More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_0651 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009439  Pmen_0651  diguanylate cyclase  100 
 
 		 627 aa  1273    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.605256  hitchhiker  0.0000117316 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_65090  hypothetical protein  52.49 
 
 		 673 aa  567  1e-160  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5656  GGDEF domain-containing protein  51.67 
 
 		 629 aa  556  1e-157  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0529  diguanylate cyclase  33.17 
 
 		 614 aa  278  3e-73  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3939  response regulator receiver domain-containing protein  30.23 
 
 		 588 aa  236  7e-61  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.238688  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2954  diguanylate cyclase  30 
 
 		 612 aa  231  2e-59  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0512853  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3756  diguanylate cyclase  30.72 
 
 		 577 aa  220  6e-56  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.40748  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0058  diguanylate cyclase  33.54 
 
 		 565 aa  218  2.9999999999999998e-55  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.714624  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_05790  transmembrane signal transduction protein  33.22 
 
 		 634 aa  214  3.9999999999999995e-54  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0469  diguanylate cyclase  32.99 
 
 		 601 aa  209  1e-52  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.912167  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3037  7TM domain sensor diguanylate cyclase  31.09 
 
 		 506 aa  209  1e-52  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0260  diguanylate cyclase  28.43 
 
 		 611 aa  203  6e-51  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.832837  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2109  diguanylate cyclase  28.59 
 
 		 630 aa  196  1e-48  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.843932  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1906  response regulator receiver domain-containing protein  27.36 
 
 		 603 aa  194  3e-48  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2871  response regulator  28.15 
 
 		 564 aa  185  2.0000000000000003e-45  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4218  diguanylate cyclase  25.16 
 
 		 631 aa  185  3e-45  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2730  diguanylate cyclase  32.09 
 
 		 638 aa  177  7e-43  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.814579  normal  0.595433 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5522  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and Chase sensor(s)  53.22 
 
 		 1076 aa  172  1e-41  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3381  diguanylate cyclase  27.24 
 
 		 622 aa  166  9e-40  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1782  diguanylate cyclase  27.74 
 
 		 629 aa  166  1.0000000000000001e-39  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4205  sensor diguanylate cyclase  27.39 
 
 		 642 aa  164  6e-39  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.952942 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4104  diguanylate cyclase  27.94 
 
 		 610 aa  163  1e-38  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.147884 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1988  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  37.35 
 
 		 695 aa  162  2e-38  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.407024 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0519  diguanylate cyclase  27.89 
 
 		 631 aa  161  3e-38  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.447681 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3800  diguanylate cyclase  25.13 
 
 		 621 aa  160  6e-38  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2391  Diverse 7TM receptor transmembrane region  28.96 
 
 		 726 aa  160  8e-38  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4207  GGDEF domain-containing protein  26.27 
 
 		 625 aa  159  1e-37  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3733  diguanylate cyclase  26.57 
 
 		 625 aa  159  1e-37  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1134  two-component sensor  29.86 
 
 		 795 aa  159  2e-37  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0980947  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3903  periplasmic/7TM domain sensor diguanylate cyclase  28.49 
 
 		 628 aa  156  8e-37  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3471  diguanylate cyclase  26.37 
 
 		 618 aa  156  1e-36  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0423  diguanylate cyclase  27.93 
 
 		 621 aa  155  2e-36  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000679734 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0424  PAS:GGDEF  44.97 
 
 		 715 aa  155  2e-36  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000000207007  hitchhiker  0.00445241 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1456  diguanylate cyclase  28.63 
 
 		 636 aa  155  2e-36  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1509  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  45.12 
 
 		 571 aa  153  7e-36  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.44121  normal  0.0349148 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0411  diguanylate cyclase  27.8 
 
 		 628 aa  152  1e-35  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3990  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  43.43 
 
 		 1665 aa  153  1e-35  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3559  diguanylate cyclase  26.43 
 
 		 625 aa  152  1e-35  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0397  diguanylate cyclase  26.43 
 
 		 625 aa  153  1e-35  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0437  periplasmic/7TM domain sensor diguanylate cyclase  28.34 
 
 		 628 aa  152  2e-35  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.0211155 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2937  signal transduction protein  46.67 
 
 		 1141 aa  152  2e-35  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000239358  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3610  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  48.55 
 
 		 583 aa  151  3e-35  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1673  sensory box protein  43.41 
 
 		 1346 aa  151  3e-35  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.338574  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4944  periplasmic sensor hybrid histidine kinase  31.55 
 
 		 782 aa  151  3e-35  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.947631  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1887  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  46.55 
 
 		 1092 aa  151  4e-35  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0498  diguanylate cyclase  25.67 
 
 		 624 aa  151  4e-35  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2940  sensor diguanylate cyclase  27.16 
 
 		 571 aa  151  4e-35  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2675  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  41.71 
 
 		 840 aa  150  5e-35  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0500157  hitchhiker  7.41843e-16 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0458  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  42.62 
 
 		 1037 aa  150  5e-35  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.160814  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3370  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  43.01 
 
 		 860 aa  150  5e-35  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.742202  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5750  hypothetical protein  48.78 
 
 		 581 aa  150  8e-35  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1077  sensory box/GGDEF family protein  40.69 
 
 		 808 aa  149  1.0000000000000001e-34  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1297  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  40 
 
 		 891 aa  149  1.0000000000000001e-34  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.112988  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2829  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  48.11 
 
 		 720 aa  149  2.0000000000000003e-34  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.559949  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3766  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  31.79 
 
 		 802 aa  148  3e-34  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0676736 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3089  sensory box protein  43.64 
 
 		 858 aa  147  5e-34  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.168178  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5479  sensory box/GGDEF family protein  43.45 
 
 		 892 aa  147  6e-34  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3153  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  47.06 
 
 		 842 aa  147  6e-34  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.256561  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_5146  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  40.41 
 
 		 892 aa  146  9e-34  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3052  GGDEF  44.83 
 
 		 523 aa  146  1e-33  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.927179  normal  0.0159246 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1864  putative diguanylate cyclase  43.43 
 
 		 882 aa  145  1e-33  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.327534  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1062  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  43.78 
 
 		 1027 aa  146  1e-33  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.782086  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1478  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  35.77 
 
 		 740 aa  146  1e-33  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8066  hypothetical protein  45.78 
 
 		 314 aa  145  2e-33  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0556463  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1983  sensory box protein  46.2 
 
 		 1136 aa  145  2e-33  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0811196 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2428  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  43.02 
 
 		 954 aa  145  2e-33  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.993227  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1546  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  46.2 
 
 		 1098 aa  145  2e-33  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.223692 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4193  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  45.83 
 
 		 703 aa  145  2e-33  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.950963  normal  0.519215 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3776  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  46.2 
 
 		 1098 aa  145  2e-33  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00565  Signaling protein with a acyltransferase and GGDEF domains  27.31 
 
 		 628 aa  145  2e-33  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1514  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  46.2 
 
 		 1098 aa  145  3e-33  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2039  diguanylate cyclase  41.28 
 
 		 432 aa  145  3e-33  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  decreased coverage  0.0000319282  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3192  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  42.92 
 
 		 736 aa  145  3e-33  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.178268  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3210  GGDEF domain-containing protein  29.3 
 
 		 624 aa  144  4e-33  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK5048  sensory box/GGDEF family protein  43.45 
 
 		 892 aa  144  7e-33  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5471  sensory box/GGDEF family protein  42.86 
 
 		 814 aa  143  7e-33  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00599956  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1829  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  43.24 
 
 		 754 aa  144  7e-33  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  unclonable  0.00000110456  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1617  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.23 
 
 		 860 aa  144  7e-33  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1597  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.23 
 
 		 860 aa  144  7e-33  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.711633  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2380  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  35.4 
 
 		 756 aa  143  8e-33  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0536  sensory box/GGDEF domain/EAL domain protein  45.45 
 
 		 829 aa  143  9e-33  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5527  sensory box/GGDEF family protein  43.45 
 
 		 604 aa  143  9e-33  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3902  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  44.39 
 
 		 990 aa  143  9e-33  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2634  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  44.12 
 
 		 768 aa  142  9.999999999999999e-33  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS5197  sensory box/GGDEF family protein  43.45 
 
 		 892 aa  143  9.999999999999999e-33  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.619616  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_5032  hypothetical protein  43.45 
 
 		 892 aa  143  9.999999999999999e-33  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1170  hypothetical protein  39.55 
 
 		 768 aa  143  9.999999999999999e-33  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1176  hypothetical protein  39.55 
 
 		 768 aa  142  9.999999999999999e-33  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0638  diguanylate cyclase  41.24 
 
 		 737 aa  143  9.999999999999999e-33  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.0991066 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1165  diguanylate cyclase  41.38 
 
 		 517 aa  143  9.999999999999999e-33  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5593  sensory box/GGDEF family protein  43.45 
 
 		 892 aa  143  9.999999999999999e-33  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2510  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  45.11 
 
 		 826 aa  142  9.999999999999999e-33  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.825062 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0407  GGDEF domain-containing protein  40.19 
 
 		 873 aa  142  9.999999999999999e-33  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0669941  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0336  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  41.48 
 
 		 319 aa  142  9.999999999999999e-33  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.208046  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2730  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  43.39 
 
 		 591 aa  142  1.9999999999999998e-32  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.0590236 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4642  PAS:GGDEF  44.26 
 
 		 828 aa  142  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2778  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  39.79 
 
 		 1010 aa  142  1.9999999999999998e-32  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0128  diguanylate cyclase  45.3 
 
 		 636 aa  142  1.9999999999999998e-32  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.308364  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1949  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  42.7 
 
 		 1264 aa  142  1.9999999999999998e-32  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.354443 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2654  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  34.13 
 
 		 714 aa  142  1.9999999999999998e-32  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>