More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dvul_0676 on replicon NC_008751
Organism: Desulfovibrio vulgaris DP4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008751  Dvul_0676  diguanylate cyclase  100 
 
 
550 aa  1080    Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0260909  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0886  diguanylate cyclase  35.62 
 
 
542 aa  311  2e-83  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1014  diguanylate cyclase  35.66 
 
 
552 aa  264  3e-69  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.737518 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0651  diguanylate cyclase  29.88 
 
 
574 aa  191  2e-47  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000777615  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1435  GGDEF domain-containing protein  25.22 
 
 
733 aa  152  1e-35  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1328  diguanylate cyclase  46.75 
 
 
564 aa  151  4e-35  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.0263917  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0638  diguanylate cyclase  28.06 
 
 
569 aa  150  7e-35  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4746  response regulator PleD  45 
 
 
466 aa  148  2.0000000000000003e-34  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0979514  normal  0.753316 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1277  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  48.86 
 
 
454 aa  148  3e-34  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.410696  normal  0.0388481 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3087  diguanylate cyclase  45.21 
 
 
361 aa  147  5e-34  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0926  response regulator PleD  44.44 
 
 
455 aa  147  7.0000000000000006e-34  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.773886 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3038  response regulator PleD  46.06 
 
 
457 aa  145  1e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.372566  normal  0.319547 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0207  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  46.99 
 
 
772 aa  145  2e-33  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.53871  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2435  diguanylate cyclase  27.66 
 
 
726 aa  145  2e-33  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.718837  normal  0.768568 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2413  response regulator PleD  46.06 
 
 
457 aa  145  2e-33  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.592932  normal  0.173821 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3541  response regulator PleD  45.45 
 
 
457 aa  145  3e-33  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3508  diguanylate cyclase  41.05 
 
 
638 aa  144  5e-33  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.0970585 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3308  response regulator PleD  46.06 
 
 
457 aa  143  7e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.268667  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2422  diguanylate cyclase  29.04 
 
 
532 aa  143  8e-33  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.257185  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1411  GGDEF domain-containing protein  41.84 
 
 
493 aa  142  9.999999999999999e-33  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0895588  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1893  hypothetical protein  28.73 
 
 
533 aa  142  1.9999999999999998e-32  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0317418  normal  0.65749 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4311  diguanylate cyclase  42.35 
 
 
493 aa  142  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.245548  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2315  diguanylate cyclase  26.12 
 
 
726 aa  141  3e-32  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000640659 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2243  diguanylate cyclase  26.12 
 
 
726 aa  141  3.9999999999999997e-32  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0252509  normal  0.0700768 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1643  GGDEF/response regulator receiver domain-containing protein  44.2 
 
 
316 aa  140  8.999999999999999e-32  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.176359  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7417  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  49.71 
 
 
457 aa  140  8.999999999999999e-32  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.196799  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1290  response regulator PleD  41.27 
 
 
457 aa  139  1e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0138689  hitchhiker  0.00259394 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1750  response regulator PleD  41.38 
 
 
457 aa  139  1e-31  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.263569  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4400  diguanylate cyclase  44.44 
 
 
493 aa  138  2e-31  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3922  GGDEF domain-containing protein  38.51 
 
 
364 aa  138  2e-31  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1497  response regulator PleD  39.71 
 
 
454 aa  139  2e-31  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.122959 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1348  response regulator PleD  42.36 
 
 
457 aa  137  4e-31  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2940  sensor diguanylate cyclase  46.52 
 
 
571 aa  137  5e-31  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4255  GGDEF  47.03 
 
 
400 aa  137  5e-31  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1432  response regulator PleD  43.64 
 
 
457 aa  137  5e-31  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6679  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  48.57 
 
 
457 aa  137  6.0000000000000005e-31  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3677  response regulator PleD  40.39 
 
 
461 aa  137  7.000000000000001e-31  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  decreased coverage  0.00345303  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0613  diguanylate cyclase  43.27 
 
 
611 aa  136  8e-31  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2189  diguanylate cyclase with GAF sensor  41.81 
 
 
415 aa  136  9e-31  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3627  diguanylate cyclase  30.56 
 
 
526 aa  135  9.999999999999999e-31  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1357  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.33 
 
 
901 aa  136  9.999999999999999e-31  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.000000351362  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2297  diguanylate cyclase  29.35 
 
 
533 aa  136  9.999999999999999e-31  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.777078  normal 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1319  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  44.58 
 
 
610 aa  136  9.999999999999999e-31  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.104887  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0694  diguanylate cyclase  24.72 
 
 
536 aa  135  1.9999999999999998e-30  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2442  response regulator PleD  45.45 
 
 
457 aa  135  1.9999999999999998e-30  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.696702  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1355  diguanylate cyclase  46.11 
 
 
487 aa  135  1.9999999999999998e-30  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.133394  normal  0.478971 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3750  PAS:GGDEF  44 
 
 
721 aa  135  3e-30  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0069  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.01 
 
 
314 aa  134  3e-30  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.840661 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2896  cellulose binding, type IV  41.36 
 
 
443 aa  134  3e-30  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00808862 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1808  diguanylate cyclase  39.79 
 
 
247 aa  134  3.9999999999999996e-30  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.148862  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1382  response regulator PleD  41.57 
 
 
457 aa  134  5e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.390598 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0907  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  45.3 
 
 
457 aa  134  5e-30  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.401363  normal  0.40647 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3282  diguanylate cyclase  31.32 
 
 
523 aa  133  6e-30  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.151406  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3816  diguanylate cyclase  29.97 
 
 
526 aa  133  6.999999999999999e-30  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2815  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  44.58 
 
 
457 aa  133  7.999999999999999e-30  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.631579  normal  0.0857187 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1109  diguanylate cyclase  25.91 
 
 
532 aa  133  9e-30  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0604  diguanylate cyclase  46.55 
 
 
291 aa  133  1.0000000000000001e-29  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.436873  normal  0.310553 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1497  putative GAF sensor protein  46.7 
 
 
689 aa  132  1.0000000000000001e-29  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0452  diguanylate cyclase  42.86 
 
 
323 aa  133  1.0000000000000001e-29  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3376  GGDEF/response regulator receiver domain-containing protein  44.58 
 
 
308 aa  132  2.0000000000000002e-29  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1834  diguanylate cyclase  44.19 
 
 
525 aa  132  2.0000000000000002e-29  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.245567  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1450  diguanylate cyclase  42.86 
 
 
1774 aa  132  2.0000000000000002e-29  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1012  diguanylate cyclase  40.58 
 
 
295 aa  132  2.0000000000000002e-29  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2370  diguanylate cyclase  41.41 
 
 
342 aa  131  3e-29  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.257282  normal  0.644967 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1802  diguanylate cyclase  40.45 
 
 
263 aa  131  3e-29  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0726  diguanylate cyclase  23.57 
 
 
547 aa  131  3e-29  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2092  diguanylate cyclase  41.41 
 
 
342 aa  131  3e-29  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0157551  normal  0.671157 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3316  diguanylate cyclase  41.18 
 
 
307 aa  131  3e-29  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0378  diguanylate cyclase  44.64 
 
 
422 aa  131  3e-29  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000891935  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2587  GGDEF domain-containing protein  39.43 
 
 
621 aa  131  4.0000000000000003e-29  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.21731  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4128  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  42.86 
 
 
663 aa  130  5.0000000000000004e-29  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0319  diguanylate cyclase  40.1 
 
 
732 aa  130  5.0000000000000004e-29  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2350  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  46.51 
 
 
1000 aa  130  5.0000000000000004e-29  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.521127 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2240  diguanylate cyclase  43.5 
 
 
758 aa  130  6e-29  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.365812 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3362  diguanylate cyclase  44.97 
 
 
380 aa  130  6e-29  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2253  diguanylate cyclase  41.41 
 
 
342 aa  130  7.000000000000001e-29  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0242555  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0495  diguanylate cyclase  29.77 
 
 
574 aa  130  8.000000000000001e-29  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.355875  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2104  diguanylate cyclase  41.41 
 
 
342 aa  130  8.000000000000001e-29  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01741  Putative CHASE3/GGDEF domain-containing signal protein  43.45 
 
 
563 aa  130  8.000000000000001e-29  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0691  diguanylate cyclase with GAF sensor  43.88 
 
 
742 aa  130  8.000000000000001e-29  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2966  diguanylate cyclase  49.4 
 
 
386 aa  130  9.000000000000001e-29  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0175816  decreased coverage  0.00586824 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_26970  hypothetical protein  44.2 
 
 
525 aa  130  9.000000000000001e-29  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3704  diguanylate cyclase  41.21 
 
 
460 aa  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3816  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  46.39 
 
 
797 aa  129  1.0000000000000001e-28  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.250791  normal  0.392847 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0931  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  47.93 
 
 
457 aa  129  1.0000000000000001e-28  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.436852  normal  0.104843 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0319  two component diguanylate cyclase  45.35 
 
 
661 aa  129  1.0000000000000001e-28  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1298  diguanylate cyclase with GAF sensor  36.82 
 
 
353 aa  129  1.0000000000000001e-28  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000090214  hitchhiker  0.00354722 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1357  diguanylate cyclase  42.44 
 
 
508 aa  129  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.255633 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0967  diguanylate cyclase  47.93 
 
 
457 aa  129  1.0000000000000001e-28  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.555277  normal  0.0207283 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3752  diguanylate cyclase  43.82 
 
 
436 aa  129  2.0000000000000002e-28  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3137  response regulator receiver protein  32.61 
 
 
319 aa  129  2.0000000000000002e-28  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1405  diguanylate cyclase  46.02 
 
 
464 aa  128  3e-28  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3092  diguanylate cyclase  41.07 
 
 
389 aa  128  3e-28  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2253  diguanylate cyclase  28.87 
 
 
545 aa  128  3e-28  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.346813  normal  0.544502 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2284  hypothetical protein  44.2 
 
 
525 aa  128  3e-28  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0619167  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3374  diguanylate cyclase  43.45 
 
 
492 aa  128  3e-28  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1872  diguanylate cyclase  47.19 
 
 
586 aa  128  3e-28  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.10295  normal  0.872274 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2758  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.37 
 
 
698 aa  127  4.0000000000000003e-28  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1336  diguanylate cyclase  33.98 
 
 
439 aa  127  4.0000000000000003e-28  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.0220322  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3093  diguanylate cyclase  39.66 
 
 
387 aa  127  4.0000000000000003e-28  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>