More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSP_3513 on replicon NC_007494
Organism: Rhodobacter sphaeroides 2.4.1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007494  RSP_3513  diguanylate cyclase with GAF sensor  100 
 
 		 326 aa  660    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.668666  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3158  diguanylate cyclase  98.77 
 
 		 325 aa  651    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.0640866 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0966  diguanylate cyclase  43.77 
 
 		 334 aa  257  2e-67  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2191  diguanylate cyclase  40.88 
 
 		 417 aa  256  3e-67  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.300716  normal  0.177325 
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_4177  hypothetical protein  45.54 
 
 		 344 aa  247  2e-64  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.878015 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1980  diguanylate cyclase  41.28 
 
 		 417 aa  240  2e-62  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0208161  normal  0.907372 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1974  diguanylate cyclase  43.77 
 
 		 336 aa  240  2.9999999999999997e-62  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.588528 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0329  diguanylate cyclase with GAF sensor  43.77 
 
 		 336 aa  240  2.9999999999999997e-62  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.832493  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1699  fused adenylate cyclase and hybrid sensor diguanylate cyclase and response regulator  40.91 
 
 		 316 aa  226  4e-58  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.481687 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4238  diguanylate cyclase with GAF sensor  38.25 
 
 		 348 aa  226  6e-58  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4126  diguanylate cyclase with GAF sensor  38.25 
 
 		 348 aa  226  6e-58  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.859123  normal  0.0985842 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0785  diguanylate cyclase with GAF sensor  37.43 
 
 		 367 aa  225  1e-57  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2458  diguanylate cyclase  38.81 
 
 		 343 aa  220  1.9999999999999999e-56  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.709604 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2140  diguanylate cyclase with GAF sensor  38.64 
 
 		 318 aa  219  7e-56  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.480431  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2356  diguanylate cyclase with GAF sensor  39.74 
 
 		 319 aa  213  4.9999999999999996e-54  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.10775 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4722  diguanylate cyclase with GAF sensor  37.58 
 
 		 323 aa  211  2e-53  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.549479 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2176  diguanylate cyclase with GAF sensor  38.68 
 
 		 321 aa  209  4e-53  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.59733  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2011  diguanylate cyclase  37.78 
 
 		 321 aa  207  2e-52  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0759816  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3138  diguanylate cyclase with GAF sensor  38.17 
 
 		 345 aa  205  7e-52  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2826  hypothetical protein  32.37 
 
 		 314 aa  200  1.9999999999999998e-50  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2886  diguanylate cyclase with GAF sensor  42.64 
 
 		 326 aa  201  1.9999999999999998e-50  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.322967 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3444  diguanylate cyclase  37.78 
 
 		 323 aa  199  3.9999999999999996e-50  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3037  GGDEF domain-containing protein  34.39 
 
 		 320 aa  199  7e-50  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0894  diguanylate cyclase  37.82 
 
 		 323 aa  198  1.0000000000000001e-49  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.499341  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0918  diguanylate cyclase with GAF sensor  37.82 
 
 		 323 aa  198  1.0000000000000001e-49  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0928  diguanylate cyclase  37.82 
 
 		 323 aa  197  2.0000000000000003e-49  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.426085 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3260  diguanylate cyclase with GAF sensor  34.39 
 
 		 327 aa  197  2.0000000000000003e-49  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3759  GGDEF domain-containing protein  37.94 
 
 		 324 aa  196  3e-49  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2463  hypothetical protein  38.17 
 
 		 341 aa  196  6e-49  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.162594  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3085  diguanylate cyclase  37.7 
 
 		 323 aa  194  1e-48  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1949  diguanylate cyclase, putative  40.29 
 
 		 327 aa  193  4e-48  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3108  diguanylate cyclase with GAF sensor  37.86 
 
 		 323 aa  192  5e-48  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0181  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.9 
 
 		 737 aa  183  3e-45  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1229  diguanylate cyclase  37.01 
 
 		 356 aa  183  3e-45  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.586021  normal  0.0822929 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0864  diguanylate cyclase with GAF sensor  36.86 
 
 		 323 aa  182  5.0000000000000004e-45  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.679659 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0833  diguanylate cyclase with GAF sensor  35.69 
 
 		 322 aa  180  2.9999999999999997e-44  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2505  GAF domain/GGDEF domain-containing protein  36.55 
 
 		 345 aa  180  4e-44  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.430442  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3217  diguanylate cyclase  36.55 
 
 		 345 aa  180  4e-44  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.201545  normal  0.0694192 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3776  hypothetical protein  34.38 
 
 		 347 aa  171  2e-41  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00306006 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2011  diguanylate cyclase with GAF sensor  34.52 
 
 		 321 aa  169  8e-41  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0323841  normal  0.0375273 
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4330  diguanylate cyclase with GAF sensor  34.11 
 
 		 325 aa  167  2e-40  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0066  GGDEF domain-containing protein  47.71 
 
 		 743 aa  164  2.0000000000000002e-39  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.928161  normal  0.0154172 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0191  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  45.1 
 
 		 743 aa  160  4e-38  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.766687  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1564  multi-sensor hybrid histidine kinase  49.35 
 
 		 1550 aa  157  2e-37  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.047002  normal  0.324166 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2985  putative anti-sigma regulatory factor, serine/threonine protein kinase  47.4 
 
 		 321 aa  155  7e-37  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.369432  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1446  hypothetical protein  42.51 
 
 		 441 aa  154  2e-36  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2479  diguanylate cyclase with GAF sensor  46.41 
 
 		 531 aa  154  2.9999999999999998e-36  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.838154  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1466  GAF domain-containing protein  44 
 
 		 249 aa  152  5.9999999999999996e-36  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.105134  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4543  GAF domain/GGDEF domain/EAL domain protein  32.12 
 
 		 607 aa  152  7e-36  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.38768  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1538  hypothetical protein  41.92 
 
 		 431 aa  152  8e-36  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1643  diguanylate cyclase with GAF sensor  50 
 
 		 506 aa  152  8e-36  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.65001 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1392  putative sensory transduction histidine kinase  47.74 
 
 		 401 aa  151  2e-35  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02131  GGDEF domain-containing PAS signal transduction protein  45.83 
 
 		 794 aa  150  3e-35  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_15571  GAF domain-containing protein  42.29 
 
 		 249 aa  150  3e-35  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.0414818  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2149  multi-sensor hybrid histidine kinase  47.4 
 
 		 680 aa  150  4e-35  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_15721  GAF domain-containing protein  42.29 
 
 		 249 aa  149  5e-35  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3728  diguanylate cyclase  32.54 
 
 		 341 aa  149  6e-35  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.183496 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4113  diguanylate cyclase  36.01 
 
 		 349 aa  148  1.0000000000000001e-34  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.0357706 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03205  histidine kinase response regulator hybrid protein  46.1 
 
 		 542 aa  147  2.0000000000000003e-34  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.132161  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1600  GGDEF family protein  34.39 
 
 		 594 aa  147  3e-34  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.723611  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3096  diguanylate phosphodiesterase with GAF sensor  32.39 
 
 		 595 aa  147  3e-34  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0665544  normal  0.285122 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_15351  GAF domain-containing protein  41.14 
 
 		 238 aa  146  4.0000000000000006e-34  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.581628  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2220  diguanylate cyclase  33.55 
 
 		 362 aa  145  7.0000000000000006e-34  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0792  hypothetical protein  36.11 
 
 		 240 aa  144  1e-33  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.327217  normal  0.0268431 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1450  diguanylate cyclase  36.18 
 
 		 1774 aa  145  1e-33  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3672  multi-sensor signal transduction histidine kinase  43.56 
 
 		 681 aa  144  2e-33  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.497248  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4221  EAL:GAF  31.13 
 
 		 607 aa  143  3e-33  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.236568 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1796  multi-sensor hybrid histidine kinase  45.45 
 
 		 1965 aa  142  6e-33  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0621  diguanylate cyclase  38.65 
 
 		 323 aa  141  9.999999999999999e-33  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1946  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  31.64 
 
 		 722 aa  140  1.9999999999999998e-32  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.146362  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3925  GAF sensor hybrid histidine kinase  44.74 
 
 		 662 aa  140  1.9999999999999998e-32  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.150145  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1845  multi-sensor hybrid histidine kinase  48.89 
 
 		 878 aa  139  3.9999999999999997e-32  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.187428  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3631  GGDEF domain-containing protein  38.79 
 
 		 722 aa  139  6e-32  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.770761  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0621  multi-sensor hybrid histidine kinase  42 
 
 		 1309 aa  139  8.999999999999999e-32  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.288255 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0063  multi-sensor hybrid histidine kinase  43.62 
 
 		 837 aa  139  1e-31  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0288  signal transduction histidine kinase  47.59 
 
 		 514 aa  138  1e-31  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.328365  normal  0.664954 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4329  diguanylate cyclase  37.42 
 
 		 320 aa  138  1e-31  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.406414  normal  1 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0934  hypothetical protein  39.66 
 
 		 253 aa  137  2e-31  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.125271  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2310  sensor histidine kinase/GAF domain-containing protein  39.35 
 
 		 400 aa  138  2e-31  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.40578 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_17911  GAF domain-containing protein  39.66 
 
 		 253 aa  137  2e-31  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.305194  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1477  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  51.23 
 
 		 730 aa  138  2e-31  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1877  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  42.77 
 
 		 722 aa  136  4e-31  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0961  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.44 
 
 		 465 aa  137  4e-31  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2049  diguanylate cyclase  46.47 
 
 		 357 aa  136  6.0000000000000005e-31  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3137  response regulator receiver protein  40.12 
 
 		 319 aa  136  6.0000000000000005e-31  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1117  PAS sensor protein  41.57 
 
 		 500 aa  135  7.000000000000001e-31  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0452  diguanylate cyclase  39.88 
 
 		 323 aa  135  8e-31  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2551  ATP-binding region ATPase domain protein  43.12 
 
 		 398 aa  135  8e-31  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4535  putative GAF sensor protein  44.79 
 
 		 251 aa  135  8e-31  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0522  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  43.29 
 
 		 1114 aa  135  9e-31  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1477  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.1 
 
 		 317 aa  135  9.999999999999999e-31  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4345  multi-sensor Signal transduction histidine kinase  32.65 
 
 		 890 aa  134  1.9999999999999998e-30  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.5665  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2333  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  44.58 
 
 		 578 aa  134  1.9999999999999998e-30  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04155  Putative signal protein with GAF,PAS(PAC) and GGDEF domains  45.16 
 
 		 874 aa  134  1.9999999999999998e-30  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.581833  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2072  signal transduction histidine kinase  39.49 
 
 		 829 aa  134  1.9999999999999998e-30  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2059  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  28.71 
 
 		 718 aa  134  3e-30  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0475762  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1081  diguanylate cyclase  39.22 
 
 		 396 aa  134  3e-30  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1926  diguanylate cyclase  44.58 
 
 		 466 aa  134  3e-30  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.647076  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3203  diguanylate cyclase  43.72 
 
 		 569 aa  133  3e-30  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0987619 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3512  diguanylate cyclase  38.41 
 
 		 318 aa  134  3e-30  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>