More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_5539 on replicon NC_011988
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011988  Avi_5539  signal transduction histidine kinase  100 
 
 		 677 aa  1382    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2072  signal transduction histidine kinase  44.81 
 
 		 829 aa  310  4e-83  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0315  signal transduction histidine kinase  44.9 
 
 		 901 aa  307  4.0000000000000004e-82  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4368  signal transduction histidine kinase  38.49 
 
 		 934 aa  301  2e-80  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.523014 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4265  signal transduction histidine kinase  43.48 
 
 		 930 aa  297  4e-79  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.588648  normal  0.462436 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3897  PAS sensor protein  43.48 
 
 		 930 aa  296  1e-78  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.240133 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0118  HWE histidine kinase  41.37 
 
 		 538 aa  286  5.999999999999999e-76  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4536  signal transduction histidine kinase  42.11 
 
 		 430 aa  278  2e-73  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3974  signal transduction histidine kinase  31.2 
 
 		 635 aa  237  7e-61  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0272817 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3048  signal transduction histidine kinase  42.9 
 
 		 1001 aa  220  8.999999999999998e-56  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.143163  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0172  signal transduction histidine kinase  57.36 
 
 		 897 aa  219  1e-55  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1130  signal transduction histidine kinase  58.06 
 
 		 1002 aa  213  7e-54  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.039296  normal  1 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5219  signal transduction histidine kinase  37.03 
 
 		 512 aa  204  5e-51  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.673975 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1190  PAS sensor protein  53.08 
 
 		 1041 aa  204  5e-51  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.0314947 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1350  signal transduction histidine kinase  52.61 
 
 		 1016 aa  203  9.999999999999999e-51  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.597121 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02127  sensor histidine kinase  58.06 
 
 		 398 aa  191  2.9999999999999997e-47  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.147572  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4311  signal transduction histidine kinase  44.6 
 
 		 365 aa  189  1e-46  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.801495  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1881  PAS sensor protein  31.12 
 
 		 872 aa  186  1.0000000000000001e-45  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5586  signal transduction histidine kinase  48.63 
 
 		 390 aa  186  1.0000000000000001e-45  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5599  signal transduction histidine kinase  51.67 
 
 		 389 aa  186  2.0000000000000003e-45  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5262  signal transduction histidine kinase  44.95 
 
 		 338 aa  181  2.9999999999999997e-44  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4535  putative GAF sensor protein  45.83 
 
 		 251 aa  179  2e-43  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0932  signal transduction histidine kinase  48.28 
 
 		 759 aa  177  4e-43  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_7959  signal transduction histidine kinase  49.44 
 
 		 416 aa  177  8e-43  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2090  signal transduction histidine kinase  46.12 
 
 		 372 aa  174  5e-42  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.893944 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6181  signal transduction histidine kinase  49.76 
 
 		 1191 aa  172  1e-41  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.299797 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2563  signal transduction histidine kinase  45.87 
 
 		 409 aa  172  3e-41  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5560  signal transduction histidine kinase  44.72 
 
 		 341 aa  170  6e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.256684  normal  0.0162393 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1241  signal transduction histidine kinase  31.92 
 
 		 631 aa  169  1e-40  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.0246477 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3416  signal transduction histidine kinase  49 
 
 		 413 aa  168  2e-40  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.813211  normal  0.0120926 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0094  signal transduction histidine kinase  47.8 
 
 		 929 aa  168  2e-40  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5290  signal transduction histidine kinase  31.26 
 
 		 662 aa  168  2.9999999999999998e-40  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.249657 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1564  multi-sensor hybrid histidine kinase  49.38 
 
 		 1550 aa  167  5.9999999999999996e-40  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.047002  normal  0.324166 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3331  signal transduction histidine kinase  45.5 
 
 		 503 aa  167  5.9999999999999996e-40  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1117  PAS sensor protein  34.14 
 
 		 500 aa  167  5.9999999999999996e-40  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0965  signal transduction histidine kinase  46.53 
 
 		 850 aa  165  2.0000000000000002e-39  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2985  putative anti-sigma regulatory factor, serine/threonine protein kinase  49.68 
 
 		 321 aa  165  2.0000000000000002e-39  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.369432  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5228  multi-sensor hybrid histidine kinase  50.31 
 
 		 1224 aa  165  3e-39  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5905  signal transduction histidine kinase  31.38 
 
 		 601 aa  165  3e-39  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.584764  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1643  diguanylate cyclase with GAF sensor  41.47 
 
 		 506 aa  164  4.0000000000000004e-39  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.65001 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1984  signal transduction histidine kinase  46.04 
 
 		 713 aa  163  8.000000000000001e-39  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1677  signal transduction histidine kinase  46.53 
 
 		 840 aa  163  9e-39  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0471  signal transduction histidine kinase  46.43 
 
 		 349 aa  163  1e-38  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1267  signal transduction histidine kinase  33.84 
 
 		 500 aa  163  1e-38  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2458  diguanylate cyclase  46.74 
 
 		 343 aa  162  2e-38  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.709604 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3978  signal transduction histidine kinase  46.07 
 
 		 577 aa  162  2e-38  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.301159 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2310  sensor histidine kinase/GAF domain-containing protein  49.03 
 
 		 400 aa  161  4e-38  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.40578 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3496  hypothetical protein  35.56 
 
 		 497 aa  161  4e-38  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.676733  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4826  signal transduction histidine kinase  44.86 
 
 		 553 aa  160  5e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.788722  normal  0.27838 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3652  signal transduction histidine kinase  43.22 
 
 		 491 aa  161  5e-38  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03205  histidine kinase response regulator hybrid protein  48.47 
 
 		 542 aa  160  7e-38  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.132161  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4387  multi-sensor hybrid histidine kinase  47.95 
 
 		 946 aa  156  1e-36  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1392  putative sensory transduction histidine kinase  49.67 
 
 		 401 aa  156  1e-36  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5584  signal transduction histidine kinase  46.39 
 
 		 586 aa  156  1e-36  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0063  multi-sensor hybrid histidine kinase  49.67 
 
 		 837 aa  155  2.9999999999999998e-36  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2022  PAS sensor protein  47.03 
 
 		 717 aa  154  4e-36  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.620506 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2299  signal transduction histidine kinase  47.03 
 
 		 713 aa  154  4e-36  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.924903  normal  0.101705 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1700  signal transduction histidine kinase  40.89 
 
 		 339 aa  154  5.9999999999999996e-36  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.193151  normal  0.0718068 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4732  multi-sensor hybrid histidine kinase  31.23 
 
 		 728 aa  153  1e-35  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0588  sensory box protein  41.21 
 
 		 463 aa  152  2e-35  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4215  signal transduction histidine kinase  48.54 
 
 		 582 aa  152  2e-35  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0433147 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0554  sensory box protein  41.21 
 
 		 463 aa  152  2e-35  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1551  signal transduction histidine kinase  40.64 
 
 		 642 aa  152  2e-35  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00518292 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0066  GGDEF domain-containing protein  37.66 
 
 		 743 aa  151  4e-35  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.928161  normal  0.0154172 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1753  sensor histidine kinase  36.23 
 
 		 364 aa  150  8e-35  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.405521 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0655  multi-sensor hybrid histidine kinase  50.32 
 
 		 864 aa  149  1.0000000000000001e-34  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0801  signal transduction histidine kinase  42.93 
 
 		 488 aa  149  1.0000000000000001e-34  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.185769  normal  0.110715 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0428  multi-sensor hybrid histidine kinase  49.67 
 
 		 943 aa  150  1.0000000000000001e-34  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.94781  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1069  signal transduction histidine kinase  41.8 
 
 		 387 aa  149  2.0000000000000003e-34  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.591232 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4109  signal transduction histidine kinase  33.51 
 
 		 384 aa  149  2.0000000000000003e-34  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0421223  normal  0.437508 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1699  fused adenylate cyclase and hybrid sensor diguanylate cyclase and response regulator  50 
 
 		 316 aa  148  2.0000000000000003e-34  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.481687 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5235  signal transduction histidine kinase  42.05 
 
 		 571 aa  148  3e-34  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.878632  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0180  signal transduction histidine kinase  43.81 
 
 		 380 aa  148  3e-34  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.012775  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5776  putative PAS/PAC sensor protein  38.46 
 
 		 1160 aa  148  4.0000000000000006e-34  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.491611  normal  0.0137055 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6933  signal transduction histidine kinase  44.72 
 
 		 488 aa  148  4.0000000000000006e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0223762  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1229  diguanylate cyclase  47.4 
 
 		 356 aa  147  8.000000000000001e-34  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.586021  normal  0.0822929 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1466  GAF domain-containing protein  47.71 
 
 		 249 aa  147  9e-34  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.105134  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0707  MCP methyltransferase/methylesterase, CheR/CheB with PAS/PAC sensor  43.06 
 
 		 1190 aa  147  9e-34  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4251  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  43.35 
 
 		 603 aa  147  9e-34  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1796  multi-sensor hybrid histidine kinase  28.6 
 
 		 1965 aa  146  1e-33  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007488  RSP_3982  hypothetical protein  40.82 
 
 		 478 aa  146  1e-33  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2814  putative sensor histidine kinase  40.18 
 
 		 505 aa  146  1e-33  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.467962  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4495  signal transduction histidine kinase  41.58 
 
 		 571 aa  146  1e-33  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_15351  GAF domain-containing protein  45.51 
 
 		 238 aa  146  1e-33  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.581628  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3300  PAS sensor protein  28.54 
 
 		 583 aa  146  1e-33  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.928069  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5589  sensor histidine kinase  41.67 
 
 		 632 aa  146  1e-33  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1074  signal transduction histidine kinase  39.19 
 
 		 481 aa  145  3e-33  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.255381  normal  0.984755 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5220  putative GAF sensor protein  47.27 
 
 		 182 aa  145  3e-33  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.583285  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1301  signal transduction histidine kinase  44.16 
 
 		 588 aa  144  4e-33  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5270  signal transduction histidine kinase  33.87 
 
 		 559 aa  144  4e-33  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.909185 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3623  signal transduction histidine kinase  28.34 
 
 		 583 aa  144  4e-33  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.173185  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4345  multi-sensor Signal transduction histidine kinase  42.94 
 
 		 890 aa  144  5e-33  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.5665  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3500  signal transduction histidine kinase  40.1 
 
 		 583 aa  144  5e-33  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.319784  normal  0.0807687 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0961  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.33 
 
 		 465 aa  143  9e-33  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3263  diguanylate phosphodiesterase with GAF sensor  40.51 
 
 		 669 aa  142  9.999999999999999e-33  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_15571  GAF domain-containing protein  44.23 
 
 		 249 aa  143  9.999999999999999e-33  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.0414818  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3195  sensor histidine kinase  45.4 
 
 		 438 aa  142  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.211172  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1559  hypothetical protein  48.37 
 
 		 245 aa  142  1.9999999999999998e-32  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0785  diguanylate cyclase with GAF sensor  45.71 
 
 		 367 aa  142  1.9999999999999998e-32  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_15721  GAF domain-containing protein  44.23 
 
 		 249 aa  142  1.9999999999999998e-32  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>