More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Spro_1193 on replicon NC_009832
Organism: Serratia proteamaculans 568



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009832  Spro_1193  diguanylate cyclase  100 
 
 		 353 aa  726    Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1205  diguanylate cyclase  51.49 
 
 		 371 aa  379  1e-104  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3007  diguanylate cyclase  49.56 
 
 		 353 aa  365  1e-100  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1329  diguanylate cyclase  49.56 
 
 		 353 aa  357  1.9999999999999998e-97  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.681295  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0412  diguanylate cyclase AdrA  47.66 
 
 		 371 aa  339  2.9999999999999998e-92  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0459  diguanylate cyclase AdrA  47.66 
 
 		 371 aa  340  2.9999999999999998e-92  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0453  diguanylate cyclase AdrA  47.66 
 
 		 371 aa  339  2.9999999999999998e-92  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00332  predicted diguanylate cyclase  47.66 
 
 		 371 aa  339  4e-92  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3223  diguanylate cyclase  47.66 
 
 		 371 aa  339  4e-92  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3247  diguanylate cyclase AdrA  47.66 
 
 		 371 aa  339  4e-92  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.0905888 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00336  hypothetical protein  47.66 
 
 		 371 aa  339  4e-92  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0415  diguanylate cyclase AdrA  47.66 
 
 		 371 aa  339  4e-92  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0482  diguanylate cyclase AdrA  48.25 
 
 		 370 aa  338  9e-92  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0421  diguanylate cyclase AdrA  47.95 
 
 		 370 aa  337  1.9999999999999998e-91  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0440  diguanylate cyclase AdrA  47.95 
 
 		 370 aa  337  1.9999999999999998e-91  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0422  diguanylate cyclase AdrA  47.66 
 
 		 370 aa  335  5e-91  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.143029 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0427  diguanylate cyclase AdrA  47.66 
 
 		 370 aa  335  5.999999999999999e-91  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1172  diguanylate cyclase  49.71 
 
 		 361 aa  333  2e-90  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.00821476  hitchhiker  0.00260233 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0302  diguanylate cyclase AdrA  47.37 
 
 		 366 aa  332  7.000000000000001e-90  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1155  diguanylate cyclase  47.09 
 
 		 357 aa  331  1e-89  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.149088  normal  0.131446 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1189  diguanylate cyclase  47.34 
 
 		 357 aa  329  4e-89  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0106637  normal  0.54324 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4260  diguanylate cyclase  46.82 
 
 		 360 aa  321  9.999999999999999e-87  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000860912  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4307  diguanylate cyclase  45.19 
 
 		 350 aa  315  7e-85  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.896568  normal  0.748721 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0856  diguanylate cyclase AdrA  45.03 
 
 		 371 aa  308  6.999999999999999e-83  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0674918 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3853  diguanylate cyclase  43.28 
 
 		 359 aa  297  2e-79  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2049  diguanylate cyclase  45.75 
 
 		 357 aa  285  5.999999999999999e-76  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3763  GGDEF  41.96 
 
 		 358 aa  270  2.9999999999999997e-71  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.199974 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1616  GGDEF domain protein  41.37 
 
 		 358 aa  268  8e-71  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.515769  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2010  diguanylate cyclase  37.76 
 
 		 351 aa  229  4e-59  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.379687  normal  0.0370672 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1224  diguanylate cyclase  33.05 
 
 		 359 aa  192  6e-48  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.988641  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5901  diguanylate cyclase  34.63 
 
 		 386 aa  186  4e-46  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1051  diguanylate cyclase  34.88 
 
 		 350 aa  176  4e-43  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0154093  normal  0.979636 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4030  diguanylate cyclase  34.15 
 
 		 498 aa  150  5e-35  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02241  hypothetical protein  42.61 
 
 		 320 aa  149  7e-35  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1380  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  45.2 
 
 		 332 aa  149  7e-35  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.238298  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2607  diguanylate cyclase  39.67 
 
 		 316 aa  148  1.0000000000000001e-34  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.000143356  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0570  diguanylate cyclase  40.83 
 
 		 324 aa  146  5e-34  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0571  diguanylate cyclase  40.83 
 
 		 324 aa  146  5e-34  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3459  diguanylate cyclase  40.83 
 
 		 324 aa  146  5e-34  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003519  diguanylate cyclase (GGDEF domain) with PAS/PAC sensor  42.61 
 
 		 280 aa  145  1e-33  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00000133532  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4748  diguanylate cyclase  31.43 
 
 		 377 aa  144  2e-33  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0921  putative GGDEF protein  39.43 
 
 		 322 aa  144  2e-33  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3835  diguanylate cyclase  38.42 
 
 		 316 aa  139  6e-32  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3711  diguanylate cyclase  40.83 
 
 		 320 aa  139  7.999999999999999e-32  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.336724  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3512  diguanylate cyclase  41.52 
 
 		 318 aa  139  7.999999999999999e-32  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0392  diguanylate cyclase  40.24 
 
 		 319 aa  138  2e-31  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0549299  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1125  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  44.83 
 
 		 769 aa  138  2e-31  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.586946  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03704  GGDEF domain protein  40.85 
 
 		 325 aa  137  3.0000000000000003e-31  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0532  GGDEF domain-containing protein  38.35 
 
 		 321 aa  137  3.0000000000000003e-31  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0452  diguanylate cyclase  42.6 
 
 		 323 aa  137  3.0000000000000003e-31  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_3096  diguanylate cyclase  42.86 
 
 		 452 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0200719  hitchhiker  0.00269086 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3306  diguanylate cyclase  41.42 
 
 		 324 aa  135  9.999999999999999e-31  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.198506  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3178  diguanylate cyclase  42.46 
 
 		 452 aa  134  3e-30  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0366604  hitchhiker  0.0000463802 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4329  diguanylate cyclase  38.24 
 
 		 320 aa  133  3.9999999999999996e-30  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.406414  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0621  diguanylate cyclase  40 
 
 		 323 aa  133  5e-30  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0569  sensory box/GGDEF family protein  40.24 
 
 		 324 aa  132  9e-30  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6515  diguanylate cyclase  42.86 
 
 		 452 aa  132  9e-30  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.683766  normal  0.600963 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2297  sensor histidine kinase/GGDEF domain-containing protein  41.34 
 
 		 422 aa  131  1.0000000000000001e-29  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3212  diguanylate cyclase  41.76 
 
 		 452 aa  132  1.0000000000000001e-29  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0330  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.3 
 
 		 531 aa  130  2.0000000000000002e-29  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0836  diguanylate cyclase  36.63 
 
 		 487 aa  130  2.0000000000000002e-29  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.975884  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3316  diguanylate cyclase  41.92 
 
 		 307 aa  131  2.0000000000000002e-29  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2048  diguanylate cyclase with GAF sensor  39.38 
 
 		 704 aa  131  2.0000000000000002e-29  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1305  diguanylate cyclase  41.32 
 
 		 256 aa  130  3e-29  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2169  diguanylate cyclase with GAF sensor  39.11 
 
 		 713 aa  130  3e-29  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0531  diguanylate cyclase  39.05 
 
 		 328 aa  130  4.0000000000000003e-29  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.842524  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3920  diguanylate cyclase  39.05 
 
 		 328 aa  130  4.0000000000000003e-29  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00763336  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3737  diguanylate cyclase  39.05 
 
 		 328 aa  130  4.0000000000000003e-29  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0251056  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2546  diguanylate cyclase  41.34 
 
 		 452 aa  129  6e-29  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.192419  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3160  diguanylate cyclase  41.34 
 
 		 452 aa  129  6e-29  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.413104  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3794  diguanylate cyclase  39.05 
 
 		 328 aa  129  7.000000000000001e-29  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.807786  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2333  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  43.5 
 
 		 578 aa  127  2.0000000000000002e-28  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0057  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.37 
 
 		 550 aa  128  2.0000000000000002e-28  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1677  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.78 
 
 		 512 aa  127  2.0000000000000002e-28  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00717505  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4523  diguanylate cyclase with GAF sensor  40.96 
 
 		 499 aa  128  2.0000000000000002e-28  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.967133  normal  0.833222 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1851  diguanylate cyclase  39.18 
 
 		 620 aa  127  3e-28  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3137  response regulator receiver protein  39.66 
 
 		 319 aa  127  3e-28  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2287  diguanylate cyclase  39.38 
 
 		 764 aa  127  3e-28  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2375  diguanylate cyclase  39.38 
 
 		 764 aa  127  3e-28  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01741  Putative CHASE3/GGDEF domain-containing signal protein  41.86 
 
 		 563 aa  127  3e-28  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3577  GGDEF domain-containing protein  37.21 
 
 		 322 aa  127  4.0000000000000003e-28  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.635523  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1576  diguanylate cyclase  39.38 
 
 		 764 aa  127  4.0000000000000003e-28  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2092  response regulator receiver protein  40.66 
 
 		 459 aa  126  5e-28  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00000936351  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_12380  diguanylate cyclase  42.11 
 
 		 499 aa  126  6e-28  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00534046  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0655  diguanylate cyclase  39.64 
 
 		 172 aa  126  6e-28  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.00000725118  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4666  diguanylate cyclase  37.43 
 
 		 407 aa  125  8.000000000000001e-28  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00608192  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2740  diguanylate cyclase  38.93 
 
 		 555 aa  125  8.000000000000001e-28  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64050  putative two-component response regulator  41.9 
 
 		 542 aa  125  8.000000000000001e-28  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0651  diguanylate cyclase  37.14 
 
 		 574 aa  125  1e-27  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000777615  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2825  PAS:GGDEF  40 
 
 		 548 aa  125  1e-27  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.067576  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0623  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.81 
 
 		 556 aa  125  1e-27  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.322116  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0698  diguanylate cyclase  41.57 
 
 		 388 aa  125  1e-27  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.814063  hitchhiker  0.00133482 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5563  putative two-component response regulator  42.05 
 
 		 542 aa  125  1e-27  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.591571  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0138  diguanylate cyclase  40.21 
 
 		 355 aa  125  1e-27  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.508736 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1325  sensory box protein  35.2 
 
 		 428 aa  124  2e-27  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.294155  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1232  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  43.41 
 
 		 416 aa  124  2e-27  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3750  PAS:GGDEF  44 
 
 		 721 aa  124  2e-27  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3523  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  34.98 
 
 		 1079 aa  124  2e-27  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2240  diguanylate cyclase  39.63 
 
 		 758 aa  124  2e-27  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.365812 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0676  diguanylate cyclase  41.57 
 
 		 388 aa  124  2e-27  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>