More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dgeo_2479 on replicon NC_008010
Organism: Deinococcus geothermalis DSM 11300



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008010  Dgeo_2479  diguanylate cyclase with GAF sensor  100 
 
 		 531 aa  1055    Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.838154  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1643  diguanylate cyclase with GAF sensor  35.04 
 
 		 506 aa  213  5.999999999999999e-54  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.65001 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1789  diguanylate cyclase with GAF sensor  36.05 
 
 		 487 aa  197  4.0000000000000005e-49  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2149  multi-sensor hybrid histidine kinase  46.7 
 
 		 680 aa  191  2e-47  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03205  histidine kinase response regulator hybrid protein  43.64 
 
 		 542 aa  179  1e-43  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.132161  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0800  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  30.41 
 
 		 781 aa  174  2.9999999999999996e-42  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0191  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  44.44 
 
 		 743 aa  164  3e-39  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.766687  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1564  multi-sensor hybrid histidine kinase  48.45 
 
 		 1550 aa  164  4.0000000000000004e-39  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.047002  normal  0.324166 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2458  diguanylate cyclase  47.49 
 
 		 343 aa  161  3e-38  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.709604 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02131  GGDEF domain-containing PAS signal transduction protein  29.44 
 
 		 794 aa  161  4e-38  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0066  GGDEF domain-containing protein  44.27 
 
 		 743 aa  160  5e-38  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.928161  normal  0.0154172 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0665  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  28.94 
 
 		 727 aa  155  1e-36  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.545647  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0961  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  28.23 
 
 		 465 aa  155  1e-36  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0792  hypothetical protein  45.12 
 
 		 240 aa  154  4e-36  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.327217  normal  0.0268431 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3513  diguanylate cyclase with GAF sensor  46.41 
 
 		 326 aa  154  5e-36  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.668666  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1949  diguanylate cyclase, putative  47.17 
 
 		 327 aa  154  5e-36  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3158  diguanylate cyclase  45.75 
 
 		 325 aa  153  8.999999999999999e-36  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.0640866 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1392  putative sensory transduction histidine kinase  42.63 
 
 		 401 aa  150  5e-35  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1118  GAF sensor signal transduction histidine kinase  42.71 
 
 		 437 aa  150  8e-35  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0785  diguanylate cyclase with GAF sensor  43.67 
 
 		 367 aa  149  1.0000000000000001e-34  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0522  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  43.65 
 
 		 1114 aa  148  3e-34  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1538  hypothetical protein  39.68 
 
 		 431 aa  147  5e-34  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2176  diguanylate cyclase with GAF sensor  38.83 
 
 		 321 aa  147  6e-34  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.59733  normal  1 
 
 
-
 
NC_009973  Haur_5198  putative PAS/PAC sensor protein  45.7 
 
 		 694 aa  146  8.000000000000001e-34  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1699  fused adenylate cyclase and hybrid sensor diguanylate cyclase and response regulator  43.67 
 
 		 316 aa  145  1e-33  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.481687 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_15351  GAF domain-containing protein  42.33 
 
 		 238 aa  145  1e-33  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.581628  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1446  hypothetical protein  43.59 
 
 		 441 aa  144  3e-33  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3108  diguanylate cyclase with GAF sensor  43.9 
 
 		 323 aa  144  4e-33  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3925  GAF sensor hybrid histidine kinase  41.04 
 
 		 662 aa  144  4e-33  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.150145  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2886  diguanylate cyclase with GAF sensor  45.57 
 
 		 326 aa  144  5e-33  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.322967 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0918  diguanylate cyclase with GAF sensor  40.19 
 
 		 323 aa  143  6e-33  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0894  diguanylate cyclase  40.19 
 
 		 323 aa  143  6e-33  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.499341  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2109  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.27 
 
 		 599 aa  143  6e-33  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.161845  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4722  diguanylate cyclase with GAF sensor  44.94 
 
 		 323 aa  143  7e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.549479 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0288  signal transduction histidine kinase  44.32 
 
 		 514 aa  143  7e-33  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.328365  normal  0.664954 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3260  diguanylate cyclase with GAF sensor  44.3 
 
 		 327 aa  143  7e-33  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02127  sensor histidine kinase  44.72 
 
 		 398 aa  143  7e-33  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.147572  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3444  diguanylate cyclase  37.5 
 
 		 323 aa  143  7e-33  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1466  GAF domain-containing protein  41.52 
 
 		 249 aa  143  9e-33  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.105134  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3759  GGDEF domain-containing protein  43.04 
 
 		 324 aa  141  3e-32  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3672  multi-sensor signal transduction histidine kinase  42.24 
 
 		 681 aa  141  3e-32  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.497248  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2985  putative anti-sigma regulatory factor, serine/threonine protein kinase  40.8 
 
 		 321 aa  140  3.9999999999999997e-32  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.369432  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0928  diguanylate cyclase  40.19 
 
 		 323 aa  140  4.999999999999999e-32  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.426085 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0118  HWE histidine kinase  37.92 
 
 		 538 aa  140  7e-32  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2826  hypothetical protein  40.88 
 
 		 314 aa  139  1e-31  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1796  multi-sensor hybrid histidine kinase  42.2 
 
 		 1965 aa  139  1e-31  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1946  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  40.12 
 
 		 722 aa  139  1e-31  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.146362  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4126  diguanylate cyclase with GAF sensor  41.38 
 
 		 348 aa  139  2e-31  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.859123  normal  0.0985842 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3060  GAF:ATP-binding region, ATPase-like:histidine kinase A, N-terminal  39.6 
 
 		 442 aa  139  2e-31  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1559  hypothetical protein  42.51 
 
 		 245 aa  138  2e-31  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4238  diguanylate cyclase with GAF sensor  41.38 
 
 		 348 aa  139  2e-31  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2011  diguanylate cyclase  41.14 
 
 		 321 aa  138  2e-31  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0759816  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4345  multi-sensor Signal transduction histidine kinase  42.77 
 
 		 890 aa  138  3.0000000000000003e-31  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.5665  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0192  serine/threonine protein kinase  42.68 
 
 		 471 aa  138  3.0000000000000003e-31  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3096  diguanylate phosphodiesterase with GAF sensor  43.79 
 
 		 595 aa  138  3.0000000000000003e-31  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0665544  normal  0.285122 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_15721  GAF domain-containing protein  39.18 
 
 		 249 aa  137  4e-31  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0966  diguanylate cyclase  46.71 
 
 		 334 aa  137  5e-31  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_15571  GAF domain-containing protein  38.6 
 
 		 249 aa  137  5e-31  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.0414818  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0934  hypothetical protein  43.21 
 
 		 253 aa  137  6.0000000000000005e-31  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.125271  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0329  diguanylate cyclase with GAF sensor  47.71 
 
 		 336 aa  137  6.0000000000000005e-31  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.832493  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3085  diguanylate cyclase  43.9 
 
 		 323 aa  137  6.0000000000000005e-31  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0864  diguanylate cyclase with GAF sensor  42.68 
 
 		 323 aa  137  6.0000000000000005e-31  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.679659 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_17911  GAF domain-containing protein  42.05 
 
 		 253 aa  137  6.0000000000000005e-31  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.305194  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1974  diguanylate cyclase  47.71 
 
 		 336 aa  137  6.0000000000000005e-31  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.588528 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3138  diguanylate cyclase with GAF sensor  40.22 
 
 		 345 aa  137  7.000000000000001e-31  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3263  diguanylate phosphodiesterase with GAF sensor  40.66 
 
 		 669 aa  136  8e-31  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2310  sensor histidine kinase/GAF domain-containing protein  35.29 
 
 		 400 aa  136  8e-31  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.40578 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3825  GAF domain-containing protein  43.4 
 
 		 276 aa  136  9.999999999999999e-31  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0507581  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2479  putative GAF sensor protein  41.72 
 
 		 363 aa  135  1.9999999999999998e-30  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.301075  normal  0.376583 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3195  sensor histidine kinase  38.12 
 
 		 438 aa  134  3e-30  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.211172  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4251  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.64 
 
 		 603 aa  134  3e-30  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2420  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.86 
 
 		 624 aa  134  3e-30  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.533876  normal  0.201744 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2209  GAF sensor signal transduction histidine kinase  48.34 
 
 		 399 aa  134  3.9999999999999996e-30  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4134  transcriptional regulator, XRE family  43.04 
 
 		 267 aa  133  6.999999999999999e-30  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4535  putative GAF sensor protein  43.72 
 
 		 251 aa  133  7.999999999999999e-30  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5539  signal transduction histidine kinase  37.67 
 
 		 677 aa  133  7.999999999999999e-30  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1845  multi-sensor hybrid histidine kinase  44.37 
 
 		 878 aa  133  9e-30  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.187428  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2140  diguanylate cyclase with GAF sensor  39.35 
 
 		 318 aa  132  1.0000000000000001e-29  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.480431  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2356  diguanylate cyclase with GAF sensor  35.85 
 
 		 319 aa  132  2.0000000000000002e-29  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.10775 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0172  signal transduction histidine kinase  42.6 
 
 		 897 aa  131  3e-29  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3037  GGDEF domain-containing protein  40.25 
 
 		 320 aa  131  3e-29  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3048  signal transduction histidine kinase  42.13 
 
 		 1001 aa  131  3e-29  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.143163  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2059  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  40.74 
 
 		 718 aa  131  3e-29  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0475762  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3329  PAS:GGDEF  37.04 
 
 		 732 aa  130  4.0000000000000003e-29  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00020555 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1877  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  37.65 
 
 		 722 aa  130  4.0000000000000003e-29  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6199  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  44.03 
 
 		 740 aa  130  5.0000000000000004e-29  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_4177  hypothetical protein  42.11 
 
 		 344 aa  130  7.000000000000001e-29  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.878015 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3217  diguanylate cyclase  38.86 
 
 		 345 aa  130  7.000000000000001e-29  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.201545  normal  0.0694192 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0812  Stage II sporulation E family protein  41.88 
 
 		 422 aa  130  7.000000000000001e-29  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0833  diguanylate cyclase with GAF sensor  39.02 
 
 		 322 aa  130  8.000000000000001e-29  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4543  GAF domain/GGDEF domain/EAL domain protein  40.13 
 
 		 607 aa  129  9.000000000000001e-29  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.38768  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2253  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  42.14 
 
 		 780 aa  129  1.0000000000000001e-28  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0181  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase  45.76 
 
 		 737 aa  129  1.0000000000000001e-28  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2505  GAF domain/GGDEF domain-containing protein  38.29 
 
 		 345 aa  128  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.430442  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2169  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  37.04 
 
 		 722 aa  129  2.0000000000000002e-28  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0648584  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0063  multi-sensor hybrid histidine kinase  44.9 
 
 		 837 aa  128  2.0000000000000002e-28  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2664  cyclic diguanylate phosphodiesterase/diguanylate cyclase  41.57 
 
 		 600 aa  128  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4368  signal transduction histidine kinase  44.59 
 
 		 934 aa  128  2.0000000000000002e-28  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.523014 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4312  multi-sensor signal transduction histidine kinase  44.24 
 
 		 640 aa  128  3e-28  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2072  signal transduction histidine kinase  43.37 
 
 		 829 aa  128  3e-28  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>