More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PSPA7_2463 on replicon NC_009656
Organism: Pseudomonas aeruginosa PA7



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009656  PSPA7_2463  hypothetical protein  100 
 
 		 341 aa  692    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.162594  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3138  diguanylate cyclase with GAF sensor  56.93 
 
 		 345 aa  399  9.999999999999999e-111  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3217  diguanylate cyclase  57.23 
 
 		 345 aa  398  9.999999999999999e-111  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.201545  normal  0.0694192 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2505  GAF domain/GGDEF domain-containing protein  56.93 
 
 		 345 aa  395  1e-109  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.430442  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4238  diguanylate cyclase with GAF sensor  41.23 
 
 		 348 aa  253  4.0000000000000004e-66  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4126  diguanylate cyclase with GAF sensor  41.23 
 
 		 348 aa  253  4.0000000000000004e-66  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.859123  normal  0.0985842 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2176  diguanylate cyclase with GAF sensor  41.02 
 
 		 321 aa  241  1e-62  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.59733  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4722  diguanylate cyclase with GAF sensor  41.25 
 
 		 323 aa  234  1.0000000000000001e-60  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.549479 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1949  diguanylate cyclase, putative  41.54 
 
 		 327 aa  228  2e-58  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2356  diguanylate cyclase with GAF sensor  40.71 
 
 		 319 aa  227  3e-58  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.10775 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2458  diguanylate cyclase  40.17 
 
 		 343 aa  224  1e-57  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.709604 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2011  diguanylate cyclase  37.31 
 
 		 321 aa  219  6e-56  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0759816  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1699  fused adenylate cyclase and hybrid sensor diguanylate cyclase and response regulator  37.8 
 
 		 316 aa  218  1e-55  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.481687 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2886  diguanylate cyclase with GAF sensor  43.16 
 
 		 326 aa  213  2.9999999999999995e-54  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.322967 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3108  diguanylate cyclase with GAF sensor  38.72 
 
 		 323 aa  213  4.9999999999999996e-54  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3260  diguanylate cyclase with GAF sensor  37.35 
 
 		 327 aa  213  4.9999999999999996e-54  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3037  GGDEF domain-containing protein  36.42 
 
 		 320 aa  212  7.999999999999999e-54  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0864  diguanylate cyclase with GAF sensor  37.5 
 
 		 323 aa  209  4e-53  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.679659 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0833  diguanylate cyclase with GAF sensor  36.7 
 
 		 322 aa  208  1e-52  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0928  diguanylate cyclase  37.27 
 
 		 323 aa  207  2e-52  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.426085 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3444  diguanylate cyclase  36.42 
 
 		 323 aa  204  1e-51  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2191  diguanylate cyclase  35.84 
 
 		 417 aa  205  1e-51  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.300716  normal  0.177325 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3759  GGDEF domain-containing protein  36.86 
 
 		 324 aa  204  2e-51  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0894  diguanylate cyclase  36.67 
 
 		 323 aa  204  2e-51  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.499341  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0918  diguanylate cyclase with GAF sensor  36.67 
 
 		 323 aa  204  2e-51  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0785  diguanylate cyclase with GAF sensor  36.83 
 
 		 367 aa  203  3e-51  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3085  diguanylate cyclase  35.05 
 
 		 323 aa  199  6e-50  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1980  diguanylate cyclase  36.91 
 
 		 417 aa  197  2.0000000000000003e-49  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0208161  normal  0.907372 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3513  diguanylate cyclase with GAF sensor  38.17 
 
 		 326 aa  196  6e-49  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.668666  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3158  diguanylate cyclase  38.17 
 
 		 325 aa  195  1e-48  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.0640866 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0181  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase  39.94 
 
 		 737 aa  191  2e-47  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2140  diguanylate cyclase with GAF sensor  34.63 
 
 		 318 aa  189  4e-47  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.480431  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1229  diguanylate cyclase  36.75 
 
 		 356 aa  189  9e-47  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.586021  normal  0.0822929 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2826  hypothetical protein  31.34 
 
 		 314 aa  188  1e-46  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2220  diguanylate cyclase  36.36 
 
 		 362 aa  182  8.000000000000001e-45  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3728  diguanylate cyclase  32.35 
 
 		 341 aa  171  2e-41  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.183496 
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_4177  hypothetical protein  34.44 
 
 		 344 aa  164  2.0000000000000002e-39  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.878015 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2011  diguanylate cyclase with GAF sensor  33.93 
 
 		 321 aa  163  4.0000000000000004e-39  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0323841  normal  0.0375273 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3776  hypothetical protein  34.64 
 
 		 347 aa  161  1e-38  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00306006 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2139  diguanylate cyclase  33.23 
 
 		 343 aa  154  2e-36  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1974  diguanylate cyclase  35.03 
 
 		 336 aa  153  2.9999999999999998e-36  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.588528 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0329  diguanylate cyclase with GAF sensor  35.03 
 
 		 336 aa  153  2.9999999999999998e-36  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.832493  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1845  multi-sensor hybrid histidine kinase  46.88 
 
 		 878 aa  153  4e-36  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.187428  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0066  GGDEF domain-containing protein  44.72 
 
 		 743 aa  153  5e-36  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.928161  normal  0.0154172 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0191  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  44.72 
 
 		 743 aa  152  7e-36  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.766687  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03205  histidine kinase response regulator hybrid protein  47.83 
 
 		 542 aa  152  7e-36  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.132161  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2121  diguanylate cyclase  33.23 
 
 		 343 aa  150  2e-35  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.631655 
 
 
-
 
NC_009973  Haur_5198  putative PAS/PAC sensor protein  54.48 
 
 		 694 aa  150  3e-35  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3672  multi-sensor signal transduction histidine kinase  46.55 
 
 		 681 aa  150  3e-35  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.497248  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3263  diguanylate phosphodiesterase with GAF sensor  34.94 
 
 		 669 aa  146  5e-34  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0966  diguanylate cyclase  32.63 
 
 		 334 aa  145  7.0000000000000006e-34  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4312  multi-sensor signal transduction histidine kinase  47.83 
 
 		 640 aa  145  7.0000000000000006e-34  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04155  Putative signal protein with GAF,PAS(PAC) and GGDEF domains  48.41 
 
 		 874 aa  145  1e-33  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.581833  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0961  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  46.47 
 
 		 465 aa  144  2e-33  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3060  GAF:ATP-binding region, ATPase-like:histidine kinase A, N-terminal  44.79 
 
 		 442 aa  144  3e-33  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2149  multi-sensor hybrid histidine kinase  41.9 
 
 		 680 aa  142  9.999999999999999e-33  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3195  sensor histidine kinase  45.4 
 
 		 438 aa  142  9.999999999999999e-33  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.211172  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0288  signal transduction histidine kinase  44.94 
 
 		 514 aa  140  3e-32  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.328365  normal  0.664954 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2420  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.88 
 
 		 624 aa  140  3e-32  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.533876  normal  0.201744 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3329  PAS:GGDEF  41.48 
 
 		 732 aa  140  3.9999999999999997e-32  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00020555 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2985  putative anti-sigma regulatory factor, serine/threonine protein kinase  42.94 
 
 		 321 aa  139  4.999999999999999e-32  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.369432  normal  1 
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4330  diguanylate cyclase with GAF sensor  31.73 
 
 		 325 aa  139  6e-32  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1392  putative sensory transduction histidine kinase  44.09 
 
 		 401 aa  139  7e-32  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2343  putative GAF sensor protein  44.3 
 
 		 165 aa  139  7.999999999999999e-32  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5099  diguanylate cyclase  40.57 
 
 		 653 aa  136  5e-31  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.873917  normal  0.160564 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0877  putative phytochrome sensor protein  47.4 
 
 		 603 aa  135  7.000000000000001e-31  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0810026  normal  1 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1559  hypothetical protein  44.87 
 
 		 245 aa  135  9e-31  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3816  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  47.59 
 
 		 797 aa  135  9.999999999999999e-31  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.250791  normal  0.392847 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0812  Stage II sporulation E family protein  46.32 
 
 		 422 aa  135  9.999999999999999e-31  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_15351  GAF domain-containing protein  42.04 
 
 		 238 aa  135  9.999999999999999e-31  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.581628  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1643  diguanylate cyclase with GAF sensor  43.65 
 
 		 506 aa  134  1.9999999999999998e-30  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.65001 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4543  GAF domain/GGDEF domain/EAL domain protein  29.41 
 
 		 607 aa  134  3e-30  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.38768  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1367  putative phytochrome sensor protein  48.7 
 
 		 607 aa  134  3e-30  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.829477  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1466  GAF domain-containing protein  38.71 
 
 		 249 aa  134  3e-30  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.105134  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3096  diguanylate phosphodiesterase with GAF sensor  32.53 
 
 		 595 aa  133  5e-30  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0665544  normal  0.285122 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0050  putative diguanylate cyclase  39.15 
 
 		 696 aa  132  7.999999999999999e-30  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.315879  normal  0.219682 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0489  diguanylate cyclase  36.94 
 
 		 384 aa  132  7.999999999999999e-30  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0339  GGDEF domain protein  38.21 
 
 		 677 aa  132  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2169  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  37.44 
 
 		 722 aa  131  1.0000000000000001e-29  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0648584  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_15721  GAF domain-containing protein  38.17 
 
 		 249 aa  132  1.0000000000000001e-29  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3481  diguanylate phosphodiesterase with GAF sensor(s)  28.61 
 
 		 592 aa  131  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1925  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  39.69 
 
 		 728 aa  131  2.0000000000000002e-29  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0535292  normal  0.500981 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0129  GGDEF domain-containing protein  40.57 
 
 		 645 aa  130  3e-29  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_15571  GAF domain-containing protein  42.31 
 
 		 249 aa  130  3e-29  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.0414818  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0136  diguanylate cyclase  42.31 
 
 		 1428 aa  130  4.0000000000000003e-29  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0144  diguanylate cyclase  40.09 
 
 		 642 aa  130  4.0000000000000003e-29  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3825  GAF domain-containing protein  42.68 
 
 		 276 aa  130  4.0000000000000003e-29  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0507581  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0146  diguanylate cyclase  40.09 
 
 		 645 aa  129  5.0000000000000004e-29  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.369767  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0094  signal transduction histidine kinase  42.51 
 
 		 929 aa  130  5.0000000000000004e-29  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1501  diguanylate cyclase  43.15 
 
 		 360 aa  129  8.000000000000001e-29  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.15986  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2664  cyclic diguanylate phosphodiesterase/diguanylate cyclase  31.49 
 
 		 600 aa  129  9.000000000000001e-29  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4221  EAL:GAF  28.66 
 
 		 607 aa  129  9.000000000000001e-29  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.236568 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1877  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  42.68 
 
 		 722 aa  128  1.0000000000000001e-28  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3677  response regulator PleD  41 
 
 		 461 aa  128  1.0000000000000001e-28  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  decreased coverage  0.00345303  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1538  hypothetical protein  31.71 
 
 		 431 aa  127  2.0000000000000002e-28  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3791  diguanylate cyclase  42.54 
 
 		 572 aa  127  2.0000000000000002e-28  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00678  Putative signal protein with GAF, GGDEF and EAL domains  31.95 
 
 		 595 aa  127  2.0000000000000002e-28  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0927231  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1946  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  42.07 
 
 		 722 aa  127  2.0000000000000002e-28  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.146362  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3048  signal transduction histidine kinase  43.83 
 
 		 1001 aa  128  2.0000000000000002e-28  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.143163  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1118  GAF sensor signal transduction histidine kinase  38.39 
 
 		 437 aa  127  2.0000000000000002e-28  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>