More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Psyr_3060 on replicon NC_007005
Organism: Pseudomonas syringae pv. syringae B728a



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004578  PSPTO_3195  sensor histidine kinase  81.84 
 
 		 438 aa  733    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.211172  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3060  GAF:ATP-binding region, ATPase-like:histidine kinase A, N-terminal  100 
 
 		 442 aa  891    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2310  sensor histidine kinase/GAF domain-containing protein  29.91 
 
 		 400 aa  201  1.9999999999999998e-50  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.40578 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03205  histidine kinase response regulator hybrid protein  31.48 
 
 		 542 aa  193  5e-48  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.132161  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2985  putative anti-sigma regulatory factor, serine/threonine protein kinase  51.38 
 
 		 321 aa  191  2e-47  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.369432  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1392  putative sensory transduction histidine kinase  32.33 
 
 		 401 aa  190  2.9999999999999997e-47  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3496  hypothetical protein  57.38 
 
 		 497 aa  187  4e-46  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.676733  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6778  multi-sensor hybrid histidine kinase  31.45 
 
 		 905 aa  172  7.999999999999999e-42  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.433337  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0785  diguanylate cyclase with GAF sensor  52.1 
 
 		 367 aa  171  2e-41  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2458  diguanylate cyclase  50 
 
 		 343 aa  170  5e-41  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.709604 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1564  multi-sensor hybrid histidine kinase  49.43 
 
 		 1550 aa  166  6.9999999999999995e-40  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.047002  normal  0.324166 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4732  multi-sensor hybrid histidine kinase  32.85 
 
 		 728 aa  165  1.0000000000000001e-39  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3672  multi-sensor signal transduction histidine kinase  44.92 
 
 		 681 aa  163  5.0000000000000005e-39  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.497248  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2176  diguanylate cyclase with GAF sensor  46.32 
 
 		 321 aa  162  1e-38  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.59733  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0961  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  48.73 
 
 		 465 aa  162  1e-38  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1559  hypothetical protein  49.04 
 
 		 245 aa  161  2e-38  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0792  hypothetical protein  47.8 
 
 		 240 aa  161  2e-38  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.327217  normal  0.0268431 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_08061  hypothetical protein  28.37 
 
 		 406 aa  161  3e-38  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4238  diguanylate cyclase with GAF sensor  40.95 
 
 		 348 aa  160  4e-38  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4126  diguanylate cyclase with GAF sensor  40.95 
 
 		 348 aa  160  4e-38  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.859123  normal  0.0985842 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4312  multi-sensor signal transduction histidine kinase  37.97 
 
 		 640 aa  160  4e-38  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2011  diguanylate cyclase  53.74 
 
 		 321 aa  160  5e-38  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0759816  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4137  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  33.98 
 
 		 588 aa  159  8e-38  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.131409  normal  0.0529869 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0137  sensory box histidine kinase/response regulator  34.42 
 
 		 611 aa  159  9e-38  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1307  sensory box histidine kinase/response regulator  34.42 
 
 		 611 aa  159  9e-38  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0029  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  33.63 
 
 		 732 aa  157  3e-37  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.598305 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1041  sensory box histidine kinase/response regulator  34.12 
 
 		 611 aa  157  3e-37  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2778  Signal transduction histidine kinase  33.83 
 
 		 611 aa  157  3e-37  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2635  sensory box histidine kinase/response regulator  34.12 
 
 		 611 aa  157  3e-37  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1643  diguanylate cyclase with GAF sensor  49.02 
 
 		 506 aa  155  1e-36  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.65001 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5545  two component sensor kinase/response regulator hybrid  33 
 
 		 1036 aa  155  1e-36  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1949  diguanylate cyclase, putative  53.79 
 
 		 327 aa  155  1e-36  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0118  HWE histidine kinase  48.15 
 
 		 538 aa  155  2e-36  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_15351  GAF domain-containing protein  44.94 
 
 		 238 aa  154  2e-36  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.581628  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2886  diguanylate cyclase with GAF sensor  50.66 
 
 		 326 aa  154  2e-36  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.322967 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1118  GAF sensor signal transduction histidine kinase  29.84 
 
 		 437 aa  155  2e-36  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3828  putative GAF sensor protein  46.88 
 
 		 226 aa  154  2.9999999999999998e-36  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.673739 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2209  GAF sensor signal transduction histidine kinase  30.84 
 
 		 399 aa  154  2.9999999999999998e-36  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04157  histidine kinase-response regulator hybrid protein  50 
 
 		 306 aa  154  4e-36  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.851557  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1699  fused adenylate cyclase and hybrid sensor diguanylate cyclase and response regulator  48.98 
 
 		 316 aa  154  4e-36  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.481687 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3632  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  36.49 
 
 		 686 aa  153  5e-36  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0163  sensory box histidine kinase/response regulator  35.46 
 
 		 611 aa  153  5e-36  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0024  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  33.63 
 
 		 734 aa  153  5e-36  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1684  histidine kinase  35.84 
 
 		 701 aa  153  5e-36  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2551  ATP-binding region ATPase domain protein  30.23 
 
 		 398 aa  153  5e-36  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6212  multi-sensor hybrid histidine kinase  31.93 
 
 		 999 aa  153  5.9999999999999996e-36  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_17911  GAF domain-containing protein  47.8 
 
 		 253 aa  153  5.9999999999999996e-36  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.305194  normal  1 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0934  hypothetical protein  47.8 
 
 		 253 aa  153  7e-36  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.125271  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4251  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.29 
 
 		 603 aa  153  7e-36  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6162  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  35.23 
 
 		 673 aa  152  8e-36  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.30079  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3263  diguanylate phosphodiesterase with GAF sensor  54 
 
 		 669 aa  152  8e-36  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1658  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  36.47 
 
 		 1036 aa  152  8.999999999999999e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.705021 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2354  multi-sensor hybrid histidine kinase  38.33 
 
 		 795 aa  152  1e-35  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.250771 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3208  multi-sensor hybrid histidine kinase  35.29 
 
 		 622 aa  152  1e-35  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0750823 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2578  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  38 
 
 		 689 aa  152  1e-35  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.800994 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1229  diguanylate cyclase  45.24 
 
 		 356 aa  152  1e-35  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.586021  normal  0.0822929 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2109  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  44.88 
 
 		 599 aa  152  1e-35  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.161845  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3083  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  37.8 
 
 		 845 aa  151  2e-35  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1466  GAF domain-containing protein  47.06 
 
 		 249 aa  151  2e-35  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.105134  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1794  multi-sensor hybrid histidine kinase  36.5 
 
 		 795 aa  151  3e-35  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.477207 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1835  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  37.02 
 
 		 782 aa  150  3e-35  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.448152 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5205  multi-sensor hybrid histidine kinase  32.15 
 
 		 727 aa  151  3e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_48160  putative sensor/response regulator hybrid  34.59 
 
 		 858 aa  151  3e-35  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00217947 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4144  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  36.72 
 
 		 760 aa  150  4e-35  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.02765  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3096  diguanylate phosphodiesterase with GAF sensor  53.1 
 
 		 595 aa  150  4e-35  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0665544  normal  0.285122 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_15721  GAF domain-containing protein  46.41 
 
 		 249 aa  150  4e-35  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1845  multi-sensor hybrid histidine kinase  49.68 
 
 		 878 aa  150  6e-35  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.187428  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2267  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  37.36 
 
 		 721 aa  150  6e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0115994  normal  0.0775846 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_15571  GAF domain-containing protein  46.15 
 
 		 249 aa  150  6e-35  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.0414818  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2356  diguanylate cyclase with GAF sensor  51.01 
 
 		 319 aa  150  6e-35  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.10775 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04155  Putative signal protein with GAF,PAS(PAC) and GGDEF domains  46.25 
 
 		 874 aa  149  7e-35  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.581833  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3491  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  36.55 
 
 		 966 aa  149  8e-35  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.691252 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0066  GGDEF domain-containing protein  44.9 
 
 		 743 aa  149  9e-35  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.928161  normal  0.0154172 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0094  signal transduction histidine kinase  49.7 
 
 		 929 aa  149  1.0000000000000001e-34  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3341  multi-sensor hybrid histidine kinase  36.64 
 
 		 795 aa  149  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.679688 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0541  response regulator receiver sensor hybrid histidine kinase  35.34 
 
 		 575 aa  149  1.0000000000000001e-34  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4846  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  35.79 
 
 		 701 aa  149  1.0000000000000001e-34  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.110474 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4524  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  34.56 
 
 		 589 aa  149  1.0000000000000001e-34  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3860  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  36.75 
 
 		 520 aa  149  1.0000000000000001e-34  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2505  GAF domain/GGDEF domain-containing protein  45.4 
 
 		 345 aa  148  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.430442  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A3169  sensor histidine kinase/response regulator  35.52 
 
 		 760 aa  148  2.0000000000000003e-34  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1496  sensor histidine kinase/response regulator  35.52 
 
 		 725 aa  148  2.0000000000000003e-34  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.00000109142  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3048  signal transduction histidine kinase  50.3 
 
 		 1001 aa  148  2.0000000000000003e-34  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.143163  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4268  histidine kinase  35.5 
 
 		 575 aa  148  2.0000000000000003e-34  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.396925 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3087  ATP-binding region, ATPase-like  35.47 
 
 		 847 aa  147  2.0000000000000003e-34  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.373882  normal  0.0754896 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3282  sensor histidine kinase/response regulator  35.52 
 
 		 760 aa  148  2.0000000000000003e-34  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0788114  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5047  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  34.23 
 
 		 589 aa  148  2.0000000000000003e-34  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.153925  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2717  sensory box histidine kinase/response regulator  32.89 
 
 		 676 aa  147  3e-34  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.230475  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA2109  sensor histidine kinase/response regulator  35.52 
 
 		 767 aa  147  3e-34  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  decreased coverage  0.00292967  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7104  multi-sensor hybrid histidine kinase  35.29 
 
 		 1646 aa  147  3e-34  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1417  sensor histidine kinase/response regulator  35.52 
 
 		 767 aa  147  3e-34  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.00000575152  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4722  diguanylate cyclase with GAF sensor  50 
 
 		 323 aa  147  3e-34  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.549479 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2366  sensor histidine kinase/response regulator  34.35 
 
 		 768 aa  147  3e-34  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.00256663  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5456  multi-sensor hybrid histidine kinase  37.8 
 
 		 641 aa  147  3e-34  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0579502  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2403  sensor histidine kinase/response regulator  35.52 
 
 		 760 aa  147  3e-34  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  hitchhiker  0.00669702  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1137  sensor histidine kinase/response regulator  35.52 
 
 		 760 aa  147  3e-34  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.0000022686  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1130  signal transduction histidine kinase  48.82 
 
 		 1002 aa  147  4.0000000000000006e-34  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.039296  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2079  GAF sensor hybrid histidine kinase  32.31 
 
 		 727 aa  147  4.0000000000000006e-34  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.79077 
 
 
-
 
NC_009973  Haur_5198  putative PAS/PAC sensor protein  45.56 
 
 		 694 aa  147  5e-34  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5728  multi-sensor hybrid histidine kinase  30.83 
 
 		 727 aa  146  6e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>