More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_3471 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007908  Rfer_3471  diguanylate cyclase  100 
 
 
618 aa  1265    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1153  diguanylate cyclase  42.86 
 
 
596 aa  433  1e-120  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.442479  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1073  7TM domain sensor diguanylate cyclase  43.22 
 
 
596 aa  430  1e-119  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.494808  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0529  diguanylate cyclase  30.8 
 
 
614 aa  216  9.999999999999999e-55  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0469  diguanylate cyclase  30.19 
 
 
601 aa  200  7.999999999999999e-50  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.912167  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_05790  transmembrane signal transduction protein  28.31 
 
 
634 aa  173  9e-42  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0651  diguanylate cyclase  26.81 
 
 
627 aa  171  3e-41  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.605256  hitchhiker  0.0000117316 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3939  response regulator receiver domain-containing protein  24.96 
 
 
588 aa  169  2e-40  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.238688  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0058  diguanylate cyclase  26.15 
 
 
565 aa  163  8.000000000000001e-39  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.714624  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2730  diguanylate cyclase  26.4 
 
 
638 aa  160  5e-38  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.814579  normal  0.595433 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2109  diguanylate cyclase  25.05 
 
 
630 aa  160  6e-38  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.843932  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3210  GGDEF domain-containing protein  24.25 
 
 
624 aa  154  5e-36  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_65090  hypothetical protein  27.81 
 
 
673 aa  152  2e-35  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3756  diguanylate cyclase  26.6 
 
 
577 aa  150  5e-35  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.40748  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3037  7TM domain sensor diguanylate cyclase  26.41 
 
 
506 aa  149  2.0000000000000003e-34  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2871  response regulator  25.26 
 
 
564 aa  147  4.0000000000000006e-34  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1617  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase  41.63 
 
 
860 aa  146  1e-33  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1597  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase  40.67 
 
 
860 aa  145  3e-33  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.711633  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2693  diguanylate cyclase  26.89 
 
 
570 aa  144  4e-33  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1456  diguanylate cyclase  25.51 
 
 
636 aa  144  5e-33  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2629  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  45.88 
 
 
821 aa  144  6e-33  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000585262  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2675  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  42.53 
 
 
840 aa  144  6e-33  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0500157  hitchhiker  7.41843e-16 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2589  hypothetical protein  50 
 
 
759 aa  143  7e-33  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.394973  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3975  GGDEF  42.36 
 
 
523 aa  142  9.999999999999999e-33  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.456822  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2970  diguanylate cyclase  26.07 
 
 
557 aa  142  9.999999999999999e-33  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.853836 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0415  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  46.11 
 
 
1486 aa  141  3e-32  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3440  diguanylate cyclase  42.27 
 
 
557 aa  140  6e-32  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0125075  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4029  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  45.96 
 
 
1244 aa  140  8.999999999999999e-32  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3844  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.49 
 
 
867 aa  140  8.999999999999999e-32  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2693  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  41.01 
 
 
960 aa  139  1e-31  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0967779  normal  0.228544 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0638  diguanylate cyclase  40.74 
 
 
737 aa  139  1e-31  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.0991066 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_07500  hypothetical protein  48.08 
 
 
1245 aa  139  2e-31  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.411522  normal  0.391796 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2039  diguanylate cyclase with extracellular sensor  37.17 
 
 
912 aa  138  2e-31  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0269682  hitchhiker  0.000000244551 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0739  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  43.53 
 
 
735 aa  138  2e-31  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1329  diguanylate cyclase  46.86 
 
 
565 aa  138  3.0000000000000003e-31  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0590  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  42.22 
 
 
1144 aa  138  3.0000000000000003e-31  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.851066  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0030  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  45.51 
 
 
833 aa  138  4e-31  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0581  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.11 
 
 
659 aa  138  4e-31  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2037  diguanylate cyclase  39.39 
 
 
928 aa  137  5e-31  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2424  diguanylate cyclase  39.39 
 
 
928 aa  137  5e-31  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00236557  normal  0.130217 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3424  GGDEF domain-containing protein  44.91 
 
 
1502 aa  137  5e-31  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2434  extracellular solute-binding protein  37.88 
 
 
937 aa  137  6.0000000000000005e-31  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1659  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  45 
 
 
833 aa  137  7.000000000000001e-31  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0467119  normal  0.0611646 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4273  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  43.9 
 
 
754 aa  137  7.000000000000001e-31  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3372  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.11 
 
 
659 aa  137  7.000000000000001e-31  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0717  hypothetical protein  48.72 
 
 
1245 aa  137  8e-31  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2654  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  39.34 
 
 
714 aa  136  9e-31  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0700  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  41.86 
 
 
820 aa  136  9e-31  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0386  sensory box protein  44.77 
 
 
1247 aa  136  9.999999999999999e-31  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.298787  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1237  sensory box protein  43.35 
 
 
712 aa  136  9.999999999999999e-31  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.267434  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5479  sensory box/GGDEF family protein  42.77 
 
 
892 aa  136  9.999999999999999e-31  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS5197  sensory box/GGDEF family protein  42.17 
 
 
892 aa  136  9.999999999999999e-31  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.619616  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_5032  hypothetical protein  42.17 
 
 
892 aa  136  9.999999999999999e-31  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK5048  sensory box/GGDEF family protein  42.77 
 
 
892 aa  136  9.999999999999999e-31  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0845  diguanylate cyclase  25.65 
 
 
578 aa  136  9.999999999999999e-31  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0420  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  44.77 
 
 
1247 aa  136  9.999999999999999e-31  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.285216  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4026  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  43.75 
 
 
1508 aa  136  9.999999999999999e-31  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3950  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  43.75 
 
 
1508 aa  136  9.999999999999999e-31  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5593  sensory box/GGDEF family protein  42.17 
 
 
892 aa  136  9.999999999999999e-31  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4052  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  43.75 
 
 
1508 aa  136  9.999999999999999e-31  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3241  diguanylate cyclase  44.05 
 
 
572 aa  136  9.999999999999999e-31  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0207551  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3606  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  43.18 
 
 
757 aa  136  9.999999999999999e-31  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4145  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  43.75 
 
 
1508 aa  136  9.999999999999999e-31  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1144  GGDEF domain-containing protein  43.29 
 
 
754 aa  135  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.252885 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_5146  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  40.96 
 
 
892 aa  135  1.9999999999999998e-30  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0341  sensory box protein  43.18 
 
 
1515 aa  135  1.9999999999999998e-30  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1478  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  41.49 
 
 
740 aa  135  1.9999999999999998e-30  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2046  motility repressor MorA  43.62 
 
 
643 aa  135  1.9999999999999998e-30  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000887943  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1934  diguanylate cyclase  37.37 
 
 
937 aa  135  1.9999999999999998e-30  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0766434  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2081  diguanylate cyclase  41.81 
 
 
937 aa  135  1.9999999999999998e-30  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0379355  normal  0.0338945 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1329  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  41.18 
 
 
921 aa  135  3e-30  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.600674 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3059  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  41.18 
 
 
921 aa  135  3e-30  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.227976  normal  0.0140856 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3333  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  45.34 
 
 
772 aa  135  3e-30  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1295  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  41.18 
 
 
921 aa  135  3e-30  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1952  diguanylate cyclase  42.07 
 
 
937 aa  135  3e-30  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.105215  normal 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5441  sensory box/GGDEF family protein  42.17 
 
 
735 aa  135  3e-30  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_2088  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  39.51 
 
 
577 aa  135  3e-30  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5527  sensory box/GGDEF family protein  42.77 
 
 
604 aa  135  3e-30  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1679  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  38.57 
 
 
1050 aa  135  3e-30  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.251418  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1251  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  41.18 
 
 
921 aa  134  3e-30  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0495  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  44.25 
 
 
907 aa  134  3.9999999999999996e-30  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.128556 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5471  sensory box/GGDEF family protein  43.37 
 
 
814 aa  134  3.9999999999999996e-30  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00599956  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1897  diguanylate cyclase  42.07 
 
 
937 aa  134  3.9999999999999996e-30  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal  0.0415273 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3633  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  43.18 
 
 
1504 aa  134  3.9999999999999996e-30  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2448  sensory box protein  41.34 
 
 
1036 aa  134  5e-30  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3923  sensory box protein  45.18 
 
 
297 aa  134  5e-30  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1346  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  38.42 
 
 
947 aa  134  5e-30  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2308  diguanylate cyclase  38.38 
 
 
928 aa  134  5e-30  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00466975  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3829  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  43.18 
 
 
1505 aa  134  6e-30  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3298  sensory box protein  43.18 
 
 
1494 aa  134  6e-30  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.217559 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0508  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  44.25 
 
 
917 aa  134  6e-30  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.0729931 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_42220  membrane sensor domain-containing protein  45.81 
 
 
685 aa  133  6.999999999999999e-30  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0311  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  43.18 
 
 
1504 aa  134  6.999999999999999e-30  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0886  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  46.15 
 
 
685 aa  133  7.999999999999999e-30  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1055  diguanylate cyclase  43.53 
 
 
598 aa  133  7.999999999999999e-30  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2380  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  40.96 
 
 
756 aa  133  7.999999999999999e-30  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2620  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  41.18 
 
 
743 aa  133  9e-30  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.116694  normal  0.658047 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3648  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  45.61 
 
 
1511 aa  133  9e-30  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1176  hypothetical protein  36.46 
 
 
768 aa  133  1.0000000000000001e-29  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0662  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.36 
 
 
664 aa  132  1.0000000000000001e-29  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>