More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew185_0411 on replicon NC_009665
Organism: Shewanella baltica OS185



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_004347  SO_4207  GGDEF domain-containing protein  77.92 
 
 
625 aa  989    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0397  diguanylate cyclase  79.36 
 
 
625 aa  998    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3559  diguanylate cyclase  79.52 
 
 
625 aa  998    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0437  periplasmic/7TM domain sensor diguanylate cyclase  99.04 
 
 
628 aa  1278    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal  0.0211155 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3210  GGDEF domain-containing protein  55.78 
 
 
624 aa  697    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0519  diguanylate cyclase  56.11 
 
 
631 aa  684    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.447681 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0498  diguanylate cyclase  83.09 
 
 
624 aa  1011    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4104  diguanylate cyclase  62.14 
 
 
610 aa  725    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.147884 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0467  diguanylate cyclase  54.57 
 
 
641 aa  652    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3733  diguanylate cyclase  80.17 
 
 
625 aa  991    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0423  diguanylate cyclase  99.52 
 
 
621 aa  1269    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000679734 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3381  diguanylate cyclase  54.95 
 
 
622 aa  660    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0453  GGDEF domain-containing protein  55.74 
 
 
641 aa  665    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0411  diguanylate cyclase  100 
 
 
628 aa  1290    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3903  periplasmic/7TM domain sensor diguanylate cyclase  98.25 
 
 
628 aa  1269    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3800  diguanylate cyclase  51.75 
 
 
621 aa  623  1e-177  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4218  diguanylate cyclase  33.62 
 
 
631 aa  338  1.9999999999999998e-91  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2109  diguanylate cyclase  32.93 
 
 
630 aa  329  9e-89  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.843932  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00565  Signaling protein with a acyltransferase and GGDEF domains  32.2 
 
 
628 aa  319  1e-85  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2730  diguanylate cyclase  31.13 
 
 
638 aa  290  4e-77  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.814579  normal  0.595433 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1456  diguanylate cyclase  29.45 
 
 
636 aa  282  1e-74  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3939  response regulator receiver domain-containing protein  29.71 
 
 
588 aa  262  1e-68  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.238688  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0058  diguanylate cyclase  31.78 
 
 
565 aa  259  8e-68  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.714624  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1782  diguanylate cyclase  29.27 
 
 
629 aa  221  1.9999999999999999e-56  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2954  diguanylate cyclase  28.31 
 
 
612 aa  204  3e-51  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0512853  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0260  diguanylate cyclase  28.08 
 
 
611 aa  198  2.0000000000000003e-49  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.832837  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0529  diguanylate cyclase  26.09 
 
 
614 aa  194  3e-48  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0168  GGDEF domain-containing protein  47.98 
 
 
268 aa  183  7e-45  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0469  diguanylate cyclase  29.01 
 
 
601 aa  174  3.9999999999999995e-42  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.912167  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1062  diguanylate cyclase  27.07 
 
 
566 aa  171  5e-41  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0191664  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1713  diguanylate cyclase  46.6 
 
 
462 aa  169  2e-40  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1738  diguanylate cyclase  46.6 
 
 
462 aa  167  4e-40  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4149  diguanylate cyclase  46.15 
 
 
591 aa  165  2.0000000000000002e-39  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.0015025  normal  0.169582 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1516  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  46.52 
 
 
352 aa  160  1e-37  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.0065858  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1597  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  46.6 
 
 
313 aa  158  3e-37  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3141  diguanylate cyclase  39.66 
 
 
542 aa  158  4e-37  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.673343  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3210  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.95 
 
 
337 aa  157  5.0000000000000005e-37  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.32327  normal  0.712325 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1494  response regulator/GGDEF domain-containing protein  44.74 
 
 
335 aa  157  8e-37  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.799611 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0651  diguanylate cyclase  27.8 
 
 
627 aa  156  8e-37  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.605256  hitchhiker  0.0000117316 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1125  GGDEF  44.2 
 
 
509 aa  156  1e-36  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.394023  normal  0.376452 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1099  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  44.74 
 
 
334 aa  156  1e-36  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0984  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.85 
 
 
353 aa  156  1e-36  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.194443 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0019  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  46.81 
 
 
341 aa  155  2e-36  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0416556  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2380  diguanylate cyclase  41.29 
 
 
410 aa  155  2e-36  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2693  diguanylate cyclase  26.2 
 
 
570 aa  155  2e-36  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4228  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  44.74 
 
 
334 aa  155  2e-36  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1499  response regulator/GGDEF domain protein  45.9 
 
 
334 aa  155  2.9999999999999998e-36  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1471  diguanylate cyclase  44.28 
 
 
339 aa  155  2.9999999999999998e-36  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.435801  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0094  diguanylate cyclase  41.43 
 
 
451 aa  155  2.9999999999999998e-36  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2499  GGDEF domain-containing protein  45.41 
 
 
367 aa  154  5e-36  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3011  serine/threonine protein kinase  47.12 
 
 
1637 aa  154  5e-36  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.15444  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2920  sensor diguanylate cyclase  28.51 
 
 
623 aa  154  5.9999999999999996e-36  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0414  diguanylate cyclase  43.75 
 
 
346 aa  153  8e-36  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0204  diguanylate cyclase  42.79 
 
 
453 aa  153  1e-35  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.209858  normal  0.343798 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3589  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.73 
 
 
853 aa  153  1e-35  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_3096  diguanylate cyclase  43.55 
 
 
452 aa  152  2e-35  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0200719  hitchhiker  0.00269086 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3647  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.09 
 
 
359 aa  152  2e-35  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.745021  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4666  diguanylate cyclase  46.96 
 
 
501 aa  152  2e-35  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0421428  normal  0.479047 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4124  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  44.26 
 
 
334 aa  152  2e-35  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.113929  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3991  diguanylate cyclase  47.75 
 
 
505 aa  152  2e-35  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.613369 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4104  diguanylate cyclase  47.75 
 
 
505 aa  152  2e-35  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.340706 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16500  two-component response regulator  44.9 
 
 
347 aa  152  2e-35  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.67066  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0680  diguanylate cyclase  43.53 
 
 
466 aa  152  2e-35  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3704  diguanylate cyclase  42.2 
 
 
460 aa  151  3e-35  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3160  diguanylate cyclase  43.55 
 
 
452 aa  151  3e-35  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.413104  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2546  diguanylate cyclase  43.55 
 
 
452 aa  151  3e-35  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.192419  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2062  diguanylate cyclase  41.2 
 
 
620 aa  151  3e-35  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.502085 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1309  GGDEF  45.05 
 
 
334 aa  151  4e-35  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00365402 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2679  diguanylate cyclase  46.29 
 
 
459 aa  151  4e-35  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3550  diguanylate cyclase  45.54 
 
 
559 aa  150  5e-35  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.953301  normal  0.354246 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0095  putative sensory transduction system, regulatory protein  42.71 
 
 
536 aa  150  5e-35  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.348008  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS04801  hypothetical protein  46.63 
 
 
505 aa  149  1.0000000000000001e-34  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.0299872 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4407  GGDEF family protein  41.38 
 
 
344 aa  149  1.0000000000000001e-34  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0847  two component diguanylate cyclase  40.65 
 
 
327 aa  149  1.0000000000000001e-34  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2607  GGDEF domain-containing protein  37.65 
 
 
1054 aa  149  2.0000000000000003e-34  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.202674  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5454  diguanylate cyclase  44.02 
 
 
510 aa  149  2.0000000000000003e-34  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.488047  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5012  diguanylate cyclase  45.51 
 
 
510 aa  149  2.0000000000000003e-34  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2297  diguanylate cyclase  40.2 
 
 
533 aa  148  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.777078  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1622  response regulator receiver protein  39.11 
 
 
641 aa  148  2.0000000000000003e-34  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.923164  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0504  GGDEF domain-containing protein  45.09 
 
 
385 aa  148  3e-34  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.910184  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1436  two-component response regulator  43.88 
 
 
327 aa  148  3e-34  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.462819  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0748  response regulator receiver protein  43.39 
 
 
312 aa  147  5e-34  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3212  diguanylate cyclase  43.01 
 
 
452 aa  147  5e-34  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4030  diguanylate cyclase  35.94 
 
 
498 aa  147  5e-34  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4360  serine/threonine protein kinase  44.85 
 
 
1636 aa  147  5e-34  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1974  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.11 
 
 
340 aa  147  6e-34  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal  0.098619 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3800  diguanylate cyclase  43.02 
 
 
553 aa  147  6e-34  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.223141 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4231  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.74 
 
 
357 aa  147  6e-34  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.113145  normal  0.678212 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1058  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  44.32 
 
 
333 aa  147  7.0000000000000006e-34  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0856452  normal  0.699737 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2600  diguanylate cyclase with beta propeller sensor  49.37 
 
 
977 aa  147  7.0000000000000006e-34  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3178  diguanylate cyclase  42.47 
 
 
452 aa  147  7.0000000000000006e-34  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0366604  hitchhiker  0.0000463802 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2281  GGDEF  41.85 
 
 
555 aa  147  8.000000000000001e-34  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.000303682  normal  0.0271008 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3770  PAS:GGDEF  44.2 
 
 
328 aa  147  8.000000000000001e-34  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.0223226 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1305  GGDEF domain protein  43.09 
 
 
502 aa  146  1e-33  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.620212  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3714  diguanylate cyclase  43.17 
 
 
510 aa  146  1e-33  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.28391  normal  0.0412955 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2052  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.45 
 
 
481 aa  146  1e-33  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3973  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  45.2 
 
 
362 aa  146  1e-33  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.415221  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4649  diguanylate cyclase  43.17 
 
 
510 aa  146  1e-33  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3807  diguanylate cyclase  43.17 
 
 
510 aa  146  1e-33  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.417307 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0175  diguanylate cyclase  40.54 
 
 
516 aa  145  2e-33  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>