More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSP_0413 on replicon NC_007493
Organism: Rhodobacter sphaeroides 2.4.1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007493  RSP_0413  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  100 
 
 
461 aa  883    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2337  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  84.6 
 
 
461 aa  687    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.114554  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2069  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  99.35 
 
 
461 aa  873    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3131  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  46.54 
 
 
464 aa  350  4e-95  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.308445 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2820  response regulator  44.03 
 
 
462 aa  333  5e-90  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.229785  normal  0.330149 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2174  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.31 
 
 
467 aa  283  3.0000000000000004e-75  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0868971  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1290  response regulator PleD  38.92 
 
 
457 aa  276  5e-73  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0138689  hitchhiker  0.00259394 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3982  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.8 
 
 
464 aa  276  5e-73  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.679076  normal 
 
 
-
 
NC_002978  WD0221  response regulator PleD  33.33 
 
 
460 aa  270  4e-71  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1382  response regulator PleD  37.63 
 
 
457 aa  269  8e-71  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.390598 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1277  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.55 
 
 
454 aa  269  8e-71  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.410696  normal  0.0388481 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1750  response regulator PleD  37.83 
 
 
457 aa  268  1e-70  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.263569  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0926  response regulator PleD  38.86 
 
 
455 aa  268  2e-70  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.773886 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2815  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.61 
 
 
457 aa  263  4e-69  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.631579  normal  0.0857187 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4746  response regulator PleD  37.14 
 
 
466 aa  256  5e-67  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0979514  normal  0.753316 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0773  response regulator PleD  32.4 
 
 
458 aa  253  4.0000000000000004e-66  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0304  response regulator PleD  31.55 
 
 
458 aa  249  9e-65  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.0864091  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1497  response regulator PleD  37.39 
 
 
454 aa  248  2e-64  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.122959 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1432  response regulator PleD  39.06 
 
 
457 aa  246  4.9999999999999997e-64  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7417  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.42 
 
 
457 aa  245  9.999999999999999e-64  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.196799  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3038  response regulator PleD  38.26 
 
 
457 aa  244  1.9999999999999999e-63  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.372566  normal  0.319547 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1348  response regulator PleD  36.05 
 
 
457 aa  244  1.9999999999999999e-63  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2442  response regulator PleD  37.39 
 
 
457 aa  243  3.9999999999999997e-63  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.696702  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3541  response regulator PleD  36.74 
 
 
457 aa  243  5e-63  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1213  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.07 
 
 
457 aa  243  7e-63  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2413  response regulator PleD  36.96 
 
 
457 aa  238  1e-61  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.592932  normal  0.173821 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0512  response regulator PleD  32.26 
 
 
456 aa  239  1e-61  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3308  response regulator PleD  36.96 
 
 
457 aa  238  2e-61  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.268667  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1864  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.81 
 
 
457 aa  238  2e-61  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.831894  normal  0.121309 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0907  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.27 
 
 
457 aa  230  4e-59  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.401363  normal  0.40647 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3677  response regulator PleD  34.54 
 
 
461 aa  228  2e-58  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  decreased coverage  0.00345303  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0424  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.13 
 
 
469 aa  226  7e-58  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.97349 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6679  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.97 
 
 
457 aa  224  2e-57  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0967  diguanylate cyclase  37.66 
 
 
457 aa  223  4e-57  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.555277  normal  0.0207283 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0931  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.66 
 
 
457 aa  223  4e-57  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.436852  normal  0.104843 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0610  response regulator PleD  34.82 
 
 
461 aa  217  2.9999999999999998e-55  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.961713  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0575  response regulator PleD  35.24 
 
 
456 aa  216  8e-55  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1780  diguanylate cyclase  28.47 
 
 
414 aa  159  1e-37  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1372  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  30.22 
 
 
436 aa  149  1.0000000000000001e-34  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.738866  normal  0.941955 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0659  diguanylate cyclase  27.29 
 
 
417 aa  142  9.999999999999999e-33  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.0149639  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3614  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.17 
 
 
310 aa  140  7e-32  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0069  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  34.9 
 
 
314 aa  136  7.000000000000001e-31  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.840661 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1829  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  30.11 
 
 
754 aa  135  9.999999999999999e-31  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  unclonable  0.00000110456  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3138  diguanylate cyclase with GAF sensor  42.21 
 
 
345 aa  135  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1193  diguanylate cyclase  26.76 
 
 
415 aa  135  1.9999999999999998e-30  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1332  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.47 
 
 
306 aa  135  1.9999999999999998e-30  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2951  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.08 
 
 
306 aa  134  3e-30  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00724  putative response regulator  31.75 
 
 
329 aa  134  3e-30  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0963  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  34.98 
 
 
300 aa  134  3.9999999999999996e-30  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3848  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.23 
 
 
703 aa  133  5e-30  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.343403  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0096  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.13 
 
 
407 aa  132  1.0000000000000001e-29  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.758352  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1984  threonine dehydratase  31.25 
 
 
418 aa  132  1.0000000000000001e-29  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.241676  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0462  3-deoxy-d-manno-octulosonic-acid transferase  25.06 
 
 
422 aa  132  1.0000000000000001e-29  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3816  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  48.21 
 
 
797 aa  132  1.0000000000000001e-29  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.250791  normal  0.392847 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2699  diguanylate cyclase  46.55 
 
 
251 aa  131  3e-29  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1597  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.87 
 
 
860 aa  130  3e-29  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.711633  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3376  GGDEF/response regulator receiver domain-containing protein  34.51 
 
 
308 aa  130  4.0000000000000003e-29  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1136  diguanylate cyclase  40.38 
 
 
582 aa  130  5.0000000000000004e-29  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1617  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.87 
 
 
860 aa  130  6e-29  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2710  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  28.42 
 
 
704 aa  129  1.0000000000000001e-28  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00325078 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0365  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.9 
 
 
308 aa  129  1.0000000000000001e-28  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3998  diguanylate cyclase  41.18 
 
 
591 aa  129  1.0000000000000001e-28  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03265  hypothetical protein  28.07 
 
 
403 aa  128  2.0000000000000002e-28  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4234  diguanylate cyclase  46.77 
 
 
539 aa  128  2.0000000000000002e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.256126 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4730  diguanylate cyclase  48.69 
 
 
572 aa  128  2.0000000000000002e-28  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3217  diguanylate cyclase  43.65 
 
 
345 aa  128  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.201545  normal  0.0694192 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0241  diguanylate cyclase  38.18 
 
 
640 aa  128  2.0000000000000002e-28  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2326  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  34.07 
 
 
536 aa  127  3e-28  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6178  diguanylate cyclase  48.21 
 
 
492 aa  127  3e-28  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.837587  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1536  diguanylate cyclase  37.95 
 
 
278 aa  128  3e-28  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.370191  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1901  diguanylate cyclase  48.21 
 
 
492 aa  127  3e-28  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2505  GAF domain/GGDEF domain-containing protein  43.72 
 
 
345 aa  127  4.0000000000000003e-28  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.430442  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1513  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  34.55 
 
 
301 aa  127  5e-28  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.0153071 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1741  diguanylate cyclase  43.75 
 
 
374 aa  127  5e-28  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.564976  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3140  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  28.82 
 
 
754 aa  127  5e-28  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0995  diguanylate cyclase with GAF sensor  47.93 
 
 
792 aa  127  6e-28  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.37011  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1156  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  41.46 
 
 
859 aa  126  7e-28  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0136706  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4400  diguanylate cyclase  46.24 
 
 
681 aa  126  9e-28  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.118889  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1924  diguanylate cyclase  47.62 
 
 
492 aa  126  9e-28  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.268801  normal  0.495061 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0841  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  29.93 
 
 
715 aa  126  9e-28  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.101081  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0719  diguanylate cyclase  43.58 
 
 
370 aa  125  1e-27  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1325  sensory box protein  38.79 
 
 
428 aa  125  1e-27  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.294155  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1506  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  28.21 
 
 
704 aa  125  1e-27  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1025  diguanylate cyclase  48.21 
 
 
492 aa  125  1e-27  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1021  diguanylate cyclase  48.21 
 
 
492 aa  125  1e-27  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0128107  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2350  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  46.89 
 
 
1000 aa  125  2e-27  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.521127 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0299  hypothetical protein  40.57 
 
 
609 aa  125  2e-27  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2189  diguanylate cyclase with GAF sensor  39.2 
 
 
415 aa  125  2e-27  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1306  diguanylate cyclase  40.12 
 
 
615 aa  125  2e-27  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.550913  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3087  diguanylate cyclase  38.89 
 
 
361 aa  125  2e-27  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2487  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  30.35 
 
 
735 aa  125  2e-27  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1723  diguanylate cyclase  34.83 
 
 
420 aa  124  3e-27  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.428268  hitchhiker  0.00000158997 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0283  hypothetical protein  40.57 
 
 
709 aa  124  3e-27  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0744  diguanylate cyclase  44.94 
 
 
753 aa  124  4e-27  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.165088  normal  0.416995 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2940  sensor diguanylate cyclase  42.63 
 
 
571 aa  124  4e-27  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3557  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  34.18 
 
 
322 aa  124  4e-27  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.457648  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1684  GGDEF domain-containing protein  31.56 
 
 
323 aa  124  4e-27  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3647  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.68 
 
 
359 aa  124  5e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.745021  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3625  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  34.18 
 
 
322 aa  124  5e-27  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00420  GGDEF domain protein  40.28 
 
 
464 aa  123  5e-27  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>