More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mext_3825 on replicon NC_010172
Organism: Methylobacterium extorquens PA1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010172  Mext_3825  GAF domain-containing protein  100 
 
 		 276 aa  565  1e-160  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0507581  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4134  transcriptional regulator, XRE family  100 
 
 		 267 aa  545  1e-154  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0136  diguanylate cyclase  51.57 
 
 		 1428 aa  166  4e-40  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2176  diguanylate cyclase with GAF sensor  47.8 
 
 		 321 aa  164  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.59733  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3672  multi-sensor signal transduction histidine kinase  52.56 
 
 		 681 aa  164  1.0000000000000001e-39  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.497248  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2356  diguanylate cyclase with GAF sensor  50.92 
 
 		 319 aa  161  9e-39  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.10775 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1796  multi-sensor hybrid histidine kinase  52.87 
 
 		 1965 aa  161  1e-38  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1699  fused adenylate cyclase and hybrid sensor diguanylate cyclase and response regulator  48.1 
 
 		 316 aa  161  1e-38  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.481687 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1949  diguanylate cyclase, putative  51.92 
 
 		 327 aa  159  4e-38  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3096  diguanylate phosphodiesterase with GAF sensor  55 
 
 		 595 aa  159  5e-38  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0665544  normal  0.285122 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2886  diguanylate cyclase with GAF sensor  51.95 
 
 		 326 aa  158  9e-38  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.322967 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4812  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  50.63 
 
 		 1423 aa  157  2e-37  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.330918  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1643  diguanylate cyclase with GAF sensor  42.01 
 
 		 506 aa  155  6e-37  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.65001 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3329  PAS:GGDEF  48.12 
 
 		 732 aa  154  2e-36  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00020555 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3037  GGDEF domain-containing protein  47.56 
 
 		 320 aa  154  2e-36  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4722  diguanylate cyclase with GAF sensor  50 
 
 		 323 aa  152  5.9999999999999996e-36  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.549479 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2118  multi-sensor hybrid histidine kinase  50.98 
 
 		 1125 aa  151  8.999999999999999e-36  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.187673  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2011  diguanylate cyclase  50.67 
 
 		 321 aa  150  3e-35  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0759816  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1564  multi-sensor hybrid histidine kinase  49.02 
 
 		 1550 aa  149  5e-35  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.047002  normal  0.324166 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1782  PAS sensor protein  50.33 
 
 		 1125 aa  148  8e-35  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.522243 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03205  histidine kinase response regulator hybrid protein  46.02 
 
 		 542 aa  147  2.0000000000000003e-34  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.132161  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4126  diguanylate cyclase with GAF sensor  39.59 
 
 		 348 aa  146  3e-34  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.859123  normal  0.0985842 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1925  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  42.23 
 
 		 728 aa  147  3e-34  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0535292  normal  0.500981 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4238  diguanylate cyclase with GAF sensor  39.59 
 
 		 348 aa  146  3e-34  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1118  GAF sensor signal transduction histidine kinase  50.66 
 
 		 437 aa  146  4.0000000000000006e-34  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1446  hypothetical protein  43.59 
 
 		 441 aa  145  5e-34  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009973  Haur_5198  putative PAS/PAC sensor protein  45.36 
 
 		 694 aa  145  6e-34  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1538  hypothetical protein  43.59 
 
 		 431 aa  145  9e-34  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2140  diguanylate cyclase with GAF sensor  46.06 
 
 		 318 aa  144  1e-33  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.480431  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3263  diguanylate phosphodiesterase with GAF sensor  47.4 
 
 		 669 aa  144  2e-33  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0833  diguanylate cyclase with GAF sensor  45.12 
 
 		 322 aa  143  2e-33  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0800  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  47.74 
 
 		 781 aa  143  4e-33  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02131  GGDEF domain-containing PAS signal transduction protein  33.96 
 
 		 794 aa  142  4e-33  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3108  diguanylate cyclase with GAF sensor  45.57 
 
 		 323 aa  143  4e-33  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0918  diguanylate cyclase with GAF sensor  44.72 
 
 		 323 aa  142  5e-33  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0894  diguanylate cyclase  44.72 
 
 		 323 aa  142  6e-33  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.499341  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3444  diguanylate cyclase  44.72 
 
 		 323 aa  142  6e-33  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4396  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  45.03 
 
 		 594 aa  142  8e-33  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.898588 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3260  diguanylate cyclase with GAF sensor  45.28 
 
 		 327 aa  141  9.999999999999999e-33  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2458  diguanylate cyclase  47.06 
 
 		 343 aa  140  3e-32  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.709604 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4543  GAF domain/GGDEF domain/EAL domain protein  46.36 
 
 		 607 aa  139  3.9999999999999997e-32  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.38768  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0522  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  45.51 
 
 		 1114 aa  139  3.9999999999999997e-32  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0192  serine/threonine protein kinase  44.44 
 
 		 471 aa  139  7e-32  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2826  hypothetical protein  42.68 
 
 		 314 aa  138  7.999999999999999e-32  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3496  hypothetical protein  50 
 
 		 497 aa  138  7.999999999999999e-32  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.676733  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1392  putative sensory transduction histidine kinase  45.91 
 
 		 401 aa  138  8.999999999999999e-32  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4221  EAL:GAF  46.36 
 
 		 607 aa  137  2e-31  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.236568 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2169  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  39.81 
 
 		 722 aa  137  2e-31  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0648584  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2985  putative anti-sigma regulatory factor, serine/threonine protein kinase  45.75 
 
 		 321 aa  137  2e-31  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.369432  normal  1 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_15351  GAF domain-containing protein  40.51 
 
 		 238 aa  137  2e-31  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.581628  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3759  GGDEF domain-containing protein  44.23 
 
 		 324 aa  137  3.0000000000000003e-31  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1877  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  39.64 
 
 		 722 aa  137  3.0000000000000003e-31  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2479  diguanylate cyclase with GAF sensor  43.4 
 
 		 531 aa  136  4e-31  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.838154  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0864  diguanylate cyclase with GAF sensor  43.37 
 
 		 323 aa  136  4e-31  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.679659 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0961  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  45.45 
 
 		 465 aa  136  5e-31  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0928  diguanylate cyclase  42.86 
 
 		 323 aa  135  7.000000000000001e-31  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.426085 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2479  putative GAF sensor protein  43.4 
 
 		 363 aa  135  8e-31  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.301075  normal  0.376583 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3085  diguanylate cyclase  40.96 
 
 		 323 aa  135  9e-31  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_15571  GAF domain-containing protein  41.56 
 
 		 249 aa  135  9e-31  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.0414818  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2191  diguanylate cyclase  43.79 
 
 		 417 aa  134  9.999999999999999e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.300716  normal  0.177325 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0792  hypothetical protein  43.43 
 
 		 240 aa  134  1.9999999999999998e-30  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.327217  normal  0.0268431 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_15721  GAF domain-containing protein  41.56 
 
 		 249 aa  134  1.9999999999999998e-30  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1466  GAF domain-containing protein  46.88 
 
 		 249 aa  133  3e-30  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.105134  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04155  Putative signal protein with GAF,PAS(PAC) and GGDEF domains  42.07 
 
 		 874 aa  132  5e-30  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.581833  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1946  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  43.75 
 
 		 722 aa  132  6e-30  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.146362  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0288  signal transduction histidine kinase  46.31 
 
 		 514 aa  132  7.999999999999999e-30  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.328365  normal  0.664954 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0621  multi-sensor hybrid histidine kinase  46.58 
 
 		 1309 aa  131  9e-30  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.288255 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3060  GAF:ATP-binding region, ATPase-like:histidine kinase A, N-terminal  33.46 
 
 		 442 aa  131  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1845  multi-sensor hybrid histidine kinase  48.63 
 
 		 878 aa  131  1.0000000000000001e-29  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.187428  n/a   
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_4177  hypothetical protein  43.87 
 
 		 344 aa  131  1.0000000000000001e-29  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.878015 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0785  diguanylate cyclase with GAF sensor  42.5 
 
 		 367 aa  130  2.0000000000000002e-29  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3138  diguanylate cyclase with GAF sensor  42.01 
 
 		 345 aa  130  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02127  sensor histidine kinase  43.79 
 
 		 398 aa  130  2.0000000000000002e-29  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.147572  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1130  signal transduction histidine kinase  44.03 
 
 		 1002 aa  130  3e-29  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.039296  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3925  GAF sensor hybrid histidine kinase  41.98 
 
 		 662 aa  130  3e-29  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.150145  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2463  hypothetical protein  42.68 
 
 		 341 aa  130  3e-29  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.162594  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3217  diguanylate cyclase  42.59 
 
 		 345 aa  130  3e-29  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.201545  normal  0.0694192 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2420  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.48 
 
 		 624 aa  129  4.0000000000000003e-29  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.533876  normal  0.201744 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2343  putative GAF sensor protein  44.67 
 
 		 165 aa  129  4.0000000000000003e-29  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1117  PAS sensor protein  44.3 
 
 		 500 aa  129  8.000000000000001e-29  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2059  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  43.75 
 
 		 718 aa  128  1.0000000000000001e-28  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0475762  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6199  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  43.75 
 
 		 740 aa  127  1.0000000000000001e-28  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2149  multi-sensor hybrid histidine kinase  42.86 
 
 		 680 aa  127  1.0000000000000001e-28  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2072  signal transduction histidine kinase  44.1 
 
 		 829 aa  127  1.0000000000000001e-28  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3195  sensor histidine kinase  42.53 
 
 		 438 aa  127  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.211172  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2664  cyclic diguanylate phosphodiesterase/diguanylate cyclase  42.47 
 
 		 600 aa  127  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4312  multi-sensor signal transduction histidine kinase  41.71 
 
 		 640 aa  127  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4345  multi-sensor Signal transduction histidine kinase  39.77 
 
 		 890 aa  126  3e-28  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.5665  normal  1 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_7959  signal transduction histidine kinase  43.79 
 
 		 416 aa  126  3e-28  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0118  HWE histidine kinase  41.88 
 
 		 538 aa  126  4.0000000000000003e-28  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2505  GAF domain/GGDEF domain-containing protein  41.36 
 
 		 345 aa  126  5e-28  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.430442  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0063  multi-sensor hybrid histidine kinase  42.18 
 
 		 837 aa  126  5e-28  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1267  signal transduction histidine kinase  43.67 
 
 		 500 aa  125  6e-28  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5586  signal transduction histidine kinase  40.7 
 
 		 390 aa  125  8.000000000000001e-28  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4387  multi-sensor hybrid histidine kinase  40.12 
 
 		 946 aa  125  8.000000000000001e-28  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3513  diguanylate cyclase with GAF sensor  41.29 
 
 		 326 aa  124  1e-27  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.668666  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3158  diguanylate cyclase  41.94 
 
 		 325 aa  125  1e-27  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.0640866 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0191  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  40.76 
 
 		 743 aa  124  2e-27  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.766687  normal  1 
 
 
-
 
NC_011672  PHATRDRAFT_10742  predicted protein  49.24 
 
 		 153 aa  124  2e-27  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.182467  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6181  signal transduction histidine kinase  43.83 
 
 		 1191 aa  124  2e-27  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.299797 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>