More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sama_3137 on replicon NC_008700
Organism: Shewanella amazonensis SB2B



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008700  Sama_3137  response regulator receiver protein  100 
 
 		 319 aa  670    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3512  diguanylate cyclase  75.71 
 
 		 318 aa  525  1e-148  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4329  diguanylate cyclase  74.29 
 
 		 320 aa  521  1e-147  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.406414  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0621  diguanylate cyclase  75.24 
 
 		 323 aa  519  1e-146  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0452  diguanylate cyclase  72.96 
 
 		 323 aa  515  1.0000000000000001e-145  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0571  diguanylate cyclase  72.64 
 
 		 324 aa  508  1e-143  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3459  diguanylate cyclase  72.64 
 
 		 324 aa  510  1e-143  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0570  diguanylate cyclase  72.64 
 
 		 324 aa  508  1e-143  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3794  diguanylate cyclase  73.27 
 
 		 328 aa  501  1e-141  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.807786  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3306  diguanylate cyclase  73.98 
 
 		 324 aa  503  1e-141  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.198506  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0532  GGDEF domain-containing protein  73.67 
 
 		 321 aa  503  1e-141  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0531  diguanylate cyclase  73.58 
 
 		 328 aa  502  1e-141  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.842524  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3737  diguanylate cyclase  73.58 
 
 		 328 aa  502  1e-141  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0251056  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0569  sensory box/GGDEF family protein  73.82 
 
 		 324 aa  499  1e-140  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3920  diguanylate cyclase  73.27 
 
 		 328 aa  500  1e-140  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00763336  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3711  diguanylate cyclase  70.22 
 
 		 320 aa  480  1e-134  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.336724  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3577  GGDEF domain-containing protein  52.66 
 
 		 322 aa  372  1e-102  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.635523  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1380  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  53.94 
 
 		 332 aa  369  1e-101  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.238298  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0392  diguanylate cyclase  50.63 
 
 		 319 aa  367  1e-100  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0549299  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2607  diguanylate cyclase  50.65 
 
 		 316 aa  350  2e-95  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.000143356  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3835  diguanylate cyclase  47.28 
 
 		 316 aa  326  4.0000000000000003e-88  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0921  putative GGDEF protein  44.48 
 
 		 322 aa  323  3e-87  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0615  diguanylate cyclase  48.43 
 
 		 320 aa  318  6e-86  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000794548 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03704  GGDEF domain protein  45.54 
 
 		 325 aa  297  2e-79  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02241  hypothetical protein  40.2 
 
 		 320 aa  284  1.0000000000000001e-75  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003519  diguanylate cyclase (GGDEF domain) with PAS/PAC sensor  42.24 
 
 		 280 aa  264  1e-69  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00000133532  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0009  diguanylate cyclase  40.2 
 
 		 312 aa  258  1e-67  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.214527  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7026  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.53 
 
 		 312 aa  256  3e-67  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.398098  hitchhiker  0.000000633587 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4293  GGDEF domain-containing protein  40.33 
 
 		 334 aa  256  4e-67  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0725016  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2363  GGDEF domain-containing protein  40.06 
 
 		 311 aa  256  4e-67  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.282615  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4141  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.87 
 
 		 312 aa  254  1.0000000000000001e-66  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.812185  normal  1 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1133  diguanylate cyclase  40.84 
 
 		 311 aa  254  2.0000000000000002e-66  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.047255  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA2105  GGDEF domain-containing protein  40.84 
 
 		 311 aa  254  2.0000000000000002e-66  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1493  GGDEF domain-containing protein  40.84 
 
 		 311 aa  254  2.0000000000000002e-66  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.00779791  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2399  diguanylate cyclase  40.84 
 
 		 311 aa  254  2.0000000000000002e-66  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.291213  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3279  diguanylate cyclase  40.84 
 
 		 311 aa  254  2.0000000000000002e-66  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0418707  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A3165  diguanylate cyclase  40.84 
 
 		 311 aa  254  2.0000000000000002e-66  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1413  diguanylate cyclase  40.84 
 
 		 311 aa  254  2.0000000000000002e-66  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.195928  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4956  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.29 
 
 		 324 aa  249  3e-65  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0364888 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5509  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.74 
 
 		 326 aa  249  4e-65  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.872831  normal  0.058561 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4551  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.83 
 
 		 313 aa  248  1e-64  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.111866  normal  0.524526 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5175  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.71 
 
 		 313 aa  247  2e-64  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5684  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.71 
 
 		 313 aa  247  2e-64  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.656373  hitchhiker  0.00195148 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0014  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.07 
 
 		 312 aa  245  6.999999999999999e-64  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.927772  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3170  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.51 
 
 		 312 aa  244  9.999999999999999e-64  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0256904  normal  0.861805 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1440  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.9 
 
 		 315 aa  206  3e-52  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0301186  normal  0.059237 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3316  diguanylate cyclase  37.1 
 
 		 307 aa  201  9.999999999999999e-51  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0085  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.09 
 
 		 301 aa  192  6e-48  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03099  sensory box/GGDEF protein  55.48 
 
 		 163 aa  191  2e-47  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.727422  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0887  sensory box protein  54.49 
 
 		 160 aa  183  3e-45  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.141659  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1040  sensory box protein  54.49 
 
 		 160 aa  183  4.0000000000000006e-45  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.951062  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3726  putative PAS/PAC sensor protein  53.08 
 
 		 145 aa  163  3e-39  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1752  diguanylate cyclase  32.71 
 
 		 301 aa  158  1e-37  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  unclonable  0.000000000321576  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0195  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  49.15 
 
 		 309 aa  155  9e-37  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0106599  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2521  diguanylate cyclase  42.55 
 
 		 350 aa  154  1e-36  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.848783 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1355  diguanylate cyclase  35.61 
 
 		 487 aa  155  1e-36  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.133394  normal  0.478971 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1677  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  45.24 
 
 		 512 aa  152  5e-36  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00717505  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0069  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  44.77 
 
 		 314 aa  149  4e-35  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.840661 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_1086  hypothetical protein  47.33 
 
 		 148 aa  149  5e-35  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.394115  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000473  hypothetical protein  47.33 
 
 		 145 aa  149  6e-35  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06227  hypothetical protein  46.56 
 
 		 146 aa  148  1.0000000000000001e-34  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3770  PAS:GGDEF  30.28 
 
 		 328 aa  147  2.0000000000000003e-34  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.0223226 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1477  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.24 
 
 		 730 aa  147  2.0000000000000003e-34  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0378  diguanylate cyclase  41.29 
 
 		 422 aa  147  3e-34  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000891935  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1282  diguanylate cyclase with GAF sensor  42.94 
 
 		 550 aa  147  3e-34  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000101268  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3853  diguanylate cyclase  44.75 
 
 		 359 aa  146  4.0000000000000006e-34  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2825  PAS:GGDEF  33.55 
 
 		 548 aa  146  4.0000000000000006e-34  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.067576  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4518  diguanylate cyclase  41.94 
 
 		 345 aa  146  4.0000000000000006e-34  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6958  diguanylate cyclase  43.98 
 
 		 502 aa  146  4.0000000000000006e-34  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1156  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  32.93 
 
 		 469 aa  145  9e-34  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2045  diguanylate cyclase  46.06 
 
 		 243 aa  145  1e-33  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1387  cyclic nucleotide-binding protein  46.43 
 
 		 320 aa  145  1e-33  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000243824  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7079  serine/threonine protein kinase  44.94 
 
 		 1643 aa  144  2e-33  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0498  diguanylate cyclase  45.28 
 
 		 461 aa  144  2e-33  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.916227  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1834  diguanylate cyclase  36.16 
 
 		 525 aa  144  2e-33  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.245567  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0100  diguanylate cyclase  41.01 
 
 		 446 aa  144  2e-33  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.246337  normal  1 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0602  hypothetical protein  47.33 
 
 		 145 aa  144  2e-33  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3376  GGDEF/response regulator receiver domain-containing protein  43.75 
 
 		 308 aa  143  3e-33  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1316  diguanylate cyclase  44.13 
 
 		 1004 aa  144  3e-33  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.730261  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0655  diguanylate cyclase  39.88 
 
 		 172 aa  143  3e-33  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.00000725118  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1225  GGDEF domain-containing protein  41.81 
 
 		 517 aa  143  4e-33  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.489016  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2954  diguanylate cyclase  42.29 
 
 		 612 aa  142  5e-33  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0512853  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0604  diguanylate cyclase  38.18 
 
 		 291 aa  142  6e-33  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.436873  normal  0.310553 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0094  diguanylate cyclase  42.86 
 
 		 451 aa  142  7e-33  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4369  sensor diguanylate cyclase  36.28 
 
 		 569 aa  142  7e-33  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.399197 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2333  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.55 
 
 		 578 aa  142  8e-33  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3203  diguanylate cyclase  29.91 
 
 		 569 aa  142  9e-33  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0987619 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1456  diguanylate cyclase  42.11 
 
 		 636 aa  141  9.999999999999999e-33  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2637  diguanylate cyclase with extracellular sensor  47.65 
 
 		 474 aa  141  9.999999999999999e-33  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0057  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.8 
 
 		 550 aa  140  1.9999999999999998e-32  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1081  diguanylate cyclase  46.95 
 
 		 396 aa  140  1.9999999999999998e-32  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3614  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  44 
 
 		 310 aa  140  1.9999999999999998e-32  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0886  diguanylate cyclase  44.77 
 
 		 542 aa  140  3e-32  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0691  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.05 
 
 		 686 aa  140  3e-32  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.343759  normal  0.118762 
 
 
-
 
NC_002936  DET1381  GGDEF domain/HD domain-containing protein  40.85 
 
 		 792 aa  140  3.9999999999999997e-32  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0504  GGDEF domain-containing protein  38.66 
 
 		 385 aa  140  3.9999999999999997e-32  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.910184  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3583  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.86 
 
 		 322 aa  140  3.9999999999999997e-32  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000864033 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1006  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.95 
 
 		 312 aa  139  3.9999999999999997e-32  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2511  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  32.08 
 
 		 419 aa  140  3.9999999999999997e-32  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3733  diguanylate cyclase  40.78 
 
 		 625 aa  140  3.9999999999999997e-32  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>