More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CPS_4941 on replicon NC_003910
Organism: Colwellia psychrerythraea 34H



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003910  CPS_4941  sensory box protein  100 
 
 		 633 aa  1309    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1554  GGDEF domain-containing protein  37.76 
 
 		 729 aa  392  1e-108  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00526113  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1467  diguanylate cyclase  34.97 
 
 		 722 aa  366  1e-100  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1805  diguanylate cyclase  33.86 
 
 		 725 aa  363  6e-99  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1545  diguanylate cyclase  34.07 
 
 		 701 aa  355  2e-96  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.58352  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2788  diguanylate cyclase  34.87 
 
 		 726 aa  345  2e-93  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.282948  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1761  diguanylate cyclase  33.81 
 
 		 720 aa  342  1e-92  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2578  diguanylate cyclase  34.42 
 
 		 744 aa  339  8e-92  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1806  diguanylate cyclase  34.48 
 
 		 744 aa  338  9.999999999999999e-92  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000621325 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2655  diguanylate cyclase  34.42 
 
 		 744 aa  338  9.999999999999999e-92  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.714483  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2540  diguanylate cyclase  34.42 
 
 		 744 aa  337  2.9999999999999997e-91  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2243  diguanylate cyclase  31.72 
 
 		 726 aa  324  2e-87  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0252509  normal  0.0700768 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2315  diguanylate cyclase  32.29 
 
 		 726 aa  324  3e-87  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000640659 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1435  GGDEF domain-containing protein  32.81 
 
 		 733 aa  314  2.9999999999999996e-84  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2435  diguanylate cyclase  31.92 
 
 		 726 aa  310  5.9999999999999995e-83  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.718837  normal  0.768568 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3381  diguanylate cyclase  40.38 
 
 		 622 aa  134  6e-30  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0467  diguanylate cyclase  35.68 
 
 		 641 aa  134  6e-30  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2544  diguanylate cyclase  40.84 
 
 		 398 aa  133  1.0000000000000001e-29  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.871243  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0651  diguanylate cyclase  26.87 
 
 		 574 aa  133  1.0000000000000001e-29  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000777615  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2873  diguanylate cyclase  44.69 
 
 		 650 aa  132  2.0000000000000002e-29  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3559  diguanylate cyclase  30.22 
 
 		 625 aa  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0397  diguanylate cyclase  30.22 
 
 		 625 aa  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4104  diguanylate cyclase  32.72 
 
 		 610 aa  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.147884 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3689  diguanylate cyclase  35.36 
 
 		 935 aa  129  2.0000000000000002e-28  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3733  diguanylate cyclase  30.22 
 
 		 625 aa  129  2.0000000000000002e-28  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4218  diguanylate cyclase  38.54 
 
 		 631 aa  129  2.0000000000000002e-28  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2109  diguanylate cyclase  39.62 
 
 		 630 aa  128  3e-28  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.843932  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0168  GGDEF domain-containing protein  39.9 
 
 		 268 aa  127  5e-28  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4207  GGDEF domain-containing protein  33.04 
 
 		 625 aa  127  7e-28  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0498  diguanylate cyclase  33.04 
 
 		 624 aa  126  1e-27  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2151  diguanylate cyclase  34.38 
 
 		 583 aa  125  2e-27  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.984421  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3210  GGDEF domain-containing protein  34.85 
 
 		 624 aa  125  3e-27  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4030  diguanylate cyclase  33.18 
 
 		 498 aa  125  3e-27  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3800  diguanylate cyclase  36.5 
 
 		 621 aa  124  4e-27  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1782  diguanylate cyclase  38.14 
 
 		 629 aa  124  6e-27  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0058  diguanylate cyclase  36.36 
 
 		 565 aa  124  7e-27  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.714624  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000121  response regulator  36.08 
 
 		 319 aa  124  8e-27  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0601608  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0680  diguanylate cyclase  38.07 
 
 		 466 aa  123  9.999999999999999e-27  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3032  diguanylate cyclase  35.6 
 
 		 547 aa  123  9.999999999999999e-27  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2492  diguanylate cyclase  41.67 
 
 		 474 aa  123  9.999999999999999e-27  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.379327 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0519  diguanylate cyclase  34.68 
 
 		 631 aa  122  1.9999999999999998e-26  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.447681 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2715  diguanylate cyclase  40.48 
 
 		 508 aa  122  1.9999999999999998e-26  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.271597  normal  0.533444 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3704  diguanylate cyclase  38.07 
 
 		 460 aa  121  3.9999999999999996e-26  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0799  diguanylate cyclase  36.87 
 
 		 538 aa  120  7e-26  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0186826  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0423  diguanylate cyclase  33.04 
 
 		 621 aa  120  7.999999999999999e-26  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000679734 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2855  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.94 
 
 		 415 aa  120  7.999999999999999e-26  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.220747  hitchhiker  0.000676798 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0793  diguanylate cyclase  31.44 
 
 		 305 aa  120  7.999999999999999e-26  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0411  diguanylate cyclase  33.04 
 
 		 628 aa  120  9e-26  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0453  GGDEF domain-containing protein  34.63 
 
 		 641 aa  120  9e-26  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3671  putative signaling protein  36.27 
 
 		 480 aa  119  9.999999999999999e-26  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3903  periplasmic/7TM domain sensor diguanylate cyclase  34.34 
 
 		 628 aa  119  9.999999999999999e-26  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3210  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  34.95 
 
 		 337 aa  120  9.999999999999999e-26  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.32327  normal  0.712325 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3550  diguanylate cyclase  33.86 
 
 		 559 aa  119  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.953301  normal  0.354246 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2023  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.22 
 
 		 632 aa  117  5e-25  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3783  sensory transduction system, regulatory protein  38.16 
 
 		 546 aa  117  5e-25  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0204  diguanylate cyclase  35.05 
 
 		 453 aa  117  5e-25  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.209858  normal  0.343798 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0754  diguanylate cyclase  34.17 
 
 		 350 aa  117  5e-25  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1920  diguanylate cyclase  39.34 
 
 		 346 aa  117  5e-25  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2420  diguanylate cyclase  27.86 
 
 		 532 aa  117  5e-25  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.499921  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2588  response regulator receiver protein  34.44 
 
 		 568 aa  117  6e-25  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.649054  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3141  diguanylate cyclase  27.97 
 
 		 542 aa  117  6e-25  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.673343  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05729  putative diguanylate cyclase  34.85 
 
 		 323 aa  117  6.9999999999999995e-25  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3172  diguanylate cyclase  34.55 
 
 		 518 aa  117  7.999999999999999e-25  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.211888 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2357  diguanylate cyclase  36.09 
 
 		 252 aa  117  7.999999999999999e-25  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2740  diguanylate cyclase  38.64 
 
 		 555 aa  117  8.999999999999998e-25  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0828  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.7 
 
 		 324 aa  116  1.0000000000000001e-24  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0251  diguanylate cyclase  30.15 
 
 		 660 aa  116  1.0000000000000001e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.696506  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1264  diguanylate cyclase  36.11 
 
 		 512 aa  116  1.0000000000000001e-24  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.417106 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1348  response regulator PleD  37.44 
 
 		 457 aa  116  1.0000000000000001e-24  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1471  diguanylate cyclase  34.83 
 
 		 339 aa  115  2.0000000000000002e-24  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.435801  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2473  diguanylate cyclase  36.67 
 
 		 415 aa  115  2.0000000000000002e-24  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.172353  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0283  diguanylate cyclase  26.71 
 
 		 560 aa  116  2.0000000000000002e-24  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.140113 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0469  diguanylate cyclase  37.56 
 
 		 601 aa  115  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.912167  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1315  diguanylate cyclase  36.47 
 
 		 608 aa  115  2.0000000000000002e-24  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.243862  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0437  periplasmic/7TM domain sensor diguanylate cyclase  32.61 
 
 		 628 aa  115  2.0000000000000002e-24  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.0211155 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2195  diguanylate cyclase  36.11 
 
 		 415 aa  115  2.0000000000000002e-24  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0314  diguanylate cyclase  36.9 
 
 		 340 aa  115  3e-24  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1332  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.89 
 
 		 306 aa  115  3e-24  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1282  diguanylate cyclase  37.23 
 
 		 578 aa  115  3e-24  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0313  diguanylate cyclase  36.9 
 
 		 340 aa  114  4.0000000000000004e-24  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1107  two component signal transduction response regulator  40 
 
 		 323 aa  114  4.0000000000000004e-24  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2730  diguanylate cyclase  34.6 
 
 		 638 aa  114  4.0000000000000004e-24  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.814579  normal  0.595433 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1211  diguanylate cyclase  36.7 
 
 		 578 aa  115  4.0000000000000004e-24  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0308  diguanylate cyclase  36.36 
 
 		 340 aa  114  6e-24  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0076  diguanylate cyclase  27.13 
 
 		 444 aa  114  6e-24  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0078  GGDEF domain-containing protein  38.79 
 
 		 565 aa  114  7.000000000000001e-24  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3939  response regulator receiver domain-containing protein  33.94 
 
 		 588 aa  114  8.000000000000001e-24  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.238688  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0310  diguanylate cyclase  36.36 
 
 		 340 aa  113  1.0000000000000001e-23  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1174  GGDEF domain-containing protein  34.42 
 
 		 431 aa  113  1.0000000000000001e-23  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0349  diguanylate cyclase  38.99 
 
 		 523 aa  113  1.0000000000000001e-23  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.291431  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3998  diguanylate cyclase  31.91 
 
 		 591 aa  112  2.0000000000000002e-23  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2607  GGDEF domain-containing protein  36.41 
 
 		 1054 aa  112  2.0000000000000002e-23  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.202674  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1211  diguanylate cyclase  37.44 
 
 		 381 aa  112  2.0000000000000002e-23  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1426  diguanylate cyclase  37.57 
 
 		 385 aa  112  2.0000000000000002e-23  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3800  diguanylate cyclase  34.03 
 
 		 553 aa  112  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.223141 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1920  diguanylate cyclase  35.48 
 
 		 893 aa  112  2.0000000000000002e-23  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2597  diguanylate cyclase  35.16 
 
 		 506 aa  112  2.0000000000000002e-23  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.938839 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1456  diguanylate cyclase  34.83 
 
 		 636 aa  112  2.0000000000000002e-23  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3787  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.82 
 
 		 344 aa  112  2.0000000000000002e-23  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.919533  normal  0.90313 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1802  diguanylate cyclase  37.5 
 
 		 263 aa  111  3e-23  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>