More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VEA_000121 on replicon NC_013457
Organism: Vibrio sp. Ex25



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013457  VEA_000121  response regulator  100 
 
 
319 aa  667    Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0601608  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05729  putative diguanylate cyclase  90.28 
 
 
323 aa  614  1e-175  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2383  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.06 
 
 
434 aa  226  5.0000000000000005e-58  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00665942 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1597  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.26 
 
 
313 aa  211  2e-53  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3005  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.31 
 
 
303 aa  204  1e-51  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000288968 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1665  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.63 
 
 
313 aa  196  4.0000000000000005e-49  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0984  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.5 
 
 
353 aa  196  5.000000000000001e-49  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.194443 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0709  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.76 
 
 
322 aa  188  1e-46  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.169559 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_5066  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.36 
 
 
338 aa  187  3e-46  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1192  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.1 
 
 
316 aa  183  4.0000000000000006e-45  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2023  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.98 
 
 
312 aa  181  2e-44  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.174701  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1030  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  34.08 
 
 
330 aa  180  2.9999999999999997e-44  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.33399 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1341  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.2 
 
 
319 aa  180  2.9999999999999997e-44  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2192  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.13 
 
 
303 aa  179  5.999999999999999e-44  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2939  GGDEF  38.23 
 
 
318 aa  177  2e-43  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.417006  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0133  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.36 
 
 
461 aa  177  2e-43  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3170  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  34.86 
 
 
344 aa  175  8e-43  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.103544 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5250  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.17 
 
 
360 aa  175  9.999999999999999e-43  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.395511  normal  0.949965 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2812  diguanylate cyclase  35.08 
 
 
315 aa  175  9.999999999999999e-43  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1974  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.99 
 
 
340 aa  174  1.9999999999999998e-42  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal  0.098619 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0019  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.65 
 
 
341 aa  171  1e-41  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0416556  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1228  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.2 
 
 
349 aa  171  2e-41  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0847  two component diguanylate cyclase  33.64 
 
 
327 aa  170  2e-41  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3210  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  34.27 
 
 
337 aa  170  2e-41  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.32327  normal  0.712325 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_29300  Response regulator  35.28 
 
 
310 aa  170  3e-41  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1645  hypothetical protein  36.34 
 
 
344 aa  169  4e-41  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.176846  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0365  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.5 
 
 
308 aa  169  5e-41  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2955  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  33.99 
 
 
308 aa  167  2e-40  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5389  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  34.82 
 
 
372 aa  166  2.9999999999999998e-40  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3251  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.38 
 
 
341 aa  165  6.9999999999999995e-40  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.61058  normal  0.330404 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3123  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  34.63 
 
 
312 aa  166  6.9999999999999995e-40  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2604  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.38 
 
 
341 aa  165  9e-40  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.224021  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3967  putative response regulator of a two-component system  37.28 
 
 
335 aa  165  1.0000000000000001e-39  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000645274  normal  0.0110626 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1846  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  34.43 
 
 
314 aa  164  2.0000000000000002e-39  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3669  diguanylate cyclase  36.22 
 
 
300 aa  164  2.0000000000000002e-39  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0119902  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00724  putative response regulator  31.91 
 
 
329 aa  162  5.0000000000000005e-39  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1684  GGDEF domain-containing protein  30.92 
 
 
323 aa  162  5.0000000000000005e-39  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3544  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  33.55 
 
 
322 aa  160  2e-38  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0106122 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2089  diguanylate cyclase  35.08 
 
 
306 aa  160  2e-38  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3787  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  33.83 
 
 
344 aa  159  7e-38  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.919533  normal  0.90313 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0195  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.83 
 
 
309 aa  158  1e-37  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0106599  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3851  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  32.61 
 
 
634 aa  158  1e-37  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0571122  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1561  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  34.63 
 
 
455 aa  158  1e-37  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000734361  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1309  GGDEF  32.51 
 
 
334 aa  157  2e-37  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00365402 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3557  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  34.49 
 
 
322 aa  157  3e-37  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.457648  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02505  putative response regulator  32.04 
 
 
306 aa  157  3e-37  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4336  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  32.05 
 
 
310 aa  156  4e-37  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2951  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  33.01 
 
 
306 aa  156  4e-37  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1006  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  33.23 
 
 
312 aa  156  4e-37  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16500  two-component response regulator  34.05 
 
 
347 aa  156  4e-37  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.67066  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3625  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  34.6 
 
 
322 aa  156  5.0000000000000005e-37  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4132  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  31.73 
 
 
310 aa  155  7e-37  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2463  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  32.13 
 
 
301 aa  154  1e-36  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1477  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.25 
 
 
317 aa  154  1e-36  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3956  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  33.69 
 
 
357 aa  155  1e-36  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.892783  normal  0.485051 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3449  diguanylate cyclase  33.69 
 
 
357 aa  155  1e-36  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.103484 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1643  GGDEF/response regulator receiver domain-containing protein  33.98 
 
 
316 aa  154  2e-36  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.176359  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1436  two-component response regulator  33.69 
 
 
327 aa  154  2e-36  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.462819  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2715  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  34.94 
 
 
314 aa  154  2e-36  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2018  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35 
 
 
355 aa  154  2e-36  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.414914  normal  0.602726 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4124  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  34.07 
 
 
334 aa  154  2e-36  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.113929  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0828  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  32.46 
 
 
324 aa  154  2e-36  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1499  response regulator/GGDEF domain protein  32.08 
 
 
334 aa  153  2.9999999999999998e-36  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0052  response regulator protein  34.2 
 
 
299 aa  154  2.9999999999999998e-36  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.189873  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4204  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  31.73 
 
 
310 aa  153  2.9999999999999998e-36  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_4015  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  31.17 
 
 
315 aa  153  4e-36  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3647  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.13 
 
 
359 aa  153  5e-36  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.745021  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1058  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  33.95 
 
 
333 aa  153  5e-36  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0856452  normal  0.699737 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0218  diguanylate cyclase  33.87 
 
 
304 aa  153  5e-36  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3473  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  33.86 
 
 
351 aa  152  5e-36  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1332  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  32.35 
 
 
306 aa  152  5.9999999999999996e-36  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1525  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  34.94 
 
 
316 aa  151  2e-35  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.15223e-23 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4228  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  33.83 
 
 
334 aa  150  2e-35  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1212  diguanylate cyclase  40.96 
 
 
578 aa  151  2e-35  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4177  diguanylate cyclase  33.7 
 
 
347 aa  150  2e-35  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1139  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  34.31 
 
 
308 aa  150  3e-35  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3470  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  34.29 
 
 
353 aa  150  3e-35  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.843913  normal  0.949354 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1169  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  34.31 
 
 
308 aa  150  3e-35  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3376  GGDEF/response regulator receiver domain-containing protein  32.28 
 
 
308 aa  149  4e-35  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0115  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  30.97 
 
 
304 aa  150  4e-35  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.113218  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3528  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  33.76 
 
 
310 aa  150  4e-35  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2032  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  32.06 
 
 
310 aa  149  6e-35  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1211  diguanylate cyclase  39.89 
 
 
578 aa  149  6e-35  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1282  diguanylate cyclase  39.34 
 
 
578 aa  149  8e-35  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4055  diguanylate cyclase  33.93 
 
 
354 aa  149  9e-35  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.33875  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4311  diguanylate cyclase  33.93 
 
 
354 aa  149  9e-35  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.750548  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1099  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  33.46 
 
 
334 aa  148  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2442  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  32.9 
 
 
316 aa  148  1.0000000000000001e-34  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.103678  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3973  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  34.05 
 
 
362 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.415221  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1494  response regulator/GGDEF domain-containing protein  33.46 
 
 
335 aa  148  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.799611 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0069  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  32.35 
 
 
314 aa  147  2.0000000000000003e-34  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.840661 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0723  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  33.87 
 
 
540 aa  147  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4535  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.19 
 
 
345 aa  147  3e-34  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0387275  normal  0.636684 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0748  response regulator receiver protein  30.74 
 
 
312 aa  147  3e-34  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4046  diguanylate cyclase  45.56 
 
 
370 aa  146  5e-34  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.822209  normal  0.170449 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0414  diguanylate cyclase  41.58 
 
 
346 aa  145  7.0000000000000006e-34  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3614  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  34.55 
 
 
310 aa  145  9e-34  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1203  response regulator  33.54 
 
 
634 aa  145  1e-33  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3334  GGDEF family protein  40.98 
 
 
574 aa  145  1e-33  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4407  GGDEF family protein  43.58 
 
 
344 aa  145  1e-33  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>