More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smal_1051 on replicon NC_011071
Organism: Stenotrophomonas maltophilia R551-3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011071  Smal_1051  diguanylate cyclase  100 
 
 
350 aa  695    Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0154093  normal  0.979636 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2010  diguanylate cyclase  38.37 
 
 
351 aa  230  3e-59  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.379687  normal  0.0370672 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1224  diguanylate cyclase  35.99 
 
 
359 aa  226  4e-58  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.988641  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1155  diguanylate cyclase  35 
 
 
357 aa  195  1e-48  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.149088  normal  0.131446 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1193  diguanylate cyclase  34.88 
 
 
353 aa  195  1e-48  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4260  diguanylate cyclase  35.09 
 
 
360 aa  191  1e-47  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000860912  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3853  diguanylate cyclase  33.03 
 
 
359 aa  190  4e-47  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1189  diguanylate cyclase  33.73 
 
 
357 aa  188  1e-46  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0106637  normal  0.54324 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1172  diguanylate cyclase  34.6 
 
 
361 aa  181  1e-44  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.00821476  hitchhiker  0.00260233 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1616  GGDEF domain protein  35.24 
 
 
358 aa  178  1e-43  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.515769  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4307  diguanylate cyclase  33.53 
 
 
350 aa  177  2e-43  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.896568  normal  0.748721 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1205  diguanylate cyclase  30.77 
 
 
371 aa  177  3e-43  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3763  GGDEF  35.63 
 
 
358 aa  175  9e-43  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.199974 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1329  diguanylate cyclase  33.14 
 
 
353 aa  172  1e-41  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.681295  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2049  diguanylate cyclase  32.43 
 
 
357 aa  172  1e-41  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3007  diguanylate cyclase  30.81 
 
 
353 aa  167  2e-40  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0412  diguanylate cyclase AdrA  29.36 
 
 
371 aa  156  5.0000000000000005e-37  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0453  diguanylate cyclase AdrA  29.36 
 
 
371 aa  156  5.0000000000000005e-37  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0440  diguanylate cyclase AdrA  31.14 
 
 
370 aa  155  1e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0459  diguanylate cyclase AdrA  28.78 
 
 
371 aa  154  2e-36  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0422  diguanylate cyclase AdrA  31.14 
 
 
370 aa  154  2e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.143029 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0427  diguanylate cyclase AdrA  31.14 
 
 
370 aa  154  2e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0421  diguanylate cyclase AdrA  31.14 
 
 
370 aa  154  2e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00332  predicted diguanylate cyclase  28.78 
 
 
371 aa  154  2.9999999999999998e-36  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3223  diguanylate cyclase  28.78 
 
 
371 aa  154  2.9999999999999998e-36  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00336  hypothetical protein  28.78 
 
 
371 aa  154  2.9999999999999998e-36  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0482  diguanylate cyclase AdrA  31.14 
 
 
370 aa  154  2.9999999999999998e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0415  diguanylate cyclase AdrA  28.78 
 
 
371 aa  154  2.9999999999999998e-36  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3247  diguanylate cyclase AdrA  28.78 
 
 
371 aa  154  2.9999999999999998e-36  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.0905888 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5901  diguanylate cyclase  33.73 
 
 
386 aa  153  4e-36  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0302  diguanylate cyclase AdrA  29.07 
 
 
366 aa  152  1e-35  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0856  diguanylate cyclase AdrA  31.07 
 
 
371 aa  149  6e-35  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.0674918 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2525  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  41.57 
 
 
693 aa  132  7.999999999999999e-30  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0392  diguanylate cyclase  41.52 
 
 
319 aa  127  2.0000000000000002e-28  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0549299  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2989  response regulator receiver protein  32.39 
 
 
577 aa  124  2e-27  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0760  diguanylate cyclase  41.01 
 
 
495 aa  122  8e-27  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.126237  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3835  diguanylate cyclase  37.68 
 
 
316 aa  122  9.999999999999999e-27  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1445  putative diguanylate cyclase  34.98 
 
 
381 aa  121  9.999999999999999e-27  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0717377  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1513  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.77 
 
 
301 aa  120  1.9999999999999998e-26  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.0153071 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1405  diguanylate cyclase  41.18 
 
 
464 aa  121  1.9999999999999998e-26  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2318  diguanylate cyclase  32.97 
 
 
363 aa  121  1.9999999999999998e-26  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1905  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  41.81 
 
 
884 aa  120  3e-26  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.39821  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3576  diguanylate cyclase  36.47 
 
 
484 aa  120  3.9999999999999996e-26  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4369  sensor diguanylate cyclase  35.86 
 
 
569 aa  120  3.9999999999999996e-26  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.399197 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2190  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  40.22 
 
 
695 aa  119  4.9999999999999996e-26  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3581  GGDEF domain-containing protein  40.22 
 
 
695 aa  119  4.9999999999999996e-26  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2333  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  40.22 
 
 
695 aa  120  4.9999999999999996e-26  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2253  diguanylate cyclase  39.46 
 
 
545 aa  120  4.9999999999999996e-26  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.346813  normal  0.544502 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3232  hypothetical protein  37.65 
 
 
498 aa  120  4.9999999999999996e-26  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0640076  normal  0.305585 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2195  diguanylate cyclase  42.86 
 
 
496 aa  119  9e-26  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.741232  normal  0.445673 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2798  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  40.22 
 
 
695 aa  118  9.999999999999999e-26  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1434  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  40.21 
 
 
716 aa  119  9.999999999999999e-26  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.486546  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0529  diguanylate cyclase  41.42 
 
 
614 aa  118  9.999999999999999e-26  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2249  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and Chase sensor(s)  42 
 
 
908 aa  118  1.9999999999999998e-25  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2757  GGDEF domain/EAL domain protein  37.31 
 
 
703 aa  117  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.203015  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1808  diguanylate cyclase  39.89 
 
 
247 aa  118  1.9999999999999998e-25  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.148862  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2262  diguanylate cyclase  42.94 
 
 
430 aa  118  1.9999999999999998e-25  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0392628  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0921  putative GGDEF protein  34.3 
 
 
322 aa  118  1.9999999999999998e-25  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0697  diguanylate cyclase  42.26 
 
 
264 aa  118  1.9999999999999998e-25  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.184616  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1583  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.76 
 
 
444 aa  117  3e-25  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.185074  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3605  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  37.68 
 
 
610 aa  117  3e-25  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.150413  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2747  diguanylate cyclase  35.61 
 
 
261 aa  117  3e-25  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.86983  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0802  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  41.92 
 
 
1413 aa  117  3e-25  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.564112  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1387  cyclic nucleotide-binding protein  37.5 
 
 
320 aa  117  3e-25  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000243824  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1673  sensory box protein  39.31 
 
 
1346 aa  117  3.9999999999999997e-25  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.338574  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1497  response regulator PleD  38.02 
 
 
454 aa  117  3.9999999999999997e-25  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.122959 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3922  GGDEF domain-containing protein  35.93 
 
 
364 aa  116  5e-25  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0817  diguanylate cyclase  36.36 
 
 
1826 aa  116  5e-25  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2940  sensor diguanylate cyclase  35.98 
 
 
571 aa  116  5e-25  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0216  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.68 
 
 
328 aa  116  6e-25  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00586587 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3448  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  38.65 
 
 
608 aa  116  6.9999999999999995e-25  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.838223  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1814  diguanylate cyclase  43.29 
 
 
267 aa  116  6.9999999999999995e-25  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4106  GGDEF domain/EAL domain protein  40.61 
 
 
756 aa  115  7.999999999999999e-25  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.624649  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1014  diguanylate cyclase  40.11 
 
 
552 aa  115  7.999999999999999e-25  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.737518 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3655  PAS:GGDEF  43.95 
 
 
820 aa  115  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.979803  normal  0.755172 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0233  diguanylate cyclase  42.33 
 
 
373 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2679  diguanylate cyclase  37.63 
 
 
459 aa  115  1.0000000000000001e-24  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3791  diguanylate cyclase  41.86 
 
 
572 aa  115  1.0000000000000001e-24  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2102  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  42.86 
 
 
689 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.762889  normal 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1560  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  40.36 
 
 
800 aa  115  2.0000000000000002e-24  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.0426061  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3629  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.86 
 
 
850 aa  114  2.0000000000000002e-24  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.739626 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1928  diguanylate cyclase  36.41 
 
 
365 aa  114  2.0000000000000002e-24  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.851461 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1062  diguanylate cyclase  38.66 
 
 
566 aa  114  2.0000000000000002e-24  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0191664  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0532  GGDEF domain-containing protein  30.36 
 
 
321 aa  114  2.0000000000000002e-24  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3547  diguanylate cyclase  37.38 
 
 
587 aa  114  2.0000000000000002e-24  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3988  two component response regulator  32.33 
 
 
296 aa  114  2.0000000000000002e-24  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3646  diguanylate cyclase  37.87 
 
 
357 aa  115  2.0000000000000002e-24  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.567193 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3137  response regulator receiver protein  30.07 
 
 
319 aa  115  2.0000000000000002e-24  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2883  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.35 
 
 
849 aa  114  2.0000000000000002e-24  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.483333  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0308  diguanylate cyclase  35.75 
 
 
581 aa  114  2.0000000000000002e-24  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.164957 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1170  hypothetical protein  37.06 
 
 
768 aa  114  3e-24  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2825  PAS:GGDEF  37.71 
 
 
548 aa  114  3e-24  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.067576  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0636  diguanylate cyclase  35.96 
 
 
559 aa  114  3e-24  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.445559  normal  0.916917 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2380  diguanylate cyclase  41.71 
 
 
410 aa  114  3e-24  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3024  diguanylate cyclase  41.57 
 
 
260 aa  114  3e-24  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.104216  normal  0.207783 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0595  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  42.42 
 
 
752 aa  114  3e-24  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0452  diguanylate cyclase  33.65 
 
 
323 aa  114  3e-24  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3693  response regulator receiver domain-containing protein  37.36 
 
 
476 aa  114  3e-24  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.963643  normal  0.0549661 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2156  diguanylate cyclase  36.07 
 
 
470 aa  114  3e-24  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.117189 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4307  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  37.38 
 
 
708 aa  114  3e-24  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0245048  normal  0.0798721 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>