More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_1805 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008700  Sama_1554  GGDEF domain-containing protein  49.51 
 
 		 729 aa  721    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00526113  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2788  diguanylate cyclase  67.45 
 
 		 726 aa  990    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.282948  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1761  diguanylate cyclase  54.86 
 
 		 720 aa  837    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2540  diguanylate cyclase  51.4 
 
 		 744 aa  763    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2435  diguanylate cyclase  47.78 
 
 		 726 aa  703    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.718837  normal  0.768568 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1467  diguanylate cyclase  57.76 
 
 		 722 aa  860    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1806  diguanylate cyclase  51.26 
 
 		 744 aa  761    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000621325 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1435  GGDEF domain-containing protein  46.53 
 
 		 733 aa  700    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1805  diguanylate cyclase  100 
 
 		 725 aa  1492    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2243  diguanylate cyclase  46.81 
 
 		 726 aa  708    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0252509  normal  0.0700768 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2315  diguanylate cyclase  46.81 
 
 		 726 aa  708    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000640659 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2578  diguanylate cyclase  51.26 
 
 		 744 aa  761    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1545  diguanylate cyclase  50.36 
 
 		 701 aa  743    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.58352  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2655  diguanylate cyclase  51.26 
 
 		 744 aa  762    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.714483  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4941  sensory box protein  33.86 
 
 		 633 aa  370  1e-101  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0651  diguanylate cyclase  29.36 
 
 		 574 aa  157  7e-37  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000777615  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0793  diguanylate cyclase  31.58 
 
 		 305 aa  146  1e-33  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2495  diguanylate cyclase  37.5 
 
 		 422 aa  141  3.9999999999999997e-32  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0519  diguanylate cyclase  37.5 
 
 		 631 aa  140  7e-32  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.447681 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4030  diguanylate cyclase  36.95 
 
 		 498 aa  138  4e-31  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2109  diguanylate cyclase  39.6 
 
 		 630 aa  136  9.999999999999999e-31  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.843932  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3998  diguanylate cyclase  32.66 
 
 		 591 aa  134  5e-30  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4104  diguanylate cyclase  36.24 
 
 		 610 aa  134  5e-30  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.147884 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0828  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.92 
 
 		 324 aa  134  6.999999999999999e-30  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0058  diguanylate cyclase  32.87 
 
 		 565 aa  133  1.0000000000000001e-29  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.714624  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3800  diguanylate cyclase  36.65 
 
 		 621 aa  132  2.0000000000000002e-29  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3939  response regulator receiver domain-containing protein  39.18 
 
 		 588 aa  131  5.0000000000000004e-29  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.238688  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0799  diguanylate cyclase  37.89 
 
 		 538 aa  130  6e-29  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0186826  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2999  diguanylate cyclase  30.95 
 
 		 548 aa  130  9.000000000000001e-29  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1174  GGDEF domain-containing protein  39.72 
 
 		 431 aa  129  1.0000000000000001e-28  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0204  diguanylate cyclase  35.55 
 
 		 453 aa  130  1.0000000000000001e-28  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.209858  normal  0.343798 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0362  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.32 
 
 		 890 aa  129  2.0000000000000002e-28  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.190279  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4149  diguanylate cyclase  32.98 
 
 		 591 aa  129  2.0000000000000002e-28  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.0015025  normal  0.169582 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0251  diguanylate cyclase  30.38 
 
 		 660 aa  129  2.0000000000000002e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.696506  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0371  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.32 
 
 		 890 aa  129  2.0000000000000002e-28  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3032  diguanylate cyclase  38.83 
 
 		 547 aa  129  2.0000000000000002e-28  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1974  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.45 
 
 		 340 aa  129  2.0000000000000002e-28  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.098619 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3671  putative signaling protein  28.6 
 
 		 480 aa  128  3e-28  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2422  diguanylate cyclase  25.39 
 
 		 532 aa  129  3e-28  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.257185  normal  1 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2740  diguanylate cyclase  38.8 
 
 		 555 aa  128  3e-28  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7079  serine/threonine protein kinase  38.54 
 
 		 1643 aa  129  3e-28  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1507  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.89 
 
 		 308 aa  128  3e-28  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.914031 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3689  diguanylate cyclase  37.71 
 
 		 935 aa  128  4.0000000000000003e-28  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3559  diguanylate cyclase  31.58 
 
 		 625 aa  128  4.0000000000000003e-28  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0397  diguanylate cyclase  31.58 
 
 		 625 aa  128  4.0000000000000003e-28  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1622  response regulator receiver protein  39.81 
 
 		 641 aa  128  4.0000000000000003e-28  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.923164  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1211  diguanylate cyclase  33.33 
 
 		 578 aa  127  5e-28  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1429  diguanylate cyclase  38.22 
 
 		 306 aa  127  5e-28  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000190183 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3855  serine/threonine protein kinase  38.54 
 
 		 1726 aa  127  6e-28  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.993945  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1597  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.33 
 
 		 313 aa  127  7e-28  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1282  diguanylate cyclase  33.33 
 
 		 578 aa  127  8.000000000000001e-28  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1387  cyclic nucleotide-binding protein  34.39 
 
 		 320 aa  127  8.000000000000001e-28  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000243824  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3783  sensory transduction system, regulatory protein  36.98 
 
 		 546 aa  127  9e-28  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0610  two component response regulator  39.67 
 
 		 649 aa  127  9e-28  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3733  diguanylate cyclase  31.05 
 
 		 625 aa  127  9e-28  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3381  diguanylate cyclase  35.09 
 
 		 622 aa  126  1e-27  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1782  diguanylate cyclase  36.44 
 
 		 629 aa  126  1e-27  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4360  serine/threonine protein kinase  38.46 
 
 		 1636 aa  126  1e-27  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4207  GGDEF domain-containing protein  29.67 
 
 		 625 aa  126  2e-27  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0411  diguanylate cyclase  37.05 
 
 		 628 aa  125  2e-27  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1212  diguanylate cyclase  36.77 
 
 		 578 aa  125  2e-27  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2323  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.38 
 
 		 445 aa  125  4e-27  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.123075  unclonable  0.0000172862 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3627  diguanylate cyclase  28.19 
 
 		 526 aa  125  4e-27  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3647  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.53 
 
 		 359 aa  125  4e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.745021  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3903  periplasmic/7TM domain sensor diguanylate cyclase  35.68 
 
 		 628 aa  124  4e-27  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0365  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.93 
 
 		 308 aa  124  5e-27  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2151  diguanylate cyclase  30.11 
 
 		 583 aa  124  7e-27  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.984421  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2667  diguanylate cyclase  38.02 
 
 		 522 aa  124  8e-27  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.548675  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0423  diguanylate cyclase  36.44 
 
 		 621 aa  124  8e-27  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000679734 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4814  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.76 
 
 		 628 aa  124  9e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.230957  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4218  diguanylate cyclase  37.81 
 
 		 631 aa  123  9e-27  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4904  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.55 
 
 		 642 aa  123  9.999999999999999e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0484368  normal  0.638753 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2383  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.92 
 
 		 434 aa  123  9.999999999999999e-27  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00665942 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3835  diguanylate cyclase  38.1 
 
 		 316 aa  123  9.999999999999999e-27  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3508  diguanylate cyclase  38.3 
 
 		 638 aa  122  1.9999999999999998e-26  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.0970585 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3550  diguanylate cyclase  28.15 
 
 		 559 aa  122  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.953301  normal  0.354246 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3956  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  32.89 
 
 		 357 aa  122  1.9999999999999998e-26  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.892783  normal  0.485051 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0437  periplasmic/7TM domain sensor diguanylate cyclase  36.61 
 
 		 628 aa  122  1.9999999999999998e-26  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.0211155 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1425  diguanylate cyclase  40.91 
 
 		 381 aa  122  3e-26  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0095  putative sensory transduction system, regulatory protein  37.11 
 
 		 536 aa  122  3e-26  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.348008  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2096  diguanylate cyclase with GAF sensor  37.08 
 
 		 664 aa  122  3e-26  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.76184 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0498  diguanylate cyclase  33.78 
 
 		 624 aa  122  3e-26  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3449  diguanylate cyclase  32.89 
 
 		 357 aa  122  3e-26  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.103484 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3210  GGDEF domain-containing protein  31.91 
 
 		 624 aa  122  3e-26  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2699  diguanylate cyclase  36.36 
 
 		 251 aa  121  3.9999999999999996e-26  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0366  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  28.1 
 
 		 936 aa  121  4.9999999999999996e-26  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.977062  decreased coverage  0.000832087 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1471  diguanylate cyclase  35.71 
 
 		 339 aa  121  4.9999999999999996e-26  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.435801  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3967  putative response regulator of a two-component system  37.1 
 
 		 335 aa  120  6e-26  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000645274  normal  0.0110626 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0467  diguanylate cyclase  35.81 
 
 		 641 aa  120  6e-26  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3704  diguanylate cyclase  37.7 
 
 		 460 aa  120  7e-26  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0694  diguanylate cyclase  25.09 
 
 		 536 aa  120  7e-26  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0680  diguanylate cyclase  37.7 
 
 		 466 aa  120  7e-26  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2556  GGDEF domain-containing protein  37.84 
 
 		 518 aa  120  7e-26  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0953  diguanylate cyclase  37.42 
 
 		 494 aa  120  7e-26  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3011  serine/threonine protein kinase  36.46 
 
 		 1637 aa  120  7.999999999999999e-26  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.15444  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0310  diguanylate cyclase  37 
 
 		 340 aa  120  7.999999999999999e-26  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0636  diguanylate cyclase  35.61 
 
 		 559 aa  120  7.999999999999999e-26  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.445559  normal  0.916917 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3360  diguanylate cyclase  35.47 
 
 		 392 aa  120  7.999999999999999e-26  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.441275  normal  0.662685 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0709  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.71 
 
 		 322 aa  120  9.999999999999999e-26  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.169559 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3973  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  34.1 
 
 		 362 aa  120  9.999999999999999e-26  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.415221  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>