73 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VC0395_1086 on replicon NC_009456
Organism: Vibrio cholerae O395



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009456  VC0395_1086  hypothetical protein  100 
 
 		 148 aa  313  5e-85  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.394115  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000473  hypothetical protein  88.11 
 
 		 145 aa  278  3e-74  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06227  hypothetical protein  86.3 
 
 		 146 aa  277  3e-74  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0602  hypothetical protein  70.71 
 
 		 145 aa  234  2e-61  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03099  sensory box/GGDEF protein  49.28 
 
 		 163 aa  160  7e-39  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.727422  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3512  diguanylate cyclase  48.09 
 
 		 318 aa  152  1e-36  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0570  diguanylate cyclase  47.41 
 
 		 324 aa  151  2.9999999999999998e-36  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3459  diguanylate cyclase  47.41 
 
 		 324 aa  151  2.9999999999999998e-36  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0571  diguanylate cyclase  47.41 
 
 		 324 aa  151  2.9999999999999998e-36  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0569  sensory box/GGDEF family protein  47.33 
 
 		 324 aa  150  8e-36  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3711  diguanylate cyclase  46.38 
 
 		 320 aa  150  8e-36  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.336724  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3137  response regulator receiver protein  47.33 
 
 		 319 aa  149  1e-35  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3920  diguanylate cyclase  45.19 
 
 		 328 aa  147  4e-35  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00763336  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0532  GGDEF domain-containing protein  47.33 
 
 		 321 aa  147  4e-35  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0452  diguanylate cyclase  47.33 
 
 		 323 aa  145  1.0000000000000001e-34  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3737  diguanylate cyclase  44.44 
 
 		 328 aa  146  1.0000000000000001e-34  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0251056  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0531  diguanylate cyclase  44.44 
 
 		 328 aa  146  1.0000000000000001e-34  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.842524  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3794  diguanylate cyclase  44.44 
 
 		 328 aa  146  1.0000000000000001e-34  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.807786  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2607  diguanylate cyclase  43.7 
 
 		 316 aa  145  2.0000000000000003e-34  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.000143356  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3306  diguanylate cyclase  45.8 
 
 		 324 aa  145  2.0000000000000003e-34  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.198506  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0621  diguanylate cyclase  45.8 
 
 		 323 aa  143  7.0000000000000006e-34  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0392  diguanylate cyclase  45.26 
 
 		 319 aa  142  1e-33  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0549299  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4329  diguanylate cyclase  45.04 
 
 		 320 aa  142  1e-33  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.406414  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3577  GGDEF domain-containing protein  41.01 
 
 		 322 aa  135  2e-31  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.635523  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0887  sensory box protein  45.11 
 
 		 160 aa  134  4e-31  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.141659  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1380  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.35 
 
 		 332 aa  134  5e-31  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.238298  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3726  putative PAS/PAC sensor protein  49.57 
 
 		 145 aa  129  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1040  sensory box protein  42.86 
 
 		 160 aa  128  3e-29  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.951062  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02241  hypothetical protein  35.97 
 
 		 320 aa  120  4e-27  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3835  diguanylate cyclase  38.85 
 
 		 316 aa  120  5e-27  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03704  GGDEF domain protein  41.27 
 
 		 325 aa  118  1.9999999999999998e-26  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0615  diguanylate cyclase  37.68 
 
 		 320 aa  116  7.999999999999999e-26  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000794548 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0921  putative GGDEF protein  35.38 
 
 		 322 aa  111  4.0000000000000004e-24  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5509  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.5 
 
 		 326 aa  105  2e-22  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.872831  normal  0.058561 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4956  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.5 
 
 		 324 aa  105  2e-22  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0364888 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1123  sensor histidine kinase  35 
 
 		 471 aa  104  3e-22  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0677  sensor histidine kinase  35 
 
 		 538 aa  104  3e-22  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.755053  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2403  sensor histidine kinase  35 
 
 		 601 aa  104  3e-22  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0788  sensor histidine kinase  35 
 
 		 465 aa  104  3e-22  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.105833  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1200  sensor histidine kinase  35 
 
 		 471 aa  104  4e-22  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1493  GGDEF domain-containing protein  35.94 
 
 		 311 aa  103  9e-22  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.00779791  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA2105  GGDEF domain-containing protein  35.94 
 
 		 311 aa  103  9e-22  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1133  diguanylate cyclase  35.94 
 
 		 311 aa  103  9e-22  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.047255  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3279  diguanylate cyclase  35.94 
 
 		 311 aa  103  9e-22  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0418707  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1413  diguanylate cyclase  35.94 
 
 		 311 aa  103  9e-22  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.195928  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2399  diguanylate cyclase  35.94 
 
 		 311 aa  103  9e-22  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.291213  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A3165  diguanylate cyclase  35.94 
 
 		 311 aa  103  9e-22  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0014  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.72 
 
 		 312 aa  102  1e-21  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.927772  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3170  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.72 
 
 		 312 aa  102  1e-21  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0256904  normal  0.861805 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2363  GGDEF domain-containing protein  35.94 
 
 		 311 aa  102  2e-21  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.282615  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0009  diguanylate cyclase  38.28 
 
 		 312 aa  102  2e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.214527  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5175  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  35.94 
 
 		 313 aa  102  2e-21  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5684  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  35.94 
 
 		 313 aa  102  2e-21  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.656373  hitchhiker  0.00195148 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4551  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  35.94 
 
 		 313 aa  101  3e-21  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.111866  normal  0.524526 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7026  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.5 
 
 		 312 aa  100  6e-21  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.398098  hitchhiker  0.000000633587 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4141  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.72 
 
 		 312 aa  100  7e-21  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.812185  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1588  sensor histidine kinase  35.83 
 
 		 502 aa  100  8e-21  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.153224  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4293  GGDEF domain-containing protein  36.67 
 
 		 334 aa  94.4  5e-19  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0725016  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003519  diguanylate cyclase (GGDEF domain) with PAS/PAC sensor  34.34 
 
 		 280 aa  82  0.000000000000003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00000133532  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0085  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  31.25 
 
 		 301 aa  71.2  0.000000000004  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3316  diguanylate cyclase  30.51 
 
 		 307 aa  67  0.00000000008  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2545  sensor histidine kinase  26.92 
 
 		 429 aa  66.2  0.0000000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1440  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  25.81 
 
 		 315 aa  65.5  0.0000000003  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0301186  normal  0.059237 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0603  sensory box sensor histidine kinase  28.93 
 
 		 439 aa  62.8  0.000000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1752  diguanylate cyclase  26.83 
 
 		 301 aa  60.5  0.000000007  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  unclonable  0.000000000321576  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01455  sensor histidine kinase  25.19 
 
 		 436 aa  54.7  0.0000004  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0336  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  26.92 
 
 		 319 aa  46.2  0.0001  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.208046  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1812  signal transduction histidine kinase  37.5 
 
 		 1390 aa  45.8  0.0002  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  0.155927 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0331  multi-sensor signal transduction histidine kinase  35.09 
 
 		 608 aa  44.7  0.0005  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1036  diguanylate cyclase  25.49 
 
 		 427 aa  43.1  0.001  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.132028  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2249  multi-sensor signal transduction histidine kinase  25.56 
 
 		 543 aa  42.4  0.002  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.624689  normal  0.503479 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4221  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  25.93 
 
 		 380 aa  41.6  0.004  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1982  diguanylate cyclase  26.02 
 
 		 335 aa  41.6  0.004  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>