More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_3835 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008228  Patl_3835  diguanylate cyclase  100 
 
 
316 aa  655    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03704  GGDEF domain protein  56.38 
 
 
325 aa  376  1e-103  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3711  diguanylate cyclase  48.72 
 
 
320 aa  338  5e-92  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.336724  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0392  diguanylate cyclase  48.22 
 
 
319 aa  335  5e-91  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0549299  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3512  diguanylate cyclase  47.6 
 
 
318 aa  334  1e-90  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0621  diguanylate cyclase  46.96 
 
 
323 aa  334  1e-90  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4329  diguanylate cyclase  45.86 
 
 
320 aa  332  6e-90  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.406414  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0570  diguanylate cyclase  46.33 
 
 
324 aa  332  7.000000000000001e-90  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0571  diguanylate cyclase  46.33 
 
 
324 aa  332  7.000000000000001e-90  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3459  diguanylate cyclase  46.33 
 
 
324 aa  330  2e-89  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1380  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  48.42 
 
 
332 aa  328  7e-89  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.238298  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3577  GGDEF domain-containing protein  48.39 
 
 
322 aa  327  2.0000000000000001e-88  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.635523  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3794  diguanylate cyclase  47.28 
 
 
328 aa  327  2.0000000000000001e-88  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.807786  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3737  diguanylate cyclase  47.28 
 
 
328 aa  327  2.0000000000000001e-88  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0251056  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0531  diguanylate cyclase  47.28 
 
 
328 aa  327  2.0000000000000001e-88  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.842524  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3920  diguanylate cyclase  47.28 
 
 
328 aa  326  4.0000000000000003e-88  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00763336  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3137  response regulator receiver protein  47.28 
 
 
319 aa  326  4.0000000000000003e-88  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0532  GGDEF domain-containing protein  47.6 
 
 
321 aa  325  7e-88  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0452  diguanylate cyclase  44.73 
 
 
323 aa  318  1e-85  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3306  diguanylate cyclase  46.01 
 
 
324 aa  317  2e-85  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.198506  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0569  sensory box/GGDEF family protein  45.05 
 
 
324 aa  317  2e-85  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2607  diguanylate cyclase  47.4 
 
 
316 aa  314  9.999999999999999e-85  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.000143356  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02241  hypothetical protein  43.04 
 
 
320 aa  295  5e-79  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0921  putative GGDEF protein  42.39 
 
 
322 aa  294  2e-78  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0615  diguanylate cyclase  40.76 
 
 
320 aa  281  1e-74  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000000794548 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003519  diguanylate cyclase (GGDEF domain) with PAS/PAC sensor  43.48 
 
 
280 aa  269  4e-71  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00000133532  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4293  GGDEF domain-containing protein  39.49 
 
 
334 aa  257  1e-67  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0725016  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2363  GGDEF domain-containing protein  42.81 
 
 
311 aa  249  5e-65  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.282615  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1133  diguanylate cyclase  43.49 
 
 
311 aa  248  9e-65  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.047255  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA2105  GGDEF domain-containing protein  43.49 
 
 
311 aa  248  9e-65  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1493  GGDEF domain-containing protein  43.49 
 
 
311 aa  248  9e-65  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.00779791  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A3165  diguanylate cyclase  43.49 
 
 
311 aa  248  9e-65  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3279  diguanylate cyclase  43.49 
 
 
311 aa  248  9e-65  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0418707  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1413  diguanylate cyclase  43.49 
 
 
311 aa  248  9e-65  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.195928  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2399  diguanylate cyclase  43.49 
 
 
311 aa  248  9e-65  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.291213  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7026  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.36 
 
 
312 aa  245  6e-64  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.398098  hitchhiker  0.000000633587 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0009  diguanylate cyclase  41.02 
 
 
312 aa  244  1.9999999999999999e-63  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.214527  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4141  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.34 
 
 
312 aa  241  9e-63  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.812185  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5509  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.66 
 
 
326 aa  237  2e-61  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.872831  normal  0.058561 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4551  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.98 
 
 
313 aa  233  3e-60  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.111866  normal  0.524526 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0014  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.32 
 
 
312 aa  233  3e-60  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.927772  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4956  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.98 
 
 
324 aa  230  2e-59  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.0364888 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5684  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.98 
 
 
313 aa  230  3e-59  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.656373  hitchhiker  0.00195148 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5175  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.98 
 
 
313 aa  230  3e-59  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3170  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.31 
 
 
312 aa  229  5e-59  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0256904  normal  0.861805 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1440  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.64 
 
 
315 aa  207  2e-52  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0301186  normal  0.059237 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3316  diguanylate cyclase  35.83 
 
 
307 aa  195  8.000000000000001e-49  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0085  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  34.45 
 
 
301 aa  187  2e-46  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03099  sensory box/GGDEF protein  47.95 
 
 
163 aa  161  1e-38  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.727422  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1752  diguanylate cyclase  31.06 
 
 
301 aa  158  9e-38  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  unclonable  0.000000000321576  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5389  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  45.25 
 
 
372 aa  158  1e-37  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1040  sensory box protein  45.16 
 
 
160 aa  155  7e-37  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.951062  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16500  two-component response regulator  45.25 
 
 
347 aa  154  1e-36  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.67066  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1099  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  44.51 
 
 
334 aa  155  1e-36  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2287  diguanylate cyclase  41.9 
 
 
764 aa  154  2e-36  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2375  diguanylate cyclase  41.9 
 
 
764 aa  154  2e-36  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1576  diguanylate cyclase  41.9 
 
 
764 aa  154  2e-36  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1887  diguanylate cyclase  32.34 
 
 
327 aa  154  2e-36  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.876301  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4228  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.96 
 
 
334 aa  154  2e-36  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2499  GGDEF domain-containing protein  42.11 
 
 
367 aa  153  2.9999999999999998e-36  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0887  sensory box protein  44.52 
 
 
160 aa  153  4e-36  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.141659  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4124  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.96 
 
 
334 aa  152  5e-36  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.113929  normal 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0655  diguanylate cyclase  43.79 
 
 
172 aa  152  5e-36  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.00000725118  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1436  two-component response regulator  44.69 
 
 
327 aa  152  5.9999999999999996e-36  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.462819  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1494  response regulator/GGDEF domain-containing protein  43.96 
 
 
335 aa  152  7e-36  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.799611 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3967  putative response regulator of a two-component system  45.3 
 
 
335 aa  152  8e-36  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000645274  normal  0.0110626 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3647  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  44.2 
 
 
359 aa  152  1e-35  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.745021  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0817  diguanylate cyclase  45.45 
 
 
1826 aa  151  2e-35  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4535  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  44.07 
 
 
345 aa  150  2e-35  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0387275  normal  0.636684 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2049  diguanylate cyclase  36.53 
 
 
357 aa  150  3e-35  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1309  GGDEF  43.33 
 
 
334 aa  150  4e-35  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00365402 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3374  diguanylate cyclase  37.5 
 
 
492 aa  149  4e-35  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1139  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.05 
 
 
308 aa  149  5e-35  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1169  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.05 
 
 
308 aa  149  5e-35  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1012  diguanylate cyclase  43.18 
 
 
295 aa  149  6e-35  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1499  response regulator/GGDEF domain protein  43.33 
 
 
334 aa  149  8e-35  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1405  diguanylate cyclase  44.26 
 
 
464 aa  149  8e-35  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0453  diguanylate cyclase AdrA  36.19 
 
 
371 aa  148  1.0000000000000001e-34  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3449  diguanylate cyclase  41.11 
 
 
357 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.103484 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0302  diguanylate cyclase AdrA  37.17 
 
 
366 aa  148  1.0000000000000001e-34  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0412  diguanylate cyclase AdrA  36.19 
 
 
371 aa  148  1.0000000000000001e-34  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3956  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.11 
 
 
357 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.892783  normal  0.485051 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2954  diguanylate cyclase  40.82 
 
 
612 aa  147  2.0000000000000003e-34  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0512853  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3203  diguanylate cyclase  40.68 
 
 
569 aa  147  2.0000000000000003e-34  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0987619 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0057  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.43 
 
 
550 aa  147  3e-34  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2825  PAS:GGDEF  40.29 
 
 
548 aa  147  3e-34  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.067576  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3973  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.56 
 
 
362 aa  147  3e-34  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.415221  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3614  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  44.71 
 
 
310 aa  146  4.0000000000000006e-34  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0613  diguanylate cyclase  45.24 
 
 
611 aa  146  4.0000000000000006e-34  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2463  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.48 
 
 
301 aa  146  4.0000000000000006e-34  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1516  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.02 
 
 
352 aa  146  5e-34  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.0065858  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2521  diguanylate cyclase  42.77 
 
 
350 aa  146  5e-34  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.848783 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1677  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  43.56 
 
 
512 aa  146  5e-34  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00717505  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00332  predicted diguanylate cyclase  35.24 
 
 
371 aa  145  6e-34  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3223  diguanylate cyclase  35.24 
 
 
371 aa  145  6e-34  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0415  diguanylate cyclase AdrA  35.24 
 
 
371 aa  145  6e-34  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00336  hypothetical protein  35.24 
 
 
371 aa  145  6e-34  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2018  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.67 
 
 
355 aa  145  6e-34  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.414914  normal  0.602726 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3247  diguanylate cyclase AdrA  35.24 
 
 
371 aa  145  6e-34  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.0905888 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1840  putative transmembrane transcriptional sensor regulator  43.86 
 
 
506 aa  145  6e-34  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0399375  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>