More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputW619_3138 on replicon NC_010501
Organism: Pseudomonas putida W619



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010501  PputW619_3138  diguanylate cyclase with GAF sensor  100 
 
 		 345 aa  706    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2505  GAF domain/GGDEF domain-containing protein  71.88 
 
 		 345 aa  514  1.0000000000000001e-145  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.430442  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3217  diguanylate cyclase  71.88 
 
 		 345 aa  514  1.0000000000000001e-145  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.201545  normal  0.0694192 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2463  hypothetical protein  56.93 
 
 		 341 aa  399  9.999999999999999e-111  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.162594  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4238  diguanylate cyclase with GAF sensor  40.87 
 
 		 348 aa  266  4e-70  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4126  diguanylate cyclase with GAF sensor  40.87 
 
 		 348 aa  266  4e-70  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.859123  normal  0.0985842 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2356  diguanylate cyclase with GAF sensor  39.34 
 
 		 319 aa  233  3e-60  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.10775 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2176  diguanylate cyclase with GAF sensor  40.55 
 
 		 321 aa  231  9e-60  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.59733  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4722  diguanylate cyclase with GAF sensor  40.06 
 
 		 323 aa  226  4e-58  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.549479 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2458  diguanylate cyclase  41.28 
 
 		 343 aa  222  9.999999999999999e-57  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.709604 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1699  fused adenylate cyclase and hybrid sensor diguanylate cyclase and response regulator  37.24 
 
 		 316 aa  221  9.999999999999999e-57  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.481687 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2886  diguanylate cyclase with GAF sensor  40.35 
 
 		 326 aa  216  2.9999999999999998e-55  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.322967 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1949  diguanylate cyclase, putative  38.87 
 
 		 327 aa  216  5.9999999999999996e-55  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3260  diguanylate cyclase with GAF sensor  37.5 
 
 		 327 aa  212  1e-53  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3037  GGDEF domain-containing protein  34.13 
 
 		 320 aa  210  2e-53  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0833  diguanylate cyclase with GAF sensor  35.17 
 
 		 322 aa  210  3e-53  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0928  diguanylate cyclase  36.06 
 
 		 323 aa  209  4e-53  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.426085 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0918  diguanylate cyclase with GAF sensor  35.76 
 
 		 323 aa  209  5e-53  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0785  diguanylate cyclase with GAF sensor  36.44 
 
 		 367 aa  209  7e-53  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0894  diguanylate cyclase  35.47 
 
 		 323 aa  208  9e-53  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.499341  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3444  diguanylate cyclase  35.76 
 
 		 323 aa  208  9e-53  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3108  diguanylate cyclase with GAF sensor  34.94 
 
 		 323 aa  206  4e-52  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3513  diguanylate cyclase with GAF sensor  38.17 
 
 		 326 aa  205  7e-52  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.668666  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0864  diguanylate cyclase with GAF sensor  36.06 
 
 		 323 aa  205  7e-52  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.679659 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3158  diguanylate cyclase  38.17 
 
 		 325 aa  205  1e-51  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.0640866 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2191  diguanylate cyclase  34.82 
 
 		 417 aa  204  2e-51  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.300716  normal  0.177325 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2011  diguanylate cyclase  34.85 
 
 		 321 aa  204  2e-51  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0759816  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0181  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase  42.36 
 
 		 737 aa  201  9.999999999999999e-51  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2140  diguanylate cyclase with GAF sensor  35.95 
 
 		 318 aa  201  1.9999999999999998e-50  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.480431  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3759  GGDEF domain-containing protein  36.86 
 
 		 324 aa  198  9e-50  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3085  diguanylate cyclase  34.23 
 
 		 323 aa  198  1.0000000000000001e-49  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2826  hypothetical protein  31.82 
 
 		 314 aa  194  1e-48  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1980  diguanylate cyclase  35.83 
 
 		 417 aa  192  6e-48  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0208161  normal  0.907372 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2220  diguanylate cyclase  36.36 
 
 		 362 aa  189  5.999999999999999e-47  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3728  diguanylate cyclase  33.33 
 
 		 341 aa  187  3e-46  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.183496 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1229  diguanylate cyclase  34.19 
 
 		 356 aa  174  9.999999999999999e-43  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.586021  normal  0.0822929 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2011  diguanylate cyclase with GAF sensor  35.44 
 
 		 321 aa  167  2e-40  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0323841  normal  0.0375273 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03205  histidine kinase response regulator hybrid protein  47.65 
 
 		 542 aa  162  1e-38  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.132161  n/a   
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_4177  hypothetical protein  32.12 
 
 		 344 aa  156  5.0000000000000005e-37  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.878015 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3776  hypothetical protein  33.03 
 
 		 347 aa  155  1e-36  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00306006 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3329  PAS:GGDEF  44.12 
 
 		 732 aa  154  2.9999999999999998e-36  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00020555 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0191  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  44.69 
 
 		 743 aa  153  5e-36  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.766687  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3263  diguanylate phosphodiesterase with GAF sensor  35.97 
 
 		 669 aa  152  7e-36  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2139  diguanylate cyclase  33.33 
 
 		 343 aa  152  8e-36  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3195  sensor histidine kinase  45.11 
 
 		 438 aa  150  2e-35  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.211172  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0066  GGDEF domain-containing protein  44.69 
 
 		 743 aa  151  2e-35  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.928161  normal  0.0154172 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2420  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  46.75 
 
 		 624 aa  150  2e-35  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.533876  normal  0.201744 
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4330  diguanylate cyclase with GAF sensor  32.08 
 
 		 325 aa  149  5e-35  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0966  diguanylate cyclase  33.33 
 
 		 334 aa  149  8e-35  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1845  multi-sensor hybrid histidine kinase  46.45 
 
 		 878 aa  149  9e-35  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.187428  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1446  hypothetical protein  35.68 
 
 		 441 aa  148  1.0000000000000001e-34  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1974  diguanylate cyclase  34.53 
 
 		 336 aa  147  4.0000000000000006e-34  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.588528 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0329  diguanylate cyclase with GAF sensor  34.53 
 
 		 336 aa  147  4.0000000000000006e-34  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.832493  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1643  diguanylate cyclase with GAF sensor  49.29 
 
 		 506 aa  146  6e-34  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.65001 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0812  Stage II sporulation E family protein  44.71 
 
 		 422 aa  146  6e-34  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3672  multi-sensor signal transduction histidine kinase  44.79 
 
 		 681 aa  146  6e-34  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.497248  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2121  diguanylate cyclase  33 
 
 		 343 aa  145  8.000000000000001e-34  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.631655 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0961  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.44 
 
 		 465 aa  145  1e-33  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3060  GAF:ATP-binding region, ATPase-like:histidine kinase A, N-terminal  45.51 
 
 		 442 aa  144  2e-33  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1538  hypothetical protein  35.27 
 
 		 431 aa  144  3e-33  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0792  hypothetical protein  44.1 
 
 		 240 aa  144  3e-33  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.327217  normal  0.0268431 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4312  multi-sensor signal transduction histidine kinase  46.58 
 
 		 640 aa  144  3e-33  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009973  Haur_5198  putative PAS/PAC sensor protein  47.77 
 
 		 694 aa  144  3e-33  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2985  putative anti-sigma regulatory factor, serine/threonine protein kinase  43.59 
 
 		 321 aa  143  5e-33  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.369432  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1564  multi-sensor hybrid histidine kinase  46.79 
 
 		 1550 aa  142  7e-33  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.047002  normal  0.324166 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04155  Putative signal protein with GAF,PAS(PAC) and GGDEF domains  45.34 
 
 		 874 aa  142  8e-33  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.581833  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4543  GAF domain/GGDEF domain/EAL domain protein  29.91 
 
 		 607 aa  141  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.38768  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2494  signal transduction histidine kinase-like protein  44.05 
 
 		 1317 aa  140  3e-32  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.206751 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1130  signal transduction histidine kinase  44.91 
 
 		 1002 aa  139  4.999999999999999e-32  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.039296  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4221  EAL:GAF  30.21 
 
 		 607 aa  137  2e-31  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.236568 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0621  multi-sensor hybrid histidine kinase  48.3 
 
 		 1309 aa  137  2e-31  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.288255 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0172  signal transduction histidine kinase  36.67 
 
 		 897 aa  138  2e-31  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1877  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  38.61 
 
 		 722 aa  136  4e-31  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2479  diguanylate cyclase with GAF sensor  40.22 
 
 		 531 aa  137  4e-31  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.838154  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2149  multi-sensor hybrid histidine kinase  41.11 
 
 		 680 aa  136  5e-31  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1350  signal transduction histidine kinase  44.32 
 
 		 1016 aa  136  6.0000000000000005e-31  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.597121 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2169  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  41.46 
 
 		 722 aa  136  6.0000000000000005e-31  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0648584  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2966  diguanylate cyclase  37.29 
 
 		 386 aa  135  7.000000000000001e-31  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0175816  decreased coverage  0.00586824 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1925  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  43.6 
 
 		 728 aa  135  7.000000000000001e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0535292  normal  0.500981 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1190  PAS sensor protein  43.75 
 
 		 1041 aa  135  9.999999999999999e-31  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.0314947 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1946  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  42.07 
 
 		 722 aa  135  9.999999999999999e-31  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.146362  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2523  diguanylate cyclase  45.88 
 
 		 587 aa  134  1.9999999999999998e-30  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1392  putative sensory transduction histidine kinase  38.83 
 
 		 401 aa  134  1.9999999999999998e-30  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3048  signal transduction histidine kinase  43.29 
 
 		 1001 aa  133  3.9999999999999996e-30  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.143163  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0288  signal transduction histidine kinase  39.53 
 
 		 514 aa  132  6e-30  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.328365  normal  0.664954 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2072  signal transduction histidine kinase  45.18 
 
 		 829 aa  132  7.999999999999999e-30  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1796  multi-sensor hybrid histidine kinase  42.68 
 
 		 1965 aa  132  7.999999999999999e-30  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3496  hypothetical protein  48.57 
 
 		 497 aa  132  1.0000000000000001e-29  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.676733  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2774  diguanylate cyclase  39.23 
 
 		 530 aa  132  1.0000000000000001e-29  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2337  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  45.93 
 
 		 461 aa  131  2.0000000000000002e-29  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.114554  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2059  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  38.62 
 
 		 718 aa  131  2.0000000000000002e-29  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0475762  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0800  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  39.67 
 
 		 781 aa  130  2.0000000000000002e-29  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0136  diguanylate cyclase  41.71 
 
 		 1428 aa  131  2.0000000000000002e-29  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3096  diguanylate phosphodiesterase with GAF sensor  31.98 
 
 		 595 aa  131  2.0000000000000002e-29  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0665544  normal  0.285122 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4368  signal transduction histidine kinase  45.73 
 
 		 934 aa  130  3e-29  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.523014 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3825  GAF domain-containing protein  42.01 
 
 		 276 aa  130  3e-29  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0507581  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4134  transcriptional regulator, XRE family  43.21 
 
 		 267 aa  130  4.0000000000000003e-29  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1085  diguanylate cyclase  34.23 
 
 		 357 aa  129  5.0000000000000004e-29  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3803  diguanylate cyclase  46.1 
 
 		 489 aa  129  7.000000000000001e-29  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0126112  normal  1 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1466  GAF domain-containing protein  41.56 
 
 		 249 aa  129  9.000000000000001e-29  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.105134  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>