73 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene MADE_03099 on replicon NC_011138
Organism: Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011138  MADE_03099  sensory box/GGDEF protein  100 
 
 
163 aa  339  1e-92  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.727422  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0569  sensory box/GGDEF family protein  54.42 
 
 
324 aa  191  3e-48  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4329  diguanylate cyclase  54.42 
 
 
320 aa  191  3e-48  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.406414  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3137  response regulator receiver protein  55.48 
 
 
319 aa  191  4e-48  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0570  diguanylate cyclase  54.42 
 
 
324 aa  191  4e-48  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3459  diguanylate cyclase  54.42 
 
 
324 aa  191  4e-48  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0571  diguanylate cyclase  54.42 
 
 
324 aa  191  4e-48  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3794  diguanylate cyclase  53.06 
 
 
328 aa  188  2e-47  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.807786  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3306  diguanylate cyclase  53.06 
 
 
324 aa  188  2e-47  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.198506  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0452  diguanylate cyclase  56.12 
 
 
323 aa  188  2e-47  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0531  diguanylate cyclase  53.06 
 
 
328 aa  188  2e-47  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.842524  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3737  diguanylate cyclase  53.06 
 
 
328 aa  188  2e-47  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0251056  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3920  diguanylate cyclase  53.06 
 
 
328 aa  187  4e-47  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00763336  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0621  diguanylate cyclase  54.42 
 
 
323 aa  187  5e-47  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3577  GGDEF domain-containing protein  56.43 
 
 
322 aa  186  1e-46  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.635523  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3512  diguanylate cyclase  52.38 
 
 
318 aa  184  4e-46  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0532  GGDEF domain-containing protein  55.8 
 
 
321 aa  183  1.0000000000000001e-45  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3711  diguanylate cyclase  53.15 
 
 
320 aa  183  1.0000000000000001e-45  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.336724  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2607  diguanylate cyclase  54.35 
 
 
316 aa  180  7e-45  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.000143356  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0392  diguanylate cyclase  48.99 
 
 
319 aa  176  2e-43  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0549299  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1040  sensory box protein  54.61 
 
 
160 aa  172  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.951062  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0887  sensory box protein  54.61 
 
 
160 aa  171  3.9999999999999995e-42  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.141659  normal 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06227  hypothetical protein  50.72 
 
 
146 aa  165  2e-40  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1380  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  49.65 
 
 
332 aa  166  2e-40  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.238298  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000473  hypothetical protein  51.49 
 
 
145 aa  164  5e-40  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0615  diguanylate cyclase  47.59 
 
 
320 aa  164  5.9999999999999996e-40  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000000794548 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3835  diguanylate cyclase  47.95 
 
 
316 aa  161  3e-39  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0602  hypothetical protein  50.74 
 
 
145 aa  160  6e-39  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_1086  hypothetical protein  49.28 
 
 
148 aa  160  9e-39  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.394115  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3726  putative PAS/PAC sensor protein  50 
 
 
145 aa  154  7e-37  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03704  GGDEF domain protein  44.68 
 
 
325 aa  144  6e-34  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0921  putative GGDEF protein  42.75 
 
 
322 aa  136  1e-31  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02241  hypothetical protein  38.96 
 
 
320 aa  135  2e-31  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4956  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.86 
 
 
324 aa  115  3.9999999999999997e-25  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.0364888 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5509  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.86 
 
 
326 aa  115  3.9999999999999997e-25  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.872831  normal  0.058561 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3170  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.86 
 
 
312 aa  114  6e-25  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0256904  normal  0.861805 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0009  diguanylate cyclase  41.3 
 
 
312 aa  114  6.9999999999999995e-25  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.214527  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7026  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.58 
 
 
312 aa  113  8.999999999999998e-25  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.398098  hitchhiker  0.000000633587 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5175  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.13 
 
 
313 aa  113  1.0000000000000001e-24  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5684  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.13 
 
 
313 aa  113  1.0000000000000001e-24  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.656373  hitchhiker  0.00195148 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0014  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.86 
 
 
312 aa  113  1.0000000000000001e-24  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.927772  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4551  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.13 
 
 
313 aa  112  2.0000000000000002e-24  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.111866  normal  0.524526 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1413  diguanylate cyclase  38.41 
 
 
311 aa  112  3e-24  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.195928  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1133  diguanylate cyclase  38.41 
 
 
311 aa  112  3e-24  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.047255  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2399  diguanylate cyclase  38.41 
 
 
311 aa  112  3e-24  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.291213  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1493  GGDEF domain-containing protein  38.41 
 
 
311 aa  112  3e-24  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.00779791  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3279  diguanylate cyclase  38.41 
 
 
311 aa  112  3e-24  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0418707  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA2105  GGDEF domain-containing protein  38.41 
 
 
311 aa  112  3e-24  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A3165  diguanylate cyclase  38.41 
 
 
311 aa  112  3e-24  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2363  GGDEF domain-containing protein  39.13 
 
 
311 aa  111  4.0000000000000004e-24  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.282615  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4141  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.13 
 
 
312 aa  110  7.000000000000001e-24  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.812185  normal 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1200  sensor histidine kinase  33.09 
 
 
471 aa  105  3e-22  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0788  sensor histidine kinase  33.09 
 
 
465 aa  104  4e-22  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.105833  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1123  sensor histidine kinase  33.09 
 
 
471 aa  104  4e-22  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4293  GGDEF domain-containing protein  36.3 
 
 
334 aa  103  1e-21  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0725016  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2403  sensor histidine kinase  33.09 
 
 
601 aa  102  2e-21  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0677  sensor histidine kinase  33.09 
 
 
538 aa  102  2e-21  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.755053  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003519  diguanylate cyclase (GGDEF domain) with PAS/PAC sensor  38.6 
 
 
280 aa  101  6e-21  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00000133532  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1588  sensor histidine kinase  34.53 
 
 
502 aa  100  1e-20  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.153224  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1752  diguanylate cyclase  33.33 
 
 
301 aa  87.4  7e-17  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  unclonable  0.000000000321576  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2545  sensor histidine kinase  34.19 
 
 
429 aa  84.7  5e-16  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1440  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  29.58 
 
 
315 aa  82  0.000000000000003  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0301186  normal  0.059237 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3316  diguanylate cyclase  29.71 
 
 
307 aa  76.3  0.0000000000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0603  sensory box sensor histidine kinase  24.26 
 
 
439 aa  75.5  0.0000000000003  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0085  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  29.2 
 
 
301 aa  69.7  0.00000000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01455  sensor histidine kinase  32.39 
 
 
436 aa  68.2  0.00000000005  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1982  diguanylate cyclase  26.83 
 
 
335 aa  51.2  0.000006  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0331  multi-sensor signal transduction histidine kinase  27.27 
 
 
608 aa  46.6  0.0001  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0227  MCP methyltransferase  37.5 
 
 
631 aa  42.7  0.002  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.993793  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1036  diguanylate cyclase  21.31 
 
 
427 aa  42.4  0.003  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.132028  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2693  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  37.04 
 
 
727 aa  41.6  0.004  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal  0.0252521 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1812  signal transduction histidine kinase  32.79 
 
 
1390 aa  42  0.004  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal  0.155927 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_2110  multi-sensor signal transduction histidine kinase  24.5 
 
 
789 aa  41.6  0.005  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.377648  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>