More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BBta_4746 on replicon NC_009485
Organism: Bradyrhizobium sp. BTAi1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011004  Rpal_3541  response regulator PleD  86.89 
 
 
457 aa  790    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4746  response regulator PleD  100 
 
 
466 aa  945    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0979514  normal  0.753316 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1432  response regulator PleD  83.56 
 
 
457 aa  761    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2413  response regulator PleD  86.22 
 
 
457 aa  782    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.592932  normal  0.173821 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3308  response regulator PleD  88.22 
 
 
457 aa  798    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.268667  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3038  response regulator PleD  86.44 
 
 
457 aa  788    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.372566  normal  0.319547 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2442  response regulator PleD  86 
 
 
457 aa  783    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.696702  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2815  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  61.56 
 
 
457 aa  555  1e-157  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.631579  normal  0.0857187 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7417  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  56.44 
 
 
457 aa  530  1e-149  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.196799  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0926  response regulator PleD  59.11 
 
 
455 aa  525  1e-148  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.773886 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6679  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  58.44 
 
 
457 aa  518  1e-146  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1750  response regulator PleD  57.33 
 
 
457 aa  520  1e-146  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.263569  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1864  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  57.98 
 
 
457 aa  512  1e-144  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.831894  normal  0.121309 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1290  response regulator PleD  57.56 
 
 
457 aa  513  1e-144  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0138689  hitchhiker  0.00259394 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1382  response regulator PleD  56.44 
 
 
457 aa  511  1e-143  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.390598 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0424  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  54.9 
 
 
469 aa  505  9.999999999999999e-143  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.97349 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0907  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  58.44 
 
 
457 aa  500  1e-140  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.401363  normal  0.40647 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1348  response regulator PleD  56 
 
 
457 aa  498  1e-140  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0931  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  58.22 
 
 
457 aa  491  1e-137  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.436852  normal  0.104843 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0967  diguanylate cyclase  58.22 
 
 
457 aa  491  1e-137  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.555277  normal  0.0207283 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3677  response regulator PleD  51.54 
 
 
461 aa  477  1e-133  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  decreased coverage  0.00345303  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1497  response regulator PleD  52.67 
 
 
454 aa  463  1e-129  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.122959 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0610  response regulator PleD  49.67 
 
 
461 aa  449  1e-125  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.961713  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0575  response regulator PleD  49.45 
 
 
456 aa  442  1e-123  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1213  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  50.55 
 
 
457 aa  443  1e-123  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1277  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  50 
 
 
454 aa  427  1e-118  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.410696  normal  0.0388481 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0304  response regulator PleD  46.56 
 
 
458 aa  417  9.999999999999999e-116  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.0864091  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0773  response regulator PleD  46.58 
 
 
458 aa  417  9.999999999999999e-116  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0221  response regulator PleD  45.25 
 
 
460 aa  414  1e-114  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0512  response regulator PleD  41.14 
 
 
456 aa  354  2e-96  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3131  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.97 
 
 
464 aa  291  2e-77  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.308445 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2820  response regulator  37 
 
 
462 aa  282  8.000000000000001e-75  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.229785  normal  0.330149 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2069  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.14 
 
 
461 aa  224  2e-57  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0413  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.14 
 
 
461 aa  223  6e-57  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2337  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.64 
 
 
461 aa  210  4e-53  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.114554  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2174  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  31.49 
 
 
467 aa  210  5e-53  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0868971  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3982  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  32.25 
 
 
464 aa  203  7e-51  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.679076  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0069  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.7 
 
 
314 aa  193  7e-48  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.840661 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3376  GGDEF/response regulator receiver domain-containing protein  41.96 
 
 
308 aa  187  3e-46  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1139  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  32.11 
 
 
308 aa  182  8.000000000000001e-45  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1169  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  32.11 
 
 
308 aa  182  8.000000000000001e-45  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0195  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.13 
 
 
309 aa  182  1e-44  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0106599  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0178  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.82 
 
 
322 aa  182  1e-44  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.895619 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1477  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  32.69 
 
 
317 aa  179  7e-44  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3851  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.78 
 
 
634 aa  177  5e-43  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0571122  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3350  sensor histidine kinase/GGDEF domain-containing protein  34.62 
 
 
565 aa  175  1.9999999999999998e-42  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0043  diguanylate cyclase  36.43 
 
 
580 aa  174  2.9999999999999996e-42  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1577  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  30.99 
 
 
314 aa  173  6.999999999999999e-42  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3583  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.67 
 
 
322 aa  173  7.999999999999999e-42  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000864033 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1643  GGDEF/response regulator receiver domain-containing protein  37.41 
 
 
316 aa  172  1e-41  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.176359  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1332  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.91 
 
 
306 aa  171  3e-41  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2955  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.75 
 
 
308 aa  170  4e-41  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1341  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  33.33 
 
 
319 aa  170  5e-41  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2951  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.52 
 
 
306 aa  169  7e-41  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3614  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.52 
 
 
310 aa  168  1e-40  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3973  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.06 
 
 
362 aa  169  1e-40  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.415221  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3544  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  33.55 
 
 
322 aa  167  2.9999999999999998e-40  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0106122 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3557  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  34.44 
 
 
322 aa  167  5e-40  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.457648  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3625  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  34.44 
 
 
322 aa  166  9e-40  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1846  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  34.11 
 
 
314 aa  165  2.0000000000000002e-39  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3473  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  34.11 
 
 
351 aa  165  2.0000000000000002e-39  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_5066  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  32.2 
 
 
338 aa  165  2.0000000000000002e-39  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0133  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  34.22 
 
 
461 aa  164  3e-39  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1436  two-component response regulator  34.74 
 
 
327 aa  164  3e-39  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.462819  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2089  diguanylate cyclase  31.51 
 
 
306 aa  164  4.0000000000000004e-39  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2041  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  33.44 
 
 
317 aa  163  5.0000000000000005e-39  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16500  two-component response regulator  35.46 
 
 
347 aa  163  5.0000000000000005e-39  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.67066  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2067  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  33.44 
 
 
317 aa  163  5.0000000000000005e-39  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3669  diguanylate cyclase  35.14 
 
 
300 aa  163  5.0000000000000005e-39  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0119902  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2442  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  34.62 
 
 
316 aa  162  1e-38  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.103678  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1684  GGDEF domain-containing protein  29.9 
 
 
323 aa  161  3e-38  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1006  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  34.42 
 
 
312 aa  161  3e-38  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1203  response regulator  35.06 
 
 
634 aa  160  4e-38  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1513  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  34.34 
 
 
301 aa  160  4e-38  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.0153071 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3702  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  30.42 
 
 
863 aa  160  4e-38  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.170309 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2812  diguanylate cyclase  31.56 
 
 
315 aa  160  5e-38  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3647  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  33.52 
 
 
359 aa  159  7e-38  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.745021  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3123  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  30.7 
 
 
312 aa  159  1e-37  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0667  response regulator receiver domain-containing protein  31.72 
 
 
1526 aa  159  1e-37  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0280955  hitchhiker  0.000000898802 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3528  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  33.44 
 
 
310 aa  158  2e-37  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1309  GGDEF  34.29 
 
 
334 aa  158  2e-37  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00365402 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2463  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  33.22 
 
 
301 aa  157  3e-37  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4177  diguanylate cyclase  32.78 
 
 
347 aa  157  4e-37  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1372  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  28.77 
 
 
436 aa  156  8e-37  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.738866  normal  0.941955 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1499  response regulator/GGDEF domain protein  34.6 
 
 
334 aa  155  1e-36  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3470  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  34.63 
 
 
353 aa  155  1e-36  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.843913  normal  0.949354 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3956  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  34.37 
 
 
357 aa  155  1e-36  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.892783  normal  0.485051 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4055  diguanylate cyclase  34.63 
 
 
354 aa  154  2e-36  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.33875  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1382  response regulator receiver protein  31.88 
 
 
302 aa  155  2e-36  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3449  diguanylate cyclase  34.37 
 
 
357 aa  155  2e-36  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.103484 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4311  diguanylate cyclase  34.63 
 
 
354 aa  154  2e-36  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.750548  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0019  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  31.82 
 
 
341 aa  154  2.9999999999999998e-36  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0416556  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0319  two component diguanylate cyclase  32.91 
 
 
661 aa  154  2.9999999999999998e-36  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4132  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  29.04 
 
 
310 aa  153  5e-36  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4535  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.24 
 
 
345 aa  154  5e-36  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0387275  normal  0.636684 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2326  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  31.88 
 
 
536 aa  153  5e-36  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0841  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  30.9 
 
 
715 aa  154  5e-36  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.101081  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1597  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  33.66 
 
 
313 aa  153  5.9999999999999996e-36  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2023  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.05 
 
 
632 aa  153  5.9999999999999996e-36  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4204  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  29.37 
 
 
310 aa  153  5.9999999999999996e-36  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>