 
 
 
469 aa  474  1e-132  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.97349 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1382  response regulator PleD  51.2 
 
 
457 aa  468  1.0000000000000001e-131  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.390598 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1290  response regulator PleD  51.64 
 
 
457 aa  466  9.999999999999999e-131  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0138689  hitchhiker  0.00259394 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1348  response regulator PleD  53.06 
 
 
457 aa  463  1e-129  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0926  response regulator PleD  52.18 
 
 
455 aa  446  1.0000000000000001e-124  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.773886 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1213  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  51.74 
 
 
457 aa  441  9.999999999999999e-123  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1497  response regulator PleD  50.22 
 
 
454 aa  432  1e-120  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.122959 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3677  response regulator PleD  46.68 
 
 
461 aa  429  1e-119  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  decreased coverage  0.00345303  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0610  response regulator PleD  44.11 
 
 
461 aa  408  1.0000000000000001e-112  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.961713  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0575  response regulator PleD  43.9 
 
 
456 aa  399  9.999999999999999e-111  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1277  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  48.35 
 
 
454 aa  401  9.999999999999999e-111  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.410696  normal  0.0388481 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0304  response regulator PleD  45.18 
 
 
458 aa  396  1e-109  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.0864091  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0773  response regulator PleD  45.39 
 
 
458 aa  397  1e-109  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0221  response regulator PleD  42.86 
 
 
460 aa  392  1e-108  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0512  response regulator PleD  38.58 
 
 
456 aa  321  1.9999999999999998e-86  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3131  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40 
 
 
464 aa  281  2e-74  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.308445 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2820  response regulator  36.52 
 
 
462 aa  272  8.000000000000001e-72  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.229785  normal  0.330149 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0413  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.61 
 
 
461 aa  223  4.9999999999999996e-57  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2069  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.61 
 
 
461 aa  221  9.999999999999999e-57  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2337  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.17 
 
 
461 aa  213  5.999999999999999e-54  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.114554  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3982  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  33.82 
 
 
464 aa  199  1.0000000000000001e-49  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.679076  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1577  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  32.17 
 
 
314 aa  187  2e-46  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3376  GGDEF/response regulator receiver domain-containing protein  40.78 
 
 
308 aa  186  8e-46  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3848  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase  35.47 
 
 
703 aa  182  9.000000000000001e-45  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.343403  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0195  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.23 
 
 
309 aa  179  7e-44  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0106599  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2174  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  30.2 
 
 
467 aa  179  9e-44  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0868971  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0069  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.84 
 
 
314 aa  177  3e-43  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.840661 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1098  PAS:GGDEF  32.17 
 
 
705 aa  173  5.999999999999999e-42  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2951  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.84 
 
 
306 aa  172  7.999999999999999e-42  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1332  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.84 
 
 
306 aa  172  9e-42  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1477  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  33.55 
 
 
317 aa  172  1e-41  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1278  sensory box protein/response regulator  31.29 
 
 
705 aa  170  4e-41  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.517683  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2442  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.28 
 
 
316 aa  169  9e-41  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.103678  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1139  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  34.96 
 
 
308 aa  168  2e-40  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1169  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  34.96 
 
 
308 aa  168  2e-40  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3973  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.74 
 
 
362 aa  168  2e-40  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.415221  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3544  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.22 
 
 
322 aa  167  5e-40  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0106122 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1372  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  30.48 
 
 
436 aa  165  1.0000000000000001e-39  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.738866  normal  0.941955 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3647  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  33.9 
 
 
359 aa  164  4.0000000000000004e-39  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.745021  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0178  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  32.09 
 
 
322 aa  163  5.0000000000000005e-39  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.895619 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1846  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.91 
 
 
314 aa  163  6e-39  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1341  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  33.03 
 
 
319 aa  163  6e-39  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1643  GGDEF/response regulator receiver domain-containing protein  36.43 
 
 
316 aa  163  7e-39  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.176359  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00466  Putative two-component system regulatory protein with GGDEF domain  32.02 
 
 
414 aa  162  1e-38  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.6149  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1269  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.42 
 
 
705 aa  160  3e-38  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5389  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.81 
 
 
372 aa  160  4e-38  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1684  GGDEF domain-containing protein  31.6 
 
 
323 aa  160  4e-38  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1767  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  30.56 
 
 
716 aa  160  6e-38  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  decreased coverage  0.00167565  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3473  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  32.43 
 
 
351 aa  159  9e-38  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3583  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.08 
 
 
322 aa  159  1e-37  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000864033 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0600  response regulator receiver protein  37.89 
 
 
301 aa  159  1e-37  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2812  diguanylate cyclase  32.78 
 
 
315 aa  158  2e-37  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3614  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  33.77 
 
 
310 aa  158  2e-37  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3967  putative response regulator of a two-component system  36.78 
 
 
335 aa  158  2e-37  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000645274  normal  0.0110626 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0133  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  33.89 
 
 
461 aa  157  3e-37  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3557  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  33 
 
 
322 aa  157  3e-37  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.457648  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2463  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.15 
 
 
301 aa  157  5.0000000000000005e-37  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3625  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  33 
 
 
322 aa  156  6e-37  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1309  GGDEF  32.94 
 
 
334 aa  156  6e-37  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00365402 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2067  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  32.11 
 
 
317 aa  156  8e-37  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2041  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  32.11 
 
 
317 aa  156  8e-37  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0365  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.31 
 
 
308 aa  155  1e-36  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4535  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.18 
 
 
345 aa  155  2e-36  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0387275  normal  0.636684 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4132  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  30.1 
 
 
310 aa  154  2e-36  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16500  two-component response regulator  35.03 
 
 
347 aa  154  2e-36  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.67066  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_5066  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  31.56 
 
 
338 aa  155  2e-36  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4336  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  30.1 
 
 
310 aa  154  4e-36  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1507  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.09 
 
 
308 aa  154  4e-36  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.914031 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2679  diguanylate cyclase  47.25 
 
 
459 aa  153  5e-36  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3851  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  34.28 
 
 
634 aa  153  5.9999999999999996e-36  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0571122  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4228  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  32.93 
 
 
334 aa  153  7e-36  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0218  diguanylate cyclase  32.56 
 
 
304 aa  153  7e-36  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1436  two-component response regulator  34.71 
 
 
327 aa  153  7e-36  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.462819  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1499  response regulator/GGDEF domain protein  33.54 
 
 
334 aa  152  1e-35  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4124  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  33.23 
 
 
334 aa  152  1e-35  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.113929  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0119  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  33.55 
 
 
324 aa  152  1e-35  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.969085  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2089  diguanylate cyclase  30.65 
 
 
306 aa  152  1e-35  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1494  response regulator/GGDEF domain-containing protein  32.93 
 
 
335 aa  151  2e-35  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.799611 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0019  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.08 
 
 
341 aa  151  2e-35  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0416556  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1099  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  32.62 
 
 
334 aa  151  2e-35  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4204  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  29.77 
 
 
310 aa  151  3e-35  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1382  response regulator receiver protein  32.78 
 
 
302 aa  151  3e-35  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0319  two component diguanylate cyclase  30.28 
 
 
661 aa  150  4e-35  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2032  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  32.67 
 
 
310 aa  150  4e-35  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3528  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  32.79 
 
 
310 aa  150  4e-35  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>