More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewmr7_2315 on replicon NC_008322
Organism: Shewanella sp. MR-7



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009092  Shew_1467  diguanylate cyclase  46.14 
 
 
722 aa  671    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2788  diguanylate cyclase  45.2 
 
 
726 aa  652    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.282948  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1761  diguanylate cyclase  44.88 
 
 
720 aa  675    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1435  GGDEF domain-containing protein  48.07 
 
 
733 aa  700    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2578  diguanylate cyclase  64.69 
 
 
744 aa  986    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2540  diguanylate cyclase  65.1 
 
 
744 aa  985    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2655  diguanylate cyclase  64.69 
 
 
744 aa  981    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.714483  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2243  diguanylate cyclase  99.86 
 
 
726 aa  1494    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0252509  normal  0.0700768 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2315  diguanylate cyclase  100 
 
 
726 aa  1496    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000640659 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1806  diguanylate cyclase  64.55 
 
 
744 aa  981    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000621325 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1554  GGDEF domain-containing protein  46.4 
 
 
729 aa  655    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00526113  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1545  diguanylate cyclase  47.23 
 
 
701 aa  713    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.58352  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1805  diguanylate cyclase  46.81 
 
 
725 aa  710    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2435  diguanylate cyclase  89.38 
 
 
726 aa  1335    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.718837  normal  0.768568 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4941  sensory box protein  32.29 
 
 
633 aa  324  4e-87  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0651  diguanylate cyclase  27.49 
 
 
574 aa  164  6e-39  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000777615  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0058  diguanylate cyclase  36.14 
 
 
565 aa  140  1e-31  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.714624  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4207  GGDEF domain-containing protein  32.76 
 
 
625 aa  138  3.0000000000000003e-31  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0498  diguanylate cyclase  37.63 
 
 
624 aa  137  7.000000000000001e-31  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3550  diguanylate cyclase  33 
 
 
559 aa  137  8e-31  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.953301  normal  0.354246 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3800  diguanylate cyclase  37.31 
 
 
621 aa  137  9.999999999999999e-31  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4149  diguanylate cyclase  30.04 
 
 
591 aa  136  1.9999999999999998e-30  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.0015025  normal  0.169582 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3733  diguanylate cyclase  37.31 
 
 
625 aa  135  1.9999999999999998e-30  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3559  diguanylate cyclase  37.31 
 
 
625 aa  135  1.9999999999999998e-30  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0397  diguanylate cyclase  37.31 
 
 
625 aa  135  1.9999999999999998e-30  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0411  diguanylate cyclase  35.47 
 
 
628 aa  135  1.9999999999999998e-30  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4218  diguanylate cyclase  36.67 
 
 
631 aa  135  3e-30  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0519  diguanylate cyclase  38.89 
 
 
631 aa  134  3.9999999999999996e-30  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.447681 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0793  diguanylate cyclase  32.34 
 
 
305 aa  134  5e-30  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0799  diguanylate cyclase  38.78 
 
 
538 aa  134  6e-30  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0186826  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0423  diguanylate cyclase  35.04 
 
 
621 aa  134  7.999999999999999e-30  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000679734 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1622  response regulator receiver protein  35.5 
 
 
641 aa  134  7.999999999999999e-30  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.923164  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2109  diguanylate cyclase  30.96 
 
 
630 aa  133  1.0000000000000001e-29  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.843932  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3032  diguanylate cyclase  36.27 
 
 
547 aa  133  1.0000000000000001e-29  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0437  periplasmic/7TM domain sensor diguanylate cyclase  35.04 
 
 
628 aa  133  1.0000000000000001e-29  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal  0.0211155 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3903  periplasmic/7TM domain sensor diguanylate cyclase  34.62 
 
 
628 aa  133  1.0000000000000001e-29  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0365  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.33 
 
 
308 aa  132  3e-29  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2999  diguanylate cyclase  31.79 
 
 
548 aa  130  7.000000000000001e-29  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0676  diguanylate cyclase  26.12 
 
 
550 aa  130  8.000000000000001e-29  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0260909  normal 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0836  diguanylate cyclase  36.36 
 
 
487 aa  130  9.000000000000001e-29  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.975884  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2495  diguanylate cyclase  36.51 
 
 
422 aa  130  1.0000000000000001e-28  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3671  putative signaling protein  39.78 
 
 
480 aa  129  2.0000000000000002e-28  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2422  diguanylate cyclase  29.96 
 
 
532 aa  129  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.257185  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4104  diguanylate cyclase  38.46 
 
 
610 aa  129  3e-28  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.147884 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3627  diguanylate cyclase  26.2 
 
 
526 aa  128  3e-28  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3750  PAS:GGDEF  36.22 
 
 
721 aa  128  4.0000000000000003e-28  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1782  diguanylate cyclase  36.71 
 
 
629 aa  128  4.0000000000000003e-28  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2740  diguanylate cyclase  39.29 
 
 
555 aa  127  5e-28  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01583  Response regulator containing a CheY-like receiver domain and a GGDEF domain  38.54 
 
 
477 aa  127  6e-28  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4030  diguanylate cyclase  36.36 
 
 
498 aa  127  6e-28  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0308  diguanylate cyclase  37.8 
 
 
340 aa  127  7e-28  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0953  diguanylate cyclase  38.83 
 
 
494 aa  127  8.000000000000001e-28  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0313  diguanylate cyclase  39.36 
 
 
340 aa  127  8.000000000000001e-28  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3330  diguanylate cyclase  32.89 
 
 
556 aa  127  8.000000000000001e-28  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.702874 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2730  diguanylate cyclase  37.44 
 
 
638 aa  127  8.000000000000001e-28  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.814579  normal  0.595433 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3381  diguanylate cyclase  35.9 
 
 
622 aa  127  9e-28  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0636  diguanylate cyclase  39.04 
 
 
559 aa  126  1e-27  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.445559  normal  0.916917 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1328  diguanylate cyclase  39.05 
 
 
564 aa  127  1e-27  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.0263917  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3783  sensory transduction system, regulatory protein  37.95 
 
 
546 aa  126  1e-27  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1471  diguanylate cyclase  37.69 
 
 
339 aa  126  1e-27  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.435801  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3689  diguanylate cyclase  36.26 
 
 
935 aa  126  2e-27  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1597  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.33 
 
 
313 aa  125  2e-27  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0828  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.71 
 
 
324 aa  125  2e-27  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3210  GGDEF domain-containing protein  37.38 
 
 
624 aa  126  2e-27  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0314  diguanylate cyclase  38.83 
 
 
340 aa  125  3e-27  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1507  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.1 
 
 
308 aa  125  4e-27  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.914031 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3939  response regulator receiver domain-containing protein  37.95 
 
 
588 aa  125  4e-27  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.238688  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3816  diguanylate cyclase  25.51 
 
 
526 aa  125  4e-27  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0310  diguanylate cyclase  38.83 
 
 
340 aa  125  4e-27  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2954  diguanylate cyclase  36.13 
 
 
612 aa  124  5e-27  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0512853  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4681  GGDEF domain-containing protein  36.55 
 
 
1034 aa  124  9e-27  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02325  GGDEF domain protein  36.92 
 
 
949 aa  124  9e-27  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2679  diguanylate cyclase  38.98 
 
 
459 aa  123  9.999999999999999e-27  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2062  diguanylate cyclase  36.41 
 
 
620 aa  123  9.999999999999999e-27  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.502085 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0926  diguanylate cyclase  38.3 
 
 
494 aa  123  9.999999999999999e-27  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3523  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  40.48 
 
 
1079 aa  123  9.999999999999999e-27  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1174  GGDEF domain-containing protein  36.36 
 
 
431 aa  123  9.999999999999999e-27  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2096  diguanylate cyclase with GAF sensor  37.38 
 
 
664 aa  123  9.999999999999999e-27  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal  0.76184 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2835  response regulator receiver domain-containing protein  39.79 
 
 
346 aa  123  9.999999999999999e-27  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.157532  normal  0.231861 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0204  diguanylate cyclase  34.02 
 
 
453 aa  123  9.999999999999999e-27  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.209858  normal  0.343798 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1211  diguanylate cyclase  35.57 
 
 
578 aa  123  9.999999999999999e-27  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3537  GGDEF family protein  38.24 
 
 
393 aa  122  1.9999999999999998e-26  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4128  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  35.75 
 
 
663 aa  123  1.9999999999999998e-26  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3998  diguanylate cyclase  32.24 
 
 
591 aa  122  1.9999999999999998e-26  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2519  diguanylate cyclase  41.86 
 
 
522 aa  122  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.926429  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4360  serine/threonine protein kinase  41.05 
 
 
1636 aa  123  1.9999999999999998e-26  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2323  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.81 
 
 
445 aa  122  1.9999999999999998e-26  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.123075  unclonable  0.0000172862 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3819  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  33.33 
 
 
660 aa  122  1.9999999999999998e-26  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3547  diguanylate cyclase  40.11 
 
 
587 aa  122  1.9999999999999998e-26  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1282  diguanylate cyclase  35.57 
 
 
578 aa  122  1.9999999999999998e-26  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0470  GGDEF  42.13 
 
 
412 aa  122  3e-26  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.606028 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3508  diguanylate cyclase  37.72 
 
 
638 aa  122  3e-26  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.0970585 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3770  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  33.33 
 
 
660 aa  122  3e-26  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2297  diguanylate cyclase  38.42 
 
 
533 aa  122  3e-26  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.777078  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1305  diguanylate cyclase  36.68 
 
 
256 aa  122  3e-26  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1887  diguanylate cyclase  28.99 
 
 
517 aa  121  3.9999999999999996e-26  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2383  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.46 
 
 
434 aa  121  3.9999999999999996e-26  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00665942 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2699  diguanylate cyclase  38.1 
 
 
251 aa  121  3.9999999999999996e-26  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0265  diguanylate cyclase  36.61 
 
 
310 aa  121  3.9999999999999996e-26  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.021653  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4904  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.16 
 
 
642 aa  121  4.9999999999999996e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0484368  normal  0.638753 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>