More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mchl_1267 on replicon NC_011757
Organism: Methylobacterium chloromethanicum CM4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010172  Mext_1117  PAS sensor protein  99.2 
 
 
500 aa  1013    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1267  signal transduction histidine kinase  100 
 
 
500 aa  1020    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0798  PAS sensor protein  71.21 
 
 
624 aa  484  1e-135  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6450  signal transduction histidine kinase  62.87 
 
 
635 aa  423  1e-117  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0108  PAS sensor protein  60.75 
 
 
620 aa  394  1e-108  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4799  signal transduction histidine kinase  60.75 
 
 
620 aa  393  1e-108  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2379  signal transduction histidine kinase  51.94 
 
 
655 aa  386  1e-106  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2103  PAS sensor protein  52.91 
 
 
655 aa  384  1e-105  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00365518 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2055  signal transduction histidine kinase  50.47 
 
 
655 aa  381  1e-104  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.429948  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4235  signal transduction histidine kinase  53.98 
 
 
496 aa  334  2e-90  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.942064  normal  0.0449527 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0876  signal transduction histidine kinase  54.22 
 
 
1132 aa  324  3e-87  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.61927  normal  0.464028 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0915  PAS sensor protein  54.22 
 
 
1132 aa  324  3e-87  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.476466  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0851  signal transduction histidine kinase  53.57 
 
 
1124 aa  315  8e-85  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.596817 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6264  MCP methyltransferase/methylesterase, CheR/CheB with PAS/PAC sensor  50.15 
 
 
1163 aa  303  4.0000000000000003e-81  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2364  signal transduction histidine kinase  50 
 
 
633 aa  292  8e-78  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.932865  n/a   
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5219  signal transduction histidine kinase  36.99 
 
 
512 aa  261  2e-68  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.673975 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3974  signal transduction histidine kinase  44.72 
 
 
635 aa  257  3e-67  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0272817 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3000  signal transduction histidine kinase  45.27 
 
 
495 aa  248  3e-64  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.262442 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0288  signal transduction histidine kinase  33.05 
 
 
514 aa  226  6e-58  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.328365  normal  0.664954 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6262  sensor histidine kinase  42.86 
 
 
1202 aa  225  1e-57  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0163021  normal  0.538502 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_7977  signal transduction histidine kinase  36.53 
 
 
1039 aa  222  9.999999999999999e-57  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4368  signal transduction histidine kinase  44.33 
 
 
934 aa  222  9.999999999999999e-57  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.523014 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4265  signal transduction histidine kinase  44.48 
 
 
930 aa  219  1e-55  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.588648  normal  0.462436 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5228  multi-sensor hybrid histidine kinase  48.01 
 
 
1224 aa  219  1e-55  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5794  signal transduction histidine kinase  41.39 
 
 
717 aa  217  2.9999999999999998e-55  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.63151  normal  0.343732 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3897  PAS sensor protein  44.15 
 
 
930 aa  217  4e-55  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.240133 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1297  MCP methyltransferase/methylesterase, CheR/CheB with PAS/PAC sensor  41.57 
 
 
1168 aa  211  2e-53  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2344  signal transduction histidine kinase  33.82 
 
 
500 aa  209  1e-52  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  hitchhiker  0.00211814  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2072  signal transduction histidine kinase  58.01 
 
 
829 aa  199  1.0000000000000001e-49  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3105  PAS sensor protein  33.84 
 
 
728 aa  194  4e-48  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3834  signal transduction histidine kinase  33.84 
 
 
728 aa  193  7e-48  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.284621 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5220  putative GAF sensor protein  60.49 
 
 
182 aa  192  9e-48  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.583285  normal 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6181  signal transduction histidine kinase  58.02 
 
 
1191 aa  190  5.999999999999999e-47  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.299797 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0094  signal transduction histidine kinase  57.86 
 
 
929 aa  188  2e-46  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0825  signal transduction histidine kinase  33.96 
 
 
455 aa  188  2e-46  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.111815  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3662  alcohol dehydrogenase  33.54 
 
 
733 aa  188  2e-46  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.899908  normal  0.588935 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2985  putative anti-sigma regulatory factor, serine/threonine protein kinase  52.97 
 
 
321 aa  184  2.0000000000000003e-45  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.369432  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2666  signal transduction histidine kinase  34.45 
 
 
446 aa  184  3e-45  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.653198  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0118  HWE histidine kinase  55.41 
 
 
538 aa  180  4.999999999999999e-44  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5237  MCP methyltransferase/methylesterase, CheR/CheB with PAS/PAC sensor  38.71 
 
 
1324 aa  179  8e-44  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.395635 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4542  PAS sensor protein  35.16 
 
 
1096 aa  177  3e-43  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.220973  normal  0.0899725 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5002  signal transduction histidine kinase  35.16 
 
 
1096 aa  177  4e-43  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4535  putative GAF sensor protein  46.73 
 
 
251 aa  176  7e-43  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5055  signal transduction histidine kinase  35.24 
 
 
1111 aa  175  1.9999999999999998e-42  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.372822  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0655  multi-sensor hybrid histidine kinase  57.32 
 
 
864 aa  174  3.9999999999999995e-42  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1213  signal transduction histidine kinase  31.71 
 
 
603 aa  172  1e-41  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4215  signal transduction histidine kinase  35.91 
 
 
582 aa  172  2e-41  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0433147 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5586  signal transduction histidine kinase  51.15 
 
 
390 aa  170  6e-41  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1643  diguanylate cyclase with GAF sensor  49.73 
 
 
506 aa  169  1e-40  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal  0.65001 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4271  histidine kinase  33.81 
 
 
692 aa  167  4e-40  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.305016  normal  0.0625064 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1984  signal transduction histidine kinase  31.66 
 
 
713 aa  166  5.9999999999999996e-40  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3048  signal transduction histidine kinase  37.58 
 
 
1001 aa  167  5.9999999999999996e-40  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.143163  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02127  sensor histidine kinase  50.85 
 
 
398 aa  166  1.0000000000000001e-39  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.147572  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4387  multi-sensor hybrid histidine kinase  49.43 
 
 
946 aa  164  2.0000000000000002e-39  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1392  putative sensory transduction histidine kinase  50.31 
 
 
401 aa  164  4.0000000000000004e-39  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0079  signal transduction histidine kinase  32.53 
 
 
639 aa  163  6e-39  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.464916 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5599  signal transduction histidine kinase  49.72 
 
 
389 aa  162  1e-38  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3496  hypothetical protein  34.46 
 
 
497 aa  162  1e-38  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.676733  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2458  diguanylate cyclase  49.16 
 
 
343 aa  162  2e-38  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.709604 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1130  signal transduction histidine kinase  43.3 
 
 
1002 aa  162  2e-38  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.039296  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03205  histidine kinase response regulator hybrid protein  48.85 
 
 
542 aa  162  2e-38  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.132161  n/a   
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_7959  signal transduction histidine kinase  47.19 
 
 
416 aa  161  2e-38  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3626  signal transduction histidine kinase  33.64 
 
 
792 aa  159  1e-37  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0746201  normal  0.0102319 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5539  signal transduction histidine kinase  34.11 
 
 
677 aa  158  2e-37  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009973  Haur_5198  putative PAS/PAC sensor protein  34.89 
 
 
694 aa  158  2e-37  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1881  PAS sensor protein  33.83 
 
 
872 aa  155  1e-36  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0621  multi-sensor hybrid histidine kinase  35.93 
 
 
1309 aa  155  2e-36  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.288255 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2299  signal transduction histidine kinase  30.47 
 
 
713 aa  154  2e-36  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.924903  normal  0.101705 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2022  PAS sensor protein  30.47 
 
 
717 aa  155  2e-36  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.620506 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0172  signal transduction histidine kinase  41.78 
 
 
897 aa  154  2.9999999999999998e-36  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1564  multi-sensor hybrid histidine kinase  46.01 
 
 
1550 aa  152  1e-35  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.047002  normal  0.324166 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0961  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  50.32 
 
 
465 aa  151  3e-35  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2109  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  33.89 
 
 
599 aa  150  6e-35  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.161845  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0063  multi-sensor hybrid histidine kinase  37.19 
 
 
837 aa  150  7e-35  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0785  diguanylate cyclase with GAF sensor  43.65 
 
 
367 aa  149  1.0000000000000001e-34  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0428  multi-sensor hybrid histidine kinase  44.9 
 
 
943 aa  148  2.0000000000000003e-34  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.94781  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3858  PAS sensor protein  32.82 
 
 
797 aa  147  4.0000000000000006e-34  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1190  PAS sensor protein  42.67 
 
 
1041 aa  147  4.0000000000000006e-34  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.0314947 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_15571  GAF domain-containing protein  46.79 
 
 
249 aa  147  4.0000000000000006e-34  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.0414818  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1466  GAF domain-containing protein  46.79 
 
 
249 aa  147  5e-34  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.105134  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1350  signal transduction histidine kinase  43.11 
 
 
1016 aa  147  5e-34  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.597121 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_15351  GAF domain-containing protein  42.46 
 
 
238 aa  147  6e-34  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.581628  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3060  GAF:ATP-binding region, ATPase-like:histidine kinase A, N-terminal  48.07 
 
 
442 aa  145  1e-33  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1677  signal transduction histidine kinase  34.43 
 
 
840 aa  146  1e-33  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_15721  GAF domain-containing protein  46.79 
 
 
249 aa  146  1e-33  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3329  PAS:GGDEF  36.89 
 
 
732 aa  144  3e-33  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00020555 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2310  sensor histidine kinase/GAF domain-containing protein  45.22 
 
 
400 aa  144  3e-33  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.40578 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2090  signal transduction histidine kinase  34.91 
 
 
372 aa  144  4e-33  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.893944 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3331  signal transduction histidine kinase  30.57 
 
 
503 aa  143  7e-33  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3195  sensor histidine kinase  48.48 
 
 
438 aa  142  9.999999999999999e-33  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.211172  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2149  multi-sensor hybrid histidine kinase  30.79 
 
 
680 aa  142  9.999999999999999e-33  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4345  multi-sensor Signal transduction histidine kinase  32.99 
 
 
890 aa  142  1.9999999999999998e-32  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.5665  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1946  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  38.65 
 
 
722 aa  141  1.9999999999999998e-32  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.146362  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3828  putative GAF sensor protein  46.88 
 
 
226 aa  141  1.9999999999999998e-32  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.673739 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0965  signal transduction histidine kinase  32.35 
 
 
850 aa  141  3e-32  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2833  signal transduction histidine kinase  31.53 
 
 
738 aa  140  4.999999999999999e-32  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4251  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.45 
 
 
603 aa  140  7e-32  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4119  multi-sensor hybrid histidine kinase  48.39 
 
 
1331 aa  139  7.999999999999999e-32  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3055  putative PAS/PAC sensor protein  49.19 
 
 
561 aa  139  1e-31  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.618146  normal  0.669916 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04155  Putative signal protein with GAF,PAS(PAC) and GGDEF domains  32.25 
 
 
874 aa  139  1e-31  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.581833  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>