More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tgr7_1380 on replicon NC_011901
Organism: Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011901  Tgr7_1380  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  100 
 
 		 332 aa  686    Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.238298  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3512  diguanylate cyclase  54.46 
 
 		 318 aa  373  1e-102  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0621  diguanylate cyclase  55.02 
 
 		 323 aa  369  1e-101  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3711  diguanylate cyclase  55.13 
 
 		 320 aa  370  1e-101  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.336724  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3137  response regulator receiver protein  53.94 
 
 		 319 aa  369  1e-101  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4329  diguanylate cyclase  54.37 
 
 		 320 aa  367  1e-100  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.406414  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0452  diguanylate cyclase  55.34 
 
 		 323 aa  367  1e-100  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2607  diguanylate cyclase  54.11 
 
 		 316 aa  364  1e-99  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.000143356  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3577  GGDEF domain-containing protein  54.05 
 
 		 322 aa  358  6e-98  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.635523  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0570  diguanylate cyclase  52.9 
 
 		 324 aa  356  1.9999999999999998e-97  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0571  diguanylate cyclase  52.9 
 
 		 324 aa  356  1.9999999999999998e-97  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3459  diguanylate cyclase  52.9 
 
 		 324 aa  357  1.9999999999999998e-97  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0532  GGDEF domain-containing protein  52.87 
 
 		 321 aa  355  5.999999999999999e-97  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0531  diguanylate cyclase  54.52 
 
 		 328 aa  354  1e-96  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.842524  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3794  diguanylate cyclase  54.52 
 
 		 328 aa  354  1e-96  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.807786  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3737  diguanylate cyclase  54.52 
 
 		 328 aa  354  1e-96  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0251056  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3920  diguanylate cyclase  54.52 
 
 		 328 aa  353  2e-96  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00763336  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3306  diguanylate cyclase  53.87 
 
 		 324 aa  351  8.999999999999999e-96  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.198506  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0569  sensory box/GGDEF family protein  53.55 
 
 		 324 aa  349  4e-95  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0392  diguanylate cyclase  51.46 
 
 		 319 aa  349  4e-95  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0549299  normal  1 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0921  putative GGDEF protein  49.19 
 
 		 322 aa  329  4e-89  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3835  diguanylate cyclase  48.42 
 
 		 316 aa  328  7e-89  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03704  GGDEF domain protein  49.01 
 
 		 325 aa  318  1e-85  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02241  hypothetical protein  45.16 
 
 		 320 aa  305  8.000000000000001e-82  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0615  diguanylate cyclase  44.27 
 
 		 320 aa  283  3.0000000000000004e-75  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000794548 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003519  diguanylate cyclase (GGDEF domain) with PAS/PAC sensor  45.65 
 
 		 280 aa  276  4e-73  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00000133532  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4293  GGDEF domain-containing protein  41.14 
 
 		 334 aa  245  8e-64  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0725016  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5509  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.76 
 
 		 326 aa  244  9.999999999999999e-64  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.872831  normal  0.058561 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0014  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.76 
 
 		 312 aa  243  1.9999999999999999e-63  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.927772  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4551  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.76 
 
 		 313 aa  243  3e-63  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.111866  normal  0.524526 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4956  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.76 
 
 		 324 aa  241  1e-62  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0364888 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5175  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.42 
 
 		 313 aa  240  2e-62  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5684  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.42 
 
 		 313 aa  240  2e-62  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.656373  hitchhiker  0.00195148 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3170  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.42 
 
 		 312 aa  240  2.9999999999999997e-62  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0256904  normal  0.861805 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1413  diguanylate cyclase  40.88 
 
 		 311 aa  233  2.0000000000000002e-60  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.195928  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA2105  GGDEF domain-containing protein  40.88 
 
 		 311 aa  233  2.0000000000000002e-60  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1133  diguanylate cyclase  40.88 
 
 		 311 aa  233  2.0000000000000002e-60  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.047255  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1493  GGDEF domain-containing protein  40.88 
 
 		 311 aa  233  2.0000000000000002e-60  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.00779791  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3279  diguanylate cyclase  40.88 
 
 		 311 aa  233  2.0000000000000002e-60  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0418707  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A3165  diguanylate cyclase  40.88 
 
 		 311 aa  233  2.0000000000000002e-60  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2399  diguanylate cyclase  40.88 
 
 		 311 aa  233  2.0000000000000002e-60  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.291213  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2363  GGDEF domain-containing protein  40.54 
 
 		 311 aa  233  3e-60  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.282615  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4141  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.07 
 
 		 312 aa  230  2e-59  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.812185  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7026  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.06 
 
 		 312 aa  224  2e-57  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.398098  hitchhiker  0.000000633587 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0009  diguanylate cyclase  38.72 
 
 		 312 aa  223  3e-57  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.214527  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3316  diguanylate cyclase  36.21 
 
 		 307 aa  187  2e-46  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0085  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.7 
 
 		 301 aa  179  5.999999999999999e-44  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1440  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  35.31 
 
 		 315 aa  179  7e-44  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0301186  normal  0.059237 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03099  sensory box/GGDEF protein  49.65 
 
 		 163 aa  166  6.9999999999999995e-40  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.727422  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1040  sensory box protein  46.45 
 
 		 160 aa  161  1e-38  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.951062  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0887  sensory box protein  45.16 
 
 		 160 aa  157  2e-37  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.141659  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2049  diguanylate cyclase  40.09 
 
 		 357 aa  155  6e-37  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1887  diguanylate cyclase  35.41 
 
 		 327 aa  152  7e-36  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.876301  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3726  putative PAS/PAC sensor protein  48.46 
 
 		 145 aa  150  2e-35  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1193  diguanylate cyclase  45.2 
 
 		 353 aa  149  6e-35  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1616  GGDEF domain protein  44.32 
 
 		 358 aa  145  8.000000000000001e-34  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.515769  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3763  GGDEF  45.68 
 
 		 358 aa  145  9e-34  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.199974 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4131  diguanylate cyclase  43.68 
 
 		 369 aa  145  1e-33  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1205  diguanylate cyclase  38.92 
 
 		 371 aa  144  2e-33  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3770  PAS:GGDEF  31.46 
 
 		 328 aa  144  2e-33  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.0223226 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2499  GGDEF domain-containing protein  39.72 
 
 		 367 aa  143  5e-33  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0115  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.27 
 
 		 304 aa  142  5e-33  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.113218  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1066  diguanylate cyclase and serine/threonine protein kinase with TPR repeats  42.61 
 
 		 609 aa  142  6e-33  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.94417  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0509  diguanylate cyclase  43.09 
 
 		 498 aa  142  6e-33  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00480754 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1752  diguanylate cyclase  31.44 
 
 		 301 aa  142  9.999999999999999e-33  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  unclonable  0.000000000321576  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0195  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  44.94 
 
 		 309 aa  142  9.999999999999999e-33  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0106599  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0302  diguanylate cyclase AdrA  41.14 
 
 		 366 aa  140  1.9999999999999998e-32  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3508  diguanylate cyclase  44.77 
 
 		 638 aa  141  1.9999999999999998e-32  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.0970585 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4307  diguanylate cyclase  38.22 
 
 		 350 aa  141  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.896568  normal  0.748721 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000473  hypothetical protein  41.48 
 
 		 145 aa  141  1.9999999999999998e-32  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2588  response regulator receiver protein  45.09 
 
 		 568 aa  141  1.9999999999999998e-32  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.649054  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06227  hypothetical protein  40.74 
 
 		 146 aa  140  1.9999999999999998e-32  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1155  diguanylate cyclase  42.61 
 
 		 357 aa  140  3e-32  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.149088  normal  0.131446 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0453  diguanylate cyclase AdrA  41.14 
 
 		 371 aa  140  3.9999999999999997e-32  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0412  diguanylate cyclase AdrA  41.14 
 
 		 371 aa  140  3.9999999999999997e-32  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1834  diguanylate cyclase  38.12 
 
 		 525 aa  139  7e-32  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.245567  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1332  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  47.4 
 
 		 306 aa  139  7.999999999999999e-32  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00332  predicted diguanylate cyclase  39.77 
 
 		 371 aa  138  1e-31  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3223  diguanylate cyclase  39.77 
 
 		 371 aa  138  1e-31  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0459  diguanylate cyclase AdrA  39.77 
 
 		 371 aa  139  1e-31  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1329  diguanylate cyclase  40.11 
 
 		 353 aa  138  1e-31  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.681295  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0415  diguanylate cyclase AdrA  39.77 
 
 		 371 aa  138  1e-31  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00336  hypothetical protein  39.77 
 
 		 371 aa  138  1e-31  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0655  diguanylate cyclase  40.61 
 
 		 172 aa  138  1e-31  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.00000725118  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3247  diguanylate cyclase AdrA  39.77 
 
 		 371 aa  138  1e-31  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.0905888 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0159  diguanylate cyclase  44 
 
 		 368 aa  138  1e-31  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.945874  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0057  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.48 
 
 		 550 aa  137  2e-31  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1177  two component signal transduction response regulator  37.95 
 
 		 470 aa  137  2e-31  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4260  diguanylate cyclase  43.11 
 
 		 360 aa  137  2e-31  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000860912  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1715  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.67 
 
 		 791 aa  137  2e-31  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.680174 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3614  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  44.63 
 
 		 310 aa  137  3.0000000000000003e-31  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0847  two component diguanylate cyclase  44.94 
 
 		 327 aa  137  3.0000000000000003e-31  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0069  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.86 
 
 		 314 aa  137  3.0000000000000003e-31  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.840661 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0836  diguanylate cyclase  41.86 
 
 		 487 aa  137  3.0000000000000003e-31  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.975884  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2463  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.88 
 
 		 301 aa  137  3.0000000000000003e-31  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3853  diguanylate cyclase  41.57 
 
 		 359 aa  137  3.0000000000000003e-31  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1189  diguanylate cyclase  41.48 
 
 		 357 aa  136  4e-31  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0106637  normal  0.54324 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1355  diguanylate cyclase  46.3 
 
 		 487 aa  136  5e-31  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.133394  normal  0.478971 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1896  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.97 
 
 		 564 aa  136  6.0000000000000005e-31  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000133427  normal  0.619157 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1346  sensory box/GGDEF domain protein  33.66 
 
 		 425 aa  136  6.0000000000000005e-31  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>