More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dred_0651 on replicon NC_009253
Organism: Desulfotomaculum reducens MI-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009253  Dred_0651  diguanylate cyclase  100 
 
 		 574 aa  1170    Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000777615  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1014  diguanylate cyclase  28.17 
 
 		 552 aa  186  1.0000000000000001e-45  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.737518 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0676  diguanylate cyclase  30.08 
 
 		 550 aa  177  7e-43  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0260909  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0886  diguanylate cyclase  27.24 
 
 		 542 aa  166  1.0000000000000001e-39  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2243  diguanylate cyclase  27.49 
 
 		 726 aa  165  2.0000000000000002e-39  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0252509  normal  0.0700768 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2315  diguanylate cyclase  27.49 
 
 		 726 aa  164  3e-39  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000640659 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0638  diguanylate cyclase  25.09 
 
 		 569 aa  164  6e-39  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2435  diguanylate cyclase  27.68 
 
 		 726 aa  160  6e-38  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.718837  normal  0.768568 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0926  response regulator PleD  36.44 
 
 		 455 aa  157  4e-37  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.773886 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2540  diguanylate cyclase  26.07 
 
 		 744 aa  155  2e-36  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1554  GGDEF domain-containing protein  28.86 
 
 		 729 aa  154  4e-36  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00526113  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2655  diguanylate cyclase  26.07 
 
 		 744 aa  154  5e-36  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.714483  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1545  diguanylate cyclase  25.73 
 
 		 701 aa  154  5.9999999999999996e-36  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.58352  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2578  diguanylate cyclase  26.36 
 
 		 744 aa  153  8e-36  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1805  diguanylate cyclase  29.36 
 
 		 725 aa  153  1e-35  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1348  response regulator PleD  39.53 
 
 		 457 aa  152  1e-35  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0911  sensory box histidine kinase  41.92 
 
 		 581 aa  152  2e-35  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1750  response regulator PleD  35.37 
 
 		 457 aa  152  2e-35  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.263569  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2815  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.89 
 
 		 457 aa  152  2e-35  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.631579  normal  0.0857187 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4746  response regulator PleD  34.02 
 
 		 466 aa  150  5e-35  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0979514  normal  0.753316 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1761  diguanylate cyclase  27.68 
 
 		 720 aa  150  7e-35  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1806  diguanylate cyclase  26.76 
 
 		 744 aa  149  1.0000000000000001e-34  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000621325 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1290  response regulator PleD  36.29 
 
 		 457 aa  149  1.0000000000000001e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0138689  hitchhiker  0.00259394 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3998  diguanylate cyclase  34.57 
 
 		 591 aa  148  3e-34  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1467  diguanylate cyclase  26.92 
 
 		 722 aa  148  3e-34  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4028  diguanylate cyclase  32.44 
 
 		 447 aa  147  4.0000000000000006e-34  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0207  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.7 
 
 		 772 aa  146  1e-33  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.53871  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1435  GGDEF domain-containing protein  26 
 
 		 733 aa  146  1e-33  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1382  response regulator PleD  35.89 
 
 		 457 aa  145  1e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.390598 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1387  diguanylate cyclase  40.78 
 
 		 336 aa  145  2e-33  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.617999  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2999  diguanylate cyclase  27.71 
 
 		 548 aa  144  4e-33  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2413  response regulator PleD  40 
 
 		 457 aa  144  4e-33  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.592932  normal  0.173821 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3671  putative signaling protein  29.66 
 
 		 480 aa  144  5e-33  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3677  response regulator PleD  34.82 
 
 		 461 aa  144  5e-33  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  decreased coverage  0.00345303  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1432  response regulator PleD  41.76 
 
 		 457 aa  144  6e-33  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1277  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  33.88 
 
 		 454 aa  143  9.999999999999999e-33  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.410696  normal  0.0388481 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3308  response regulator PleD  40 
 
 		 457 aa  143  9.999999999999999e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.268667  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3038  response regulator PleD  40 
 
 		 457 aa  142  9.999999999999999e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.372566  normal  0.319547 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6679  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.01 
 
 		 457 aa  142  1.9999999999999998e-32  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0173  diguanylate cyclase  27.32 
 
 		 565 aa  142  1.9999999999999998e-32  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3550  diguanylate cyclase  27.07 
 
 		 559 aa  141  3e-32  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.953301  normal  0.354246 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0223  diguanylate cyclase  38.81 
 
 		 357 aa  141  3e-32  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.133267  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3541  response regulator PleD  39.44 
 
 		 457 aa  141  3.9999999999999997e-32  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7417  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  34.02 
 
 		 457 aa  140  4.999999999999999e-32  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.196799  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2151  diguanylate cyclase  33.2 
 
 		 583 aa  140  4.999999999999999e-32  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.984421  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2442  response regulator PleD  40.56 
 
 		 457 aa  140  4.999999999999999e-32  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.696702  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1107  two component signal transduction response regulator  42.86 
 
 		 323 aa  140  7e-32  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3631  GGDEF domain-containing protein  33.2 
 
 		 722 aa  139  1e-31  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.770761  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2422  diguanylate cyclase  28.74 
 
 		 532 aa  139  1e-31  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.257185  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1497  response regulator PleD  34.55 
 
 		 454 aa  138  3.0000000000000003e-31  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.122959 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0610  response regulator PleD  34.01 
 
 		 461 aa  138  3.0000000000000003e-31  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.961713  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2788  diguanylate cyclase  26.47 
 
 		 726 aa  138  3.0000000000000003e-31  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.282948  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3922  GGDEF domain-containing protein  40 
 
 		 364 aa  137  4e-31  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2940  sensor diguanylate cyclase  42.13 
 
 		 571 aa  137  5e-31  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1357  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  43.11 
 
 		 901 aa  137  5e-31  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.000000351362  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1802  diguanylate cyclase  42.61 
 
 		 263 aa  137  5e-31  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0575  response regulator PleD  34.16 
 
 		 456 aa  137  6.0000000000000005e-31  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0822  diguanylate cyclase  43.43 
 
 		 554 aa  137  6.0000000000000005e-31  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00155452  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2297  sensor histidine kinase/GGDEF domain-containing protein  29.33 
 
 		 422 aa  136  8e-31  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0613  diguanylate cyclase  41.86 
 
 		 611 aa  136  9.999999999999999e-31  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0165  diguanylate cyclase with GAF sensor  42.53 
 
 		 710 aa  136  9.999999999999999e-31  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.683683  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3376  GGDEF/response regulator receiver domain-containing protein  41.57 
 
 		 308 aa  135  1.9999999999999998e-30  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0069  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.01 
 
 		 314 aa  135  1.9999999999999998e-30  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.840661 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1157  PAS:GGDEF  43.86 
 
 		 418 aa  135  3e-30  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.958814  normal  0.862731 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2375  diguanylate cyclase  42.51 
 
 		 764 aa  134  3e-30  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2287  diguanylate cyclase  42.51 
 
 		 764 aa  134  3.9999999999999996e-30  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1576  diguanylate cyclase  42.51 
 
 		 764 aa  134  3.9999999999999996e-30  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0198  diguanylate cyclase  39.79 
 
 		 312 aa  134  3.9999999999999996e-30  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1319  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.83 
 
 		 610 aa  134  3.9999999999999996e-30  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.104887  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1889  diguanylate cyclase  41.24 
 
 		 714 aa  134  3.9999999999999996e-30  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.838759  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02241  hypothetical protein  35.75 
 
 		 320 aa  134  6e-30  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2240  diguanylate cyclase  38.86 
 
 		 758 aa  133  9e-30  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.365812 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003519  diguanylate cyclase (GGDEF domain) with PAS/PAC sensor  36.65 
 
 		 280 aa  132  1.0000000000000001e-29  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00000133532  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02325  GGDEF domain protein  37.43 
 
 		 949 aa  133  1.0000000000000001e-29  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3733  diguanylate cyclase  36.89 
 
 		 625 aa  132  1.0000000000000001e-29  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4941  sensory box protein  26.87 
 
 		 633 aa  133  1.0000000000000001e-29  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3032  diguanylate cyclase  39.9 
 
 		 547 aa  132  1.0000000000000001e-29  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2477  hypothetical protein  42.17 
 
 		 273 aa  132  1.0000000000000001e-29  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2189  diguanylate cyclase with GAF sensor  37.09 
 
 		 415 aa  133  1.0000000000000001e-29  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3316  diguanylate cyclase  36.52 
 
 		 307 aa  132  1.0000000000000001e-29  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2873  diguanylate cyclase  32.38 
 
 		 650 aa  133  1.0000000000000001e-29  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1012  diguanylate cyclase  41.24 
 
 		 295 aa  133  1.0000000000000001e-29  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1346  sensory box/GGDEF domain protein  41.52 
 
 		 425 aa  132  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2333  hypothetical protein  41.57 
 
 		 565 aa  132  2.0000000000000002e-29  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0304  response regulator PleD  35.8 
 
 		 458 aa  132  2.0000000000000002e-29  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.0864091  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0365  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.3 
 
 		 308 aa  132  2.0000000000000002e-29  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4207  GGDEF domain-containing protein  41.33 
 
 		 625 aa  131  3e-29  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0907  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.79 
 
 		 457 aa  131  3e-29  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.401363  normal  0.40647 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2008  diguanylate cyclase  40 
 
 		 574 aa  131  3e-29  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3835  diguanylate cyclase  37.36 
 
 		 316 aa  131  3e-29  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1595  response regulator receiver domain-containing protein  35.81 
 
 		 234 aa  130  4.0000000000000003e-29  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000347977  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2371  diguanylate cyclase  41.24 
 
 		 294 aa  130  5.0000000000000004e-29  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.171648  normal  0.191081 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1174  GGDEF domain-containing protein  36.6 
 
 		 431 aa  130  5.0000000000000004e-29  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0304  diguanylate cyclase  35.21 
 
 		 464 aa  130  5.0000000000000004e-29  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1332  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.76 
 
 		 306 aa  130  6e-29  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2544  diguanylate cyclase  34.58 
 
 		 398 aa  130  6e-29  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.871243  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3559  diguanylate cyclase  36.44 
 
 		 625 aa  130  6e-29  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0397  diguanylate cyclase  36.44 
 
 		 625 aa  130  6e-29  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0519  diguanylate cyclase  37.85 
 
 		 631 aa  130  8.000000000000001e-29  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.447681 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0039  diguanylate cyclase  32.54 
 
 		 521 aa  130  8.000000000000001e-29  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>