More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PSPTO_3195 on replicon NC_004578
Organism: Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004578  PSPTO_3195  sensor histidine kinase  100 
 
 		 438 aa  883    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.211172  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3060  GAF:ATP-binding region, ATPase-like:histidine kinase A, N-terminal  81.84 
 
 		 442 aa  733    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2310  sensor histidine kinase/GAF domain-containing protein  30.65 
 
 		 400 aa  194  2e-48  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.40578 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3496  hypothetical protein  54.95 
 
 		 497 aa  195  2e-48  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.676733  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03205  histidine kinase response regulator hybrid protein  31.78 
 
 		 542 aa  192  1e-47  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.132161  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2985  putative anti-sigma regulatory factor, serine/threonine protein kinase  52.02 
 
 		 321 aa  187  4e-46  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.369432  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1392  putative sensory transduction histidine kinase  32.41 
 
 		 401 aa  185  1.0000000000000001e-45  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2458  diguanylate cyclase  50.56 
 
 		 343 aa  172  1e-41  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.709604 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0785  diguanylate cyclase with GAF sensor  52.1 
 
 		 367 aa  170  5e-41  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1564  multi-sensor hybrid histidine kinase  48.11 
 
 		 1550 aa  167  2.9999999999999998e-40  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.047002  normal  0.324166 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4126  diguanylate cyclase with GAF sensor  40.67 
 
 		 348 aa  162  8.000000000000001e-39  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.859123  normal  0.0985842 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4238  diguanylate cyclase with GAF sensor  40.67 
 
 		 348 aa  162  8.000000000000001e-39  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2176  diguanylate cyclase with GAF sensor  49.69 
 
 		 321 aa  161  2e-38  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.59733  normal  1 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0792  hypothetical protein  48.43 
 
 		 240 aa  161  2e-38  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.327217  normal  0.0268431 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3672  multi-sensor signal transduction histidine kinase  50.63 
 
 		 681 aa  161  3e-38  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.497248  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0961  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  48.73 
 
 		 465 aa  160  4e-38  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3083  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  36.26 
 
 		 845 aa  159  1e-37  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1559  hypothetical protein  49.04 
 
 		 245 aa  159  1e-37  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4312  multi-sensor signal transduction histidine kinase  38.29 
 
 		 640 aa  158  2e-37  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6778  multi-sensor hybrid histidine kinase  29.97 
 
 		 905 aa  158  2e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.433337  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0118  HWE histidine kinase  49.38 
 
 		 538 aa  156  8e-37  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2011  diguanylate cyclase  52.38 
 
 		 321 aa  155  1e-36  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0759816  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_08061  hypothetical protein  26.3 
 
 		 406 aa  155  2e-36  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1699  fused adenylate cyclase and hybrid sensor diguanylate cyclase and response regulator  50.34 
 
 		 316 aa  155  2e-36  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.481687 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0137  sensory box histidine kinase/response regulator  34.19 
 
 		 611 aa  154  2.9999999999999998e-36  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1307  sensory box histidine kinase/response regulator  34.19 
 
 		 611 aa  154  2.9999999999999998e-36  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2886  diguanylate cyclase with GAF sensor  51.32 
 
 		 326 aa  154  4e-36  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.322967 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4732  multi-sensor hybrid histidine kinase  30.84 
 
 		 728 aa  154  4e-36  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3828  putative GAF sensor protein  47.5 
 
 		 226 aa  153  5.9999999999999996e-36  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.673739 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1949  diguanylate cyclase, putative  52.27 
 
 		 327 aa  153  7e-36  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1041  sensory box histidine kinase/response regulator  33.87 
 
 		 611 aa  152  8.999999999999999e-36  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2635  sensory box histidine kinase/response regulator  33.87 
 
 		 611 aa  152  8.999999999999999e-36  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2778  Signal transduction histidine kinase  33.87 
 
 		 611 aa  152  8.999999999999999e-36  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_15351  GAF domain-containing protein  41.99 
 
 		 238 aa  152  8.999999999999999e-36  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.581628  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1466  GAF domain-containing protein  48.37 
 
 		 249 aa  152  1e-35  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.105134  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3860  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  35.88 
 
 		 520 aa  152  1e-35  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1643  diguanylate cyclase with GAF sensor  48.37 
 
 		 506 aa  151  2e-35  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.65001 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1845  multi-sensor hybrid histidine kinase  50.32 
 
 		 878 aa  151  2e-35  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.187428  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3138  diguanylate cyclase with GAF sensor  45.11 
 
 		 345 aa  150  3e-35  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3263  diguanylate phosphodiesterase with GAF sensor  54 
 
 		 669 aa  151  3e-35  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_15571  GAF domain-containing protein  47.71 
 
 		 249 aa  150  3e-35  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.0414818  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_15721  GAF domain-containing protein  47.71 
 
 		 249 aa  151  3e-35  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02127  sensor histidine kinase  30.47 
 
 		 398 aa  150  4e-35  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.147572  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2109  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  45.3 
 
 		 599 aa  150  6e-35  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.161845  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04155  Putative signal protein with GAF,PAS(PAC) and GGDEF domains  45.16 
 
 		 874 aa  149  8e-35  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.581833  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4722  diguanylate cyclase with GAF sensor  53.42 
 
 		 323 aa  149  8e-35  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.549479 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04157  histidine kinase-response regulator hybrid protein  49.68 
 
 		 306 aa  149  9e-35  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.851557  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3217  diguanylate cyclase  43.17 
 
 		 345 aa  149  9e-35  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.201545  normal  0.0694192 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2505  GAF domain/GGDEF domain-containing protein  43.17 
 
 		 345 aa  149  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.430442  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2356  diguanylate cyclase with GAF sensor  49.66 
 
 		 319 aa  149  1.0000000000000001e-34  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.10775 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0163  sensory box histidine kinase/response regulator  35.32 
 
 		 611 aa  149  1.0000000000000001e-34  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1229  diguanylate cyclase  46.79 
 
 		 356 aa  149  1.0000000000000001e-34  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.586021  normal  0.0822929 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4251  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.71 
 
 		 603 aa  148  1.0000000000000001e-34  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3096  diguanylate phosphodiesterase with GAF sensor  54.55 
 
 		 595 aa  149  1.0000000000000001e-34  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0665544  normal  0.285122 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_17911  GAF domain-containing protein  46.54 
 
 		 253 aa  149  1.0000000000000001e-34  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.305194  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1350  signal transduction histidine kinase  50.29 
 
 		 1016 aa  148  2.0000000000000003e-34  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.597121 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0934  hypothetical protein  46.54 
 
 		 253 aa  148  2.0000000000000003e-34  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.125271  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1130  signal transduction histidine kinase  47.65 
 
 		 1002 aa  147  4.0000000000000006e-34  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.039296  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0172  signal transduction histidine kinase  47.95 
 
 		 897 aa  146  6e-34  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1190  PAS sensor protein  50.29 
 
 		 1041 aa  146  7.0000000000000006e-34  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.0314947 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0066  GGDEF domain-containing protein  43.78 
 
 		 743 aa  146  7.0000000000000006e-34  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.928161  normal  0.0154172 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3632  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  36.73 
 
 		 686 aa  146  7.0000000000000006e-34  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3048  signal transduction histidine kinase  49.69 
 
 		 1001 aa  146  8.000000000000001e-34  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.143163  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0029  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  31.73 
 
 		 732 aa  146  9e-34  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.598305 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0621  multi-sensor hybrid histidine kinase  45.62 
 
 		 1309 aa  145  1e-33  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.288255 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6212  multi-sensor hybrid histidine kinase  30.53 
 
 		 999 aa  145  1e-33  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1684  histidine kinase  34.47 
 
 		 701 aa  145  1e-33  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009973  Haur_5198  putative PAS/PAC sensor protein  41.67 
 
 		 694 aa  145  2e-33  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4137  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  31.21 
 
 		 588 aa  145  2e-33  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.131409  normal  0.0529869 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2072  signal transduction histidine kinase  42.72 
 
 		 829 aa  145  2e-33  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3974  signal transduction histidine kinase  48.8 
 
 		 635 aa  145  2e-33  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0272817 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0094  signal transduction histidine kinase  48.5 
 
 		 929 aa  144  3e-33  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0770  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  34.62 
 
 		 814 aa  144  4e-33  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.486726  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0517  histidine kinase  33.6 
 
 		 726 aa  143  6e-33  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.978002  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0191  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  42.86 
 
 		 743 aa  143  6e-33  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.766687  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2045  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  34.52 
 
 		 812 aa  142  8e-33  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000148537 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5599  signal transduction histidine kinase  44.24 
 
 		 389 aa  142  9e-33  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3329  PAS:GGDEF  45.06 
 
 		 732 aa  142  9.999999999999999e-33  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00020555 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1117  PAS sensor protein  48.48 
 
 		 500 aa  142  9.999999999999999e-33  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1267  signal transduction histidine kinase  48.48 
 
 		 500 aa  142  9.999999999999999e-33  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0024  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  31.41 
 
 		 734 aa  141  1.9999999999999998e-32  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0171  multi-sensor hybrid histidine kinase  33.2 
 
 		 740 aa  142  1.9999999999999998e-32  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4625  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  33.13 
 
 		 1092 aa  141  1.9999999999999998e-32  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2463  hypothetical protein  45.4 
 
 		 341 aa  142  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.162594  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4259  PAS sensor protein  33.13 
 
 		 1086 aa  141  1.9999999999999998e-32  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.127746 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0541  response regulator receiver sensor hybrid histidine kinase  32.6 
 
 		 575 aa  141  3e-32  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5220  putative GAF sensor protein  48.75 
 
 		 182 aa  141  3e-32  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.583285  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3208  multi-sensor hybrid histidine kinase  34.14 
 
 		 622 aa  141  3e-32  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0750823 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3260  diguanylate cyclase with GAF sensor  47.06 
 
 		 327 aa  140  3.9999999999999997e-32  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2717  sensory box histidine kinase/response regulator  31.13 
 
 		 676 aa  140  4.999999999999999e-32  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.230475  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2079  GAF sensor hybrid histidine kinase  32.91 
 
 		 727 aa  140  6e-32  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.79077 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6162  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  33.86 
 
 		 673 aa  139  7e-32  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.30079  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5539  signal transduction histidine kinase  47.02 
 
 		 677 aa  139  7e-32  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1658  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  31.3 
 
 		 1036 aa  139  7.999999999999999e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.705021 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0135  multi-sensor hybrid histidine kinase  33.87 
 
 		 1631 aa  139  8.999999999999999e-32  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4524  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  32.59 
 
 		 589 aa  139  8.999999999999999e-32  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0655  multi-sensor hybrid histidine kinase  48.12 
 
 		 864 aa  139  1e-31  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1925  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  49.66 
 
 		 728 aa  139  1e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0535292  normal  0.500981 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4268  histidine kinase  31.87 
 
 		 575 aa  139  1e-31  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.396925 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1118  GAF sensor signal transduction histidine kinase  29.13 
 
 		 437 aa  139  1e-31  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>