More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_2427 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011080  SNSL254_A3652  ggdef domain/eal domain protein  57.92 
 
 
699 aa  751    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.117514 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_49140  GGDEF domain protein  63.97 
 
 
689 aa  879    Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3579  hypothetical protein  67.35 
 
 
685 aa  921    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0227937  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3581  GGDEF domain-containing protein  74.41 
 
 
695 aa  981    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2798  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  72.79 
 
 
695 aa  949    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0510  hypothetical protein  66.08 
 
 
701 aa  856    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.0522945 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0401  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with MHYT sensor  65.69 
 
 
687 aa  873    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.465852 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00964  Putative signal protein with GGDEF and EAL domains  54.68 
 
 
696 aa  659    Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0651645  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2190  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  74.12 
 
 
695 aa  978    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3579  ggdef domain/eal domain protein  57.77 
 
 
691 aa  749    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.189396  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2757  GGDEF domain/EAL domain protein  67.65 
 
 
703 aa  872    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.203015  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6743  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  65.29 
 
 
693 aa  870    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2486  GGDEF  66.47 
 
 
703 aa  856    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.140313 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3749  ggdef domain/eal domain-containing protein  57.77 
 
 
699 aa  750    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.338574 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_42220  membrane sensor domain-containing protein  67.2 
 
 
685 aa  921    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1867  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  55.34 
 
 
710 aa  700    Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.559225  normal  0.957058 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2333  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  74.41 
 
 
695 aa  969    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7110  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  60.76 
 
 
694 aa  803    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.0633557 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2525  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  72.71 
 
 
693 aa  998    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4460  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  62.11 
 
 
709 aa  838    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0200253  normal  0.0648745 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0386  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  66.47 
 
 
685 aa  867    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3580  ggdef domain/eal domain protein  57.62 
 
 
699 aa  747    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3702  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  58.67 
 
 
692 aa  793    Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.561666  normal  0.977889 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3686  ggdef domain/eal domain-containing protein  57.92 
 
 
699 aa  751    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.0580402 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2427  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  100 
 
 
683 aa  1363    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.587287 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6267  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  65.59 
 
 
693 aa  877    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.57074  normal  0.863761 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_06202  Putative signal protein with GGDEF and EAL domains  54.68 
 
 
696 aa  659    Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.33406  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1144  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  60.15 
 
 
686 aa  775    Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.871944  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5894  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  49.93 
 
 
689 aa  613  9.999999999999999e-175  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.528175  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2102  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  49.26 
 
 
689 aa  595  1e-169  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.762889  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4735  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  49.05 
 
 
689 aa  589  1e-167  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0595206  normal  0.234911 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1434  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  47.62 
 
 
716 aa  588  1e-166  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.486546  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3694  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with MHYT sensor  44.95 
 
 
678 aa  584  1.0000000000000001e-165  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.323415  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1182  GGDEF domain/EAL domain-containing protein  48.24 
 
 
688 aa  572  1e-161  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0664  EAL/GGDEF domain-containing protein  48.24 
 
 
688 aa  570  1e-161  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0241577  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2392  EAL/GGDEF domain-containing protein  48.39 
 
 
688 aa  571  1e-161  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.278752  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1106  diguanylate cyclase/cyclic diguanylate phosphodiesterase  48.39 
 
 
688 aa  571  1e-161  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.804569  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1766  EAL/GGDEF domain-containing protein  48.24 
 
 
688 aa  570  1e-161  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.356944  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0802  EAL/GGDEF domain-containing protein  48.24 
 
 
688 aa  570  1e-161  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1490  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  47.98 
 
 
724 aa  560  1e-158  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.261971  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2146  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  41.63 
 
 
709 aa  538  9.999999999999999e-153  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_21190  hypothetical protein  42.54 
 
 
785 aa  498  1e-139  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.42827 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1808  hypothetical protein  42.14 
 
 
726 aa  492  1e-137  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.882104  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1252  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  40.64 
 
 
760 aa  484  1e-135  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.849617  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3194  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  40.52 
 
 
726 aa  456  1e-127  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.178802  normal  0.0329837 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4106  GGDEF domain/EAL domain protein  38.17 
 
 
756 aa  455  1.0000000000000001e-126  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.624649  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1562  diguanylate phosphodiesterase  67.41 
 
 
326 aa  453  1.0000000000000001e-126  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012855  Rpic12D_4985  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with MHYT sensor  39.42 
 
 
699 aa  450  1e-125  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.73967  normal  0.0333981 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3843  GGDEF  38.17 
 
 
763 aa  448  1.0000000000000001e-124  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1346  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  49.64 
 
 
947 aa  439  9.999999999999999e-123  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2048  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  50.35 
 
 
827 aa  430  1e-119  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.589876  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4273  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  38.64 
 
 
754 aa  429  1e-118  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2997  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  47.9 
 
 
876 aa  424  1e-117  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1602  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  48.83 
 
 
805 aa  423  1e-117  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00432386  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4631  sensory box/GGDEF domain/EAL domain protein  47.89 
 
 
1278 aa  413  1e-114  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1456  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  47.11 
 
 
1212 aa  412  1e-114  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.4231 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1144  GGDEF domain-containing protein  38.2 
 
 
754 aa  411  1e-113  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.252885 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1178  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  37.76 
 
 
754 aa  409  1e-113  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.578414 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4029  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  49.18 
 
 
1244 aa  408  1.0000000000000001e-112  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2514  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase  48.76 
 
 
869 aa  407  1.0000000000000001e-112  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0672  sensory box protein  46.65 
 
 
1276 aa  406  1.0000000000000001e-112  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.321974  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3424  GGDEF domain-containing protein  46.7 
 
 
1502 aa  408  1.0000000000000001e-112  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0703  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  46.65 
 
 
1276 aa  406  1.0000000000000001e-112  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.26462  normal  0.0640291 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4265  PAS:GGDEF  45.32 
 
 
1278 aa  408  1.0000000000000001e-112  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1710  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  47.06 
 
 
720 aa  408  1.0000000000000001e-112  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.425295  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3734  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  48.71 
 
 
582 aa  405  1.0000000000000001e-112  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.598305  normal  0.143234 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0094  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with extracellular sensor  44.82 
 
 
721 aa  407  1.0000000000000001e-112  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000375041 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1161  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  38.42 
 
 
754 aa  408  1.0000000000000001e-112  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.268415  normal  0.0126902 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0704  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  46.65 
 
 
1276 aa  406  1.0000000000000001e-112  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.116377  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0536  sensory box/GGDEF domain/EAL domain protein  47.45 
 
 
829 aa  404  1e-111  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4512  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  46.65 
 
 
1276 aa  404  1e-111  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.292373  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1563  putative integral membrane sensor protein  64.93 
 
 
367 aa  402  1e-111  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4876  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  45.7 
 
 
1282 aa  404  1e-111  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0958088  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5242  motility regulator  47.69 
 
 
1410 aa  404  1e-111  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.435118  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2332  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with FHA and GAF sensor  48.31 
 
 
884 aa  404  1e-111  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0415  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  43.49 
 
 
1486 aa  403  1e-111  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_60870  motility regulator  48.47 
 
 
1415 aa  404  1e-111  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.739569  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0458  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  48.13 
 
 
1037 aa  404  1e-111  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.160814  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2016  sensory box/GGDEF family protein  48.72 
 
 
799 aa  401  9.999999999999999e-111  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.334987  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0113  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  44.52 
 
 
721 aa  399  9.999999999999999e-111  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.881722  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4642  PAS:GGDEF  47.81 
 
 
828 aa  399  9.999999999999999e-111  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2682  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  47.9 
 
 
790 aa  399  9.999999999999999e-111  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0957  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  45.96 
 
 
633 aa  401  9.999999999999999e-111  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1708  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase  48.31 
 
 
869 aa  399  9.999999999999999e-111  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3344  signal transduction protein  44.26 
 
 
1055 aa  400  9.999999999999999e-111  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0630  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  46.45 
 
 
699 aa  399  9.999999999999999e-111  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4922  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  45.11 
 
 
617 aa  401  9.999999999999999e-111  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.051397 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0341  sensory box protein  46.15 
 
 
1515 aa  397  1e-109  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1052  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  48.22 
 
 
585 aa  398  1e-109  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3588  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  47.22 
 
 
827 aa  396  1e-109  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.0360121 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3633  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  46.37 
 
 
1504 aa  396  1e-109  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2664  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  49.64 
 
 
1063 aa  397  1e-109  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.180042  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5150  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  47.24 
 
 
1248 aa  397  1e-109  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2629  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  46.39 
 
 
821 aa  396  1e-109  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000585262  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4349  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  46.96 
 
 
1514 aa  397  1e-109  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1605  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  46.21 
 
 
688 aa  397  1e-109  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  decreased coverage  0.0013251  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1478  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  44.58 
 
 
740 aa  396  1e-109  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2209  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  48.83 
 
 
844 aa  399  1e-109  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3370  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  45.95 
 
 
860 aa  398  1e-109  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.742202  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2380  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  44.58 
 
 
756 aa  398  1e-109  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>