More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bamb_3212 on replicon NC_008390
Organism: Burkholderia ambifaria AMMD



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008542  Bcen2424_3160  diguanylate cyclase  88.94 
 
 		 452 aa  798    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.413104  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6515  diguanylate cyclase  93.36 
 
 		 452 aa  843    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.683766  normal  0.600963 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_3096  diguanylate cyclase  98.45 
 
 		 452 aa  883    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0200719  hitchhiker  0.00269086 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2546  diguanylate cyclase  88.94 
 
 		 452 aa  798    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.192419  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3212  diguanylate cyclase  100 
 
 		 452 aa  894    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3178  diguanylate cyclase  89.6 
 
 		 452 aa  802    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0366604  hitchhiker  0.0000463802 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3143  hypothetical protein  61.73 
 
 		 459 aa  499  1e-140  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1650  hypothetical protein  56.6 
 
 		 462 aa  469  1.0000000000000001e-131  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.537061  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0185  diguanylate cyclase  56.82 
 
 		 462 aa  468  9.999999999999999e-131  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0276  diguanylate cyclase  56.6 
 
 		 462 aa  468  9.999999999999999e-131  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0208  GGDEF domain-containing protein  54.81 
 
 		 462 aa  438  1e-121  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3704  diguanylate cyclase  40.69 
 
 		 460 aa  319  7e-86  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0680  diguanylate cyclase  40.46 
 
 		 466 aa  317  2e-85  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS02988  hypothetical protein  36.12 
 
 		 478 aa  223  4.9999999999999996e-57  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.118502  normal  0.851558 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0429  diguanylate cyclase  33.84 
 
 		 469 aa  197  4.0000000000000005e-49  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.469713 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4228  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  50.57 
 
 		 334 aa  164  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1597  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  46.07 
 
 		 313 aa  164  4.0000000000000004e-39  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1099  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  50 
 
 		 334 aa  164  4.0000000000000004e-39  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3673  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  48.31 
 
 		 1262 aa  163  5.0000000000000005e-39  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2295  diguanylate cyclase  38.8 
 
 		 503 aa  163  6e-39  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1494  response regulator/GGDEF domain-containing protein  49.43 
 
 		 335 aa  161  2e-38  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.799611 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1425  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  52.02 
 
 		 483 aa  161  2e-38  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0411  PAS:GGDEF  47.49 
 
 		 317 aa  160  4e-38  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.320308 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2955  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  45.41 
 
 		 308 aa  160  4e-38  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4124  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  48.86 
 
 		 334 aa  160  5e-38  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.113929  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0410  diguanylate cyclase  43.52 
 
 		 516 aa  159  8e-38  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3819  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.85 
 
 		 660 aa  158  2e-37  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1192  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.22 
 
 		 316 aa  158  2e-37  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3770  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.85 
 
 		 660 aa  157  3e-37  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5454  diguanylate cyclase  46.43 
 
 		 510 aa  157  4e-37  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.488047  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0204  diguanylate cyclase  48.37 
 
 		 453 aa  157  4e-37  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.209858  normal  0.343798 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1309  GGDEF  45.81 
 
 		 334 aa  155  2e-36  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00365402 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2281  GGDEF  47.16 
 
 		 555 aa  155  2e-36  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.000303682  normal  0.0271008 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0748  response regulator receiver protein  49.37 
 
 		 312 aa  154  2.9999999999999998e-36  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1499  response regulator/GGDEF domain protein  46.07 
 
 		 334 aa  154  4e-36  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0847  two component diguanylate cyclase  44.39 
 
 		 327 aa  154  4e-36  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02019  Putative signal protein with GGDEF domain  50.92 
 
 		 494 aa  153  5e-36  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2519  diguanylate cyclase  48.26 
 
 		 522 aa  153  5e-36  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.926429  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4904  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  49.38 
 
 		 642 aa  153  5.9999999999999996e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0484368  normal  0.638753 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0638  diguanylate cyclase  45.08 
 
 		 524 aa  153  7e-36  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0484455 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3172  diguanylate cyclase  45.31 
 
 		 518 aa  152  8e-36  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.211888 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3733  diguanylate cyclase  44.86 
 
 		 625 aa  152  8e-36  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0397  diguanylate cyclase  44.86 
 
 		 625 aa  152  8e-36  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0019  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  45.95 
 
 		 341 aa  152  8e-36  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0416556  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3210  GGDEF domain-containing protein  43.65 
 
 		 624 aa  152  8.999999999999999e-36  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3559  diguanylate cyclase  44.86 
 
 		 625 aa  152  8.999999999999999e-36  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4814  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  48.77 
 
 		 628 aa  152  1e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.230957  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0318  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  46.67 
 
 		 612 aa  152  1e-35  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2591  GGDEF domain protein  47.59 
 
 		 528 aa  152  1e-35  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.200767  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3714  diguanylate cyclase  42.31 
 
 		 510 aa  152  1e-35  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.28391  normal  0.0412955 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5389  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  46.63 
 
 		 372 aa  152  1e-35  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1058  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  47.16 
 
 		 333 aa  152  1e-35  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0856452  normal  0.699737 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4649  diguanylate cyclase  42.31 
 
 		 510 aa  152  1e-35  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1516  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  47.73 
 
 		 352 aa  152  2e-35  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.0065858  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0754  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  43.82 
 
 		 463 aa  151  2e-35  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.952691  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0095  putative sensory transduction system, regulatory protein  49.43 
 
 		 536 aa  151  2e-35  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.348008  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3807  diguanylate cyclase  42.31 
 
 		 510 aa  152  2e-35  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.417307 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0453  GGDEF domain-containing protein  40.11 
 
 		 641 aa  151  2e-35  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4491  diguanylate cyclase  44.5 
 
 		 531 aa  151  3e-35  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2297  diguanylate cyclase  42.11 
 
 		 533 aa  150  3e-35  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.777078  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2096  diguanylate cyclase with GAF sensor  45.74 
 
 		 664 aa  151  3e-35  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.76184 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3843  diguanylate cyclase  48 
 
 		 472 aa  151  3e-35  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16500  two-component response regulator  46.33 
 
 		 347 aa  150  4e-35  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.67066  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0097  GGDEF domain-containing protein  50.29 
 
 		 487 aa  150  4e-35  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2109  diguanylate cyclase  45.61 
 
 		 630 aa  150  4e-35  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.843932  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0115  diguanylate cyclase  50.29 
 
 		 487 aa  150  4e-35  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.418458  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1077  GGDEF domain-containing protein  50.29 
 
 		 528 aa  150  4e-35  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.918636  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1924  diguanylate cyclase  46.33 
 
 		 492 aa  150  4e-35  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.268801  normal  0.495061 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1535  diguanylate cyclase  50.29 
 
 		 487 aa  150  4e-35  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_5066  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  44.79 
 
 		 338 aa  150  4e-35  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2678  diguanylate cyclase  50.29 
 
 		 487 aa  150  4e-35  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1257  diguanylate cyclase  50.29 
 
 		 487 aa  150  4e-35  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2825  GGDEF domain-containing protein  50.29 
 
 		 487 aa  150  5e-35  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.819973  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4535  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  49.14 
 
 		 345 aa  150  5e-35  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0387275  normal  0.636684 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1901  diguanylate cyclase  46.33 
 
 		 492 aa  150  5e-35  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1025  diguanylate cyclase  43.81 
 
 		 492 aa  150  5e-35  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6178  diguanylate cyclase  46.33 
 
 		 492 aa  150  5e-35  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.837587  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0175  diguanylate cyclase  42.2 
 
 		 516 aa  150  6e-35  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3647  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  46.37 
 
 		 359 aa  150  7e-35  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.745021  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1021  diguanylate cyclase  43.81 
 
 		 492 aa  149  7e-35  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0128107  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0401  GGDEF domain-containing protein  47.51 
 
 		 507 aa  150  7e-35  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1887  diguanylate cyclase  45.6 
 
 		 327 aa  149  7e-35  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.876301  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2812  diguanylate cyclase  44.44 
 
 		 315 aa  149  7e-35  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2089  diguanylate cyclase  46.25 
 
 		 306 aa  149  7e-35  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2397  diguanylate cyclase  44.72 
 
 		 510 aa  149  8e-35  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0519  diguanylate cyclase  40.11 
 
 		 631 aa  149  8e-35  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.447681 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2634  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  45.32 
 
 		 843 aa  149  9e-35  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS00826  putative transmembrane protein  40.49 
 
 		 488 aa  149  1.0000000000000001e-34  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.61367  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0498  diguanylate cyclase  43.78 
 
 		 624 aa  149  1.0000000000000001e-34  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4030  diguanylate cyclase  43.09 
 
 		 498 aa  149  1.0000000000000001e-34  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3210  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  45.4 
 
 		 337 aa  149  1.0000000000000001e-34  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.32327  normal  0.712325 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3005  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  44.81 
 
 		 303 aa  149  1.0000000000000001e-34  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000288968 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1436  two-component response regulator  45.76 
 
 		 327 aa  149  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.462819  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0257  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  47.88 
 
 		 310 aa  149  1.0000000000000001e-34  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.929741  normal  0.0241212 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5084  diguanylate cyclase  50.62 
 
 		 503 aa  148  2.0000000000000003e-34  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.494089  normal  0.0445442 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3598  diguanylate cyclase  46.43 
 
 		 510 aa  148  2.0000000000000003e-34  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3381  diguanylate cyclase  45.05 
 
 		 622 aa  148  2.0000000000000003e-34  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2914  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.08 
 
 		 312 aa  148  2.0000000000000003e-34  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4666  diguanylate cyclase  41.28 
 
 		 501 aa  148  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0421428  normal  0.479047 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2052  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.86 
 
 		 481 aa  148  2.0000000000000003e-34  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>