More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rleg_4234 on replicon NC_012850
Organism: Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011369  Rleg2_3910  diguanylate cyclase  89.05 
 
 		 537 aa  974    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.283041  normal  0.244259 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4234  diguanylate cyclase  100 
 
 		 539 aa  1090    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.256126 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3430  diguanylate cyclase  41.3 
 
 		 513 aa  144  4e-33  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1290  response regulator PleD  47.59 
 
 		 457 aa  144  6e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0138689  hitchhiker  0.00259394 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1382  response regulator PleD  48.8 
 
 		 457 aa  144  6e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.390598 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1272  diguanylate cyclase  48.8 
 
 		 632 aa  140  7.999999999999999e-32  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0623275  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3816  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  44.77 
 
 		 797 aa  139  8.999999999999999e-32  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.250791  normal  0.392847 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1893  hypothetical protein  46.19 
 
 		 533 aa  139  2e-31  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0317418  normal  0.65749 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0645  diguanylate cyclase  41.07 
 
 		 659 aa  139  2e-31  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3677  response regulator PleD  46.11 
 
 		 461 aa  138  3.0000000000000003e-31  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  decreased coverage  0.00345303  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0926  response regulator PleD  48.5 
 
 		 455 aa  138  3.0000000000000003e-31  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.773886 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2151  diguanylate cyclase  47.65 
 
 		 583 aa  137  4e-31  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.984421  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_26970  hypothetical protein  45.2 
 
 		 525 aa  137  4e-31  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2422  diguanylate cyclase  45.6 
 
 		 532 aa  137  5e-31  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.257185  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2189  diguanylate cyclase with GAF sensor  45.35 
 
 		 415 aa  137  6.0000000000000005e-31  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2626  diguanylate cyclase  40.98 
 
 		 591 aa  136  9.999999999999999e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.138484  normal  0.0100044 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1677  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.95 
 
 		 512 aa  136  9.999999999999999e-31  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00717505  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2284  hypothetical protein  45.61 
 
 		 525 aa  135  9.999999999999999e-31  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0619167  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0525  diguanylate cyclase  44.51 
 
 		 585 aa  135  9.999999999999999e-31  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0241  diguanylate cyclase  42.11 
 
 		 640 aa  134  3e-30  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2508  diguanylate cyclase  45.86 
 
 		 387 aa  134  3e-30  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.844584 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0470  GGDEF  47.34 
 
 		 412 aa  134  5e-30  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.606028 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2693  diguanylate cyclase  44.2 
 
 		 570 aa  134  5e-30  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0402  diguanylate cyclase  46.86 
 
 		 866 aa  134  6e-30  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.362695  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2350  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  41.79 
 
 		 1000 aa  134  6e-30  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.521127 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0207  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.13 
 
 		 772 aa  133  7.999999999999999e-30  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.53871  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3546  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  45.9 
 
 		 438 aa  133  9e-30  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0176083 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3627  diguanylate cyclase  43.02 
 
 		 526 aa  132  1.0000000000000001e-29  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0645  serine/threonine protein kinase  44.64 
 
 		 1644 aa  132  1.0000000000000001e-29  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0171562  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0304  diguanylate cyclase  44.19 
 
 		 464 aa  133  1.0000000000000001e-29  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0330  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.7 
 
 		 531 aa  132  2.0000000000000002e-29  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1750  response regulator PleD  43.75 
 
 		 457 aa  132  2.0000000000000002e-29  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.263569  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1194  diguanylate cyclase  45.88 
 
 		 471 aa  132  2.0000000000000002e-29  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.361877  normal  0.129887 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3816  diguanylate cyclase  41.86 
 
 		 526 aa  131  2.0000000000000002e-29  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0538  diguanylate cyclase  43.96 
 
 		 585 aa  132  2.0000000000000002e-29  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2673  diguanylate cyclase  39.15 
 
 		 411 aa  131  3e-29  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.150858 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0495  diguanylate cyclase  42.94 
 
 		 574 aa  131  3e-29  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.355875  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0539  GGDEF  40.86 
 
 		 432 aa  130  5.0000000000000004e-29  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0124  diguanylate cyclase  44.17 
 
 		 492 aa  130  5.0000000000000004e-29  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00884448  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2709  GGDEF domain-containing protein  40.47 
 
 		 411 aa  130  5.0000000000000004e-29  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.887365  normal  0.569285 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1348  response regulator PleD  46.67 
 
 		 457 aa  130  5.0000000000000004e-29  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2896  cellulose binding, type IV  33.87 
 
 		 443 aa  130  6e-29  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00808862 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4730  diguanylate cyclase  43.5 
 
 		 572 aa  130  6e-29  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0995  diguanylate cyclase with GAF sensor  43.68 
 
 		 792 aa  130  7.000000000000001e-29  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.37011  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3203  diguanylate cyclase  38.72 
 
 		 569 aa  130  8.000000000000001e-29  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0987619 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3362  diguanylate cyclase  42.29 
 
 		 380 aa  130  8.000000000000001e-29  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2820  response regulator  45.81 
 
 		 462 aa  129  9.000000000000001e-29  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.229785  normal  0.330149 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1006  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  44.17 
 
 		 312 aa  129  9.000000000000001e-29  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1477  diguanylate cyclase  43.75 
 
 		 411 aa  129  1.0000000000000001e-28  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  decreased coverage  0.000000000124607  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1357  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.07 
 
 		 901 aa  129  1.0000000000000001e-28  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.000000351362  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0309  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.08 
 
 		 827 aa  129  1.0000000000000001e-28  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0510078  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1387  cyclic nucleotide-binding protein  36.49 
 
 		 320 aa  129  1.0000000000000001e-28  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000243824  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3537  GGDEF family protein  42.37 
 
 		 393 aa  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2607  diguanylate cyclase  42.26 
 
 		 316 aa  129  1.0000000000000001e-28  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.000143356  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0691  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  46.34 
 
 		 686 aa  129  2.0000000000000002e-28  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.343759  normal  0.118762 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2940  sensor diguanylate cyclase  43.48 
 
 		 571 aa  128  2.0000000000000002e-28  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4930  diguanylate cyclase  46.06 
 
 		 530 aa  128  3e-28  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.22973 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1814  diguanylate cyclase  42.86 
 
 		 267 aa  128  3e-28  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1012  diguanylate cyclase  39.57 
 
 		 295 aa  128  3e-28  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0424  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.35 
 
 		 469 aa  127  4.0000000000000003e-28  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.97349 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3846  diguanylate cyclase  38.17 
 
 		 405 aa  127  4.0000000000000003e-28  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1148  diguanylate cyclase  39.29 
 
 		 634 aa  127  4.0000000000000003e-28  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0203006  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0676  diguanylate cyclase  40.82 
 
 		 550 aa  127  4.0000000000000003e-28  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0260909  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2413  diguanylate cyclase  46.89 
 
 		 544 aa  127  5e-28  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1583  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.39 
 
 		 444 aa  127  5e-28  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.185074  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2747  diguanylate cyclase  42.2 
 
 		 261 aa  127  5e-28  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.86983  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2339  diguanylate cyclase  45.76 
 
 		 307 aa  127  5e-28  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3152  diguanylate cyclase  41.71 
 
 		 653 aa  127  5e-28  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.000175722  hitchhiker  0.00223393 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1471  diguanylate cyclase  34.74 
 
 		 339 aa  127  6e-28  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.435801  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0384  diguanylate cyclase  43.98 
 
 		 486 aa  127  6e-28  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2318  diguanylate cyclase  38.46 
 
 		 363 aa  127  6e-28  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1497  response regulator PleD  44.51 
 
 		 454 aa  126  8.000000000000001e-28  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.122959 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2546  diguanylate cyclase  40.47 
 
 		 564 aa  126  8.000000000000001e-28  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0032266  normal  1 
 
 
-
 
NC_007961  Nham_4588  diguanylate cyclase  40.84 
 
 		 613 aa  126  8.000000000000001e-28  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0646445  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3525  diguanylate cyclase  37.66 
 
 		 227 aa  126  9e-28  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.395826  normal  0.08798 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1433  diguanylate cyclase  42.86 
 
 		 387 aa  126  9e-28  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.58748  normal  0.153521 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1477  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.59 
 
 		 317 aa  126  1e-27  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1346  sensory box/GGDEF domain protein  42.78 
 
 		 425 aa  126  1e-27  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1056  diguanylate cyclase  43.18 
 
 		 580 aa  126  1e-27  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.77678  normal  0.689214 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3968  diguanylate cyclase  36.62 
 
 		 385 aa  125  1e-27  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1109  diguanylate cyclase  40.46 
 
 		 532 aa  126  1e-27  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0817  diguanylate cyclase  38.79 
 
 		 1826 aa  125  1e-27  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1485  diguanylate cyclase  44.71 
 
 		 490 aa  125  2e-27  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4457  GGDEF domain-containing protein  42.11 
 
 		 485 aa  125  2e-27  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1511  diguanylate cyclase with GAF sensor  42.05 
 
 		 557 aa  125  2e-27  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00005186  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7417  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  46.67 
 
 		 457 aa  125  2e-27  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.196799  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2420  diguanylate cyclase  40.36 
 
 		 532 aa  125  2e-27  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.499921  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1872  diguanylate cyclase  43.92 
 
 		 586 aa  125  2e-27  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.10295  normal  0.872274 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1136  diguanylate cyclase  39.19 
 
 		 582 aa  125  2e-27  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2077  diguanylate cyclase  44.89 
 
 		 382 aa  125  2e-27  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.793636  normal  0.406002 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1536  diguanylate cyclase  39.77 
 
 		 278 aa  125  2e-27  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.370191  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3308  diguanylate cyclase  40.35 
 
 		 603 aa  125  2e-27  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000660005  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0269  diguanylate cyclase  42.63 
 
 		 485 aa  125  2e-27  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.853723  hitchhiker  0.00000177476 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2679  diguanylate cyclase  40.76 
 
 		 459 aa  125  2e-27  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3282  diguanylate cyclase  40.91 
 
 		 523 aa  124  3e-27  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.151406  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1432  response regulator PleD  44.85 
 
 		 457 aa  124  3e-27  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3550  diguanylate cyclase  45.4 
 
 		 559 aa  124  3e-27  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.953301  normal  0.354246 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2699  diguanylate cyclase  42.37 
 
 		 251 aa  124  3e-27  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3218  diguanylate cyclase  40.35 
 
 		 532 aa  124  3e-27  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3583  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.84 
 
 		 322 aa  124  3e-27  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000864033 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>