More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Daro_3052 on replicon NC_007298
Organism: Dechloromonas aromatica RCB



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007298  Daro_3052  GGDEF  100 
 
 		 523 aa  1075    Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.927179  normal  0.0159246 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2237  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  49.14 
 
 		 556 aa  179  1e-43  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0128  diguanylate cyclase  48.91 
 
 		 636 aa  171  2e-41  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.308364  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1864  putative diguanylate cyclase  50.3 
 
 		 882 aa  167  5e-40  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.327534  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1346  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  42.06 
 
 		 947 aa  167  5.9999999999999996e-40  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3241  diguanylate cyclase  46.97 
 
 		 572 aa  165  2.0000000000000002e-39  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0207551  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1077  sensory box/GGDEF family protein  50 
 
 		 808 aa  164  4.0000000000000004e-39  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0630  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  49.39 
 
 		 699 aa  164  5.0000000000000005e-39  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2367  diguanylate cyclase  42.21 
 
 		 923 aa  164  5.0000000000000005e-39  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.457753  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6267  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  47.52 
 
 		 693 aa  163  8.000000000000001e-39  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.57074  normal  0.863761 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2039  diguanylate cyclase  48.21 
 
 		 432 aa  163  8.000000000000001e-39  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  decreased coverage  0.0000319282  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6743  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  47.03 
 
 		 693 aa  162  1e-38  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2048  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  48.77 
 
 		 827 aa  161  2e-38  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.589876  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1605  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  49.08 
 
 		 688 aa  161  3e-38  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  decreased coverage  0.0013251  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2308  diguanylate cyclase  42.21 
 
 		 928 aa  160  4e-38  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00466975  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2634  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  50.62 
 
 		 768 aa  160  4e-38  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2039  diguanylate cyclase with extracellular sensor  42.21 
 
 		 912 aa  160  5e-38  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0269682  hitchhiker  0.000000244551 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1116  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  48.15 
 
 		 494 aa  160  6e-38  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.464201 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2297  response regulator receiver /GGDEF/PAS/PAC domain-containing protein  44.71 
 
 		 1025 aa  160  7e-38  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.93563  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0661  signal transduction protein  45.45 
 
 		 1006 aa  160  7e-38  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0094  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with extracellular sensor  44.25 
 
 		 721 aa  160  8e-38  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000375041 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_42220  membrane sensor domain-containing protein  50.63 
 
 		 685 aa  160  8e-38  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3192  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  48.95 
 
 		 736 aa  159  8e-38  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.178268  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2424  diguanylate cyclase  40.69 
 
 		 928 aa  159  1e-37  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00236557  normal  0.130217 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3743  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  48.47 
 
 		 722 aa  159  1e-37  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.265049 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1999  GGDEF domain-containing protein  48.15 
 
 		 292 aa  159  1e-37  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1297  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  49.06 
 
 		 891 aa  159  1e-37  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.112988  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0828  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  48.17 
 
 		 705 aa  159  1e-37  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.263072  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1641  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  47.53 
 
 		 755 aa  159  2e-37  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.130236 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1934  diguanylate cyclase  36.29 
 
 		 937 aa  158  2e-37  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0766434  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1706  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  46.2 
 
 		 324 aa  158  2e-37  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0759  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  45.3 
 
 		 718 aa  158  2e-37  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3606  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  46.91 
 
 		 757 aa  159  2e-37  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1905  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  40.93 
 
 		 568 aa  158  3e-37  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00246734  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1715  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  46.34 
 
 		 749 aa  157  3e-37  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1952  diguanylate cyclase  43.48 
 
 		 937 aa  158  3e-37  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.105215  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2016  sensory box/GGDEF family protein  49.37 
 
 		 799 aa  157  4e-37  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.334987  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2037  diguanylate cyclase  40.2 
 
 		 928 aa  157  4e-37  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3579  hypothetical protein  49.37 
 
 		 685 aa  157  6e-37  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0227937  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1709  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  47.06 
 
 		 1109 aa  157  6e-37  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0904197  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2314  sensory box/GGDEF family protein  45.18 
 
 		 874 aa  157  7e-37  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000124214  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2281  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  45.56 
 
 		 450 aa  156  8e-37  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0424  PAS:GGDEF  47.17 
 
 		 715 aa  155  1e-36  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000000207007  hitchhiker  0.00445241 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3055  sensory box-containing protein  44.91 
 
 		 847 aa  155  1e-36  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3437  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  45.74 
 
 		 684 aa  155  1e-36  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1933  sensory box protein  46.59 
 
 		 692 aa  155  2e-36  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0364295  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1897  diguanylate cyclase  46.75 
 
 		 937 aa  155  2e-36  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0415273 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1609  multisensor diguanylate cyclase/phophodiesterase  45.45 
 
 		 944 aa  155  2e-36  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.954205  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1560  diguanylate cyclase  47.53 
 
 		 288 aa  155  2e-36  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3727  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  37.83 
 
 		 748 aa  155  2e-36  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0181  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase  46.24 
 
 		 737 aa  155  2e-36  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0510  hypothetical protein  46 
 
 		 701 aa  154  2.9999999999999998e-36  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0522945 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3440  diguanylate cyclase  46.2 
 
 		 557 aa  154  2.9999999999999998e-36  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0125075  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3494  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  42.17 
 
 		 729 aa  154  2.9999999999999998e-36  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3924  sensory box protein  46.5 
 
 		 1086 aa  154  4e-36  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3492  diguanylate cyclase  44.03 
 
 		 474 aa  154  4e-36  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4460  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  45 
 
 		 709 aa  154  4e-36  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0200253  normal  0.0648745 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2926  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  48.17 
 
 		 461 aa  154  4e-36  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00000284142  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0113  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  43.68 
 
 		 721 aa  154  4e-36  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.881722  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2785  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  47.5 
 
 		 648 aa  154  5e-36  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2737  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  44.89 
 
 		 951 aa  154  5e-36  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000925868 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2081  diguanylate cyclase  47.65 
 
 		 937 aa  154  5e-36  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0379355  normal  0.0338945 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0987  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  45.88 
 
 		 739 aa  153  5.9999999999999996e-36  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000757549  decreased coverage  0.00276789 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1150  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  45.73 
 
 		 1466 aa  153  5.9999999999999996e-36  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.765492  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3018  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  42.86 
 
 		 1147 aa  153  7e-36  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1184  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  46.45 
 
 		 738 aa  153  8.999999999999999e-36  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4948  sensory box protein  41.9 
 
 		 921 aa  153  8.999999999999999e-36  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0330  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  37.16 
 
 		 679 aa  152  1e-35  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1055  sensory box protein  48.75 
 
 		 462 aa  152  1e-35  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2434  extracellular solute-binding protein  44.25 
 
 		 937 aa  152  1e-35  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1844  extracellular solute-binding protein  48.15 
 
 		 932 aa  152  1e-35  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.192206  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2841  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  43.48 
 
 		 714 aa  152  1e-35  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0729826  normal  0.310526 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0723  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  46.15 
 
 		 1238 aa  152  1e-35  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.905647  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0638  diguanylate cyclase  47.17 
 
 		 737 aa  152  1e-35  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.0991066 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1949  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  46.54 
 
 		 1264 aa  152  1e-35  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.354443 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2534  sensory box/response regulator  41.62 
 
 		 452 aa  152  2e-35  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1166  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  46.67 
 
 		 780 aa  152  2e-35  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0581  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  45.78 
 
 		 659 aa  151  3e-35  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1052  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  43.33 
 
 		 585 aa  151  3e-35  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2315  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.99 
 
 		 458 aa  151  3e-35  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3018  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  45.73 
 
 		 475 aa  151  3e-35  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1622  sensory box protein  45.86 
 
 		 1075 aa  150  4e-35  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3481  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  45.12 
 
 		 488 aa  150  4e-35  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2185  diguanylate cyclase  39.41 
 
 		 941 aa  150  4e-35  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.260855  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3975  GGDEF  42.93 
 
 		 523 aa  150  4e-35  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.456822  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0881  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  45.12 
 
 		 498 aa  150  4e-35  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0466  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  47.5 
 
 		 696 aa  150  4e-35  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0862739  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0474  sensory box/GGDEF family protein  44.91 
 
 		 792 aa  150  5e-35  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3604  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  45.12 
 
 		 498 aa  150  5e-35  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.352008 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3990  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  44.64 
 
 		 1665 aa  150  5e-35  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1509  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.27 
 
 		 571 aa  150  5e-35  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.44121  normal  0.0349148 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3406  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  45.12 
 
 		 493 aa  150  5e-35  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2427  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  45.96 
 
 		 683 aa  150  7e-35  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.587287 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2071  hypothetical protein  37.56 
 
 		 512 aa  150  8e-35  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3217  signal transduction protein  40.67 
 
 		 951 aa  150  8e-35  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00711667  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3085  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  41.67 
 
 		 905 aa  149  8e-35  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3372  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.16 
 
 		 659 aa  150  8e-35  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3579  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  40 
 
 		 1107 aa  149  1.0000000000000001e-34  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.269581  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2589  hypothetical protein  46.3 
 
 		 759 aa  149  1.0000000000000001e-34  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.394973  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2937  signal transduction protein  44.31 
 
 		 1141 aa  149  1.0000000000000001e-34  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000239358  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>