More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_0118 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007958  RPD_0118  HWE histidine kinase  100 
 
 		 538 aa  1089    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2072  signal transduction histidine kinase  49.05 
 
 		 829 aa  334  2e-90  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4536  signal transduction histidine kinase  47.27 
 
 		 430 aa  308  2.0000000000000002e-82  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0315  signal transduction histidine kinase  45.63 
 
 		 901 aa  291  2e-77  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5539  signal transduction histidine kinase  41.83 
 
 		 677 aa  280  4e-74  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0094  signal transduction histidine kinase  44.51 
 
 		 929 aa  235  2.0000000000000002e-60  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4368  signal transduction histidine kinase  37.73 
 
 		 934 aa  233  5e-60  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.523014 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4265  signal transduction histidine kinase  36.81 
 
 		 930 aa  221  1.9999999999999999e-56  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.588648  normal  0.462436 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3897  PAS sensor protein  36.81 
 
 		 930 aa  221  3e-56  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.240133 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6181  signal transduction histidine kinase  43.25 
 
 		 1191 aa  213  7e-54  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.299797 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5228  multi-sensor hybrid histidine kinase  57.3 
 
 		 1224 aa  209  1e-52  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0288  signal transduction histidine kinase  32.39 
 
 		 514 aa  188  2e-46  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.328365  normal  0.664954 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5220  putative GAF sensor protein  57.74 
 
 		 182 aa  187  3e-46  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.583285  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1117  PAS sensor protein  56.05 
 
 		 500 aa  184  4.0000000000000006e-45  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1267  signal transduction histidine kinase  55.41 
 
 		 500 aa  180  4.999999999999999e-44  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_7959  signal transduction histidine kinase  44.24 
 
 		 416 aa  178  3e-43  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1643  diguanylate cyclase with GAF sensor  41.82 
 
 		 506 aa  175  1.9999999999999998e-42  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.65001 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5262  signal transduction histidine kinase  44.44 
 
 		 338 aa  172  1e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5599  signal transduction histidine kinase  44.5 
 
 		 389 aa  171  2e-41  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5586  signal transduction histidine kinase  47 
 
 		 390 aa  170  6e-41  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5560  signal transduction histidine kinase  43.52 
 
 		 341 aa  170  7e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.256684  normal  0.0162393 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1241  signal transduction histidine kinase  33.71 
 
 		 631 aa  167  5.9999999999999996e-40  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.0246477 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1881  PAS sensor protein  47.8 
 
 		 872 aa  167  6.9999999999999995e-40  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4311  signal transduction histidine kinase  41.9 
 
 		 365 aa  165  1.0000000000000001e-39  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.801495  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3652  signal transduction histidine kinase  43.5 
 
 		 491 aa  165  2.0000000000000002e-39  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0785  diguanylate cyclase with GAF sensor  47.87 
 
 		 367 aa  164  4.0000000000000004e-39  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0655  multi-sensor hybrid histidine kinase  54.14 
 
 		 864 aa  163  7e-39  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2985  putative anti-sigma regulatory factor, serine/threonine protein kinase  49.69 
 
 		 321 aa  162  1e-38  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.369432  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03205  histidine kinase response regulator hybrid protein  49.34 
 
 		 542 aa  162  2e-38  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.132161  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1564  multi-sensor hybrid histidine kinase  43.01 
 
 		 1550 aa  159  1e-37  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.047002  normal  0.324166 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0146  multi-sensor hybrid histidine kinase  45.45 
 
 		 1381 aa  159  2e-37  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.436687 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0588  sensory box protein  41.92 
 
 		 463 aa  156  7e-37  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02127  sensor histidine kinase  49.7 
 
 		 398 aa  156  8e-37  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.147572  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0554  sensory box protein  41.92 
 
 		 463 aa  156  8e-37  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3195  sensor histidine kinase  49.38 
 
 		 438 aa  156  9e-37  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.211172  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1392  putative sensory transduction histidine kinase  49.69 
 
 		 401 aa  155  1e-36  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5219  signal transduction histidine kinase  43.89 
 
 		 512 aa  155  1e-36  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.673975 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5584  signal transduction histidine kinase  45.5 
 
 		 586 aa  156  1e-36  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3974  signal transduction histidine kinase  48.52 
 
 		 635 aa  156  1e-36  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0272817 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4535  putative GAF sensor protein  39.83 
 
 		 251 aa  155  2e-36  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3060  GAF:ATP-binding region, ATPase-like:histidine kinase A, N-terminal  48.15 
 
 		 442 aa  154  2.9999999999999998e-36  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0079  signal transduction histidine kinase  30.45 
 
 		 639 aa  154  2.9999999999999998e-36  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.464916 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3416  signal transduction histidine kinase  44.16 
 
 		 413 aa  154  4e-36  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.813211  normal  0.0120926 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1700  signal transduction histidine kinase  39.8 
 
 		 339 aa  154  5.9999999999999996e-36  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.193151  normal  0.0718068 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0471  signal transduction histidine kinase  38.36 
 
 		 349 aa  153  5.9999999999999996e-36  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1984  signal transduction histidine kinase  47.19 
 
 		 713 aa  153  8e-36  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0172  signal transduction histidine kinase  49.69 
 
 		 897 aa  152  1e-35  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2090  signal transduction histidine kinase  40.09 
 
 		 372 aa  152  2e-35  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.893944 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0932  signal transduction histidine kinase  42.44 
 
 		 759 aa  151  3e-35  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1559  hypothetical protein  46.63 
 
 		 245 aa  150  5e-35  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1130  signal transduction histidine kinase  48.5 
 
 		 1002 aa  150  6e-35  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.039296  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1677  signal transduction histidine kinase  43.14 
 
 		 840 aa  150  7e-35  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3048  signal transduction histidine kinase  47.13 
 
 		 1001 aa  149  1.0000000000000001e-34  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.143163  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3329  PAS:GGDEF  46.75 
 
 		 732 aa  148  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00020555 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3828  putative GAF sensor protein  48.37 
 
 		 226 aa  149  2.0000000000000003e-34  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.673739 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2563  signal transduction histidine kinase  41.43 
 
 		 409 aa  149  2.0000000000000003e-34  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3978  signal transduction histidine kinase  41.21 
 
 		 577 aa  145  1e-33  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.301159 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1466  GAF domain-containing protein  41.18 
 
 		 249 aa  145  2e-33  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.105134  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1074  signal transduction histidine kinase  41.55 
 
 		 481 aa  145  2e-33  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.255381  normal  0.984755 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3263  diguanylate phosphodiesterase with GAF sensor  47.37 
 
 		 669 aa  145  2e-33  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_17911  GAF domain-containing protein  45.28 
 
 		 253 aa  145  2e-33  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.305194  normal  1 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0934  hypothetical protein  45.28 
 
 		 253 aa  145  3e-33  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.125271  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1069  signal transduction histidine kinase  43.96 
 
 		 387 aa  144  3e-33  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.591232 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0965  signal transduction histidine kinase  43.2 
 
 		 850 aa  144  3e-33  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1796  multi-sensor hybrid histidine kinase  46.11 
 
 		 1965 aa  144  4e-33  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_15351  GAF domain-containing protein  38.14 
 
 		 238 aa  144  4e-33  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.581628  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_15571  GAF domain-containing protein  40.11 
 
 		 249 aa  144  4e-33  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.0414818  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_15721  GAF domain-containing protein  40.11 
 
 		 249 aa  143  7e-33  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2458  diguanylate cyclase  43.09 
 
 		 343 aa  143  8e-33  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.709604 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2022  PAS sensor protein  45.88 
 
 		 717 aa  143  8e-33  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.620506 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0961  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  48.68 
 
 		 465 aa  143  9e-33  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0063  multi-sensor hybrid histidine kinase  37.63 
 
 		 837 aa  143  9e-33  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2299  signal transduction histidine kinase  45.88 
 
 		 713 aa  143  9e-33  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.924903  normal  0.101705 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1925  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  46.75 
 
 		 728 aa  142  1.9999999999999998e-32  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0535292  normal  0.500981 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2310  sensor histidine kinase/GAF domain-containing protein  41.01 
 
 		 400 aa  142  1.9999999999999998e-32  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.40578 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1190  PAS sensor protein  47.8 
 
 		 1041 aa  142  1.9999999999999998e-32  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.0314947 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1350  signal transduction histidine kinase  47.8 
 
 		 1016 aa  141  3.9999999999999997e-32  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.597121 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4345  multi-sensor Signal transduction histidine kinase  39.41 
 
 		 890 aa  140  4.999999999999999e-32  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.5665  normal  1 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0792  hypothetical protein  43.71 
 
 		 240 aa  140  7.999999999999999e-32  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.327217  normal  0.0268431 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2479  diguanylate cyclase with GAF sensor  37.92 
 
 		 531 aa  140  7.999999999999999e-32  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.838154  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6933  signal transduction histidine kinase  42.21 
 
 		 488 aa  140  7.999999999999999e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0223762  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1551  signal transduction histidine kinase  41.15 
 
 		 642 aa  139  2e-31  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00518292 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0620  signal transduction histidine kinase  42.11 
 
 		 725 aa  138  2e-31  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3496  hypothetical protein  43.32 
 
 		 497 aa  138  2e-31  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.676733  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2886  diguanylate cyclase with GAF sensor  47.13 
 
 		 326 aa  137  7.000000000000001e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.322967 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4251  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.01 
 
 		 603 aa  137  7.000000000000001e-31  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5290  signal transduction histidine kinase  37.25 
 
 		 662 aa  136  9.999999999999999e-31  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.249657 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4387  multi-sensor hybrid histidine kinase  43.93 
 
 		 946 aa  136  9.999999999999999e-31  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0180  signal transduction histidine kinase  36.7 
 
 		 380 aa  135  9.999999999999999e-31  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.012775  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6552  signal transduction histidine kinase  41.21 
 
 		 489 aa  135  1.9999999999999998e-30  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.433672 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5270  signal transduction histidine kinase  34.17 
 
 		 559 aa  134  3e-30  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.909185 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3331  signal transduction histidine kinase  40.1 
 
 		 503 aa  135  3e-30  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1446  hypothetical protein  31.64 
 
 		 441 aa  134  3.9999999999999996e-30  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4722  diguanylate cyclase with GAF sensor  43.17 
 
 		 323 aa  134  3.9999999999999996e-30  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.549479 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4109  signal transduction histidine kinase  38.5 
 
 		 384 aa  134  6e-30  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0421223  normal  0.437508 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4495  signal transduction histidine kinase  41.04 
 
 		 571 aa  134  6e-30  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1301  signal transduction histidine kinase  40.2 
 
 		 588 aa  134  6e-30  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5235  signal transduction histidine kinase  40.21 
 
 		 571 aa  134  6e-30  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.878632  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5905  signal transduction histidine kinase  36.76 
 
 		 601 aa  133  6.999999999999999e-30  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.584764  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3126  signal transduction histidine kinase  38.95 
 
 		 352 aa  133  6.999999999999999e-30  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>